103 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Ping_0035  CDS  NC_008709  51362  53788  2427  major facilitator transporter  YP_941509  normal  0.0511713  decreased coverage  0.0019821  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0036  CDS  NC_008709  53800  54942  1143  D-alanine--D-alanine ligase  YP_941510  normal  0.069564  decreased coverage  0.00131086  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0044  CDS  NC_008709  63117  64823  1707  hypothetical protein  YP_941517  decreased coverage  0.000379088  hitchhiker  0.00388829  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0067  CDS  NC_008709  89413  90420  1008  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  YP_941540  decreased coverage  7.51067e-06  normal  0.787106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0068  CDS  NC_008709  90424  90873  450  sigma-E factor regulatory protein RseC  YP_941541  decreased coverage  1.26596e-06  normal  0.71927  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0119  CDS  NC_008709  157390  157947  558  ADP-ribose diphosphatase NudE  YP_941592  decreased coverage  0.00596251  normal  0.391787  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0138  CDS  NC_008709  180220  181026  807  GntR domain-containing protein  YP_941608  decreased coverage  2.90412e-06  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0230  CDS  NC_008709  291319  292227  909  ornithine carbamoyltransferase  YP_941696  decreased coverage  0.000828379  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0231  CDS  NC_008709  292252  293460  1209  argininosuccinate synthase  YP_941697  decreased coverage  0.000109496  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0313  CDS  NC_008709  413854  414069  216  ribosomal protein S21  YP_941778  decreased coverage  0.00659412  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0448  CDS  NC_008709  569828  571756  1929  hypothetical protein  YP_941905  normal  0.341791  decreased coverage  0.00166798  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0449  CDS  NC_008709  571753  572757  1005  glycosyl transferase family protein  YP_941906  normal  0.0213418  decreased coverage  0.00105166  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0450  CDS  NC_008709  572757  573893  1137  FAD dependent oxidoreductase  YP_941907  decreased coverage  0.00414514  hitchhiker  0.00267481  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0472  CDS  NC_008709  595092  596171  1080  secretion protein HlyD  YP_941928  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0495  CDS  NC_008709  630552  631271  720  DNA polymerase III, epsilon subunit  YP_941949  decreased coverage  2.90412e-06  normal  0.693329  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0512  CDS  NC_008709  650250  652370  2121  PKD domain-containing protein  YP_941966  decreased coverage  0.0022816  normal  0.634462  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0615  CDS  NC_008709  796626  797696  1071  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  YP_942067  decreased coverage  0.00230108  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0749  CDS  NC_008709  944542  945174  633  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit D  YP_942200  decreased coverage  0.00151282  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0750  CDS  NC_008709  945180  945788  609  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E  YP_942201  decreased coverage  0.00368713  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0785  CDS  NC_008709  985358  986095  738  glycosyltransferase  YP_942229  normal  0.137328  decreased coverage  0.000770689  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0800  CDS  NC_008709  1002082  1002714  633  adenylyl-sulfate kinase  YP_942243  normal  decreased coverage  0.000729878  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0801  CDS  NC_008709  1002897  1003856  960  acetyltransferase  YP_942244  normal  decreased coverage  0.000975488  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0885  CDS  NC_008709  1109424  1110155  732  hypothetical protein  YP_942326  decreased coverage  0.00376266  normal  0.82924  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0922  CDS  NC_008709  1154316  1154987  672  hypothetical protein  YP_942363  decreased coverage  0.00218848  normal  0.196748  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0971  CDS  NC_008709  1219076  1220002  927  aminoimidazole riboside kinase  YP_942410  decreased coverage  0.00309121  normal  0.0346902  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0976  CDS  NC_008709  1225549  1226928  1380  ABC transporter for molybdenum ATP-binding protein ModF  YP_942415  normal  decreased coverage  0.00138509  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0977  CDS  NC_008709  1227423  1227893  471  hypothetical protein  YP_942416  normal  decreased coverage  0.000975488  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0978  CDS  NC_008709  1228926  1229894  969  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  YP_942417  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_0987  CDS  NC_008709  1246048  1247463  1416  sensor histidine kinase  YP_942426  decreased coverage  0.000915173  normal  0.356896  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1080  CDS  NC_008709  1351088  1351630  543  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin type  YP_942518  decreased coverage  7.8016e-05  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1081  CDS  NC_008709  1351655  1352248  594  hypothetical protein  YP_942519  decreased coverage  1.67601e-05  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1082  CDS  NC_008709  1353219  1355231  2013  excinuclease ABC subunit B  YP_942520  decreased coverage  0.00208033  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1136  CDS  NC_008709  1424817  1425287  471  rRNA large subunit methyltransferase  YP_942572  decreased coverage  0.00404994  normal  0.955793  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1137  CDS  NC_008709  1425287  1425613  327  iojap-like protein  YP_942573  decreased coverage  0.000812131  normal  0.662489  