87 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Pcar_0060  CDS  NC_007498  73169  74404  1236  NAD(P)H-nitrite reductase  YP_355493  decreased coverage  2.45613e-15  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0073  CDS  NC_007498  88700  89908  1209  hypothetical protein  YP_355506  decreased coverage  5.56225e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0178  CDS  NC_007498  224570  225730  1161  Na+/H+ antiporter  YP_355609  decreased coverage  5.77111e-10  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0195  CDS  NC_007498  249191  251152  1962  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  YP_355626  decreased coverage  8.28696e-16  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0324  CDS  NC_007498  406050  407456  1407  fumarate hydratase  YP_355754  decreased coverage  6.86166e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0326  CDS  NC_007498  408304  409575  1272  seryl-tRNA synthetase  YP_355756  decreased coverage  4.81003e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0429  CDS  NC_007498  521925  524387  2463  uncharacterized NAD(FAD)-dependent dehydrogenase  YP_355859  decreased coverage  6.01829e-12  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0454  CDS  NC_007498  552419  554359  1941  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  YP_355884  decreased coverage  1.08252e-11  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0594  CDS  NC_007498  723612  724232  621  hypothetical protein  YP_356023  decreased coverage  3.40048e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0595  CDS  NC_007498  724351  724857  507  hypothetical protein  YP_356024  decreased coverage  1.53184e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0601  CDS  NC_007498  733434  733868  435  hypothetical protein  YP_356030  decreased coverage  7.37511e-18  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0602  CDS  NC_007498  733966  734664  699  endonuclease V (deoxyinosine 3'endoduclease)  YP_356031  decreased coverage  7.42515e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0615  CDS  NC_007498  745460  745741  282  hypothetical protein  YP_356044  decreased coverage  1.80178e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0635  CDS  NC_007498  766412  767788  1377  hypothetical protein  YP_356064  decreased coverage  5.4678e-16  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0686  CDS  NC_007498  835370  836569  1200  elongation factor Tu  YP_356115  decreased coverage  2.23848e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0687  CDS  NC_007498  836631  836780  150  50S ribosomal protein L33  YP_356116  decreased coverage  1.71316e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0688  CDS  NC_007498  836937  837125  189  putative SecE preprotein translocase subunit  YP_356117  decreased coverage  2.83624e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0689  CDS  NC_007498  837144  837677  534  transcription termination/antitermination factor NusG  YP_356118  decreased coverage  4.80311e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0690  CDS  NC_007498  837716  838138  423  50S ribosomal protein L11  YP_356119  decreased coverage  2.87435e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0740  CDS  NC_007498  879435  879821  387  DNA uptake/competence protein  YP_356169  decreased coverage  5.49772e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0741  CDS  NC_007498  879894  880250  357  septum formation initiator  YP_356170  decreased coverage  4.83679e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0766  CDS  NC_007498  907459  907824  366  two component signal transduction response regulator  YP_356195  decreased coverage  2.87435e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0807  CDS  NC_007498  952060  952950  891  hypothetical protein  YP_356234  decreased coverage  1.54491e-07  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0826  CDS  NC_007498  976365  977198  834  ABC-type phosphate transport system, periplasmic component  YP_356253  decreased coverage  1.92452e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0852  CDS  NC_007498  1005192  1007093  1902  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  YP_356278  decreased coverage  2.58389e-06  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0883  CDS  NC_007498  1039425  1039661  237  Fe2+ transport system protein A  YP_356308  decreased coverage  7.45699e-13  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0892  CDS  NC_007498  1049745  1050023  279  hypothetical protein  YP_356317  decreased coverage  2.86741e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0938  CDS  NC_007498  1106333  1107724  1392  hypothetical protein  YP_356361  decreased coverage  4.47305e-09  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0939  CDS  NC_007498  1107918  1109108  1191  putative