88 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Bamb_0091  CDS  NC_008390  102009  102857  849  F0F1 ATP synthase subunit A  YP_771986  decreased coverage  0.000844383  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_0252  CDS  NC_008390  298436  299626  1191  elongation factor Tu  YP_772146  decreased coverage  2.68752e-05  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_0277  CDS  NC_008390  324632  325000  369  50S ribosomal protein L14  YP_772171  decreased coverage  6.32835e-06  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_0278  CDS  NC_008390  325010  325318  309  50S ribosomal protein L24  YP_772172  decreased coverage  6.98437e-06  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_0381  CDS  NC_008390  425833  426348  516  hypothetical protein  YP_772274  decreased coverage  0.00433333  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_0382  CDS  NC_008390  426364  427854  1491  hypothetical protein  YP_772275  decreased coverage  0.000637648  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_0828  CDS  NC_008390  914140  915387  1248  extracellular solute-binding protein  YP_772721  decreased coverage  0.00532301  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_1165  CDS  NC_008390  1272540  1274129  1590  lytic transglycosylase, catalytic  YP_773057  decreased coverage  3.46061e-06  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_1193  CDS  NC_008390  1307685  1309355  1671  hypothetical protein  YP_773085  decreased coverage  0.000362542  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_1639  CDS  NC_008390  1813303  1814643  1341  amino acid permease-associated region  YP_773530  decreased coverage  0.00236467  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_1848  CDS  NC_008390  2032541  2032909  369  hypothetical protein  YP_773738  decreased coverage  0.0017944  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_1884  CDS  NC_008390  2064803  2065165  363  hypothetical protein  YP_773774  decreased coverage  1.88167e-06  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_1885  CDS  NC_008390  2065165  2066763  1599  hypothetical protein  YP_773775  decreased coverage  5.51377e-05  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_1887  CDS  NC_008390  2070253  2070744  492  hypothetical protein  YP_773777  decreased coverage  0.000134466  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_1888  CDS  NC_008390  2070856  2071785  930  HvnB; halovibrin  YP_773778  decreased coverage  0.000699147  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_1927  CDS  NC_008390  2122178  2123539  1362  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  YP_773817  decreased coverage  0.000286797  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_2088  CDS  NC_008390  2291929  2293338  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_773978  decreased coverage  1.51116e-06  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_2128  CDS  NC_008390  2340970  2341215  246  hypothetical protein  YP_774018  decreased coverage  0.00480031  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_2153  CDS  NC_008390  2364956  2366653  1698  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  YP_774043  decreased coverage  0.000147893  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_2404  CDS  NC_008390  2651886  2652149  264  hypothetical protein  YP_774294  decreased coverage  0.00107608  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_2673  CDS  NC_008390  2944325  2945389  1065  fructose-1,6-bisphosphate aldolase  YP_774563  decreased coverage  0.000776519  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_2702  CDS  NC_008390  2976681  2978339  1659  major facilitator transporter  YP_774592  decreased coverage  0.00241693  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_2862  CDS  NC_008390  3156491  3157453  963  ribose-phosphate pyrophosphokinase  YP_774752  decreased coverage  3.66656e-05  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3167  CDS  NC_008390  3501124  3501636  513  rod shape-determining protein MreD  YP_775057  decreased coverage  0.00609809  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3240    NC_008391  19968  20335  368      normal  decreased coverage  0.00859111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3246  CDS  NC_008391  27648  28517  870  3-mercaptopyruvate sulfurtransferase  YP_775135  normal  decreased coverage  0.0068458  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3260  CDS  NC_008391  43648  44415  768  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_775149  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3269  CDS  NC_008391  55728  56750  1023  porin  YP_775158  decreased coverage  0.00595502  normal  0.572597  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3436  CDS  NC_008391  231076  232632  1557  major facilitator transporter  YP_775324  decreased coverage  0.00141924  normal  0.0811342  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3514  CDS  NC_008391  324593  326686  2094  polysaccharide deacetylase  YP_775402  