79 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Paes_0008  CDS  NC_011059  10694  11131  +  438  thiosulfate-binding protein SoxY  YP_002014721  decreased coverage  0.0000000479994  hitchhiker  0.00586011  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0009  CDS  NC_011059  11156  11464  +  309  Sulphur oxidation protein SoxZ  YP_002014722  decreased coverage  0.0000000324159  hitchhiker  0.00558497  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0019  CDS  NC_011059  20912  22567  +  1656  ribonuclease, Rne/Rng family  YP_002014732  decreased coverage  0.000000201428  unclonable  0.00000166802  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0111  CDS  NC_011059  112444  114354  +  1911  potassium efflux system protein  YP_002014818  decreased coverage  0.000503548  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0148  CDS  NC_011059  158358  160556  -  2199  catalase/peroxidase HPI  YP_002014854  decreased coverage  0.0029119  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0160  CDS  NC_011059  169255  169491  +  237  30S ribosomal protein S18  YP_002014866  decreased coverage  0.00000000343097  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0204  CDS  NC_011059  212411  213493  +  1083  TIR protein  YP_002014909  decreased coverage  0.00447425  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0273  CDS  NC_011059  285752  286546  -  795  diaminopimelate epimerase  YP_002014977  hitchhiker  0.00000651876  decreased coverage  0.0000261892  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0275  CDS  NC_011059  289213  289884  +  672  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_002014979  normal  0.106395  decreased coverage  0.0000259361  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0276  CDS  NC_011059  289999  290736  +  738  Dolichyl-phosphate beta-D-mannosyltransferase  YP_002014980  normal  0.50271  decreased coverage  0.0000266916  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0277  CDS  NC_011059  290808  292880  -  2073  elongation factor G  YP_002014981  normal  1  decreased coverage  0.0000480322  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0284  CDS  NC_011059  299396  299821  +  426  50S ribosomal protein L11  YP_002014988  decreased coverage  0.00000000380764  hitchhiker  0.00371909  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0285  CDS  NC_011059  299896  300585  +  690  50S ribosomal protein L1  YP_002014989  decreased coverage  0.0000000105773  hitchhiker  0.00394818  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0287  CDS  NC_011059  301199  301579  +  381  50S ribosomal protein L7/L12  YP_002014991  decreased coverage  0.0000000028458  normal  0.010711  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0439  CDS  NC_011059  472284  473069  +  786  1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5- phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase  YP_002015143  decreased coverage  0.000021512  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0471  CDS  NC_011059  504934  506007  +  1074  permease  YP_002015174  decreased coverage  0.00000000632482  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0583  CDS  NC_011059  623564  624829  +  1266  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  YP_002015286  decreased coverage  0.000000043565  normal  0.444529  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0606  CDS  NC_011059  646276  647322  +  1047  glutathione synthetase  YP_002015309  decreased coverage  0.000326698  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0646  CDS  NC_011059  684979  685464  -  486  transposase IS3/IS911 family protein  YP_002015344  decreased coverage  0.000318322  normal  0.432227  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0672  CDS  NC_011059  713341  714585  +  1245  hypothetical protein  YP_002015366  normal  1  decreased coverage  0.000206571  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0716  CDS  NC_011059  761592  765062  +  3471  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  YP_002015410  decreased coverage  0.00503093  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0816  CDS  NC_011059  897719  898021  +  303  hypothetical protein  YP_002015509  decreased coverage  0.00000000318507  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0817  CDS  NC_011059  898031  898294  +  264  hypothetical protein  YP_002015510  decreased coverage  0.0000000028458  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0824  CDS  NC_011059  906862  908196  +  1335  permease YjgP/YjgQ family protein  YP_002015517  decreased coverage  0.00713526  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0879    NC_011059  960545  961135  +  591      hitchhiker  0.0000000117242  decreased coverage  0.00867661  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0880  CDS  NC_011059  961158  961943  -  786  dimethyladenosine transferase  YP_002015571  decreased coverage  0.00000000357619  decreased coverage  0.00867661  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0881  