80 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
EcHS_A0025  CDS  NC_009800  24111  24374  264  30S ribosomal protein S20  YP_001456808  decreased coverage  3.87642e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0100  CDS  NC_009800  105737  106999  1263  cell division protein FtsA  YP_001456883  decreased coverage  2.5263e-18  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0101  CDS  NC_009800  107060  108211  1152  cell division protein FtsZ  YP_001456884  decreased coverage  1.47391e-18  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0123  CDS  NC_009800  136027  136389  363  hypothetical protein  YP_001456905  decreased coverage  2.5031e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0147  CDS  NC_009800  158234  159160  927  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  YP_001456928  decreased coverage  5.35998e-15  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0181  CDS  NC_009800  199128  200153  1026  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase  YP_001456962  decreased coverage  4.54432e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0204  CDS  NC_009800  222224  222796  573  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  YP_001456985  decreased coverage  1.77584e-11  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0329  CDS  NC_009800  333837  335045  1209  site-specific recombinase, phage integrase family protein  YP_001457101  decreased coverage  0.0019463  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0337  CDS  NC_009800  341497  342099  603  hypothetical protein  YP_001457108  decreased coverage  0.000413901  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0600  CDS  NC_009800  613464  613958  495  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B (rotamase B)  YP_001457367  decreased coverage  3.52465e-15  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0620  CDS  NC_009800  633225  633557  333  periplasmic copper-binding protein  YP_001457383  decreased coverage  6.54239e-10  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0621  CDS  NC_009800  633573  634796  1224  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  YP_001457384  decreased coverage  6.64889e-10  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0750  CDS  NC_009800  761730  762299  570  hypothetical protein  YP_001457501  decreased coverage  0.000215996  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0751  CDS  NC_009800  762525  762779  255  ISEc2, transposase  YP_001457502  decreased coverage  0.000185341  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0867  CDS  NC_009800  873862  874608  747  glutamine ABC transporter periplasmic protein  YP_001457606  decreased coverage  1.56347e-09  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0912  CDS  NC_009800  919395  919616  222  hypothetical protein  YP_001457649  decreased coverage  5.1582e-05  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0994  CDS  NC_009800  992943  993437  495  leucine-responsive transcriptional regulator  YP_001457730  decreased coverage  2.66294e-14  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1016  CDS  NC_009800  1021544  1022227  684  cytidylate kinase  YP_001457750  decreased coverage  2.87427e-11  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1017  CDS  NC_009800  1022338  1024011  1674  30S ribosomal protein S1  YP_001457751  decreased coverage  8.48151e-09  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1028  CDS  NC_009800  1033875  1034660  786  putative metallothionein SmtA  YP_001457760  decreased coverage  1.6657e-07  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1038  CDS  NC_009800  1049201  1050601  1401  asparaginyl-tRNA synthetase  YP_001457770  decreased coverage  1.36907e-05  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1054  CDS  NC_009800  1066382  1067392  1011  dihydroorotate dehydrogenase 2  YP_001457784  decreased coverage  7.78438e-12  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1148  CDS  NC_009800  1158919  1159905  987  hypothetical protein  YP_001457871  decreased coverage  0.00962043  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1288  CDS  NC_009800  1280939  1281469  531  disulfide bond formation protein B  YP_001458006  decreased coverage  9.7249e-17  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1344  CDS  NC_009800  1339715  1340623  909  UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase subunit GalU  YP_001458060  decreased coverage  7.36844e-05  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1357  CDS  NC_009800  1353878  1354207  330  dsDNA-mimic protein  YP_001458071  decreased coverage  1.32113e-07  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1645  CDS  NC_009800  1669439  1669990  552  hypothetical protein  YP_001458349  decreased coverage  9.57166e-13  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1647  CDS  NC_009800  1670401  1671114  714  AraC family transcriptional regulator  YP_001458351  decreased coverage  7.3277e-14  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1709  CDS  NC_009800  1733476  1734111  636  endonuclease III  YP_001458413  decreased coverage  0.00510464  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1800  CDS  NC_009800  1817443  1819371  1929  threonyl-tRNA synthetase  YP_001458499  decreased coverage  2.1107e-11  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1847  CDS  NC_009800  1863081  1865042  1962  DNA topoisomerase III  YP_001458543  decreased coverage  1.37821e-06  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1864  CDS  NC_009800  1880748  1881743  996  glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)  YP_001458558  decreased coverage  2.62615e-05  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1922  CDS  NC_009800  1933813  1934511  699  putative solute/DNA competence effector  YP_001458616  decreased coverage  1.31825e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1950  CDS  NC_009800  1961639  1962394  756  high-affinity zinc transporter ATPase  YP_001458645  decreased coverage  0.00957136  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1988  CDS  NC_009800  1997018  1997368  351  transcriptional activator FlhD  YP_001458682  decreased coverage  3.83852e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1989  CDS  NC_009800  1997399  1997497  99  hypothetical protein  YP_001458683  decreased coverage  1.18437e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2051  CDS  NC_009800  2043708  2044331  624  colanic acid capsular biosynthesis activation protein A  YP_001458740  decreased coverage  4.74459e-16  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2053  CDS  NC_009800  2044726  2044953  228  hypothetical protein  YP_001458742  decreased coverage  2.57846e-15  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2054  CDS  NC_009800  2044999  2045109  111  hypothetical protein  YP_001458743  decreased coverage  1.5402e-15  