41 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Nmul_A0002  CDS  NC_007614  1719  2828  1110  DNA polymerase III, beta subunit  YP_410703  decreased coverage  1.00173e-05  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0177  CDS  NC_007614  187831  188661  831  ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C  YP_410877  decreased coverage  0.00658923  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0183  CDS  NC_007614  194765  195898  1134  cytochrome c oxidase, subunit II  YP_410883  decreased coverage  0.000324421  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0227  CDS  NC_007614  241503  242099  597  hypothetical protein  YP_410927  decreased coverage  4.09925e-06  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0304  CDS  NC_007614  327902  328708  807  F0F1 ATP synthase subunit A  YP_411004  decreased coverage  2.78138e-06  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0372  CDS  NC_007614  404913  405725  813  dehydrogenase catalytic domain-containing protein  YP_411072  decreased coverage  0.00297203  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0373  CDS  NC_007614  405870  406709  840  hypothetical protein  YP_411073  decreased coverage  0.00337084  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0402  CDS  NC_007614  445010  446086  1077  permease YjgP/YjgQ  YP_411102  decreased coverage  0.0017509  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0739  CDS  NC_007614  858935  860968  2034  membrane-bound proton-translocating pyrophosphatase  YP_411438  decreased coverage  0.00661783  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0740  CDS  NC_007614  861132  862391  1260  6-phosphofructokinase  YP_411439  decreased coverage  0.00564855  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0775  CDS  NC_007614  900036  900236  201  ribosomal protein L29  YP_411474  decreased coverage  2.65705e-07  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0776  CDS  NC_007614  900233  900499  267  ribosomal protein S17  YP_411475  decreased coverage  3.37654e-07  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0778  CDS  NC_007614  901088  901405  318  ribosomal protein L24  YP_411477  decreased coverage  3.31203e-07  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0779  CDS  NC_007614  901423  901962  540  50S ribosomal protein L5  YP_411478  decreased coverage  8.23313e-07  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0780  CDS  NC_007614  901969  902274  306  ribosomal protein S14  YP_411479  decreased coverage  3.15773e-07  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0871  CDS  NC_007614  989317  990768  1452  2-methylcitrate dehydratase  YP_411566  decreased coverage  0.000221374  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A0923  CDS  NC_007614  1050728  1051663  936  secretion protein HlyD  YP_411618  decreased coverage  0.00699557  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A1004  CDS  NC_007614  1164644  1165888  1245  cytochrome b/b6-like  YP_411699  decreased coverage  0.00661303  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A1005  CDS  NC_007614  1165890  1166492  603  ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit  YP_411700  decreased coverage  0.00105849  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A1081  CDS  NC_007614  1247408  1247779  372  hypothetical protein  YP_411776  decreased coverage  2.70884e-07  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A1363  CDS  NC_007614  1550766  1551269  504  hypothetical protein  YP_412058  decreased coverage  0.00646878  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A1397  CDS  NC_007614  1591937  1592350  414  putative transcriptional regulator  YP_412092  decreased coverage  3.00955e-07  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A1415  CDS  NC_007614  1624379  1624996  618  hypothetical protein  YP_412110  decreased coverage  9.49547e-07  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A1605  CDS  NC_007614  1840420  1842486  2067  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  YP_412298  decreased coverage  0.0013251  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A1626  CDS  NC_007614  1865883  1866359  477  hypothetical protein  YP_412318  decreased coverage  0.00619055  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A1766  CDS  NC_007614  2018737  2019891  1155  hypothetical protein  YP_412455  decreased coverage  0.00135853  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A1848  CDS  NC_007614  2131652  2132602  951  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  YP_412535  decreased coverage  5.43292e-06  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A2038  CDS  NC_007614  2332762  2333505  744  hypothetical protein  YP_412724  decreased coverage  2.80864e-06  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A2039  CDS  NC_007614  2333764  2335062  1299  diguanylate cyclase  YP_412725  decreased coverage  3.19282e-05  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A2057  CDS  NC_007614  2348764  2350887  2124  RNA polymerase sigma factor RpoD  YP_412743  decreased coverage  0.00133668  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A2069  CDS  NC_007614  2359041  2360756  1716  30S ribosomal protein S1  YP_412755  decreased coverage  6.07618e-05  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A2073  CDS  NC_007614  2364372  2365289  918  Serine O-acetyltransferase  YP_412759  decreased coverage  3.02426e-05  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A2074  CDS  NC_007614  2365467  2366354  888  Sel1 repeat-containing protein  YP_412760  decreased coverage  3.14497e-06  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A2198  CDS  NC_007614  2495984  2497012  1029  hypothetical protein  YP_412882  decreased coverage  1.79032e-05  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A2246  CDS  NC_007614  2552228  2552431  204  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_412930  decreased coverage  1.57436e-07  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A2326  CDS  NC_007614  2644870  2645700  831  ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C  YP_413009  decreased coverage  1.8133e-05  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A2410  CDS  NC_007614  2746403  2747938  1536  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  YP_413091  decreased coverage  0.00510304  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A2469  CDS  NC_007614  2822568  2823794  1227  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  YP_413150  decreased coverage  0.00438288  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_A2677  CDS  NC_007614  3074652  3074909  258  hypothetical protein  YP_413356  decreased coverage  0.000107746  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_AR0012  rRNA  NC_007614  562629  564157  1529  16S ribosomal RNA    decreased coverage  4.03377e-05  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Nmul_D2818  CDS  NC_007617  5821  6252  432  hypothetical protein  YP_413497  decreased coverage  0.000589202  n/a    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>