CDS  NC_011059  962014  962997  +  984  Transketolase central region  YP_002015572  decreased coverage  0.00000000876605  normal  0.0478781  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0882  CDS  NC_011059  963021  963377  +  357  hypothetical protein  YP_002015573  decreased coverage  0.000000000577167  normal  0.0425373  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0975  CDS  NC_011059  1072716  1074098  +  1383  hypothetical protein  YP_002015663  decreased coverage  0.000000507392  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1078  CDS  NC_011059  1187260  1188558  +  1299  diguanylate cyclase  YP_002015760  decreased coverage  0.00831826  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1079  CDS  NC_011059  1188555  1189814  +  1260  protein of unknown function DUF214  YP_002015761  decreased coverage  0.0000107767  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1080  CDS  NC_011059  1189811  1191124  +  1314  protein of unknown function DUF214  YP_002015762  decreased coverage  0.00196506  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1100  CDS  NC_011059  1208193  1208972  +  780  conserved hypothetical transposase  YP_002015780  decreased coverage  0.00213813  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1173  CDS  NC_011059  1281816  1282538  -  723  protein of unknown function UPF0005  YP_002015849  decreased coverage  0.00047203  normal  0.359337  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1187  CDS  NC_011059  1296031  1296786  -  756  PASTA domain containing protein  YP_002015863  decreased coverage  0.000000264979  normal  0.522072  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1216  CDS  NC_011059  1325858  1326448  +  591  protein of unknown function DUF218  YP_002015891  hitchhiker  0.000413314  decreased coverage  0.000114911  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1217  CDS  NC_011059  1326666  1327697  -  1032  NmrA family protein  YP_002015892  hitchhiker  0.000000104302  decreased coverage  0.000138071  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1218  CDS  NC_011059  1327912  1328625  +  714  hypothetical protein  YP_002015893  decreased coverage  0.00000000185377  decreased coverage  0.000126486  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1255  CDS  NC_011059  1357995  1358522  -  528  Adenosylcobinamide kinase  YP_002015928  decreased coverage  0.00329732  normal  0.584656  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1256  CDS  NC_011059  1358761  1359348  +  588  hypothetical protein  YP_002015929  decreased coverage  0.00157199  normal  0.560162  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1356  CDS  NC_011059  1476715  1478643  +  1929  alpha amylase catalytic region  YP_002016025  decreased coverage  0.00000107731  normal  0.0276756  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1364  CDS  NC_011059  1485871  1487133  -  1263  hypothetical protein  YP_002016032  decreased coverage  0.000000043565  normal  0.463886  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1396  CDS  NC_011059  1516128  1516403  -  276  hypothetical protein  YP_002016064  decreased coverage  0.000000463627  normal  0.996169  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1412  CDS  NC_011059  1538340  1538645  -  306  CRISPR-associated protein Cas2  YP_002016080  decreased coverage  0.00285914  normal  0.0632504  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1437  CDS  NC_011059  1567016  1568875  -  1860  magnesium chelatase ATPase subunit D  YP_002016104  decreased coverage  0.000000286805  normal  0.499539  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1469  CDS  NC_011059  1606991  1608817  -  1827  aspartyl-tRNA synthetase  YP_002016136  decreased coverage  0.000021993  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1488  CDS  NC_011059  1626965  1627963  -  999  hypothetical protein  YP_002016155  decreased coverage  0.00364403  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1500  CDS  NC_011059  1641836  1642015  +  180  50S ribosomal protein L33  YP_002016167  decreased coverage  0.000000000133307  normal  0.765862  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1538  CDS  NC_011059  1679797  1681077  +  1281  glutamyl-tRNA reductase  YP_002016205  decreased coverage  0.0000572654  hitchhiker  0.00320604  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1553  CDS  NC_011059  1692781  1693149  -  369  Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  YP_002016219  unclonable  0.00000000000698293  decreased coverage  0.0000195705  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1554    NC_011059  1693146  1693568  -  423      unclonable  0.00000000000853943  decreased coverage  0.000020897  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1555  CDS  NC_011059  1693705  1694622  -  918  protein of unknown function DUF89  YP_002016220  hitchhiker  0.00000000502074  decreased coverage  0.0000247476  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1631  CDS  NC_011059  