80 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
RPD_0068  CDS  NC_007958  83786  84514  729  ribonuclease P protein component  YP_567209  normal  0.190277  decreased coverage  0.00398675  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0069  CDS  NC_007958  84531  86396  1866  putative inner membrane protein translocase component YidC  YP_567210  normal  0.090165  decreased coverage  0.00200731  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0070  CDS  NC_007958  86689  87342  654  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  YP_567211  normal  decreased coverage  0.00462713  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0071  CDS  NC_007958  87339  87707  369  hypothetical protein  YP_567212  normal  decreased coverage  0.00440778  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0072  CDS  NC_007958  87920  88816  897  acetylglutamate kinase  YP_567213  normal  decreased coverage  0.00499393  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0073  CDS  NC_007958  88816  89970  1155  peptidoglycan binding domain-containing protein  YP_567214  normal  decreased coverage  0.00557733  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0228  CDS  NC_007958  265334  265603  270  30S ribosomal protein S15  YP_567369  decreased coverage  0.00134414  normal  0.416814  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0353  CDS  NC_007958  417000  418610  1611  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_567492  normal  decreased coverage  1.1697e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0354  CDS  NC_007958  418647  419438  792  enoyl-CoA hydratase/isomerase  YP_567493  normal  decreased coverage  8.42665e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0355  CDS  NC_007958  419471  420262  792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_567494  normal  decreased coverage  7.60103e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0356  CDS  NC_007958  420259  421437  1179  isovaleryl-CoA dehydrogenase  YP_567495  normal  0.969667  decreased coverage  9.34354e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0359  CDS  NC_007958  424666  425946  1281  pseudouridine synthase RluD  YP_567498  normal  decreased coverage  1.04546e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0360  CDS  NC_007958  426165  427064  900  RNA polymerase factor sigma-32  YP_567499  normal  decreased coverage  8.66831e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0453  CDS  NC_007958  520635  521954  1320  2-octaprenyl-6-methoxyphenyl hydroxylase  YP_567592  decreased coverage  0.00796447  normal  0.115301  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0466  CDS  NC_007958  535992  537404  1413  membrane bound O-acyl transferase, MBOAT  YP_567605  decreased coverage  0.00473035  normal  0.372719  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0547  CDS  NC_007958  620619  621365  747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_567686  decreased coverage  0.00539118  normal  0.224466  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0548  CDS  NC_007958  621392  621646  255  hypothetical protein  YP_567687  decreased coverage  0.000621957  normal  0.212839  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0549  CDS  NC_007958  621639  621929  291  hypothetical protein  YP_567688  decreased coverage  0.00158005  normal  0.216358  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0977  CDS  NC_007958  1107234  1107872  639  hypothetical protein  YP_568116  decreased coverage  0.00655382  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_0978  CDS  NC_007958  1107916  1108497  582  DedA family protein  YP_568117  decreased coverage  0.00254572  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_1006  CDS  NC_007958  1139834  1143010  3177  acriflavin resistance protein  YP_568145  decreased coverage  0.00411218  normal  0.136084  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_1039  CDS  NC_007958  1191683  1192561  879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_568178  decreased coverage  0.00870669  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_1793  CDS  NC_007958  2006306  2007247  942  ABC transporter related  YP_568930  decreased coverage  1.32087e-06  normal  0.412838  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_1794  CDS  NC_007958  2007244  2008416  1173  hypothetical protein  YP_568931  decreased coverage  1.52274e-05  normal  0.41124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_1940  CDS  NC_007958  2179307  2179723  417  MucR family transcriptional regulator  YP_569076  decreased coverage  0.00262472  normal  0.275978  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_1974  CDS  NC_007958  2213099  2214403  1305  hypothetical protein  YP_569110  decreased coverage  0.00010435  normal  0.369682  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_1989  