75 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Maqu_0190  CDS  NC_008740  228542  230638  2097  phage integrase family protein  YP_957484  decreased coverage  0.00182049  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_0518  CDS  NC_008740  590600  591247  648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_957806  decreased coverage  0.00604646  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_0736  CDS  NC_008740  838542  839042  501  30S ribosomal protein S5  YP_958020  decreased coverage  1.83061e-05  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_0737  CDS  NC_008740  839047  839235  189  50S ribosomal protein L30  YP_958021  decreased coverage  4.91198e-06  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_0738  CDS  NC_008740  839237  839671  435  ribosomal protein L15  YP_958022  decreased coverage  1.64514e-06  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_0808  CDS  NC_008740  914326  914904  579  hypothetical protein  YP_958092  decreased coverage  0.00306155  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_0813  CDS  NC_008740  920045  920731  687  HAD family hydrolase  YP_958097  decreased coverage  0.00498763  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_0824  CDS  NC_008740  934562  935827  1266  malate dehydrogenase  YP_958108  decreased coverage  0.00610824  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_0859  CDS  NC_008740  976588  976857  270  30S ribosomal protein S20  YP_958142  decreased coverage  1.32311e-06  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_0966  CDS  NC_008740  1100848  1102086  1239  aspartate kinase  YP_958249  decreased coverage  0.00725941  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1002  CDS  NC_008740  1144229  1144615  387  transglutaminase-like  YP_958282  decreased coverage  0.00906021  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1079  CDS  NC_008740  1228030  1228524  495  hypothetical protein  YP_958358  decreased coverage  0.00480426  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1112  CDS  NC_008740  1262884  1264116  1233  flagellar hook-associated protein FlgL  YP_958391  decreased coverage  0.00867916  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1144  CDS  NC_008740  1298466  1300613  2148  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  YP_958423  decreased coverage  0.00169331  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1166  CDS  NC_008740  1329875  1330891  1017  cell division protein ZipA  YP_958444  decreased coverage  0.00263828  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1201  CDS  NC_008740  1363821  1364564  744  hypothetical protein  YP_958479  decreased coverage  0.00176822  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1203  CDS  NC_008740  1364992  1366074  1083  hypothetical protein  YP_958480  decreased coverage  0.000176468  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1252  CDS  NC_008740  1410342  1411547  1206  hypothetical protein  YP_958529  decreased coverage  0.00450705  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1287  CDS  NC_008740  1444054  1444719  666  two component transcriptional regulator  YP_958563  decreased coverage  0.00449543  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1382  CDS  NC_008740  1565251  1566435  1185  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)  YP_958657  decreased coverage  0.000249215  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1471  CDS  NC_008740  1656329  1657078  750  electron transfer flavoprotein beta-subunit  YP_958743  decreased coverage  0.00534232  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1472  CDS  NC_008740  1657397  1659049  1653  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  YP_958744  decreased coverage  0.00301285  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1500  CDS  NC_008740  1681795  1683093  1299  phage integrase family protein  YP_958772  decreased coverage  0.00572573  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1529  CDS  NC_008740  1708371  1708877  507  hypothetical protein  YP_958800  decreased coverage  0.00088632  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1689  CDS  NC_008740  1894816  1895529  714  phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase  YP_958960  decreased coverage  0.00431106  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1708  CDS  NC_008740  1912516  1913175  660  DNA-binding transcriptional repressor FabR  YP_958979  decreased coverage  4.53712e-05  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_1866  CDS  NC_008740  2082640  2082873  234  acyl carrier protein  YP_959135  decreased coverage  0.00815396  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2075  CDS  NC_008740  2320630  2321676  1047  helix-turn-helix domain-containing protein  YP_959343  decreased coverage  0.000856929  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2076  CDS  NC_008740  2321896  2322927  1032  helix-turn-helix domain-containing protein  YP_959344  decreased coverage  2.2651e-05  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2120  CDS  NC_008740  2378474  2378917  444  MerR family transcriptional regulator  YP_959386  decreased coverage  0.00663209  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2203  CDS  NC_008740  2465101  2465922  822  short chain dehydrogenase  YP_959469  decreased coverage  0.000419362  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2278  CDS  NC_008740  2551235  2551993  759  tRNA (guanine-N1)-methyltransferase  YP_959543  decreased coverage  0.00557005  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2353  CDS  NC_008740  2629782  2630687  906  alpha-L-glutamate ligase  YP_959616  decreased coverage  0.000863949  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2354  CDS  NC_008740  2630690  2631181  492  hypothetical protein  YP_959617  decreased coverage  0.00335238  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2469  CDS  NC_008740  2755584  2756816  1233  cytochrome b/b6 domain-containing protein  YP_959731  decreased coverage  0.00715647  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2472  CDS  NC_008740  2758062  2758490  429  50S ribosomal protein L13  YP_959734  decreased coverage  0.00672084  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2564  CDS  NC_008740  2868459  2869244  786  hypothetical protein  YP_959826  decreased coverage  