1774298  1775680  +  1383  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  YP_002016296  decreased coverage  0.0000877058  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1738  CDS  NC_011059  1899035  1899427  -  393  PilT protein domain protein  YP_002016403  decreased coverage  0.0000240428  normal  0.135442  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1752  CDS  NC_011059  1912626  1913534  -  909  sulfate adenylyltransferase subunit 2  YP_002016416  normal  1  decreased coverage  0.00756127  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1753  CDS  NC_011059  1913697  1914776  -  1080  glycosyl transferase group 1  YP_002016417  normal  0.908553  decreased coverage  0.00756127  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1776  CDS  NC_011059  1936407  1936763  -  357  S23 ribosomal protein  YP_002016436  decreased coverage  0.00000000353039  normal  0.0187612  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1777  CDS  NC_011059  1936923  1937495  -  573  hypothetical protein  YP_002016437  hitchhiker  0.0000000857192  decreased coverage  0.00810596  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1778  CDS  NC_011059  1938218  1941712  +  3495  alpha amylase catalytic region  YP_002016438  normal  0.288159  decreased coverage  0.00472936  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1779  CDS  NC_011059  1941923  1943191  -  1269  Cytochrome b/b6 domain  YP_002016439  normal  0.484297  decreased coverage  0.00239788  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1780  CDS  NC_011059  1943231  1943776  -  546  Plastoquinol--plastocyanin reductase  YP_002016440  normal  1  decreased coverage  0.00627342  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1816  CDS  NC_011059  1981316  1983685  -  2370  cell divisionFtsK/SpoIIIE  YP_002016475  decreased coverage  0.00000645592  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1896  CDS  NC_011059  2074359  2075087  -  729  hypothetical protein  YP_002016555  decreased coverage  0.00275112  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1960  CDS  NC_011059  2142880  2143125  -  246  bacteriochlorophyll C binding protein  YP_002016619  decreased coverage  0.00000000021808  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1970  CDS  NC_011059  2157076  2158194  -  1119  rod shape-determining protein MreB  YP_002016629  decreased coverage  0.000000114357  normal  0.892505  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1980  CDS  NC_011059  2172684  2174066  +  1383  Peptidase M23  YP_002016639  decreased coverage  0.00339871  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1981  CDS  NC_011059  2174119  2174529  -  411  Class I peptide chain release factor  YP_002016640  decreased coverage  0.0000274722  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2008  CDS  NC_011059  2205183  2206526  +  1344  protein of unknown function DUF21  YP_002016665  decreased coverage  0.00000403932  normal  0.229254  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2017  CDS  NC_011059  2213229  2215871  -  2643  hypothetical protein  YP_002016674  decreased coverage  0.000248245  normal  0.284056  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2038  CDS  NC_011059  2235009  2235620  -  612  30S ribosomal protein S4  YP_002016695  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2039  CDS  NC_011059  2235663  2236046  -  384  30S ribosomal protein S11  YP_002016696  decreased coverage  0.00000000528036  normal  0.276902  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2067  CDS  NC_011059  2250318  2252432  -  2115  elongation factor G  YP_002016724  decreased coverage  0.0000338261  normal  0.439953  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2137  CDS  NC_011059  2312206  2313360  -  1155  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B  YP_002016788  decreased coverage  0.0000007164  normal  0.988223  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2232  CDS  NC_011059  2411899  2413302  -  1404  hypothetical protein  YP_002016881  decreased coverage  0.000103157  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2233  CDS  NC_011059  2413592  2414788  -  1197  protein of unknown function DUF323  YP_002016882  decreased coverage  0.00201731  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2259  CDS  NC_011059  2436372  2437667  -  1296  cell division protein FtsA  YP_002016907  decreased coverage  0.0000000336547  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2286  CDS  NC_011059  2465753  2465971  -  219  hypothetical protein  YP_002016934  decreased coverage  0.000000000126987  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2287  CDS  NC_011059  2466257  2467249  +  993  aldo/keto reductase  YP_002016935  decreased coverage  0.00000000438369  normal  1  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_R0044  tRNA  NC_011059  1642081  1642165  +  85  tRNA-Leu    decreased coverage  0.0000000000717769  normal  0.735401  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>