72 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
EcE24377A_0024  CDS  NC_009801  24396  24614  219  hypothetical protein  YP_001461192  decreased coverage  2.53239e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0119  CDS  NC_009801  130981  132834  1854  hypothetical protein  YP_001461285  decreased coverage  0.000315572  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0148  CDS  NC_009801  160652  161578  927  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  YP_001461314  decreased coverage  1.29858e-09  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0207  CDS  NC_009801  224695  225270  576  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  YP_001461371  decreased coverage  7.99945e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0280  CDS  NC_009801  297108  298190  1083  hypothetical protein  YP_001461434  decreased coverage  0.000851803  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0471  CDS  NC_009801  489946  490134  189  hypothetical protein  YP_001461622  decreased coverage  1.5549e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0473  CDS  NC_009801  491825  492448  624  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  YP_001461624  decreased coverage  1.31223e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0474  CDS  NC_009801  492574  493848  1275  ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpX  YP_001461625  decreased coverage  2.2349e-10  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0507  CDS  NC_009801  527239  529170  1932  DNA polymerase III subunits gamma and tau  YP_001461658  decreased coverage  0.000331221  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0564  CDS  NC_009801  588840  589334  495  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B (rotamase B)  YP_001461713  decreased coverage  8.07515e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0591  CDS  NC_009801  620664  620996  333  periplasmic copper-binding protein  YP_001461735  decreased coverage  0.00546027  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0592  CDS  NC_009801  621012  622235  1224  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  YP_001461736  decreased coverage  0.00207274  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0879  CDS  NC_009801  894493  895152  660  glutamine ABC transporter permease protein  YP_001462004  decreased coverage  5.63749e-10  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_0964  CDS  NC_009801  982005  982499  495  leucine-responsive transcriptional regulator  YP_001462087  decreased coverage  2.71902e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1020  CDS  NC_009801  1039450  1040235  786  putative metallothionein SmtA  YP_001462140  decreased coverage  3.67391e-07  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1022  CDS  NC_009801  1041535  1042239  705  condesin subunit E  YP_001462142  decreased coverage  2.26094e-06  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1033  CDS  NC_009801  1056534  1059146  2613  aminopeptidase N  YP_001462152  decreased coverage  0.00218696  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1102  CDS  NC_009801  1127349  1127993  645  group 4 capsule (G4C) polysaccharide, lipoprotein YmcC  YP_001462218  decreased coverage  2.92395e-08  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1103  CDS  NC_009801  1128100  1128423  324  putative inner membrane protein  YP_001462219  decreased coverage  1.01288e-08  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1238  CDS  NC_009801  1252884  1254083  1200  outer membrane-specific lipoprotein transporter subunit LolC  YP_001462349  decreased coverage  4.18964e-07  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1256  CDS  NC_009801  1267801  1268034  234  hypothetical protein  YP_001462366  decreased coverage  8.72086e-10  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1325  CDS  NC_009801  1319497  1319958  462  hypothetical protein  YP_001462431  decreased coverage  1.86081e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1326    NC_009801  1320165  1321075  911      decreased coverage  6.20502e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1330  CDS  NC_009801  1323181  1323711  531  disulfide bond formation protein B  YP_001462435  decreased coverage  1.64029e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1331  CDS  NC_009801  1323857  1325398  1542  sodium/proton antiporter  YP_001462436  decreased coverage  4.617e-10  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1334  CDS  NC_009801  1328253  1329551  1299  D-amino acid dehydrogenase small subunit  YP_001462439  decreased coverage  1.95044e-10  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1357  CDS  NC_009801  1353649  1354272  624  outer membrane lipoprotein LolB  YP_001462462  decreased coverage  9.90201e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1766  CDS  NC_009801  1763282  1764034  753  antitermination protein  YP_001462849  decreased coverage  4.46188e-05  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1813  CDS  NC_009801  1805565  1806947  1383  putative arginine/ornithine antiporter  YP_001462894  decreased coverage  0.00102354  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1844  CDS  NC_009801  1838603  1840105  1503  putative tripeptide transporter permease  YP_001462925  decreased coverage  3.45542e-08  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_1985  CDS  NC_009801  1969453  1970493  1041  hypothetical protein  YP_001463060  decreased coverage  2.08242e-06  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2001  CDS  NC_009801  1987324  1987596  273  hypothetical protein  YP_001463076  decreased coverage  0.00375571  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2054  CDS  NC_009801  2036221  2036364  144  hypothetical protein  YP_001463127  decreased coverage  2.08383e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2055  CDS  NC_009801  2036523  2036762  240  hypothetical protein  YP_001463128  decreased coverage  3.29563e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2056  CDS  NC_009801  2036905  2037696  792  transcriptional regulator KdgR  YP_001463129  decreased coverage  2.11216e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2086  CDS  NC_009801  2067910  2069232  1323  hypothetical protein  YP_001463159  decreased coverage  