164 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
YpAngola_A0009  CDS  NC_010159  9496  10920  1425  major facilitator transporter  YP_001604654  decreased coverage  2.16435e-07  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0011  CDS  NC_010159  11000  11689  690  GntR family transcriptional regulator  YP_001604655  decreased coverage  1.9573e-07  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0012  CDS  NC_010159  12058  12204  147  hypothetical protein  YP_001604656  decreased coverage  3.67214e-08  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0023  CDS  NC_010159  22982  25780  2799  DNA polymerase I  YP_001604664  decreased coverage  1.03572e-05  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0058  CDS  NC_010159  63622  64431  810  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  YP_001604698  decreased coverage  2.84892e-07  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0124  CDS  NC_010159  127108  127830  723  glutamate racemase  YP_001604760  decreased coverage  2.84892e-07  normal  0.0743553  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0145  CDS  NC_010159  144158  153472  9315  putative phage minor structural protein  YP_001604775  normal  0.520123  decreased coverage  7.41368e-08  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0184  CDS  NC_010159  194705  195913  1209  IS285 transposase  YP_001604811  decreased coverage  3.94328e-05  hitchhiker  0.000122824  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0185  CDS  NC_010159  196310  197650  1341  hypothetical protein  YP_001604812  decreased coverage  0.000162284  hitchhiker  0.000128495  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0255  CDS  NC_010159  266819  267685  867  hypothetical protein  YP_001604875  decreased coverage  3.4151e-06  hitchhiker  2.45089e-07  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0256    NC_010159  267682  268536  855      decreased coverage  2.91424e-06  hitchhiker  6.36928e-08  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0259  CDS  NC_010159  269298  270425  1128  hypothetical protein  YP_001604877  hitchhiker  7.95988e-06  decreased coverage  2.25048e-08  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0261  CDS  NC_010159  271720  272595  876  type II secretion system protein F domain  YP_001604879  decreased coverage  5.64215e-06  hitchhiker  1.75169e-07  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0262  CDS  NC_010159  272592  273425  834  hypothetical protein  YP_001604880  decreased coverage  6.60114e-06  hitchhiker  1.73551e-06  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0345  CDS  NC_010159  359919  360467  549  NUDIX family hydrolase  YP_001604953  decreased coverage  1.16771e-09  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0371  CDS  NC_010159  384591  385814  1224  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  YP_001604979  decreased coverage  1.60641e-08  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0408  CDS  NC_010159  422193  423770  1578  GMP synthase  YP_001605014  hitchhiker  3.76888e-06  decreased coverage  3.08048e-06  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0409  CDS  NC_010159  423955  425502  1548  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  YP_001605015  decreased coverage  7.74513e-07  decreased coverage  7.19153e-06  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0453  CDS  NC_010159  474466  475263  798  thiamine biosynthesis protein ThiF  YP_001605058  normal  decreased coverage  6.99536e-08  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0490  CDS  NC_010159  511015  511893  879  hypothetical protein  YP_001605087  decreased coverage  0.00212165  normal  0.142676  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0499  CDS  NC_010159  519129  519863  735  pili assembly chaperone  YP_001605096  normal  0.298988  decreased coverage  0.000379472  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0500  CDS  NC_010159  519913  521280  1368  hypothetical protein  YP_001605097  normal  0.5659  decreased coverage  0.000668779  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0501  CDS  NC_010159  521297  523924  2628  fimbrial usher protein  YP_001605098  normal  0.316711  decreased coverage  0.00141222  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0503  CDS  NC_010159  524747  525277  531  fimbrial protein  YP_001605100  decreased coverage  0.000550274  hitchhiker  0.00137019  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0504  CDS  NC_010159  526069  526860  792  hypothetical protein  YP_001605101  decreased coverage  8.94372e-05  hitchhiker  0.00102967  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0526  tRNA  NC_010159  550979  551056  78  tRNA-His    decreased coverage  6.39476e-11  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0527  tRNA  NC_010159  551071  551159  89  tRNA-Leu    decreased coverage  7.11336e-11  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0584  CDS  NC_010159  605168  605797  630  50S ribosomal protein L3  YP_001605175  decreased coverage  1.83333e-10  normal  0.0735815  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0585  CDS  NC_010159  605814  606419  606  50S ribosomal protein L4  YP_001605176  decreased coverage  2.07865e-10  normal  0.110437  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0602  CDS  NC_010159  614016  615347  1332  preprotein translocase subunit SecY  YP_001605193  decreased coverage  1.29742e-08  normal  0.608925  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0603  CDS  NC_010159  615645  616001  357  30S ribosomal protein S13  YP_001605194  decreased coverage  1.01509e-09  normal  0.555026  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0624  CDS  NC_010159  631301  631447  147  hypothetical protein  YP_001605215  decreased coverage  6.42261e-10  normal  0.0274111  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0663  CDS  NC_010159  666622  667806  1185  tellurite resistance protein  YP_001605245  decreased coverage  0.000164398  