141 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Sama_0034  CDS  NC_008700  38130  38750  621  hypothetical protein  YP_925916  decreased coverage  0.0046667  normal  0.0751652  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0054  CDS  NC_008700  55153  55701  549  carbonic anhydrase  YP_925936  decreased coverage  3.73213e-06  normal  0.14059  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0092  CDS  NC_008700  103103  103756  654  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  YP_925974  decreased coverage  6.91838e-08  normal  0.100278  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0169  CDS  NC_008700  198247  200358  2112  type II and III secretion system protein  YP_926050  decreased coverage  0.000616881  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0330  CDS  NC_008700  395962  397284  1323  N-acetylglutamate synthase  YP_926211  decreased coverage  2.3217e-06  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0380  CDS  NC_008700  467111  469171  2061  endothelin-converting protein 1  YP_926261  decreased coverage  8.33432e-05  normal  0.388237  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0418  CDS  NC_008700  514689  515582  894  putative transcriptional regulator, CadC  YP_926298  decreased coverage  1.26623e-05  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0527  CDS  NC_008700  650682  651740  1059  cytochrome c family protein  YP_926407  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0528  CDS  NC_008700  651752  652366  615  cytochrome c family protein  YP_926408  decreased coverage  0.000129168  normal  0.22493  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0538  CDS  NC_008700  663245  665068  1824  thiol:disulfide interchange protein precursor  YP_926418  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0539  CDS  NC_008700  665065  665397  333  periplasmic divalent cation tolerance protein CutA  YP_926419  decreased coverage  0.00953533  decreased coverage  0.00314697  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0540  CDS  NC_008700  665610  666200  591  FxsA cytoplasmic membrane protein  YP_926420  normal  0.0336938  decreased coverage  0.00333151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0541  CDS  NC_008700  666263  668083  1821  serine/threonine protein kinase, putative  YP_926421  normal  0.89559  decreased coverage  0.00419942  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0551  CDS  NC_008700  677767  678540  774  hypothetical protein  YP_926431  normal  0.831394  decreased coverage  0.00317207  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0552  CDS  NC_008700  678644  680590  1947  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_926432  normal  0.283806  decreased coverage  0.00439756  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0553    NC_008700  681371  681559  189      normal  decreased coverage  0.00325312  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0575  CDS  NC_008700  716297  717028  732  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  YP_926453  decreased coverage  1.1142e-06  normal  0.211294  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0576  CDS  NC_008700  717046  717774  729  deoxyribonuclease I  YP_926454  decreased coverage  1.05466e-07  normal  0.211294  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0583  CDS  NC_008700  727391  728977  1587  diguanylate cyclase  YP_926461  decreased coverage  0.00179643  hitchhiker  0.00349282  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0585  CDS  NC_008700  731480  732361  882  hypothetical protein  YP_926463  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0586  CDS  NC_008700  732315  733223  909  LysR family transcriptional regulator  YP_926464  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0587  CDS  NC_008700  733548  734306  759  PepSY-associated TM helix  YP_926465  normal  0.191213  decreased coverage  0.000115238  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0588  CDS  NC_008700  734310  734819  510  FMN-binding  YP_926466  hitchhiker  0.00870871  decreased coverage  0.000120733  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0590  CDS  NC_008700  736305  738518  2214  putative TonB-dependent receptor protein  YP_926468  unclonable  1.88689e-05  decreased coverage  0.000190482  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0666  CDS  NC_008700  820843  821850  1008  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  YP_926544  decreased coverage  0.0053906  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0827  CDS  NC_008700  1011529  1012542  1014  putative DNA-binding/iron metalloprotein/AP endonuclease  YP_926704  decreased coverage  3.42957e-06  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0834  CDS  NC_008700  1016610  1017893  1284  polynucleotide adenylyltransferase region  YP_926711  decreased coverage  1.36333e-06  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0888  CDS  NC_008700  1076533  1077906  1374  signal recognition particle protein  YP_926765  decreased coverage  1.42989e-05  normal  0.373446  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0889  CDS  NC_008700  1078064  1078315  252  30S ribosomal protein S16  YP_926766  decreased coverage  9.79344e-06  normal  0.306742  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0941  CDS  NC_008700  1138366  1139229  864  type IV pilus assembly protein PilM  YP_926818  decreased coverage  0.00121158  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0942  CDS  NC_008700  1139226  1140713  1488  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_926819  decreased coverage  0.000202207  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0944  CDS  NC_008700  1143619  1144524  906  hypothetical protein  YP_926821  decreased coverage  0.00274123  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0948  CDS  NC_008700  1148200  1149525  1326  multiple antibiotic resistance (MarC)-related protein  YP_926825  decreased coverage  0.000625246  normal  0.50538  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0968  CDS  NC_008700  1171131  1172717  1587  peptide chain