55 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Mvan_0396  CDS  NC_008726  427789  429027  1239  hypothetical protein  YP_951250  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_0496  CDS  NC_008726  538064  538618  555  transposase, IS4 family protein  YP_951347  decreased coverage  0.00295352  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_0588  CDS  NC_008726  629902  630423  522  cupin 2 domain-containing protein  YP_951433  decreased coverage  0.00966189  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_0589  CDS  NC_008726  630452  631024  573  deoxycytidine triphosphate deaminase  YP_951434  decreased coverage  0.00611749  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_0703  CDS  NC_008726  744534  746801  2268  protein kinase  YP_951547  normal  decreased coverage  0.00413677  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_0713  CDS  NC_008726  754206  754964  759  putative ABC transporter membrane protein  YP_951557  decreased coverage  0.00955733  normal  0.0414517  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_0869  CDS  NC_008726  901058  902041  984  cytochrome c assembly protein  YP_951713  decreased coverage  0.0057057  normal  0.189022  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_1155  CDS  NC_008726  1227929  1230259  2331  secreted protein  YP_951996  decreased coverage  0.00335606  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_1270  CDS  NC_008726  1365777  1366685  909  enoyl-CoA hydratase  YP_952110  decreased coverage  0.00698519  normal  0.828818  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_1271  CDS  NC_008726  1366708  1367421  714  PaaX domain-containing protein, C- domain  YP_952111  decreased coverage  0.00141132  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_1283  CDS  NC_008726  1376099  1376941  843  cutinase  YP_952123  decreased coverage  0.00904546  normal  0.674809  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_1334  CDS  NC_008726  1423538  1424104  567  50S ribosomal protein L5  YP_952174  decreased coverage  4.10283e-06  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_1390  CDS  NC_008726  1479304  1480308  1005  ornithine carbamoyltransferase  YP_952230  decreased coverage  0.00030197  normal  0.635885  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_1391  CDS  NC_008726  1480323  1481576  1254  arginine deiminase  YP_952231  decreased coverage  0.00832109  normal  0.639371  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_1804  CDS  NC_008726  1916172  1917251  1080  TrkA domain-containing protein  YP_952632  decreased coverage  0.008758  normal  0.0737173  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2028  CDS  NC_008726  2169681  2170733  1053  aminoglycoside phosphotransferase  YP_952851  decreased coverage  0.00704541  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2340  CDS  NC_008726  2498677  2499570  894  dehydratase  YP_953160  normal  0.321088  decreased coverage  0.00219714  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2341  CDS  NC_008726  2499588  2500463  876  short chain dehydrogenase  YP_953161  normal  0.199722  decreased coverage  0.00200779  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2342  CDS  NC_008726  2500466  2501722  1257  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  YP_953162  normal  0.240439  decreased coverage  0.00232541  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2343  CDS  NC_008726  2501719  2502558  840  alpha/beta hydrolase fold  YP_953163  normal  0.302019  decreased coverage  0.000831021  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2344  CDS  NC_008726  2502555  2504150  1596  acyl-CoA synthetase  YP_953164  normal  0.657578  decreased coverage  0.0026015  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2350  CDS  NC_008726  2508105  2510369  2265  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  YP_953170  normal  0.78802  decreased coverage  0.00350864  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2395  CDS  NC_008726  2552530  2553132  603  CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase  YP_953215  normal  decreased coverage  0.00298192  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2396  CDS  NC_008726  2553110  2553598  489  CinA domain-containing protein  YP_953216  normal  decreased coverage  0.00298192  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2397  CDS  NC_008726  2553685  2554017  333  XRE family transcriptional regulator  YP_953217  normal  decreased coverage  0.00284023  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2414    NC_008726  2567681  2570843  3163      decreased coverage  0.0058415  normal  0.231807  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2580  CDS  NC_008726  2720687  2722120  1434  gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase  YP_953394  decreased coverage  0.00346459  normal  0.181032  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2886  CDS  