92 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Pput_0028  CDS  NC_009512  30096  31118  1023  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  YP_001265388  normal  0.828005  decreased coverage  4.6618e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0029  CDS  NC_009512  31384  31584  201  heavy metal transport/detoxification protein  YP_001265389  normal  0.787657  decreased coverage  3.08968e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0034  CDS  NC_009512  36650  37015  366  hypothetical protein  YP_001265393  normal  0.955781  decreased coverage  2.90254e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0035  CDS  NC_009512  37298  37546  249  hypothetical protein  YP_001265394  normal  0.707613  decreased coverage  2.44466e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0036  CDS  NC_009512  37857  38780  924  hypothetical protein  YP_001265395  normal  decreased coverage  3.47132e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0037  CDS  NC_009512  38986  39210  225  hypothetical protein  YP_001265396  normal  0.254213  decreased coverage  2.36921e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0249  CDS  NC_009512  291866  293206  1341  outer membrane porin  YP_001265607  decreased coverage  0.00208088  normal  0.123914  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0296    NC_009512  340079  340255  177      decreased coverage  3.51901e-10  normal  0.157162  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0308  CDS  NC_009512  352733  354394  1662  major facilitator transporter  YP_001265665  normal  decreased coverage  0.00531015  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0309  CDS  NC_009512  354625  355257  633  imidazoleglycerol-phosphate dehydratase  YP_001265666  normal  0.7048  decreased coverage  0.00641142  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0310  CDS  NC_009512  355258  355896  639  imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH  YP_001265667  normal  decreased coverage  0.00630292  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0311  CDS  NC_009512  355897  356157  261  hypothetical protein  YP_001265668  normal  0.399436  decreased coverage  0.00561451  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0312  CDS  NC_009512  356185  356922  738  1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5- phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase  YP_001265669  normal  0.115806  decreased coverage  0.00637547  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0429  CDS  NC_009512  494555  496123  1569  SpoVR family protein  YP_001265783  decreased coverage  0.00886666  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0469  CDS  NC_009512  538063  539262  1200  tyrosyl-tRNA synthetase  YP_001265823  unclonable  1.69724e-10  decreased coverage  0.000126716  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0474  CDS  NC_009512  549195  549563  369  preprotein translocase subunit SecE  YP_001265828  decreased coverage  1.63291e-06  normal  0.025834  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0487  CDS  NC_009512  566143  566778  636  50S ribosomal protein L3  YP_001265841  decreased coverage  8.38631e-08  normal  0.0709669  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0488  CDS  NC_009512  566791  567393  603  50S ribosomal protein L4  YP_001265842  decreased coverage  1.14619e-09  normal  0.070368  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0489  CDS  NC_009512  567390  567689  300  50S ribosomal protein L23  YP_001265843  decreased coverage  1.9112e-08  normal  0.107844  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0490  CDS  NC_009512  567704  568528  825  50S ribosomal protein L2  YP_001265844  decreased coverage  2.53797e-07  normal  0.122474  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0677    NC_009512  763489  763653  165      normal  0.0111171  decreased coverage  0.00465511  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0678    NC_009512  763731  764021  291      hitchhiker  0.00761374  decreased coverage  0.00471016  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0718  CDS  NC_009512  806301  807269  969  polyprenyl synthetase  YP_001266066  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_0808  CDS  NC_009512  902364  903092  729  putative sulfate transport protein CysZ  YP_001266155  decreased coverage  0.00684995  normal  0.0715554  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1053  CDS  NC_009512  1184494  1185780  1287  extracellular solute-binding protein  YP_001266398  decreased coverage  0.00219882  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1310  CDS  NC_009512  1478006  1478917  912  LysR family transcriptional regulator  YP_001266654  decreased coverage  0.000494191  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1405  CDS  NC_009512  1574573  1575130  558  nitroreductase  YP_001266747  decreased coverage  0.000113316  normal  0.729658  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1406  CDS  NC_009512  1575261  1576601  1341  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001266748  decreased coverage  5.01512e-05  normal  0.872654  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1431  CDS  NC_009512  1605178  1605876  699  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  YP_001266773  decreased coverage  0.00987001  normal  0.746207  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1574  CDS  NC_009512  1759100  1759711  612  TetR family transcriptional regulator  YP_001266914  decreased coverage  0.00597987  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1610  CDS  NC_009512  1802357  1803334  978  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  YP_001266950  decreased