release factor 3  YP_926845  normal  0.463155  decreased coverage  0.000218803  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0969  CDS  NC_008700  1172778  1173008  231  hypothetical protein  YP_926846  normal  0.0209011  decreased coverage  0.0001495  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0970  CDS  NC_008700  1173084  1173866  783  TatD-related deoxyribonuclease  YP_926847  normal  0.0121971  decreased coverage  0.000171959  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0971  CDS  NC_008700  1174043  1175302  1260  nucleoside transporter  YP_926848  unclonable  5.46598e-08  decreased coverage  0.000216747  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0972  CDS  NC_008700  1175591  1176400  810  hypothetical protein  YP_926849  unclonable  6.04021e-09  decreased coverage  0.000188692  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1141  CDS  NC_008700  1391076  1391801  726  uridylate kinase  YP_927018  decreased coverage  9.22759e-08  normal  0.110772  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1169  CDS  NC_008700  1427006  1427755  750  electron transfer flavoprotein, beta subunit  YP_927046  decreased coverage  0.000191925  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1206  CDS  NC_008700  1478828  1480909  2082  outer membrane protein precursor MtrB  YP_927083  decreased coverage  0.00712734  normal  0.823248  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1209  CDS  NC_008700  1484259  1486448  2190  decaheme cytochrome c  YP_927086  decreased coverage  0.00658895  normal  0.327868  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1311  CDS  NC_008700  1595027  1595356  330  hypothetical protein  YP_927188  decreased coverage  3.97187e-05  normal  0.0452389  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1312  CDS  NC_008700  1595370  1595969  600  recombination protein RecR  YP_927189  decreased coverage  5.99572e-06  normal  0.10008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1320  CDS  NC_008700  1604790  1607255  2466  Ig-like, group 1  YP_927197  decreased coverage  0.00729266  normal  0.247272  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1390  CDS  NC_008700  1681305  1682000  696  hypothetical protein  YP_927267  normal  decreased coverage  0.0092148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1391  CDS  NC_008700  1682171  1682764  594  putative NAD(P)H oxidoreductase  YP_927268  normal  decreased coverage  0.0093464  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1422  CDS  NC_008700  1731406  1732692  1287  type II citrate synthase  YP_927299  decreased coverage  6.89188e-05  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1493  CDS  NC_008700  1806858  1807295  438  hypothetical protein  YP_927370  decreased coverage  4.11301e-08  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1516  CDS  NC_008700  1844244  1846289  2046  DNA ligase (NAD(+))  YP_927393  decreased coverage  6.78531e-05  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1532  CDS  NC_008700  1862689  1863729  1041  putative proline racemase  YP_927409  decreased coverage  2.63181e-05  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1535  CDS  NC_008700  1866598  1867152  555  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  YP_927412  decreased coverage  5.18258e-07  normal  0.800857  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1555  CDS  NC_008700  1894991  1896775  1785  hypothetical protein  YP_927432  decreased coverage  0.000146731  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1556  CDS  NC_008700  1896852  1897070  219  hypothetical protein  YP_927433  decreased coverage  1.38593e-07  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1572  CDS  NC_008700  1916605  1916964  360  hypothetical protein  YP_927449  decreased coverage  0.000110189  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1578  CDS  NC_008700  1920653  1922257  1605  small-conductance mechanosensitive channel  YP_927455  decreased coverage  6.998e-05  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1585  CDS  NC_008700  1928153  1930198  2046  carboxy-terminal protease  YP_927462  decreased coverage  0.00663256  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1641  CDS  NC_008700  2006980  2008167  1188  polysaccharide biosynthesis protein  YP_927517  decreased coverage  0.00353213  normal  0.359463  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1696  CDS  NC_008700  2075945  2076532  588  hypothetical protein  YP_927572  normal  0.102528  decreased coverage  0.00914575  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1700  CDS  NC_008700  2080955  2082121  1167  hypothetical protein  YP_927576  decreased coverage  1.44386e-06  normal  0.0296487  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1701  CDS  NC_008700  2082200  2082727  528  flavodoxin FldA  YP_927577  decreased coverage  6.46735e-08  hitchhiker  0.00968466  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1714    NC_008700  2096566  2096840  275      decreased coverage  2.02249e-08  normal  0.0486869  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1734  CDS  NC_008700  2123951  2125237  1287  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  YP_927609  normal  0.0118133  decreased coverage  9.90947e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1735  CDS  NC_008700  2125389  2126084  696  cytidylate kinase  YP_927610  hitchhiker  6.10181e-08  decreased coverage  8.7686e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1790  CDS  NC_008700  2183211  2183663  453  hypothetical protein  YP_927665  decreased coverage  0.0036932  normal  0.183021  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1806  CDS  NC_008700  2198300  2199739  1440  glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase  YP_927681  decreased coverage  0.000348985  normal  0.577213  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1838  CDS  NC_008700  2237370  2239889  2520  TonB-dependent receptor, putative  YP_927713  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1879  CDS  NC_008700  2294720  2296039  1320  hypothetical protein  