normal  0.444043  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0665  CDS  NC_010159  668316  669353  1038  tellurium resistance protein  YP_001605247  decreased coverage  0.0010291  normal  0.444043  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0703  CDS  NC_010159  711879  712349  471  putative ATPase  YP_001605283  decreased coverage  2.04367e-07  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0732  CDS  NC_010159  744834  745409  576  putative transcriptional regulator  YP_001605309  hitchhiker  0.00595683  decreased coverage  0.00650584  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0733  tRNA  NC_010159  745553  745630  78  tRNA-Phe    hitchhiker  0.00229797  decreased coverage  0.0082117  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0768  CDS  NC_010159  783131  783964  834  Dna-J like membrane chaperone protein  YP_001605343  decreased coverage  1.28794e-09  normal  0.0201885  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0794  CDS  NC_010159  809663  810562  900  transcriptional activator NhaR  YP_001605369  decreased coverage  9.65689e-08  normal  0.230148  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0894  tRNA  NC_010159  916105  916183  79  tRNA-Arg    decreased coverage  3.54268e-11  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0895  tRNA  NC_010159  916261  916339  79  tRNA-Arg    decreased coverage  3.37505e-11  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0896  tRNA  NC_010159  916395  916473  79  tRNA-Arg    decreased coverage  3.79192e-11  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0897  tRNA  NC_010159  916480  916574  95  tRNA-Ser    decreased coverage  4.17881e-11  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0938  CDS  NC_010159  961783  963879  2097  TonB-dependent receptor  YP_001605502  decreased coverage  0.00410623  normal  0.440689  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0983  CDS  NC_010159  1004215  1006449  2235  GDP/GTP pyrophosphokinase  YP_001605545  decreased coverage  4.24886e-08  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A0984    NC_010159  1006459  1006584  126      decreased coverage  1.61904e-07  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1007  CDS  NC_010159  1032369  1032596  228  hypothetical protein  YP_001605568  decreased coverage  4.00454e-08  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1182  CDS  NC_010159  1222312  1226802  4491  insecticidal toxin complex  YP_001605725  normal  decreased coverage  0.000603526  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1197  CDS  NC_010159  1244643  1245638  996  rod shape-determining protein MreC  YP_001605739  decreased coverage  0.000315493  hitchhiker  0.00816148  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1198    NC_010159  1245842  1246885  1044      decreased coverage  5.43988e-05  hitchhiker  0.00888609  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1244  CDS  NC_010159  1298949  1300157  1209  IS285 transposase  YP_001605786  decreased coverage  2.50762e-08  hitchhiker  5.71449e-11  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1246    NC_010159  1300244  1301570  1327      decreased coverage  3.9762e-08  hitchhiker  1.77844e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1247    NC_010159  1301581  1302294  714      decreased coverage  6.23277e-09  hitchhiker  8.15207e-14  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1248  CDS  NC_010159  1302674  1303816  1143  putative mannosyltransferase WbyJ  YP_001605787  hitchhiker  2.03407e-07  decreased coverage  7.99612e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1249    NC_010159  1303940  1305034  1095      hitchhiker  1.32977e-07  decreased coverage  7.54998e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1250  CDS  NC_010159  1305283  1306296  1014  glycosyl transferase WbyK, group 1 family protein  YP_001605788  decreased coverage  1.57678e-08  hitchhiker  1.31869e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1251    NC_010159  1306312  1306830  519      decreased coverage  2.85562e-09  hitchhiker  7.57963e-14  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1252    NC_010159  1307018  1307434  417      decreased coverage  2.22076e-09  hitchhiker  7.3078e-14  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1277  CDS  NC_010159  1336356  1336850  495  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B (rotamase B)  YP_001605812  decreased coverage  3.47159e-09  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1278  CDS  NC_010159  1337061  1338446  1386  cysteinyl-tRNA synthetase  YP_001605813  decreased coverage  5.65226e-07  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1308  CDS  NC_010159  1363453  1366302  2850  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  YP_001605841  decreased coverage  0.00392012  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1356  CDS  NC_010159  1416649  1417578  930  hypothetical protein  YP_001605885  normal  0.0213142  decreased coverage  0.000111043  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1357  CDS  NC_010159  1417993  1418502  510  IS1541 transposase  YP_001605886  normal  0.0501528  decreased coverage  0.000176837  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1376  CDS  NC_010159  1432111  1433772  1662  recombination and repair protein  YP_001605902  decreased coverage  1.00313e-08  normal  0.0248594  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1377  CDS  NC_010159  1433859  1434740  882  inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase  YP_001605903  decreased coverage  7.79832e-10  normal  0.0588551  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1396  CDS  NC_010159  1453766  1454932  1167  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  YP_001605921  decreased coverage  1.30996e-05  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1397  CDS  NC_010159  1455052  1456344  1293  translocation protein TolB  YP_001605922  decreased coverage  1.87657e-09  