CDS  NC_007958  2223929  2224609  681  hypothetical protein  YP_569125  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2117  CDS  NC_007958  2369476  2369751  276  hypothetical protein  YP_569253  decreased coverage  0.00114302  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2118  CDS  NC_007958  2370269  2370622  354  hypothetical protein  YP_569254  decreased coverage  0.00140399  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2119  CDS  NC_007958  2370619  2371167  549  hypothetical protein  YP_569255  decreased coverage  0.00208326  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2348  CDS  NC_007958  2623195  2623980  786  hemin importer ATP-binding subunit  YP_569481  decreased coverage  0.00837343  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2415  CDS  NC_007958  2692364  2694604  2241  lytic transglycosylase, catalytic  YP_569546  decreased coverage  0.00456435  normal  0.0304891  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2423  CDS  NC_007958  2701740  2702906  1167  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  YP_569554  normal  decreased coverage  0.00407497  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2424  CDS  NC_007958  2703067  2703387  321  hypothetical protein  YP_569555  normal  0.717648  decreased coverage  0.00305378  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2425  CDS  NC_007958  2703509  2704183  675  leucyl/phenylalanyl-tRNA--protein transferase  YP_569556  normal  0.716137  decreased coverage  0.0034653  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2426  CDS  NC_007958  2704263  2705483  1221  hypothetical protein  YP_569557  normal  0.23  decreased coverage  0.0038773  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2427  CDS  NC_007958  2705713  2706384  672  hypothetical protein  YP_569558  normal  0.152431  decreased coverage  0.00356275  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2428  CDS  NC_007958  2706397  2707479  1083  signal transduction histidine kinase  YP_569559  normal  0.391955  decreased coverage  0.00462713  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2578  CDS  NC_007958  2889215  2890018  804  hypothetical protein  YP_569709  normal  0.708426  decreased coverage  0.0015233  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2625  CDS  NC_007958  2943144  2944976  1833  extracellular solute-binding protein  YP_569755  normal  0.15211  decreased coverage  4.86729e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2626  CDS  NC_007958  2945234  2946022  789  invasion associated locus B  YP_569756  normal  0.194034  decreased coverage  3.48412e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2627  CDS  NC_007958  2946146  2946478  333  hemimethylated DNA-binding region  YP_569757  normal  0.255241  decreased coverage  2.97322e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2628  CDS  NC_007958  2946539  2947561  1023  auxin efflux carrier  YP_569758  normal  0.926353  decreased coverage  3.80487e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2629  CDS  NC_007958  2947665  2948861  1197  2-octaprenyl-6-methoxyphenyl hydroxylase  YP_569759  normal  decreased coverage  4.30567e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2630  CDS  NC_007958  2949011  2949745  735  phosphatidylcholine synthase  YP_569760  normal  0.11384  decreased coverage  3.45218e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2631  CDS  NC_007958  2949742  2950464  723  integral membrane protein TerC  YP_569761  normal  0.124087  decreased coverage  3.45218e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2632  CDS  NC_007958  2950565  2951539  975  zinc-binding alcohol dehydrogenase  YP_569762  normal  0.40031  decreased coverage  3.90702e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2633  CDS  NC_007958  2951737  2953062  1326  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  YP_569763  normal  0.359809  decreased coverage  4.23005e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2634  CDS  NC_007958  2953474  2954238  765  LamB/YcsF family protein  YP_569764  normal  0.412357  decreased coverage  4.04715e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2635  CDS  NC_007958  2954269  2955276  1008  allophanate hydrolase subunit 2  YP_569765  normal  0.238129  decreased coverage  4.04715e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2636  CDS  NC_007958  2955273  2956001  729  hypothetical protein  YP_569766  normal  0.24477  decreased coverage  3.73796e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2677  CDS  NC_007958  2989514  2990485  972  thiamine-monophosphate kinase  YP_569807  decreased coverage  0.00408376  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_2930  CDS  NC_007958  3264650  3265324  675  abortive infection protein  YP_570058  decreased coverage  0.000197232  