decreased coverage  0.000898006  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3566  CDS  NC_008391  390207  391538  1332  major facilitator transporter  YP_775454  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3575  CDS  NC_008391  400469  401296  828  peptidase M55, D-aminopeptidase  YP_775463  decreased coverage  0.00281601  normal  0.133258  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3589  CDS  NC_008391  416436  419267  2832  hypothetical protein  YP_775477  decreased coverage  0.00513024  normal  0.358288  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3649  CDS  NC_008391  495193  497085  1893  peptidoglycan glycosyltransferase  YP_775537  decreased coverage  0.00810793  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3768  CDS  NC_008391  628122  629243  1122  extracellular ligand-binding receptor  YP_775656  decreased coverage  1.14958e-07  normal  0.108164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3936  CDS  NC_008391  829760  832363  2604  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  YP_775824  decreased coverage  0.00309412  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3976  CDS  NC_008391  878477  879001  525  DoxX family protein  YP_775864  normal  0.603426  decreased coverage  0.00896237  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4061  CDS  NC_008391  981311  982291  981  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  YP_775948  decreased coverage  0.00627715  normal  0.237029  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4252  CDS  NC_008391  1177822  1178166  345  hypothetical protein  YP_776139  normal  0.122458  decreased coverage  0.00323313  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4253  CDS  NC_008391  1178599  1178943  345  hypothetical protein  YP_776140  normal  0.25043  decreased coverage  0.00313283  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4254  CDS  NC_008391  1178945  1179985  1041  hypothetical protein  YP_776141  normal  0.449533  decreased coverage  0.00371424  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4359  CDS  NC_008391  1285568  1285936  369  antibiotic biosynthesis monooxygenase  YP_776245  decreased coverage  1.89574e-08  unclonable  4.50981e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4605  CDS  NC_008391  1570611  1571297  687  cytochrome c, class I  YP_776489  decreased coverage  0.0013993  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4606  CDS  NC_008391  1571294  1572223  930  cytochrome c, class I  YP_776490  decreased coverage  0.000163718  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4687  CDS  NC_008391  1671479  1672654  1176  ABC transporter related  YP_776571  decreased coverage  0.00669309  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4702  CDS  NC_008391  1691472  1692152  681  hypothetical protein  YP_776586  decreased coverage  0.00553142  normal  0.459549  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4786  CDS  NC_008391  1778997  1780004  1008  hypothetical protein  YP_776669  decreased coverage  3.05274e-07  normal  0.869518  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5058  CDS  NC_008391  2075820  2077967  2148  TonB-dependent siderophore receptor  YP_776941  decreased coverage  0.00424318  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5104  CDS  NC_008391  2131355  2132392  1038  histone deacetylase superfamily protein  YP_776987  normal  decreased coverage  0.00214422  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5105  CDS  NC_008391  2132462  2133607  1146  extracellular ligand-binding receptor  YP_776988  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5106  CDS  NC_008391  2133657  2134535  879  MscS mechanosensitive ion channel  YP_776989  normal  0.0140126  decreased coverage  0.0019989  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5107  CDS  NC_008391  2135200  2136237  1038  peptidase M23B  YP_776990  decreased coverage  8.71581e-05  decreased coverage  0.00235334  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5204  CDS  NC_008391  2238146  2238478  333  hypothetical protein  YP_777086  decreased coverage  5.69452e-05  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5205  CDS  NC_008391  2238479  2238736  258  PAAR repeat-containing protein  YP_777087  decreased coverage  4.29039e-05  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5206  CDS  NC_008391  2238803  2240143  1341  hypothetical protein  YP_777088  decreased coverage  0.000638061  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5420  CDS  NC_008391  2467474  2469705  2232  TonB-dependent siderophore receptor  YP_777301  decreased coverage  0.00589363  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5591  CDS  NC_008392  20229  23642  3414  trehalose synthase  YP_777472  decreased coverage  0.00664495  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5634  CDS  NC_008392  67629  68240  612  hypothetical protein  YP_777515  decreased coverage  0.00782523  normal  0.0387967  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5647  CDS  NC_008392  81261  82211  