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1447  CDS  NC_010159  1501734  1502885  1152  beta-lactam binding protein AmpH  YP_001605964  decreased coverage  0.000414942  normal  0.794569  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1448  CDS  NC_010159  1501627  1501740  114  hypothetical protein  YP_001605963  decreased coverage  0.000108367  normal  0.748706  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1528  CDS  NC_010159  1577897  1578346  450  hypothetical protein  YP_001606037  decreased coverage  1.20426e-05  normal  0.0330605  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1529  CDS  NC_010159  1578891  1579367  477  pH 6 antigen precursor  YP_001606038  decreased coverage  1.25049e-05  normal  0.0204807  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1530  CDS  NC_010159  1579494  1580315  822  chaperone protein PsaB precursor  YP_001606039  decreased coverage  2.77957e-05  normal  0.0151187  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1678  tRNA  NC_010159  1730327  1730404  78  tRNA-Asn    decreased coverage  7.5386e-11  normal  0.180154  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1689  tRNA  NC_010159  1741330  1741407  78  tRNA-Asn    decreased coverage  3.9429e-11  normal  0.0295591  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1726  CDS  NC_010159  1777256  1778602  1347  hypothetical protein  YP_001606220  decreased coverage  1.34865e-06  hitchhiker  0.000530278  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1727    NC_010159  1779010  1782297  3288      decreased coverage  1.08851e-06  hitchhiker  0.000202332  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1751    NC_010159  1811912  1813591  1680      normal  decreased coverage  5.44757e-07  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1853  CDS  NC_010159  1921530  1921793  264  hypothetical protein  YP_001606340  decreased coverage  3.4763e-07  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1883    NC_010159  1958151  1959007  857      normal  0.117983  decreased coverage  1.48606e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1884  CDS  NC_010159  1959000  1959401  402  hypothetical protein  YP_001606369  normal  0.0975125  decreased coverage  1.04194e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1886  CDS  NC_010159  1960642  1960890  249  hypothetical protein  YP_001606371  decreased coverage  0.00636068  hitchhiker  0.000104938  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1887  CDS  NC_010159  1960932  1961171  240  hypothetical protein  YP_001606372  decreased coverage  0.0059977  hitchhiker  9.44433e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1916  CDS  NC_010159  1991057  1991590  534  protoporphyrinogen oxidase  YP_001606397  decreased coverage  1.7226e-07  normal  0.191063  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1953  CDS  NC_010159  2030318  2031604  1287  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  YP_001606427  decreased coverage  3.47896e-09  normal  0.405463  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A1979  CDS  NC_010159  2060928  2062010  1083  outer membrane protein F  YP_001606452  decreased coverage  2.61923e-05  normal  0.629044  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2063  CDS  NC_010159  2145593  2146552  960  transposase  YP_001606527  hitchhiker  4.6959e-08  decreased coverage  2.44555e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2064  CDS  NC_010159  2146624  2147070  447  hypothetical protein  YP_001606528  hitchhiker  3.38924e-07  decreased coverage  2.08115e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2065  CDS  NC_010159  2147154  2147294  141  hypothetical protein  YP_001606529  hitchhiker  8.35722e-07  decreased coverage  1.57116e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2072    NC_010159  2150248  2150973  726      hitchhiker  0.000561029  decreased coverage  2.37293e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2105  tRNA  NC_010159  2197997  2198074  78  tRNA-Asn    decreased coverage  6.27043e-06  normal  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2159  CDS  NC_010159  2256939  2257940  1002  oligopeptide transport ATP-binding protein  YP_001606611  decreased coverage  0.00546678  normal  0.0666705  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2228  CDS  NC_010159  2329746  2330720  975  transcriptional regulator CysB  YP_001606673  decreased coverage  5.87269e-08  hitchhiker  0.00110252  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2229  CDS  NC_010159  2331056  2331913  858  hypothetical protein  YP_001606674  hitchhiker  2.08535e-06  decreased coverage  0.000273004  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2230  CDS  NC_010159  2332277  2334949  2673  aconitate hydratase  YP_001606675  hitchhiker  7.44692e-05  decreased coverage  0.000375286  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2233  CDS  NC_010159  2337139  2337450  312  hypothetical protein  YP_001606678  decreased coverage  1.93542e-08  hitchhiker  0.00232657  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2247  CDS  NC_010159  2351410  2352051  642  endonuclease III  YP_001606692  decreased coverage  6.50328e-05  normal  0.36112  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2248  CDS  NC_010159  2352048  2352749  702  electron transport complex RsxE subunit  YP_001606693  decreased coverage  8.87941e-05  normal  0.482499  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2338    NC_010159  2452294  2452923  630      decreased coverage  1.53967e-07  hitchhiker  0.0087093  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2346  CDS  NC_010159  2459295  2461145  1851  protease 4  YP_001606775  hitchhiker  1.06232e-06  decreased coverage  0.00400443  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
YpAngola_A2348  CDS  NC_010159  2462293  2462940  648  nicotinamidase/pyrazinamidase  YP_001606777  decreased coverage  2.99891e-10  normal  0.0437872  Yersinia pestis Angola  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>