68 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
RPC_0219  CDS  NC_007925  238018  238173  156  antenna complex, alpha/beta subunit  YP_530113  decreased coverage  0.00256874  decreased coverage  0.00258596  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0220  CDS  NC_007925  238190  238393  204  antenna complex, alpha/beta subunit  YP_530114  hitchhiker  0.00667798  decreased coverage  0.00260316  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0499  CDS  NC_007925  539296  539478  183  50S ribosomal protein L32  YP_530393  normal  decreased coverage  0.00950666  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0501  CDS  NC_007925  540453  540752  300  hypothetical protein  YP_530395  normal  decreased coverage  0.00934057  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0986  CDS  NC_007925  1078789  1080393  1605  flagellar hook-length control protein  YP_530875  normal  decreased coverage  1.02639e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0987  CDS  NC_007925  1080591  1081805  1215  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  YP_530876  normal  0.243634  decreased coverage  7.58773e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0988  CDS  NC_007925  1081824  1082462  639  phosphatidylethanolamine N-methyltransferase  YP_530877  normal  0.387372  decreased coverage  5.91406e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0989  CDS  NC_007925  1082508  1082867  360  hypothetical protein  YP_530878  normal  0.346407  decreased coverage  5.26437e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0990  CDS  NC_007925  1082994  1084622  1629  recombinase  YP_530879  normal  0.265187  decreased coverage  8.29411e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0991  CDS  NC_007925  1084761  1085222  462  hypothetical protein  YP_530880  hitchhiker  0.00605298  decreased coverage  5.21663e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0992  CDS  NC_007925  1085525  1085995  471  hypothetical protein  YP_530881  hitchhiker  2.00061e-07  decreased coverage  4.9883e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0993  CDS  NC_007925  1086852  1087058  207  phage transcriptional regulator, AlpA  YP_530882  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  4.94305e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0994  CDS  NC_007925  1087177  1090281  3105  conjugal transfer relaxase TraA  YP_530883  normal  0.112891  decreased coverage  1.69955e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0995  CDS  NC_007925  1090358  1090684  327  hypothetical protein  YP_530884  normal  0.43164  decreased coverage  5.31254e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_0996  CDS  NC_007925  1090686  1090955  270  conjugal transfer TraD  YP_530885  normal  decreased coverage  5.50634e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1157  CDS  NC_007925  1260621  1261379  759  GntR-like  YP_531039  decreased coverage  0.00396004  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1238  CDS  NC_007925  1354751  1354906  156  antenna complex, alpha/beta subunit  YP_531119  decreased coverage  5.3381e-08  unclonable  1.60108e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1473  CDS  NC_007925  1609218  1610081  864  beta-lactamase-like  YP_531354  decreased coverage  0.00744617  normal  0.325797  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1520  CDS  NC_007925  1656402  1656665  264  flagellar biosynthesis protein FliQ  YP_531401  decreased coverage  0.00598342  normal  0.364566  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1566  CDS  NC_007925  1696770  1697543  774  hypothetical protein  YP_531447  normal  0.4593  decreased coverage  0.000373513  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1567  CDS  NC_007925  1697926  1699017  1092  recombinase A  YP_531448  normal  decreased coverage  0.000432957  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1568  CDS  NC_007925  1699407  1702280  2874  glycine dehydrogenase  YP_531449  normal  0.34808  decreased coverage  0.000847802  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1570  CDS  NC_007925  1702672  1703826  1155  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  YP_531451  normal  decreased coverage  0.000466042  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1571  CDS  NC_007925  1704258  1706930  2673  alanyl-tRNA synthetase  YP_531452  normal  0.673823  decreased coverage  0.000202808  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1572  CDS  NC_007925  1707136  1708911  1776  sodium/hydrogen exchanger  YP_531453  normal  0.187931  decreased coverage  0.00050527  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1728  CDS  NC_007925  1877213  1878604  1392  aminotransferase class-III  YP_531606  normal  decreased coverage  0.00289082  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1729  CDS  NC_007925  1878940  1880112  1173  peptidase M20D, amidohydrolase  YP_531607  normal  decreased coverage  0.0022862  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1730  CDS  NC_007925  1880231  1880728  498  hypothetical protein  YP_531608  normal  0.666521  decreased coverage  0.00187959  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1770  CDS  NC_007925  1922712  1924280  1569  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  YP_531648  decreased coverage  0.00425829  normal  0.115514  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1773  CDS  NC_007925  1927933  1928937  1005  hypothetical protein  YP_531651  normal  0.185989  decreased coverage  0.00548408  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1814  CDS  NC_007925  1967876  1968196  321  hypothetical protein  YP_531692  decreased coverage  0.00514089  normal  0.210861  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1816  CDS  NC_007925  1968650  1969057  408  Phage major tail protein, TP901-1  YP_531694  decreased coverage  0.0067398  normal  0.215518  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_1833  CDS  NC_007925  1987592  1988995  1404  hypothetical protein  YP_531711  decreased coverage  0.000567311  normal  0.596658  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2136  