69 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Bcen_0017  CDS  NC_008060  17297  18670  1374  general secretion pathway L  YP_619906  decreased coverage  0.00266304  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_0314  CDS  NC_008060  351916  352266  351  XRE family transcriptional regulator  YP_620199  decreased coverage  2.14612e-05  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_0377  CDS  NC_008060  417821  418114  294  co-chaperonin GroES  YP_620262  decreased coverage  0.00305942  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_0526    NC_008060  567879  568151  273      decreased coverage  2.79589e-09  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_0898  CDS  NC_008060  975698  976927  1230  endo-1,4-D-glucanase  YP_620780  decreased coverage  0.000507081  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_0942  CDS  NC_008060  1026824  1027750  927  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  YP_620824  decreased coverage  0.000643298  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_0956  CDS  NC_008060  1041838  1044225  2388  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  YP_620838  decreased coverage  0.00439356  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_0964  CDS  NC_008060  1055574  1056449  876  secretion protein HlyD  YP_620846  decreased coverage  0.000197103  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_1065  CDS  NC_008060  1165128  1166117  990  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  YP_620945  decreased coverage  0.000288934  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_1368  CDS  NC_008060  1504555  1505412  858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_621247  decreased coverage  0.00277313  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_1468  CDS  NC_008060  1626600  1628036  1437  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  YP_621347  decreased coverage  0.00759632  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_1474  CDS  NC_008060  1635419  1636636  1218  major facilitator transporter  YP_621353  decreased coverage  0.00116593  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2044  CDS  NC_008060  2257491  2259149  1659  major facilitator transporter  YP_621918  decreased coverage  0.00306223  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2187  CDS  NC_008060  2413493  2414374  882  4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase  YP_622061  decreased coverage  0.00895693  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2207  CDS  NC_008060  2434384  2436153  1770  phosphotransferase system, N-acetylglucosamine-specific IIBC component  YP_622081  decreased coverage  0.00438569  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2324  CDS  NC_008060  2563182  2564468  1287  diguanylate phosphodiesterase  YP_622198  decreased coverage  0.00890506  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2454  CDS  NC_008060  2699318  2699776  459  flagellar export FliJ  YP_622326  decreased coverage  0.00422371  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2479  CDS  NC_008060  2723538  2724080  543  response regulator receiver protein  YP_622351  decreased coverage  0.000248912  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2506  CDS  NC_008060  2751529  2752230  702  response regulator receiver protein  YP_622378  decreased coverage  0.000665817  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2540  CDS  NC_008060  2791851  2792264  414  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_622412  decreased coverage  3.10756e-09  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2614  CDS  NC_008060  2874630  2875550  921  LysR family transcriptional regulator  YP_622485  decreased coverage  0.00915901  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2637  CDS  NC_008060  2903912  2904415  504  hypothetical protein  YP_622508  decreased coverage  0.0034666  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2638  CDS  NC_008060  2904486  2905976  1491  hypothetical protein  YP_622509  decreased coverage  0.000879955  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2689  CDS  NC_008060  2956301  2956945  645  toluene tolerance  YP_622560  decreased coverage  0.000795004  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2716  CDS  NC_008060  2988455  2989570  1116  Type IV pilus secretin PilQ  YP_622587  decreased coverage  0.00921837  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2747  CDS  NC_008060  3014573  3015112  540  50S ribosomal protein L5  YP_622618  decreased coverage  5.41719e-09  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2757  CDS  NC_008060  3019286  3019600  315  50S ribosomal protein L23  YP_622628  decreased coverage  3.00049e-08  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2758  CDS  NC_008060  3019597  3020217  621  50S ribosomal protein L4  YP_622629  decreased coverage  1.7353e-07  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2944  CDS  NC_008060  3252215  3253393  1179  uroporphyrinogen decarboxylase  YP_622813  decreased coverage  0.0032555  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_2955  CDS  NC_008060  3262977  3263828  852  F0F1 ATP synthase subunit A  YP_622824  decreased coverage  0.00187227  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_3217  CDS  NC_008061  280877  281176  300  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  YP_623085  decreased coverage  0.00204366  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_3230  CDS  NC_008061  294653  295498  846  hypothetical protein  YP_623098  decreased coverage  0.00477768  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_3243  CDS  NC_008061  317648  319981  2334  TonB-dependent receptor  YP_623111  decreased coverage  0.00716389  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_3487  CDS  