190 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CHU_0033  CDS  NC_008255  42373  44673  2301  hypothetical protein  YP_676667  decreased coverage  0.000843922  decreased coverage  0.000130062  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0034  CDS  NC_008255  44847  45980  1134  zinc-related peptidase  YP_676668  hitchhiker  2.03877e-07  decreased coverage  8.49316e-05  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0094  CDS  NC_008255  110266  113850  3585  DNA polymerase III, alpha subunit  YP_676728  normal  0.866734  decreased coverage  0.0038584  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0095  CDS  NC_008255  114006  115688  1683  protease  YP_676729  normal  decreased coverage  0.00252113  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0134  CDS  NC_008255  159462  160886  1425  thiol-disulfide isomerase  YP_676767  decreased coverage  0.00111234  normal  0.144049  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0162  CDS  NC_008255  201490  202659  1170  cation efflux system protein  YP_676794  decreased coverage  0.002148  normal  0.387859  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0212  CDS  NC_008255  258973  259323  351  hypothetical protein  YP_676844  decreased coverage  0.00479465  normal  0.587837  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0213  CDS  NC_008255  259415  260167  753  hypothetical protein  YP_676845  decreased coverage  0.00496184  normal  0.650422  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0220  CDS  NC_008255  268147  270993  2847  hypothetical protein  YP_676852  decreased coverage  3.17657e-06  normal  0.15907  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0221  CDS  NC_008255  271439  272230  792  hypothetical protein  YP_676853  decreased coverage  0.0032159  normal  0.0532211  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0228  CDS  NC_008255  277701  278954  1254  hypothetical protein  YP_676860  normal  decreased coverage  0.008996  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0393  CDS  NC_008255  462613  463842  1230  signal transduction histidine kinase  YP_677023  decreased coverage  0.00119924  normal  0.0564408  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0394  CDS  NC_008255  464004  464690  687  hypothetical protein  YP_677024  decreased coverage  0.00865003  normal  0.102559  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0423  CDS  NC_008255  496994  497365  372  hypothetical protein  YP_677054  decreased coverage  0.00363146  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0424  CDS  NC_008255  496737  496964  228  hypothetical protein  YP_677053  decreased coverage  0.00814736  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0497  CDS  NC_008255  579030  579320  291  hypothetical protein  YP_677126  decreased coverage  0.00541627  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0523  CDS  NC_008255  601512  602543  1032  cytochrome C peroxidase  YP_677150  normal  decreased coverage  0.00240388  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0524  CDS  NC_008255  602547  602783  237  hypothetical protein  YP_677151  normal  decreased coverage  0.00190609  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0525  CDS  NC_008255  602753  602923  171  hypothetical protein  YP_677152  normal  decreased coverage  0.00184578  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0526  CDS  NC_008255  603176  603883  708  carbonic anhydrase  YP_677153  normal  decreased coverage  0.00212922  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0527  CDS  NC_008255  604039  604404  366  hypothetical protein  YP_677154  normal  decreased coverage  0.00187619  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0528  CDS  NC_008255  604597  608826  4230  TPR repeat-containing protein  YP_677155  normal  0.987709  decreased coverage  0.00608589  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0530  CDS  NC_008255  609789  613421  3633  hypothetical protein  YP_677157  decreased coverage  0.0010082  normal  0.0887655  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0553  CDS  NC_008255  643120  646179  3060  tonB-dependent outer membrane receptor  YP_677180  decreased coverage  0.00261689  normal  0.358258  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0566  CDS  NC_008255  659674  660111  438  hypothetical protein  YP_677193  decreased coverage  0.00681752  normal  0.504746  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0594  CDS  NC_008255  692169  694088  1920  siderophore biosynthesis protein  YP_677221  decreased coverage  0.00413673  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0642  CDS  NC_008255  743498  743788  291  hypothetical protein  YP_677269  decreased coverage  4.46232e-07  normal  0.460246  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0643  CDS  NC_008255  743797  744081  285  hypothetical protein  YP_677270  decreased coverage  1.01357e-07  