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3077  CDS  NC_007958  3424636  3425958  1323  polysaccharide deacetylase  YP_570204  decreased coverage  0.00148769  normal  0.638845  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3100  CDS  NC_007958  3444830  3445705  876  hypothetical protein  YP_570227  normal  0.331222  decreased coverage  0.00425417  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3101  CDS  NC_007958  3445792  3446238  447  hypothetical protein  YP_570228  normal  decreased coverage  0.00358813  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3131  CDS  NC_007958  3483691  3484443  753  ABC transporter related  YP_570258  decreased coverage  0.00980337  normal  0.452075  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3265  CDS  NC_007958  3621898  3622083  186  hypothetical protein  YP_570390  normal  decreased coverage  0.00111007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3266  CDS  NC_007958  3622301  3622963  663  cyclic nucleotide-binding  YP_570391  normal  decreased coverage  0.00116153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3267  CDS  NC_007958  3622947  3623273  327  hypothetical protein  YP_570392  normal  decreased coverage  0.000976612  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3272  CDS  NC_007958  3627009  3628136  1128  rhomboid-like protein  YP_570397  normal  decreased coverage  0.00126234  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3273  CDS  NC_007958  3628301  3628861  561  hypothetical protein  YP_570398  normal  decreased coverage  0.00114404  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3274  CDS  NC_007958  3628843  3629613  771  cyclic nucleotide-binding  YP_570399  normal  decreased coverage  0.00132125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3377  CDS  NC_007958  3747866  3748753  888  ribosomal L11 methyltransferase  YP_570502  normal  0.0288967  decreased coverage  0.00145631  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3379  CDS  NC_007958  3749123  3750952  1830  peptidase M24  YP_570504  normal  0.379289  decreased coverage  0.00212976  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3380  CDS  NC_007958  3751209  3752543  1335  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  YP_570505  normal  0.27624  decreased coverage  0.00175601  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3542  CDS  NC_007958  3936319  3936708  390  hypothetical protein  YP_570666  decreased coverage  0.00522757  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3726  CDS  NC_007958  4161312  4162415  1104  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester cyclase  YP_570848  decreased coverage  2.05151e-06  hitchhiker  0.00410479  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3740  CDS  NC_007958  4176909  4179107  2199  phytochrome  YP_570862  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3741  CDS  NC_007958  4179109  4180431  1323  transcriptional regulator PpsR  YP_570863  normal  decreased coverage  8.29732e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3817  CDS  NC_007958  4257364  4258068  705  hypothetical protein  YP_570939  decreased coverage  0.00248449  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_3839  CDS  NC_007958  4277761  4278030  270  hypothetical protein  YP_570961  decreased coverage  0.00356032  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_4022  CDS  NC_007958  4469508  4471118  1611  extracellular solute-binding protein  YP_571142  decreased coverage  0.00714098  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_4061  CDS  NC_007958  4513336  4513641  306  hypothetical protein  YP_571181  decreased coverage  0.00347686  normal  0.258501  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_4062  CDS  NC_007958  4513704  4515092  1389  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  YP_571182  decreased coverage  0.00355793  normal  0.310254  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_4151  CDS  NC_007958  4622568  4622894  327  RNA polymerase ECF-type sigma factor  YP_571271  decreased coverage  0.00102752  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_4235  CDS  NC_007958  4703176  4703595  420  thioesterase superfamily protein  YP_571353  decreased coverage  0.00920206  normal  0.85972  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_4288  CDS  NC_007958  4749678  4750403  726  ABC transporter related  YP_571406  normal  decreased coverage  0.0030977  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_4289  CDS  NC_007958  4750393  4751112  720  ABC transporter related  YP_571407  normal  decreased coverage  0.00311988  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
RPD_4294  CDS  NC_007958  4755467  4756867  1401  amidase  YP_571412  normal  decreased coverage  0.00407497  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>