3.91864e-07  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2087  CDS  NC_009801  2069248  2070180  933  high-affinity zinc transporter periplasmic component  YP_001463160  decreased coverage  1.65105e-07  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2124  CDS  NC_009801  2104863  2105441  579  transcriptional activator FlhC  YP_001463197  decreased coverage  1.19739e-10  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2199  CDS  NC_009801  2166260  2167618  1359  heavy metal sensor histidine kinase  YP_001463268  decreased coverage  5.73761e-08  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2200  CDS  NC_009801  2167618  2168400  783  transcriptional regulatory protein YedW  YP_001463269  decreased coverage  4.54941e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2221  CDS  NC_009801  2185533  2185913  381  hypothetical protein  YP_001463289  decreased coverage  0.000428933  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2222  CDS  NC_009801  2185910  2186323  414  hypothetical protein  YP_001463290  decreased coverage  0.000220827  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2334  CDS  NC_009801  2296357  2297250  894  UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase subunit GalF  YP_001463394  decreased coverage  2.63288e-07  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2466  CDS  NC_009801  2450654  2451784  1131  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  YP_001463521  decreased coverage  1.52981e-09  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2482  CDS  NC_009801  2468921  2470681  1761  putative helicase  YP_001463537  decreased coverage  0.00182337  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2515  CDS  NC_009801  2499825  2502497  2673  phosphotransfer intermediate protein in two-component regulatory system with RcsBC  YP_001463567  decreased coverage  8.82373e-08  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2777    NC_009801  2767977  2768335  359      decreased coverage  0.00159816  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2779  CDS  NC_009801  2768473  2769219  747  DNA replication initiation factor  YP_001463818  decreased coverage  0.00316092  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2816  CDS  NC_009801  2811716  2812204  489  DNA-binding transcriptional regulator IscR  YP_001463854  decreased coverage  0.00041357  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2817  CDS  NC_009801  2812505  2813242  738  RNA methyltransferase  YP_001463855  decreased coverage  0.000707701  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2819  CDS  NC_009801  2814309  2815163  855  hypothetical protein  YP_001463857  decreased coverage  0.000321727  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2868  CDS  NC_009801  2867116  2868153  1038  putative methyltransferase  YP_001463905  decreased coverage  0.00725201  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_2878  CDS  NC_009801  2881227  2883800  2574  protein disaggregation chaperone  YP_001463913  decreased coverage  0.000852772  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_3714  CDS  NC_009801  3708308  3708736  429  50S ribosomal protein L13  YP_001464704  decreased coverage  4.82392e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_3763  CDS  NC_009801  3758722  3759603  882  hypothetical protein  YP_001464747  decreased coverage  2.74593e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_3812  CDS  NC_009801  3789385  3789672  288  sulfur transfer complex subunit TusB  YP_001464797  decreased coverage  2.71307e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_3813  CDS  NC_009801  3789680  3790039  360  sulfur relay protein TusC  YP_001464798  decreased coverage  3.46235e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_3814  CDS  NC_009801  3790039  3790425  387  sulfur transfer complex subunit TusD  YP_001464799  decreased coverage  3.89163e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_3815  CDS  NC_009801  3790425  3791147  723  hypothetical protein  YP_001464800  decreased coverage  1.29937e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_3816  CDS  NC_009801  3791314  3792126  813  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_001464801  decreased coverage  1.6086e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_3859  CDS  NC_009801  3832076  3833164  1089  3-dehydroquinate synthase  YP_001464843  decreased coverage  3.80736e-09  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_4212  CDS  NC_009801  4199088  4200491  1404  chromosomal replication initiation protein  YP_001465187  decreased coverage  2.01887e-08  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_4254  CDS  NC_009801  4243129  4243944  816  F0F1 ATP synthase subunit A  YP_001465229  decreased coverage  2.53888e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_4271  CDS  NC_009801  4262532  4263224  693  GntR family transcriptional regulator  YP_001465245  decreased coverage  1.61964e-08  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_4548  CDS  NC_009801  4541647  4542936  1290  phosphoribosylamine--glycine ligase  YP_001465501  decreased coverage  3.04372e-06  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_4834  CDS  NC_009801  4826666  4827766  1101  putaitve permease  YP_001465770  decreased coverage  9.98605e-11  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_5091  rRNA  NC_009801  4360914  4362454  1541  16S ribosomal RNA    decreased coverage  3.18785e-08  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_5109  tRNA  NC_009801  4724485  4724560  76  tRNA-Gly    decreased coverage  1.69748e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_5110  tRNA  NC_009801  4724597  4724672  76  tRNA-Gly    decreased coverage  1.38162e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_5111  tRNA  NC_009801  4724708  4724783  76  tRNA-Gly    decreased coverage  1.5095e-12  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_E0020  CDS  NC_009790  18516  19442  927  hypothetical protein  YP_001451561  decreased coverage  0.00212726  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
EcE24377A_F0001  CDS  NC_009786  255  698  444  hypothetical protein  YP_001451374  decreased coverage  3.81782e-07  n/a    Escherichia coli E24377A  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>