coverage  0.00269268  hitchhiker  0.0066634  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1612  CDS  NC_009512  1803528  1804136  609  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  YP_001266952  decreased coverage  0.00163772  decreased coverage  0.00565404  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1613  CDS  NC_009512  1804136  1805578  1443  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  YP_001266953  decreased coverage  0.00989974  hitchhiker  0.00775448  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1733  CDS  NC_009512  1983273  1983536  264  phage transcriptional activator, Ogr/delta  YP_001267073  decreased coverage  0.000208403  normal  0.718201  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1742  CDS  NC_009512  1993761  1995122  1362  NADH dehydrogenase I subunit F  YP_001267082  decreased coverage  0.00767478  normal  0.368262  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1766  CDS  NC_009512  2019641  2021464  1824  excinuclease ABC subunit C  YP_001267106  normal  0.0738607  decreased coverage  0.000573829  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1769    NC_009512  2023329  2023571  243      hitchhiker  3.87978e-05  decreased coverage  0.000297707  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1770  CDS  NC_009512  2023705  2024220  516  sigma-70, region 4 type 2  YP_001267109  hitchhiker  1.0187e-08  decreased coverage  0.000356694  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1771  CDS  NC_009512  2024669  2024968  300  hypothetical protein  YP_001267110  hitchhiker  3.72178e-10  decreased coverage  0.000314834  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1772  CDS  NC_009512  2025099  2025752  654  putative prophage repressor  YP_001267111  hitchhiker  6.01077e-07  decreased coverage  0.000377038  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1783  CDS  NC_009512  2038006  2040024  2019  alpha amylase, catalytic region  YP_001267120  decreased coverage  0.00829372  normal  0.075062  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1813  CDS  NC_009512  2081243  2082532  1290  FAD dependent oxidoreductase  YP_001267150  decreased coverage  0.00738573  normal  0.652895  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1833  CDS  NC_009512  2104854  2106134  1281  seryl-tRNA synthetase  YP_001267170  normal  decreased coverage  8.44174e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1834  CDS  NC_009512  2106135  2107526  1392  uroporphyrin-III C-methyltransferase  YP_001267171  normal  decreased coverage  0.000289405  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1836  CDS  NC_009512  2108686  2109687  1002  hypothetical protein  YP_001267173  normal  decreased coverage  0.000267985  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1837  CDS  NC_009512  2109684  2110019  336  DsrC family protein  YP_001267174  normal  decreased coverage  0.00019972  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1838  CDS  NC_009512  2110016  2110312  297  DsrH family protein  YP_001267175  normal  decreased coverage  0.000194131  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1839  CDS  NC_009512  2110312  2110671  360  sulfur relay protein TusC  YP_001267176  normal  decreased coverage  0.000201161  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1840  CDS  NC_009512  2110673  2111104  432  sulfur transfer complex subunit TusD  YP_001267177  normal  decreased coverage  0.000217326  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1961  CDS  NC_009512  2230747  2230968  222  MbtH domain-containing protein  YP_001267288  decreased coverage  0.00784539  normal  0.28542  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1992  CDS  NC_009512  2256105  2256419  315  hypothetical protein  YP_001267316  unclonable  2.39023e-12  decreased coverage  8.82432e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_1993  CDS  NC_009512  2256509  2256691  183  hypothetical protein  YP_001267317  hitchhiker  3.48245e-11  decreased coverage  8.53865e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_2089    NC_009512  2364613  2364762  150      decreased coverage  0.000785832  normal  0.733781  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_2461  CDS  NC_009512  2811101  2811835  735  hypothetical protein  YP_001267780  decreased coverage  0.00338238  normal  0.640936  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3076  CDS  NC_009512  3460317  3461699  1383  hypothetical protein  YP_001268388  decreased coverage  0.000886447  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3389  CDS  NC_009512  3808421  3809023  603  bacteriophage lambda NinG family protein  YP_001268699  decreased coverage  3.20142e-06  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3436  CDS  NC_009512  3840622  3841512  891  2-methylisocitrate lyase  YP_001268746  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3453  CDS  NC_009512  3856096  3858594  2499  hypothetical protein  YP_001268763  normal  decreased coverage  1.13684e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3454  CDS  NC_009512  3858658  3859146  489  transcription elongation factor GreB  YP_001268764  normal  decreased coverage  3.6573e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3510  CDS  NC_009512  3924415  3927330  2916  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  YP_001268820  normal  decreased coverage  0.00329797  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3576  CDS  NC_009512  3992834  3993316  483  anti-sigma-factor antagonist  YP_001268884  decreased coverage  0.00186443  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3577  CDS  NC_009512  3993313  3994494  1182  response regulator receiver protein  