homoserine kinase type II  YP_356362  decreased coverage  1.21623e-12  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1006  CDS  NC_007498  1177685  1178917  1233  aspartate kinase  YP_356427  decreased coverage  4.23126e-08  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1015  CDS  NC_007498  1189947  1191413  1467  outer membrane protein  YP_356436  decreased coverage  1.22355e-16  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1027  CDS  NC_007498  1203559  1204521  963  fructose-1,6-bisphosphatase  YP_356447  decreased coverage  1.02959e-16  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1103  CDS  NC_007498  1299067  1301247  2181  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  YP_356522  decreased coverage  4.32194e-05  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1212  CDS  NC_007498  1419582  1420892  1311  Zn-dependent protease, putative  YP_356631  decreased coverage  7.76404e-13  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1339  CDS  NC_007498  1565733  1566788  1056  hypothetical protein  YP_356758  decreased coverage  5.14621e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1375  CDS  NC_007498  1611986  1614430  2445  DNA repair ATPase  YP_356792  decreased coverage  3.66162e-10  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1395  CDS  NC_007498  1636627  1637895  1269  hypothetical protein  YP_356811  decreased coverage  2.60266e-05  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1403  CDS  NC_007498  1648653  1649351  699  RNase III  YP_356819  decreased coverage  7.49592e-05  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1404  CDS  NC_007498  1649442  1650479  1038  radical SAM protein, putative histone acetyltransferase  YP_356820  decreased coverage  2.66579e-06  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1457  CDS  NC_007498  1701564  1702130  567  transcriptional regulator  YP_356873  decreased coverage  2.96188e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1516  CDS  NC_007498  1774859  1777954  3096  pectate lyase protein  YP_356932  decreased coverage  2.06035e-09  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1553  CDS  NC_007498  1817979  1819199  1221  transcription elongation factor NusA  YP_356968  decreased coverage  8.02973e-18  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1644  CDS  NC_007498  1918175  1918438  264  hypothetical protein  YP_357058  decreased coverage  1.55903e-14  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1651  CDS  NC_007498  1928399  1929202  804  dioxygenase  YP_357065  decreased coverage  9.23672e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1652  CDS  NC_007498  1929625  1931655  2031  hypothetical protein  YP_357066  decreased coverage  1.85547e-14  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1669  CDS  NC_007498  1949689  1949913  225  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  YP_357083  decreased coverage  8.80334e-13  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1710  CDS  NC_007498  1997710  1998093  384  hypothetical protein  YP_357123  decreased coverage  5.49772e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1717  CDS  NC_007498  2008745  2009137  393  hypothetical protein  YP_357130  decreased coverage  1.6011e-14  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1764  CDS  NC_007498  2060107  2061954  1848  heat shock protein 90  YP_357177  decreased coverage  4.44601e-11  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1824  CDS  NC_007498  2135488  2135940  453  SsrA-binding protein  YP_357235  decreased coverage  4.70623e-09  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1825  CDS  NC_007498  2135930  2136400  471  positive regulator of sigma E activity  YP_357236  decreased coverage  8.01133e-09  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1873  CDS  NC_007498  2188068  2189633  1566  hypothetical protein  YP_357284  decreased coverage  1.00595e-16  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1882  CDS  NC_007498  2195202  2196923  1722  30S ribosomal protein S1  YP_357293  decreased coverage  6.48438e-16  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1893  CDS  NC_007498  2208598  2208909  312  preprotein translocase, YajC subunit  YP_357304  decreased coverage  2.49225e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1894  CDS  NC_007498  2208997  2210064  1068  queuine tRNA-ribosyltransferase  YP_357305  decreased coverage  1.38291e-18  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1899  CDS  NC_007498  2214925  2215317  393  30S ribosomal protein S9  YP_357310  decreased coverage  3.13039e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1967  CDS  NC_007498  2288457  2288918  462  hypothetical protein  YP_357378  decreased coverage  2.2743e-09  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2005  CDS  NC_007498  