951  glycosyl transferase, group 1  YP_777528  decreased coverage  0.00735071  normal  0.258712  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5902  CDS  NC_008392  384361  384921  561  Rossmann fold nucleotide-binding protein-like protein  YP_777781  decreased coverage  0.000787864  hitchhiker  0.00615481  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5908  CDS  NC_008392  389997  391070  1074  porin  YP_777787  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5909  CDS  NC_008392  391183  392814  1632  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  YP_777788  normal  0.0340398  decreased coverage  0.00203075  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5910  CDS  NC_008392  393560  394273  714  LuxR family transcriptional regulator  YP_777789  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5911  CDS  NC_008392  394310  394657  348  LuxR family transcriptional regulator  YP_777790  normal  0.116094  decreased coverage  0.00152039  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5912  CDS  NC_008392  394800  395627  828  xylose isomerase domain-containing protein  YP_777791  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5913  CDS  NC_008392  395624  396538  915  shikimate 5-dehydrogenase  YP_777792  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5914  CDS  NC_008392  396586  397599  1014  alcohol dehydrogenase  YP_777793  normal  0.96705  decreased coverage  0.00164429  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5915  CDS  NC_008392  397596  399134  1539  condensation domain-containing protein  YP_777794  normal  0.416497  decreased coverage  0.00198316  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5916  CDS  NC_008392  399149  400390  1242  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  YP_777795  normal  0.628752  decreased coverage  0.00179215  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5917  CDS  NC_008392  400483  401430  948  phosphopantetheine-binding  YP_777796  normal  decreased coverage  0.00147293  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5918  CDS  NC_008392  401424  402482  1059  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  YP_777797  normal  decreased coverage  0.00164429  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5919  CDS  NC_008392  402538  409929  7392  beta-ketoacyl synthase  YP_777798  normal  decreased coverage  0.00253672  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5928  CDS  NC_008392  455620  457167  1548  FAD dependent oxidoreductase  YP_777807  decreased coverage  0.00202441  hitchhiker  0.00883605  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_6049  CDS  NC_008392  609716  610642  927  chlorinating enzyme  YP_777927  decreased coverage  0.00398666  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_6050  CDS  NC_008392  610721  610969  249  acyl carrier protein  YP_777928  decreased coverage  0.00630342  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_6128  CDS  NC_008392  689072  689326  255  hypothetical protein  YP_778006  normal  decreased coverage  0.00902758  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_6132  CDS  NC_008392  692436  693449  1014  ABC transporter related  YP_778010  normal  0.756648  decreased coverage  0.00989011  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_6133  CDS  NC_008392  693463  694536  1074  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  YP_778011  normal  0.165198  decreased coverage  0.00922022  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_6290  CDS  NC_008392  884484  885884  1401  AAA ATPase  YP_778168  decreased coverage  0.00474888  normal  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_6506  CDS  NC_008392  1191024  1192661  1638  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_778384  decreased coverage  0.00389964  normal  0.364964  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_6635  CDS  NC_008385  42600  43562  963  conjugal transfer ATPase TrbB  YP_771712  decreased coverage  1.277e-14  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_R0003  rRNA  NC_008390  14918  16443  1526  16S ribosomal RNA    decreased coverage  1.45483e-06  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_R0014  tRNA  NC_008390  298297  298371  75  tRNA-Thr    decreased coverage  2.7785e-07  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_R0035  tRNA  NC_008390  1110837  1110912  76  tRNA-Gly    decreased coverage  0.000173498  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_R0057  tRNA  NC_008390  2291510  2291585  76  tRNA-Glu    decreased coverage  3.45066e-09  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_R0058  tRNA  NC_008390  2291725  2291800  76  tRNA-Ala    decreased coverage  3.48439e-09  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_R0073  tRNA  NC_008390  2978457  2978533  77  tRNA-Met    decreased coverage  8.40179e-05  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_R0076  tRNA  NC_008390  3526870  3526945  76  tRNA-Lys    decreased coverage  8.22229e-05  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>