38 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
PXO_00056  CDS  NC_010717  1808369  1808953  585  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  YP_001912938  decreased coverage  0.00180609  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_00343  CDS  NC_010717  2055191  2056345  1155  gamma-glutamyl kinase  YP_001913157  decreased coverage  0.000428896  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_00446  CDS  NC_010717  1954484  1955866  1383  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  YP_001913051  decreased coverage  0.00312623  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_00447  CDS  NC_010717  1953074  1954060  987  ATP-binding protein  YP_001913050  decreased coverage  0.000644199  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_00787  CDS  NC_010717  2136929  2137105  177  hypothetical protein  YP_001913239  decreased coverage  0.000765079  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_00801  CDS  NC_010717  2426658  2427389  732  phosphatidylglycerophosphatase B  YP_001913522  decreased coverage  0.00840146  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_00835  CDS  NC_010717  2395337  2396464  1128  imidazole glycerol-phosphate dehydratase/histidinol phosphatase  YP_001913490  decreased coverage  2.26021e-09  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_00836  CDS  NC_010717  2394738  2395340  603  imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH  YP_001913489  decreased coverage  3.63706e-09  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_00850  CDS  NC_010717  2519226  2520686  1461  cationic amino acid transporter  YP_001913612  decreased coverage  5.49978e-05  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_00851  CDS  NC_010717  2518481  2519029  549  hydrolase, nudix family protein  YP_001913611  decreased coverage  2.43046e-05  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_00852  CDS  NC_010717  2517091  2518332  1242  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  YP_001913610  decreased coverage  4.0618e-05  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_00890  CDS  NC_010717  2477338  2478021  684  cytidylate kinase  YP_001913570  decreased coverage  0.007598  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_01032  CDS  NC_010717  2572985  2573782  798  leucyl/phenylalanyl-tRNA--protein transferase  YP_001913664  decreased coverage  0.00170023  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_01082  CDS  NC_010717  2692458  2693471  1014  transcriptional regulator  YP_001913761  decreased coverage  5.39431e-05  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_01084  CDS  NC_010717  2691633  2691776  144  phage-related integrase  YP_001913760  decreased coverage  7.95456e-06  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_01085  CDS  NC_010717  2688137  2691088  2952  TAL effector AvrBs3/PthA  YP_001913759  decreased coverage  2.75966e-06  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_01142  CDS  NC_010717  3033292  3033612  321  hypothetical protein  YP_001914081  decreased coverage  0.00631547  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_01228  CDS  NC_010717  2950474  2951538  1065  transcriptional regulator  YP_001913994  decreased coverage  0.00348706  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_01357  CDS  NC_010717  3547284  3547640  357  hypothetical protein  YP_001914554  decreased coverage  0.00864531  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_01358  CDS  NC_010717  3547085  3547279  195  phage Tail Protein X  YP_001914553  decreased coverage  0.00715171  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_01786  CDS  NC_010717  3102230  3102412  183  hypothetical protein  YP_001914141  decreased coverage  0.00394214  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_04521  CDS  NC_010717  1257160  1257783  624  50S ribosomal protein L3  YP_001912419  decreased coverage  5.54969e-12  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_04652  CDS  NC_010717  1135078  1135944  867  glycine rich protein  YP_001912294  decreased coverage  0.00734388  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_04696  CDS  NC_010717  1314045  1317737  3693  ImcF-related family  YP_001912493  decreased coverage  0.00810675  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_04851  CDS  NC_010717  1481859  1482119  261  ISXo8 transposase  YP_001912646  decreased coverage  0.00840568  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_04852  CDS  NC_010717  1482195  1482380  186  ISxac1 transposase  YP_001912647  decreased coverage  0.00697578  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_05718  CDS  NC_010717  4112038  4114644  2607  TAL effector AvrBs3/PthA  YP_001915097  decreased coverage  0.000318376  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_06069  CDS  NC_010717  2723615  2724046  432  C-type cytochrome biogenesis protein  YP_001913795  decreased coverage  8.42806e-05  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_06070  CDS  NC_010717  2724046  2725059  1014  C-type cytochrome biogenesis protein  YP_001913796  decreased coverage  9.67954e-05  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_06075  CDS  NC_010717  2729178  2730419  1242  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  YP_001913801  decreased coverage  0.000151229  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_06151  CDS  NC_010717  2803801  2804445  645  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  YP_001913871  decreased coverage  2.22326e-05  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_06183  CDS  NC_010717  2834152  2837649  3498  O-antigen biosynthesis protein  YP_001913903  decreased coverage  0.00444077  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_06229  CDS  NC_010717  2895716  2898430  2715  TAL effector AvrBs3/PthA  YP_001913948  decreased coverage  0.00614737  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_06234  CDS  NC_010717  2900224  2903175  2952  TAL effector AvrBs3/PthA  YP_001913952  decreased coverage  0.00915225  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_rna50  tRNA  NC_010717  4861134  4861210  77  tRNA-Ile    decreased coverage  0.000949027  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_rna51  tRNA  NC_010717  4861230  4861305  76  tRNA-Ala    decreased coverage  0.000980823  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_rna52  rRNA  NC_010717  4861404  4862938  1535  16S ribosomal RNA    decreased coverage  0.00245736  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
PXO_rna59  rRNA  NC_010717  5086803  5088337  1535  16S ribosomal RNA    decreased coverage  5.14214e-06  n/a    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>