0.00349718  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2573  CDS  NC_008740  2884424  2886160  1737  alpha amylase, catalytic region  YP_959835  decreased coverage  0.000337914  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2581  CDS  NC_008740  2899162  2900385  1224  cell wall biogenesis glycosyltransferase  YP_959843  decreased coverage  0.000562395  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2607  CDS  NC_008740  2932475  2933425  951  diguanylate cyclase  YP_959869  decreased coverage  0.000143356  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2608  CDS  NC_008740  2933465  2933833  369  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  YP_959870  decreased coverage  2.64068e-06  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2612  CDS  NC_008740  2938779  2939339  561  sugar transferase  YP_959874  decreased coverage  0.00297652  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2649  CDS  NC_008740  2979848  2981323  1476  fibronectin, type III domain-containing protein  YP_959911  decreased coverage  0.0082024  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2683  CDS  NC_008740  3005253  3006128  876  prepilin peptidase  YP_959945  decreased coverage  0.000151009  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2684  CDS  NC_008740  3006129  3006746  618  dephospho-CoA kinase  YP_959946  decreased coverage  0.00367316  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2751  CDS  NC_008740  3079728  3080444  717  hypothetical protein  YP_960013  decreased coverage  0.00712374  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2772  CDS  NC_008740  3100099  3101430  1332  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  YP_960034  decreased coverage  0.00294465  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2911  CDS  NC_008740  3250307  3252172  1866  hypothetical protein  YP_960172  decreased coverage  0.000948701  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2983  CDS  NC_008740  3313216  3313482  267  hypothetical protein  YP_960244  decreased coverage  1.87823e-06  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_2984  CDS  NC_008740  3313517  3313819  303  hypothetical protein  YP_960245  decreased coverage  2.24798e-06  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3218  CDS  NC_008740  3561381  3562706  1326  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_960478  decreased coverage  0.0024043  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3249  CDS  NC_008740  3590449  3590925  477  hypothetical protein  YP_960507  decreased coverage  0.00452739  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3250  CDS  NC_008740  3590952  3591674  723  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  YP_960508  decreased coverage  0.0077031  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3272  CDS  NC_008740  3614469  3614831  363  hypothetical protein  YP_960530  decreased coverage  0.000396837  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3273  CDS  NC_008740  3615109  3616005  897  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  YP_960531  decreased coverage  0.00248567  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3362  CDS  NC_008740  3720098  3722023  1926  molecular chaperone DnaK  YP_960620  decreased coverage  0.00483084  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3363  CDS  NC_008740  3722117  3722854  738  GrpE protein  YP_960621  decreased coverage  0.00347236  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3500  CDS  NC_008740  3873355  3874650  1296  aminotransferase, class I and II  YP_960757  decreased coverage  0.00165234  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3533  CDS  NC_008740  3907801  3909150  1350  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_960790  decreased coverage  0.00670789  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3612  CDS  NC_008740  3994364  3994570  207  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_960868  decreased coverage  4.33441e-06  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3613  CDS  NC_008740  3994831  3995211  381  camphor resistance protein CrcB  YP_960869  decreased coverage  8.76303e-06  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3878  CDS  NC_008740  4304830  4305366  537  ATP synthase F1, delta subunit  YP_961133  decreased coverage  2.05385e-05  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3879  CDS  NC_008740  4305379  4305849  471  ATP synthase F0, B subunit  YP_961134  decreased coverage  9.93244e-05  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3945  CDS  NC_008739  46241  46846  606  hypothetical protein  YP_957139  decreased coverage  0.00032062  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3947  CDS  NC_008739  48317  49465  1149  parB-like partition protein  YP_957141  decreased coverage  0.00257685  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_3964  CDS  NC_008739  64206  65348  1143  phage integrase family protein  YP_957157  decreased coverage  0.00221994  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_R0013  tRNA  NC_008740  812373  812447  75  tRNA-Gly    decreased coverage  3.16853e-07  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_R0014  tRNA  NC_008740  812461  812536  76  tRNA-Thr    decreased coverage  2.93663e-07  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_R0030  tRNA  NC_008740  1364693  1364768  76  tRNA-Gly    decreased coverage  0.000189578  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_R0031  tRNA  NC_008740  1364826  1364899  74  tRNA-Cys    decreased coverage  0.000180821  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_R0044  tRNA  NC_008740  2108687  2108762  76  tRNA-Ala    decreased coverage  2.37327e-06  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_R0046  tRNA  NC_008740  2249039  2249114  76  tRNA-Val    decreased coverage  0.000479411  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_R0047  tRNA  NC_008740  2249124  2249200  77  tRNA-Asp    decreased coverage  0.000429092  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_R0048  tRNA  NC_008740  2249243  2249318  76  tRNA-Val    decreased coverage  0.000458542  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Maqu_R0050  tRNA  NC_008740  2321701  2321777  77  tRNA-Asp    decreased coverage  2.96648e-05  n/a    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>