2336577  2337419  843  4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase  YP_357416  decreased coverage  1.92369e-14  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2027  CDS  NC_007498  2358840  2359133  294  hypothetical protein  YP_357438  decreased coverage  4.98926e-09  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2087  CDS  NC_007498  2433010  2433993  984  molybdate ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  YP_357497  decreased coverage  8.28403e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2136  CDS  NC_007498  2488369  2488980  612  pilus assembly protein, PilO-like  YP_357545  decreased coverage  4.60184e-13  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2162  CDS  NC_007498  2520636  2521817  1182  hypothetical protein  YP_357571  decreased coverage  7.25543e-15  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2184  CDS  NC_007498  2550159  2551427  1269  permease  YP_357593  decreased coverage  2.23848e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2261  CDS  NC_007498  2640943  2641257  315  ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS  YP_357670  decreased coverage  1.49249e-14  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2283  CDS  NC_007498  2665161  2666357  1197  3-phosphoserine phosphatase  YP_357692  decreased coverage  7.52134e-07  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2314  CDS  NC_007498  2703145  2705769  2625  sensory box/GGDEF family protein  YP_357723  decreased coverage  1.24214e-12  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2354  CDS  NC_007498  2763281  2764699  1419  cell division membrane protein  YP_357763  decreased coverage  7.63762e-15  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2370  CDS  NC_007498  2791866  2792066  201  cold shock proteins  YP_357779  decreased coverage  6.71289e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2420  CDS  NC_007498  2847352  2848605  1254  diaminopimelate decarboxylase  YP_357829  decreased coverage  1.04804e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2471  CDS  NC_007498  2911981  2913117  1137  peptidase T  YP_357880  decreased coverage  0.00972327  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2603  CDS  NC_007498  3055018  3055395  378  hypothetical protein  YP_358011  decreased coverage  6.32183e-09  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2634  CDS  NC_007498  3086573  3088207  1635  ABC-type transport system, ATPase component  YP_358042  decreased coverage  2.85179e-09  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2872  CDS  NC_007498  3357239  3358900  1662  hydroxylamine reductase  YP_358277  decreased coverage  2.95577e-07  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2883  CDS  NC_007498  3370593  3371075  483  hypothetical protein  YP_358288  decreased coverage  9.7647e-10  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2965  CDS  NC_007498  3474114  3475415  1302  putative peptidase  YP_358370  decreased coverage  7.53312e-14  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2988  CDS  NC_007498  3497105  3499525  2421  putative small-conductance mechanosensitive channel  YP_358393  decreased coverage  5.10417e-13  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_3016  CDS  NC_007498  3529705  3529959  255  hypothetical protein  YP_358421  decreased coverage  4.93406e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_3164  CDS  NC_007498  215844  216113  270  hypothetical protein  YP_842106  decreased coverage  2.54238e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_3181  CDS  NC_007498  368943  369335  393  hypothetical protein  YP_842122  decreased coverage  1.74952e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_3198  CDS  NC_007498  512406  512627  222  hypothetical protein  YP_842139  decreased coverage  5.08147e-14  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_R0005  tRNA  NC_007498  409594  409679  86  tRNA-Ser    decreased coverage  1.87296e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_R0006  tRNA  NC_007498  409807  409900  94  tRNA-Ser    decreased coverage  1.71316e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_R0007  tRNA  NC_007498  409987  410063  77  tRNA-Arg    decreased coverage  1.35256e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_R0016  tRNA  NC_007498  835175  835250  76  tRNA-Thr    decreased coverage  1.35256e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_R0017  tRNA  NC_007498  836832  836908  77  tRNA-Trp    decreased coverage  9.66883e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_R0037  tRNA  NC_007498  1929459  1929532  74  tRNA-Cys    decreased coverage  2.21352e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_R0046  tRNA  NC_007498  2336448  2336522  75  tRNA-Gln    decreased coverage  6.53716e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>