47 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Noc_0053  CDS  NC_007484  50043  51848  1806  TOPRIM domain-containing protein  YP_342125  decreased coverage  0.00140147  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0119  CDS  NC_007484  127637  128251  615  hypothetical protein  YP_342182  decreased coverage  0.000209005  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0121  CDS  NC_007484  129007  129249  243  hypothetical protein  YP_342184  decreased coverage  9.14401e-05  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0164  CDS  NC_007484  180399  182360  1962  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  YP_342227  decreased coverage  0.00534559  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0179  CDS  NC_007484  198813  199496  684  cytidylate kinase  YP_342242  decreased coverage  8.47233e-05  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0180  CDS  NC_007484  199616  201301  1686  30S ribosomal protein S1  YP_342243  decreased coverage  7.62655e-05  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0276  CDS  NC_007484  305219  305893  675  two component transcription LuxR family regulatory protein  YP_342336  decreased coverage  0.00306595  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0337  CDS  NC_007484  367146  368564  1419  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  YP_342393  decreased coverage  2.7639e-08  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0717  CDS  NC_007484  775264  776262  999  hypothetical protein  YP_342761  decreased coverage  2.98888e-08  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0725  CDS  NC_007484  785208  786434  1227  hypothetical protein  YP_342769  decreased coverage  8.5057e-09  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0751  CDS  NC_007484  818528  818866  339  cytochrome c, class I  YP_342794  decreased coverage  6.17346e-11  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0763  CDS  NC_007484  832037  832525  489  hypothetical protein  YP_342806  decreased coverage  9.35543e-11  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0764  CDS  NC_007484  832766  833509  744  hypothetical protein  YP_342807  decreased coverage  4.33387e-10  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0969  CDS  NC_007484  1069648  1070238  591  hypothetical protein  YP_343009  decreased coverage  0.00566791  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0986  CDS  NC_007484  1088414  1088986  573  hypothetical protein  YP_343025  decreased coverage  3.49147e-08  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1052  CDS  NC_007484  1159563  1160018  456  Acetyl-CoA biotin carboxyl carrier  YP_343090  decreased coverage  1.38973e-09  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1053  CDS  NC_007484  1160070  1160513  444  3-dehydroquinate dehydratase  YP_343091  decreased coverage  1.05156e-09  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1140  CDS  NC_007484  1248285  1250219  1935  threonyl-tRNA synthetase  YP_343174  decreased coverage  9.9925e-05  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1300  CDS  NC_007484  1438866  1441010  2145  RelA/SpoT protein  YP_343329  decreased coverage  0.00320424  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1489  CDS  NC_007484  1648088  1650157  2070  TonB-dependent receptor  YP_343505  decreased coverage  3.45981e-06  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1573  CDS  NC_007484  1747688  1748209  522  heat shock protein Hsp20  YP_343582  decreased coverage  0.00130938  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1574  CDS  NC_007484  1748316  1748819  504  hypothetical protein  YP_343583  decreased coverage  0.00494576  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1654  CDS  NC_007484  1848575  1849243  669  hypothetical protein  YP_343656  decreased coverage  3.18402e-10  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1683  CDS  NC_007484  1885019  1886482  1464  hypothetical protein  YP_343685  decreased coverage  2.10217e-07  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1693  CDS  NC_007484  1892547  1894574  2028  DNA ligase (NAD+)  YP_343695  decreased coverage  0.000392244  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1694  CDS  NC_007484  1894611  1895507  897  cell division protein ZipA  YP_343696  decreased coverage  8.42049e-06  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1750  CDS  NC_007484  1968885  1969676  792  hydroxyacylglutathione hydrolase  YP_343752  decreased coverage  2.2513e-10  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1751  CDS  NC_007484  1969908  1970324  417  hypothetical protein  YP_343753  decreased coverage  6.05366e-11  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1772  CDS  NC_007484  1997321  1997593  273  histone-like DNA-binding protein  YP_343774  decreased coverage  0.000757515  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1823  CDS  NC_007484  2066682  2067470  789  hypothetical protein  YP_343821  decreased coverage  4.83786e-07  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1927  CDS  NC_007484  2206263  2207024  762  hypothetical protein  YP_343919  decreased coverage  0.00780352  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2314  CDS  NC_007484  2659768  2660136  369  ribosomal protein L14  YP_344302  decreased coverage  2.8271e-07  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2327  CDS  NC_007484  2666419  2668512  2094  elongation factor G  YP_344315  decreased coverage  8.53268e-07  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2337  CDS  NC_007484  2681236  2681583  348  SecE subunit of protein translocation complex  YP_344325  decreased coverage  9.44719e-07  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2338  CDS  NC_007484  2681843  2683033  1191  elongation factor Tu  YP_344326  decreased coverage  7.97106e-06  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2569  CDS  NC_007484  2920559  2922484  1926  peptidase M41, FtsH  YP_344552  decreased coverage  8.45189e-05  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2661  CDS  NC_007484  3015449  3016150  702  nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase  YP_344644  decreased coverage  0.000479715  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2752  CDS  NC_007484  3123932  3125284  1353  hypothetical protein  YP_344731  decreased coverage  0.00174638  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2808  CDS  NC_007484  3182378  3184375  1998  transketolase  YP_344785  decreased coverage  3.68556e-06  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2856  CDS  NC_007484  3234671  3235906  1236  cell division protein FtsA  YP_344832  decreased coverage  5.01977e-09  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2901  CDS  NC_007484  3280646  3281275  630  hypothetical protein  YP_344877  decreased coverage  0.0081039  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2902  CDS  NC_007484  3281342  3282565  1224  transposase  YP_344878  decreased coverage  0.00617488  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2971  CDS  NC_007484  3357379  3357909  531  cytochrome c oxidase, subunit II  YP_344943  decreased coverage  2.97195e-09  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_3048  CDS  NC_007484  3443570  3444046  477  hypothetical protein  YP_345019  decreased coverage  2.44651e-09  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_3081  CDS  NC_007484  3473022  3473393  372  hypothetical protein  YP_345052  decreased coverage  0.00119917  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_A0002  CDS  NC_007483  1158  1667  510  hypothetical protein  YP_342045  decreased coverage  7.68855e-08  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_R0032  tRNA  NC_007484  1997233  1997308  76  tRNA-Val    decreased coverage  0.000419269  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>