NC_008726  3058333  3058680  348  hypothetical protein  YP_953698  decreased coverage  0.00103806  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_2912  CDS  NC_008726  3089800  3090687  888  alpha/beta hydrolase fold  YP_953724  decreased coverage  0.00287314  normal  0.0690104  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_3197  CDS  NC_008726  3401180  3402589  1410  ethanolamine ammonia lyase large subunit  YP_954005  decreased coverage  0.00826129  normal  0.498798  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_3275  CDS  NC_008726  3483864  3484550  687  cytidylate kinase  YP_954079  decreased coverage  0.00480456  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_3310  CDS  NC_008726  3522657  3523580  924  ornithine carbamoyltransferase  YP_954114  decreased coverage  0.00885285  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_3361  CDS  NC_008726  3578063  3580792  2730  DNA polymerase I  YP_954164  decreased coverage  0.00788758  normal  0.41459  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_3482  CDS  NC_008726  3698676  3699380  705  phosphoglycerate mutase  YP_954283  decreased coverage  0.00747944  normal  0.39412  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_3519  CDS  NC_008726  3741749  3742438  690  hypothetical protein  YP_954320  decreased coverage  0.00355999  normal  0.0410879  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_3536  CDS  NC_008726  3761456  3762535  1080  polyprenyl synthetase  YP_954337  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_3575  CDS  NC_008726  3801547  3803079  1533  leucyl aminopeptidase  YP_954375  decreased coverage  0.00437007  normal  0.0600752  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_3588  CDS  NC_008726  3815463  3817406  1944  phage integrase family protein  YP_954386  normal  decreased coverage  0.00892563  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_3671  CDS  NC_008726  3902548  3902802  255  hypothetical protein  YP_954464  decreased coverage  0.00657635  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_3970  CDS  NC_008726  4244371  4245333  963  oxidoreductase domain-containing protein  YP_954753  decreased coverage  0.000828304  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_4083  CDS  NC_008726  4375179  4375931  753  enoyl-CoA hydratase  YP_954866  decreased coverage  0.00898216  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_4102  CDS  NC_008726  4394462  4395682  1221  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_954885  decreased coverage  0.00342341  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_4110  CDS  NC_008726  4411459  4412469  1011  dihydroorotate dehydrogenase 2  YP_954893  decreased coverage  0.000291648  normal  0.122878  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_4270  CDS  NC_008726  4579058  4581280  2223  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  YP_955053  decreased coverage  0.008368  normal  0.652694  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_4483  CDS  NC_008726  4818805  4819398  594  hypothetical protein  YP_955264  decreased coverage  0.000181223  normal  0.0641987  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_4484  CDS  NC_008726  4819395  4820570  1176  ABC transporter-related protein  YP_955265  decreased coverage  0.00113019  normal  0.0744175  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_4638  CDS  NC_008726  4976643  4977536  894  putative nonspecific acid phosphatase precursor  YP_955419  decreased coverage  0.00694651  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_4658  CDS  NC_008726  4998332  4999270  939  pantothenate kinase  YP_955439  decreased coverage  0.00324704  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_4934  CDS  NC_008726  5280645  5281097  453  carboxymuconolactone decarboxylase  YP_955713  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_5116  CDS  NC_008726  5478492  5479004  513  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  YP_955893  decreased coverage  0.00582982  normal  0.597944  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_5366  CDS  NC_008726  5742278  5743468  1191  hypothetical protein  YP_956143  normal  decreased coverage  0.000423531  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_5675  CDS  NC_008726  6065976  6066467  492  hypothetical protein  YP_956446  normal  0.61396  decreased coverage  0.000970762  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_5683  CDS  NC_008726  6071470  6072945  1476  hypothetical protein  YP_956454  normal  decreased coverage  0.00144248  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_5772  CDS  NC_008726  6163099  6164547  1449  hypothetical protein  YP_956543  normal  0.927305  decreased coverage  0.00684565  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mvan_R0007  tRNA  NC_008726  629824  629897  74  tRNA-Gly    decreased coverage  0.00254544  normal  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>