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2055    NC_009800  2045251  2046066  816      decreased coverage  6.70897e-14  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2190  CDS  NC_009800  2171069  2172496  1428  sugar transferase  YP_001458862  decreased coverage  1.91042e-11  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2306  CDS  NC_009800  2304543  2305673  1131  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  YP_001458968  decreased coverage  3.61611e-16  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2359  CDS  NC_009800  2358009  2360858  2850  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  YP_001459020  decreased coverage  3.33746e-07  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2450  CDS  NC_009800  2460805  2461356  552  phosphodiesterase  YP_001459106  decreased coverage  4.0596e-17  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2684  CDS  NC_009800  2700140  2700880  741  RNA methyltransferase  YP_001459326  decreased coverage  6.64328e-06  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2737  CDS  NC_009800  2756369  2757058  690  uracil-DNA glycosylase  YP_001459379  decreased coverage  1.00069e-05  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2756  CDS  NC_009800  2777358  2778518  1161  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  YP_001459391  decreased coverage  8.8068e-16  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2772  CDS  NC_009800  2790392  2790985  594  heat shock protein GrpE  YP_001459407  decreased coverage  5.08072e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2918  CDS  NC_009800  2922179  2922850  672  hypothetical protein  YP_001459546  decreased coverage  3.74492e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2919  CDS  NC_009800  2922989  2923129  141  hypothetical protein  YP_001459547  decreased coverage  5.47166e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3002  CDS  NC_009800  3013014  3013646  633  LuxR family transcriptional regulator  YP_001459625  decreased coverage  2.42381e-13  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3003  CDS  NC_009800  3013865  3014296  432  hypothetical protein  YP_001459626  decreased coverage  1.12581e-13  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3004  CDS  NC_009800  3014299  3014493  195  hypothetical protein  YP_001459627  decreased coverage  3.41115e-14  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3217  CDS  NC_009800  3227381  3228154  774  zinc transporter ZupT  YP_001459833  decreased coverage  1.5422e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3420  CDS  NC_009800  3421811  3422239  429  50S ribosomal protein L13  YP_001460027  decreased coverage  1.00436e-18  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3440  CDS  NC_009800  3443632  3444675  1044  rod shape-determining protein MreB  YP_001460046  decreased coverage  4.46785e-17  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3453  CDS  NC_009800  3454623  3455588  966  tRNA-dihydrouridine synthase B  YP_001460059  decreased coverage  1.247e-18  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3473  CDS  NC_009800  3473363  3474133  771  hypothetical protein  YP_001460071  decreased coverage  6.93281e-18  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3515  CDS  NC_009800  3497302  3497613  312  30S ribosomal protein S10  YP_001460113  decreased coverage  4.92299e-15  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3539  CDS  NC_009800  3519021  3519308  288  sulfur transfer complex subunit TusB  YP_001460137  decreased coverage  2.07691e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3540  CDS  NC_009800  3519316  3519675  360  sulfur relay protein TusC  YP_001460138  decreased coverage  2.90138e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3541  CDS  NC_009800  3519675  3520061  387  sulfur transfer complex subunit TusD  YP_001460139  decreased coverage  2.84382e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3586  CDS  NC_009800  3562900  3563421  522  shikimate kinase I  YP_001460184  decreased coverage  2.93059e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3709  CDS  NC_009800  3695994  3696524  531  transcriptional regulator DctR  YP_001460303  decreased coverage  0.000297163  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3845  CDS  NC_009800  3840831  3840998  168  50S ribosomal protein L33  YP_001460435  decreased coverage  1.49114e-21  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3846  CDS  NC_009800  3841019  3841255  237  50S ribosomal protein L28  YP_001460436  decreased coverage  3.05688e-21  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3847  CDS  NC_009800  3841472  3842140  669  DNA repair protein RadC  YP_001460437  decreased coverage  5.55148e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3915  CDS  NC_009800  3909497  3910900  1404  chromosomal replication initiation protein  YP_001460500  decreased coverage  1.26813e-07  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4014  CDS  NC_009800  4009300  4010685  1386  putative transport protein YifK  YP_001460589  decreased coverage  1.1864e-16  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4087  CDS  NC_009800  4076902  4077144  243  hypothetical protein  YP_001460651  decreased coverage  1.1729e-12  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4241  CDS  NC_009800  4237211  4237333  123  hypothetical protein  YP_001460794  decreased coverage  8.80562e-10  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4374  CDS  NC_009800  4384419  4385957  1539  DNA-binding transcriptional activator CadC  YP_001460917  decreased coverage  0.00319503  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4456  CDS  NC_009800  4461171  4461809  639  opacity-associated family protein  YP_001460995  decreased coverage  2.92011e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4538  CDS  NC_009800  4545960  4546562  603  tyrosine recombinase  YP_001461074  decreased coverage  9.45122e-05  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4595  CDS  NC_009800  4604939  4605412  474  hypothetical protein  YP_001461129  decreased coverage  1.2901e-18  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4596  CDS  NC_009800  4605403  4606236  834  hypothetical protein  YP_001461130  decreased coverage  1.19778e-17  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4710  tRNA  NC_009800  4010788  4010864  77  tRNA-Arg    decreased coverage  6.38627e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4711  tRNA  NC_009800  4010922  4010999  78  tRNA-His    decreased coverage  6.57467e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4712  tRNA  NC_009800  4011018  4011106  89  tRNA-Leu    decreased coverage  5.85537e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4751  misc_RNA  NC_009800  2044967  2045053  87  DsrA RNA    decreased coverage  1.64537e-16  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>