CDS  NC_007925  2333350  2334120  771  trans-aconitate 2-methyltransferase  YP_532009  hitchhiker  0.000208135  decreased coverage  0.00294275  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2137  CDS  NC_007925  2334235  2334819  585  hypothetical protein  YP_532010  decreased coverage  9.87674e-05  hitchhiker  0.00718349  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2304  CDS  NC_007925  2504212  2505099  888  hypothetical protein  YP_532177  decreased coverage  0.00318843  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2345  CDS  NC_007925  2551403  2551945  543  CreA  YP_532217  decreased coverage  0.00745568  normal  0.221071  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2404  CDS  NC_007925  2606317  2607507  1191  NADH dehydrogenase subunit D  YP_532275  normal  decreased coverage  0.00163945  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2405  CDS  NC_007925  2607504  2608469  966  methyltransferase FkbM  YP_532276  normal  decreased coverage  0.00173159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2494  CDS  NC_007925  2704327  2706051  1725  dihydroxy-acid dehydratase  YP_532364  decreased coverage  0.000806623  normal  0.595086  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2553  CDS  NC_007925  2768314  2769414  1101  cysteine synthase A  YP_532422  decreased coverage  0.0093457  normal  0.73463  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2598  CDS  NC_007925  2824028  2824393  366  hypothetical protein  YP_532467  decreased coverage  0.0022828  normal  0.0970243  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2676  CDS  NC_007925  2905609  2906586  978  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_532544  decreased coverage  0.00217657  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2728  CDS  NC_007925  2962405  2963304  900  Beta-lactamase  YP_532595  decreased coverage  0.0079236  normal  0.0883749  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2828  CDS  NC_007925  3071421  3072464  1044  hypothetical protein  YP_532695  decreased coverage  0.00564462  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2837  CDS  NC_007925  3078486  3079733  1248  SufS subfamily cysteine desulfurase  YP_532704  decreased coverage  0.00234776  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_2888  CDS  NC_007925  3141393  3141803  411  NADH dehydrogenase  YP_532755  decreased coverage  0.000596666  normal  0.0493854  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3174  CDS  NC_007925  3517839  3518135  297  XRE family transcriptional regulator  YP_533035  decreased coverage  0.00826056  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3175  CDS  NC_007925  3518206  3518493  288  excinuclease ABC subunit C  YP_533036  decreased coverage  0.00936772  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3183  CDS  NC_007925  3526092  3526412  321  ArsR family transcriptional regulator  YP_533044  decreased coverage  0.00771422  normal  0.767767  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3409  CDS  NC_007925  3795269  3795688  420  hypothetical protein  YP_533268  decreased coverage  0.000525529  normal  0.0925547  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3539  CDS  NC_007925  3933161  3933424  264  conjugal transfer protein TrbD  YP_533397  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3627  CDS  NC_007925  4034522  4035355  834  transglutaminase-like  YP_533481  normal  decreased coverage  0.00407745  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3628  CDS  NC_007925  4035624  4035839  216  hypothetical protein  YP_533482  normal  0.770207  decreased coverage  0.00338778  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3629  CDS  NC_007925  4035973  4037307  1335  carbohydrate-selective porin OprB  YP_533483  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3630  CDS  NC_007925  4037511  4038935  1425  hypothetical protein  YP_533484  normal  decreased coverage  0.00502149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3742  CDS  NC_007925  4166500  4168041  1542  glycosyl transferase family protein  YP_533596  decreased coverage  0.00121597  normal  0.955907  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3743  CDS  NC_007925  4168327  4169307  981  aminotransferase, class I and II  YP_533597  decreased coverage  0.000372169  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3945  CDS  NC_007925  4395780  4396502  723  Crp/FNR family transcriptional regulator  YP_533790  decreased coverage  3.74248e-05  normal  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_3962  CDS  NC_007925  4415163  4415465  303  30S ribosomal protein S21  YP_533807  decreased coverage  0.00936772  normal  0.750031  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_4317  CDS  NC_007925  4816407  4816997  591  hypothetical protein  YP_534159  decreased coverage  0.000958638  normal  0.0413497  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_4318  CDS  NC_007925  4817300  4818163  864  modD protein  YP_534160  decreased coverage  0.0022213  normal  0.0469871  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_4349  CDS  NC_007925  4850163  4851119  957  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_534191  normal  0.528511  decreased coverage  0.00159485  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_4350  CDS  NC_007925  4851688  4851882  195  hypothetical protein  YP_534192  normal  0.609389  decreased coverage  0.00119532  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_4386  CDS  NC_007925  4891034  4891396  363  hypothetical protein  YP_534228  normal  decreased coverage  0.00922504  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_R0015  tRNA  NC_007925  1082975  1083051  77  tRNA-Met    normal  0.329575  decreased coverage  4.81165e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_R0049  misc_RNA  NC_007925  1703962  1704052  91      normal  decreased coverage  0.00033413  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
RPC_R0050  misc_RNA  NC_007925  1703869  1703961  93      normal  decreased coverage  0.000329156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>