normal  0.456148  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0799  CDS  NC_008255  900131  901516  1386  alpha-tubulin suppressor  YP_677426  normal  0.16068  decreased coverage  0.00221798  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0800  CDS  NC_008255  901569  903437  1869  ABC transporter, ATP-binding protein  YP_677427  normal  decreased coverage  0.00285677  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0801  CDS  NC_008255  903686  904879  1194  a-amylase, glycoside hydrolase family 57 protein  YP_677428  normal  decreased coverage  0.00227308  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0802  CDS  NC_008255  904891  906180  1290  a-glycosyltransferase  YP_677429  normal  decreased coverage  0.0022358  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0803  CDS  NC_008255  906428  908812  2385  a-glucosidase  YP_677430  normal  decreased coverage  0.00272657  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0814  CDS  NC_008255  917288  919189  1902  hypothetical protein  YP_677441  decreased coverage  0.00271998  normal  0.0706079  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0815  CDS  NC_008255  919186  920214  1029  hypothetical protein  YP_677442  decreased coverage  0.00019991  normal  0.0541314  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0831  CDS  NC_008255  935883  938981  3099  cation eflux protein  YP_677457  decreased coverage  0.00269228  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0865  CDS  NC_008255  988658  989533  876  hypothetical protein  YP_677488  decreased coverage  0.00896887  normal  0.0682028  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0881  CDS  NC_008255  1008230  1009525  1296  hypothetical protein  YP_677502  decreased coverage  0.000207866  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0886  CDS  NC_008255  1013022  1014098  1077  acyltransferase family protein  YP_677507  decreased coverage  0.000218499  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0892  CDS  NC_008255  1020080  1021099  1020  acyltransferase family protein  YP_677513  decreased coverage  0.000392602  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0897  CDS  NC_008255  1025313  1026371  1059  acyltransferase family protein  YP_677518  decreased coverage  0.000451682  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0907  CDS  NC_008255  1037662  1038204  543  putative colanic acid biosynthesis acetyltransferase WcaF  YP_677528  decreased coverage  0.00617955  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0918  CDS  NC_008255  1050435  1051346  912  hypothetical protein  YP_677539  decreased coverage  0.0020279  normal  0.479491  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0920    NC_008255  1053151  1054555  1405      decreased coverage  0.00335484  normal  0.814748  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0967  CDS  NC_008255  1115928  1116422  495  hypothetical protein  YP_677584  decreased coverage  0.00616994  normal  0.747539  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0968  CDS  NC_008255  1116419  1116619  201  hypothetical protein  YP_677585  decreased coverage  0.00349815  normal  0.710937  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_0993  CDS  NC_008255  1140052  1140924  873  hypothetical protein  YP_677610  decreased coverage  0.000360463  normal  0.124336  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1024  CDS  NC_008255  1178109  1181189  3081  hypothetical protein  YP_677641  decreased coverage  3.41432e-05  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1043  CDS  NC_008255  1204519  1204857  339  hypothetical protein  YP_677660  decreased coverage  0.000721444  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1044  CDS  NC_008255  1204891  1206849  1959  b-glycosyltransferase  YP_677661  decreased coverage  0.00623044  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1110  CDS  NC_008255  1288327  1288830  504  hypothetical protein  YP_677726  decreased coverage  0.000475267  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1118  CDS  NC_008255  1292087  1292623  537  hypothetical protein  YP_677733  decreased coverage  0.00717084  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1135  CDS  NC_008255  1308341  1309186  846  universal stress protein  YP_677750  decreased coverage  0.00245865  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1138  CDS  NC_008255  1310489  1312627  2139  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I/II  YP_677753  decreased coverage  0.00103071  normal  0.843172  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1139  CDS  NC_008255  1312631  1312822  192  hypothetical protein  YP_677754  decreased coverage  4.86464e-05  normal  0.969246  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1140  CDS  NC_008255  1312836  1313645  810  cytochrome c, mono- and diheme variant  YP_677755  decreased coverage  