YP_927754  decreased coverage  0.00596429  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1906  CDS  NC_008700  2333917  2335002  1086  HlyD family-like protein  YP_927781  decreased coverage  0.000977353  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1907  CDS  NC_008700  2335388  2336452  1065  lipoprotein-34 NlpB  YP_927782  decreased coverage  0.00617793  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1919  CDS  NC_008700  2346156  2346488  333  glutaredoxin-related protein  YP_927794  decreased coverage  0.00265167  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1930  CDS  NC_008700  2357627  2358301  675  septum formation inhibitor  YP_927805  decreased coverage  6.56846e-07  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1931  CDS  NC_008700  2358331  2359140  810  septum site-determining protein MinD  YP_927806  decreased coverage  1.72441e-06  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1953  CDS  NC_008700  2381027  2382010  984  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_927828  decreased coverage  0.00432412  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1970  CDS  NC_008700  2398716  2398925  210  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_927845  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1978  CDS  NC_008700  2406797  2408035  1239  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase II  YP_927853  hitchhiker  3.01956e-05  decreased coverage  0.000574957  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1979  CDS  NC_008700  2408197  2408430  234  acyl carrier protein  YP_927854  hitchhiker  4.85272e-08  decreased coverage  0.000456446  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1980  CDS  NC_008700  2408589  2409335  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_927855  decreased coverage  8.30224e-08  decreased coverage  0.000580002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1981  CDS  NC_008700  2409347  2410273  927  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_927856  decreased coverage  2.24477e-07  decreased coverage  0.000595562  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1982  CDS  NC_008700  2410331  2411290  960  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_927857  decreased coverage  2.51663e-07  decreased coverage  0.000708854  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1983  CDS  NC_008700  2411305  2412333  1029  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_927858  decreased coverage  5.78397e-07  decreased coverage  0.000727817  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1984  CDS  NC_008700  2412348  2412518  171  50S ribosomal protein L32  YP_927859  hitchhiker  7.09039e-08  decreased coverage  0.000595562  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1985  CDS  NC_008700  2412535  2413059  525  hypothetical protein  YP_927860  hitchhiker  4.6877e-07  decreased coverage  0.000655562  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1998  CDS  NC_008700  2428020  2428457  438  hypothetical protein  YP_927873  decreased coverage  2.13063e-07  normal  0.209106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1999  CDS  NC_008700  2428478  2429407  930  ribosomal protein S6 modification protein, putative  YP_927874  decreased coverage  3.04708e-06  normal  0.227031  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2012  CDS  NC_008700  2445564  2447072  1509  guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate diphosphatase  YP_927887  decreased coverage  0.00809551  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2021  CDS  NC_008700  2456354  2458069  1716  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  YP_927896  decreased coverage  0.000125326  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2051  CDS  NC_008700  2487965  2488369  405  hypothetical protein  YP_927926  decreased coverage  4.55814e-06  normal  0.370284  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2063  CDS  NC_008700  2499077  2499691  615  hypothetical protein  YP_927938  decreased coverage  4.21007e-06  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2120  CDS  NC_008700  2564228  2566708  2481  hypothetical protein  YP_927995  decreased coverage  0.000487086  normal  0.788805  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2151  CDS  NC_008700  2597618  2600431  2814  hypothetical protein  YP_928026  decreased coverage  0.00179894  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2185  CDS  NC_008700  2643189  2645600  2412  cold-active serine alkaline protease  YP_928060  unclonable  3.90899e-05  decreased coverage  0.00433013  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2186  CDS  NC_008700  2645717  2646256  540  hypothetical protein  YP_928061  normal  0.644819  decreased coverage  0.00295467  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2187  CDS  NC_008700  2646275  2647186  912  precorrin-2 oxidase / ferrochelatase  YP_928062  normal  decreased coverage  0.00312119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2188  CDS  NC_008700  2647195  2647554  360  rhodanese-like protein  YP_928063  normal  0.845551  decreased coverage  0.00268823  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2189  CDS  NC_008700  2647632  2647949  318  hypothetical protein  YP_928064  normal  0.612921  decreased coverage  0.00273146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2190  CDS  NC_008700  2648150  2649097  948  preprotein translocase subunit SecF  YP_928065  normal  0.447622  decreased coverage  0.00319916  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2191  CDS  NC_008700  2649111  2650961  1851  preprotein translocase subunit SecD  YP_928066  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2192  CDS  NC_008700  2650980  2651315  336  preprotein translocase subunit YajC  YP_928067  decreased coverage  0.0011264  hitchhiker  0.00792113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_2254  CDS  NC_008700  2717169  2718371  1203  hypothetical protein  YP_928129  decreased coverage  0.00102116  hitchhiker  0.00258376  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>