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1152  CDS  NC_008709  1441820  1442986  1167  cell division GTP-binding tubulin-like protein FtsZ  YP_942588  decreased coverage  1.22202e-05  normal  0.48477  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1158  CDS  NC_008709  1449155  1450009  855  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  YP_942594  decreased coverage  0.000773336  normal  0.129164  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1159  CDS  NC_008709  1450171  1450767  597  dephospho-CoA kinase  YP_942595  decreased coverage  0.00128248  normal  0.117716  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1170  CDS  NC_008709  1461108  1461788  681  hypothetical protein  YP_942605  decreased coverage  0.00566942  normal  0.310853  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1203  CDS  NC_008709  1501758  1504556  2799  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  YP_942634  decreased coverage  0.00343755  normal  0.259486  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1323  CDS  NC_008709  1642580  1643056  477  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  YP_942747  decreased coverage  9.41019e-06  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1524  CDS  NC_008709  1871858  1872070  213  hypothetical protein  YP_942934  decreased coverage  9.8396e-05  normal  0.105023  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1671    NC_008709  2030110  2030439  330      decreased coverage  0.00097479  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1672  CDS  NC_008709  2030647  2031000  354  hypothetical protein  YP_943063  decreased coverage  0.00111256  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1713  CDS  NC_008709  2086256  2086624  369  diacylglycerol kinase  YP_943098  decreased coverage  0.00462602  normal  0.200035  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1714  CDS  NC_008709  2087747  2088097  351  antibiotic biosynthesis monooxygenase  YP_943099  decreased coverage  0.00170627  normal  0.46336  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1907  CDS  NC_008709  2326622  2327524  903  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_943281  decreased coverage  3.60811e-06  hitchhiker  0.000663525  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1908  CDS  NC_008709  2328157  2329749  1593  hypothetical protein  YP_943282  hitchhiker  0.000431141  decreased coverage  0.00104441  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1909    NC_008709  2329857  2330184  328      hitchhiker  0.00462602  decreased coverage  0.000654267  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1910  CDS  NC_008709  2330529  2331425  897  hypothetical protein  YP_943283  normal  0.0184163  decreased coverage  0.000813491  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1911  CDS  NC_008709  2331493  2331780  288  hypothetical protein  YP_943284  hitchhiker  0.00895259  decreased coverage  0.000677297  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1921  CDS  NC_008709  2346768  2347475  708  dethiobiotin synthase  YP_943292  normal  0.0147663  decreased coverage  0.00139462  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1922  CDS  NC_008709  2347781  2348620  840  biotin biosynthesis protein BioC  YP_943293  normal  0.152258  decreased coverage  0.00125244  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1923  CDS  NC_008709  2348671  2349849  1179  8-amino-7-oxononanoate synthase  YP_943294  normal  decreased coverage  0.00136658  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1929    NC_008709  2355922  2356347  426      decreased coverage  0.00961809  hitchhiker  0.00200934  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1931  CDS  NC_008709  2357031  2357993  963  hypothetical protein  YP_943301  decreased coverage  0.00355511  hitchhiker  0.00608327  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1948  CDS  NC_008709  2369774  2370421  648  hypothetical protein  YP_943316  decreased coverage  0.00544645  normal  0.0118846  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_1975  CDS  NC_008709  2402841  2404193  1353  phosphatidylserine synthase  YP_943342  decreased coverage  0.00104781  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2024  CDS  NC_008709  2466718  2469735  3018  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  YP_943384  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2033  CDS  NC_008709  2479215  2480552  1338  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  YP_943393  decreased coverage  2.78094e-05  normal  0.0506125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2040  CDS  NC_008709  2486038  2487138  1101  UDP-galactopyranose mutase  YP_943396  decreased coverage  0.00394808  normal  0.0793604  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2125  CDS  NC_008709  2589212  2590942  1731  hypothetical protein  YP_943469  normal  0.164026  decreased coverage  0.000906095  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2126  CDS  NC_008709  2591049  2592650  1602  BCCT transporter  YP_943470  decreased coverage  0.00109884  hitchhiker  0.00218719  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2218  CDS  NC_008709  2699961  2700509  549  translation initiation factor IF-3  YP_943558  decreased coverage  2.64089e-06  normal  0.129164  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2329  CDS  NC_008709  2830978  2831238  261  hypothetical protein  YP_943668  decreased coverage  0.00607917  normal  0.608312  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2349  CDS  NC_008709  2859344  2860105  762  hypothetical protein  YP_943687  normal  decreased coverage  0.0010372  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2350  CDS  NC_008709  2860289  2861890  1602  hypothetical protein  YP_943688  normal  decreased coverage  0.00119506  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2351  CDS  NC_008709  2862229  2863473  1245  serine/threonine protein kinase  YP_943689  normal  decreased coverage  0.00102293  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2353  CDS  NC_008709  2864283  2866979  2697  ATPase, P-type (transporting), HAD