YP_001268885  decreased coverage  0.00266085  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3601  CDS  NC_009512  4020825  4021058  234  hypothetical protein  YP_001268909  decreased coverage  0.00263204  normal  0.496996  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3651  CDS  NC_009512  4081232  4082266  1035  OmpF family protein  YP_001268959  decreased coverage  3.49757e-05  normal  0.525566  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3703  CDS  NC_009512  4146805  4147971  1167  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  YP_001269011  decreased coverage  3.94656e-05  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3735  CDS  NC_009512  4186265  4187173  909  AraC-like transcriptional regulator  YP_001269043  decreased coverage  0.00901057  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3809  CDS  NC_009512  4270489  4273761  3273  ribonuclease  YP_001269117  decreased coverage  0.000518974  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3844  CDS  NC_009512  4324590  4325477  888  heat shock protein HtpX  YP_001269152  decreased coverage  0.00537908  normal  0.388849  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3881  CDS  NC_009512  4362539  4363501  963  alpha/beta hydrolase fold  YP_001269189  decreased coverage  0.00418628  normal  0.248118  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3948  CDS  NC_009512  4452530  4453606  1077  methylthioribose-1-phosphate isomerase  YP_001269256  decreased coverage  0.0029579  normal  0.0349514  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3952  CDS  NC_009512  4456046  4456861  816  hypothetical protein  YP_001269260  normal  0.0117815  decreased coverage  0.00400212  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3953  CDS  NC_009512  4456862  4459318  2457  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  YP_001269261  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_3954  CDS  NC_009512  4459607  4461439  1833  ABC transporter related  YP_001269262  normal  decreased coverage  0.00633219  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4134  CDS  NC_009512  4637208  4637591  384  response regulator receiver protein  YP_001269442  decreased coverage  0.003852  normal  0.140965  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4135  CDS  NC_009512  4637611  4637949  339  hypothetical protein  YP_001269443  decreased coverage  0.000649804  normal  0.13565  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4136  CDS  NC_009512  4637946  4638443  498  single-strand binding protein  YP_001269444  decreased coverage  0.00257705  normal  0.135122  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4316  CDS  NC_009512  4825359  4827065  1707  sulfate transporter  YP_001269623  decreased coverage  0.00416357  normal  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4340  CDS  NC_009512  4855202  4856458  1257  outer membrane porin  YP_001269647  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4382  CDS  NC_009512  4901763  4902959  1197  cell division protein FtsZ  YP_001269689  decreased coverage  2.71138e-07  normal  0.178882  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4444  CDS  NC_009512  4968342  4969445  1104  poly(beta-D-mannuronate) lyase  YP_001269748  decreased coverage  0.00782765  normal  0.746207  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4539  CDS  NC_009512  5077136  5077747  612  putative sulfite oxidase subunit YedZ  YP_001269843  decreased coverage  8.98967e-09  hitchhiker  0.00229075  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4548  CDS  NC_009512  5087087  5088688  1602  hypothetical protein  YP_001269852  hitchhiker  0.00671326  decreased coverage  1.71948e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4549  CDS  NC_009512  5088846  5089124  279  TfoX domain-containing protein  YP_001269853  hitchhiker  2.71318e-07  decreased coverage  7.40957e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4550  CDS  NC_009512  5089305  5090189  885  hypothetical protein  YP_001269854  decreased coverage  8.69359e-10  decreased coverage  1.03556e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4551  CDS  NC_009512  5090294  5091061  768  hemin importer ATP-binding subunit  YP_001269855  hitchhiker  4.33574e-06  decreased coverage  1.13958e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4619  CDS  NC_009512  5178049  5179359  1311  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  YP_001269923  decreased coverage  0.000187053  hitchhiker  6.28519e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4620  CDS  NC_009512  5179356  5181944  2589  ATPase  YP_001269924  hitchhiker  0.00433872  decreased coverage  1.42009e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4621  CDS  NC_009512  5182768  5183448  681  hypothetical protein  YP_001269925  normal  0.152861  decreased coverage  3.9388e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4623  CDS  NC_009512  5184132  5185007  876  transcriptional regulator-like protein  YP_001269927  normal  0.2844  decreased coverage  4.41914e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4624  CDS  NC_009512  5185357  5187750  2394  TonB-dependent siderophore receptor  YP_001269928  normal  0.185618  decreased coverage  1.23032e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4862  CDS  NC_009512  5452524  5457464  4941  CheA signal transduction histidine kinase  YP_001270166  normal  decreased coverage  0.00418474  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Pput_4863  CDS  NC_009512  5457477  5459537  2061  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001270167  normal  decreased coverage  0.0070905  Pseudomonas putida F1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>