NC_008061  599865  600488  624  haloacid dehalogenase-like hydrolase  YP_623354  decreased coverage  0.00401487  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_3489  CDS  NC_008061  600801  601061  261  prevent-host-death protein  YP_623356  decreased coverage  0.00502392  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_3518  CDS  NC_008061  629410  630039  630  Type III secretion system HrpE/YscL  YP_623385  decreased coverage  0.00253777  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_3647  CDS  NC_008061  773747  774796  1050  multidrug resistance protein MdtN  YP_623512  decreased coverage  0.00582079  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_3908  CDS  NC_008061  1066464  1066712  249  hypothetical protein  YP_623770  decreased coverage  0.0064026  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_3909  CDS  NC_008061  1066924  1067223  300  hypothetical protein  YP_623771  decreased coverage  0.00657063  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_3933  CDS  NC_008061  1098490  1099584  1095  alkanesulfonate monooxygenase  YP_623795  decreased coverage  0.00336425  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_4142  CDS  NC_008061  1325190  1326968  1779  glucose-methanol-choline oxidoreductase  YP_624004  decreased coverage  0.00267636  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_4143  CDS  NC_008061  1326968  1327759  792  hypothetical protein  YP_624005  decreased coverage  0.00393741  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_4334  CDS  NC_008061  1557328  1557879  552  hypothetical protein  YP_624193  decreased coverage  0.00217512  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_4806  CDS  NC_008061  2074734  2075603  870  hypothetical protein  YP_624658  decreased coverage  0.000591229  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_4972  CDS  NC_008061  2240172  2240660  489  hypothetical protein  YP_624820  decreased coverage  0.00226838  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5136  CDS  NC_008061  2420039  2422276  2238  hypothetical protein  YP_624983  decreased coverage  0.00343987  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5210  CDS  NC_008061  2503040  2503978  939  outer membrane protein (porin)  YP_625057  decreased coverage  0.00719172  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5315  CDS  NC_008061  2612508  2612819  312  hypothetical protein  YP_625162  decreased coverage  0.00430753  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5361  CDS  NC_008061  2663907  2665094  1188  N-acylglucosamine 2-epimerase  YP_625207  decreased coverage  0.00978655  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5435  CDS  NC_008061  2739655  2740812  1158  porin  YP_625281  decreased coverage  0.00368116  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5468  CDS  NC_008061  2772508  2773659  1152  porin  YP_625314  decreased coverage  0.00161783  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5493  CDS  NC_008062  13187  14395  1209  response regulator receiver protein  YP_625338  decreased coverage  0.00416697  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5613  CDS  NC_008062  141678  142769  1092  porin  YP_625455  decreased coverage  2.12183e-06  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5614  CDS  NC_008062  143039  143797  759  hypothetical protein  YP_625456  decreased coverage  4.37169e-07  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5626  CDS  NC_008062  157953  159467  1515  ABC transporter related  YP_625468  decreased coverage  0.000841006  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5778  CDS  NC_008062  321777  322937  1161  hypothetical protein  YP_625618  decreased coverage  0.009732  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5900  CDS  NC_008062  465312  466544  1233  major facilitator transporter  YP_625738  decreased coverage  0.00598208  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5936  CDS  NC_008062  511287  513374  2088  oligopeptidase A  YP_625774  decreased coverage  0.00788443  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_5942  CDS  NC_008062  522895  524661  1767  dihydrolipoamide dehydrogenase  YP_625780  decreased coverage  0.00253524  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_6037  CDS  NC_008062  625956  627263  1308  lysophospholipid transporter LplT  YP_625875  decreased coverage  0.00485648  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_6364  CDS  NC_008062  981902  982333  432  biopolymer transport protein ExbD/TolR  YP_626200  decreased coverage  0.00896769  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_6412  CDS  NC_008062  1038269  1039156  888  inner-membrane translocator  YP_626247  decreased coverage  0.00673549  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_6413  CDS  NC_008062  1039153  1039938  786  ABC transporter related  YP_626248  decreased coverage  0.00239235  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_R0007  tRNA  NC_008060  352508  352584  77  tRNA-Lys    decreased coverage  3.17912e-05  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_R0049  tRNA  NC_008060  2751393  2751468  76  tRNA-Phe    decreased coverage  0.000790035  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_R0050  tRNA  NC_008060  2770392  2770467  76  tRNA-Lys    decreased coverage  0.00633493  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_R0059  tRNA  NC_008060  3042119  3042193  75  tRNA-Thr    decreased coverage  5.79728e-08  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_R0060  tRNA  NC_008060  3042216  3042289  74  tRNA-Gly    decreased coverage  6.11366e-08  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Bcen_R0061  tRNA  NC_008060  3042333  3042418  86  tRNA-Tyr    decreased coverage  7.82814e-08  n/a    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>