superfamily, subfamily IC  YP_943691  normal  0.234065  decreased coverage  0.00179475  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2356  CDS  NC_008709  2868033  2868488  456  hypothetical protein  YP_943693  normal  decreased coverage  0.000744981  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2416  CDS  NC_008709  2961235  2962128  894  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  YP_943747  decreased coverage  3.87203e-05  decreased coverage  5.09864e-07  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2417  CDS  NC_008709  2962284  2964086  1803  amidase  YP_943748  hitchhiker  0.000764006  decreased coverage  7.52111e-07  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2486  CDS  NC_008709  3038101  3041133  3033  type III restriction enzyme, res subunit  YP_943813  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2590  CDS  NC_008709  3177676  3178521  846  ABC phosphate transporter inner membrane protein PstA  YP_943909  decreased coverage  0.00589787  normal  0.413693  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2634  CDS  NC_008709  3231072  3232091  1020  pirin domain-containing protein  YP_943951  decreased coverage  0.00219854  normal  0.512838  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2658  CDS  NC_008709  3261218  3262177  960  hypothetical protein  YP_943971  decreased coverage  0.00785761  hitchhiker  0.0075922  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2659  CDS  NC_008709  3262187  3263086  900  prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit  YP_943972  hitchhiker  0.00638484  decreased coverage  0.00126979  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2660  CDS  NC_008709  3263104  3263391  288  hypothetical protein  YP_943973  normal  0.0210491  decreased coverage  0.0010024  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2661  CDS  NC_008709  3263427  3264317  891  hypothetical protein  YP_943974  normal  0.0700919  decreased coverage  0.00119506  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2662  CDS  NC_008709  3264332  3266026  1695  ABC transporter ATPase and inner membrane protein  YP_943975  normal  0.0564028  decreased coverage  0.00171359  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2663  CDS  NC_008709  3266028  3266504  477  hypothetical protein  YP_943976  hitchhiker  0.00611854  decreased coverage  0.00110267  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2664    NC_008709  3266687  3267204  518      hitchhiker  0.00724631  decreased coverage  0.00105896  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2684  CDS  NC_008709  3290472  3290876  405  CTP pyrophosphohydrolase  YP_943995  decreased coverage  0.00235226  normal  0.16537  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2685  CDS  NC_008709  3291125  3291892  768  NERD domain-containing protein  YP_943996  decreased coverage  0.00601782  normal  0.186015  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_2873  CDS  NC_008709  3553359  3554639  1281  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  YP_944177  decreased coverage  0.00318002  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3066  CDS  NC_008709  3763927  3766356  2430  hypothetical protein  YP_944365  decreased coverage  0.00683748  decreased coverage  0.00952273  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3068  CDS  NC_008709  3767775  3768071  297  hypothetical protein  YP_944367  normal  0.205139  decreased coverage  0.00945448  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3069    NC_008709  3768131  3768628  498      normal  0.311898  decreased coverage  0.00999425  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3191  CDS  NC_008709  3940160  3941416  1257  ATP-dependent RNA helicase RhlB  YP_944478  normal  decreased coverage  0.00108061  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3192  CDS  NC_008709  3941418  3942344  927  Ppx/GppA phosphatase  YP_944479  normal  decreased coverage  0.000813491  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3234  CDS  NC_008709  3990279  3991592  1314  adenylosuccinate synthase  YP_944520  decreased coverage  0.000199193  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3235  CDS  NC_008709  3991754  3992620  867  HflC protein  YP_944521  decreased coverage  4.78035e-05  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3285  CDS  NC_008709  4057106  4057663  558  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  YP_944571  decreased coverage  1.57515e-05  normal  0.0858286  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3303  CDS  NC_008709  4074208  4074963  756  thiol:disulfide interchange protein DsbC  YP_944589  decreased coverage  0.00340297  normal  0.257142  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3331  CDS  NC_008709  4115398  4116558  1161  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  YP_944617  decreased coverage  0.000133768  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3332  CDS  NC_008709  4116643  4118235  1593  hypothetical protein  YP_944618  decreased coverage  0.00204737  normal  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3439  CDS  NC_008709  4252879  4253349  471  30S ribosomal protein S7  YP_944722  hitchhiker  0.000192356  decreased coverage  2.49886e-05  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3442  CDS  NC_008709  4254467  4254829  363  intraceullular sulfur oxidation protein of DsrE family protein  YP_944725  hitchhiker  0.00176558  decreased coverage  2.58214e-05  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3443  CDS  NC_008709  4254848  4255249  402  intracellular sulfur oxidation protein of DsrE family protein  YP_944726  normal  0.0125489  decreased coverage  2.56073e-05  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3444  CDS  NC_008709  4255353  4255742  390  putative endoribonuclease L-PSP  YP_944727  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  2.24932e-05  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Ping_3448  CDS  NC_008709  4264925  4265428  504  ribosomal protein L10  YP_944731  decreased coverage  1.99113e-06  hitchhiker  0.00604494  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>