0.000421025  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1168  CDS  NC_008255  1350866  1351162  297  hypothetical protein  YP_677783  hitchhiker  0.00423622  decreased coverage  0.00886446  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1169  CDS  NC_008255  1350943  1351137  195  hypothetical protein  YP_677784  hitchhiker  0.00514608  decreased coverage  0.00854955  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1170  CDS  NC_008255  1351245  1351541  297  hypothetical protein  YP_677785  hitchhiker  0.00231167  decreased coverage  0.00861166  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1173  CDS  NC_008255  1352636  1353265  630  hypothetical protein  YP_677788  hitchhiker  5.32359e-09  decreased coverage  0.00880061  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1174  CDS  NC_008255  1353278  1353562  285  hypothetical protein  YP_677789  hitchhiker  5.16184e-10  decreased coverage  0.00812663  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1175  CDS  NC_008255  1353559  1353999  441  hypothetical protein  YP_677790  hitchhiker  1.60196e-09  decreased coverage  0.0079494  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1176  CDS  NC_008255  1353996  1354859  864  hypothetical protein  YP_677791  decreased coverage  1.10345e-09  decreased coverage  0.00892877  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1177  CDS  NC_008255  1355012  1355509  498  hypothetical protein  YP_677792  hitchhiker  6.47133e-11  decreased coverage  0.00771536  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1178  CDS  NC_008255  1355950  1356258  309  hypothetical protein  YP_677793  hitchhiker  1.51745e-11  decreased coverage  0.00726901  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1179  CDS  NC_008255  1356373  1356759  387  hypothetical protein  YP_677794  hitchhiker  8.71981e-10  decreased coverage  0.00759771  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1180  CDS  NC_008255  1356917  1357231  315  hypothetical protein  YP_677795  hitchhiker  4.63133e-08  decreased coverage  0.00765527  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1181  CDS  NC_008255  1357217  1358173  957  response regulator, positive activator of uhpT transcription  YP_677796  hitchhiker  4.1551e-09  decreased coverage  0.008996  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1182  CDS  NC_008255  1358154  1358753  600  acetyltransferase  YP_677797  hitchhiker  2.96086e-07  decreased coverage  0.00782832  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1183  CDS  NC_008255  1359043  1359711  669  hypothetical protein  YP_677798  hitchhiker  0.000143757  decreased coverage  0.00765527  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1184  CDS  NC_008255  1359722  1360360  639  hypothetical protein  YP_677799  hitchhiker  0.00583265  decreased coverage  0.00701069  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1185  CDS  NC_008255  1360558  1362501  1944  hypothetical protein  YP_677800  normal  0.132787  decreased coverage  0.00946214  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1200  CDS  NC_008255  1380033  1380653  621  hypothetical protein  YP_677815  decreased coverage  5.12562e-13  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1253  CDS  NC_008255  1462840  1464207  1368  hypothetical protein  YP_677865  decreased coverage  0.00910104  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1293  CDS  NC_008255  1507230  1507619  390  hypothetical protein  YP_677905  decreased coverage  0.000617258  normal  0.474453  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1333  CDS  NC_008255  1549747  1550430  684  GTP cyclohydrolase I  YP_677945  normal  decreased coverage  0.00848552  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1334  CDS  NC_008255  1550480  1550938  459  hypothetical protein  YP_677946  normal  decreased coverage  0.00812663  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1349  CDS  NC_008255  1573270  1574811  1542  primary replicative DNA helicase  YP_677961  decreased coverage  0.00606931  normal  0.114778  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1374  CDS  NC_008255  1598058  1598585  528  NADH dehydrogenase I chain I  YP_677986  decreased coverage  0.00228535  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1375  CDS  NC_008255  1598597  1599625  1029  NADH dehydrogenase I chain H  YP_677987  decreased coverage  0.00938294  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1421  CDS  NC_008255  1651018  1651734  717  hypothetical protein  YP_678032  decreased coverage  0.000813227  normal  0.0938216  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1422  CDS  NC_008255  1651721  1652311  591  hypothetical protein  YP_678033  decreased coverage  0.00130273  normal  0.0953844  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1448  CDS  NC_008255  1678775  1679947  1173  thioredoxin family protein  YP_678059  decreased coverage  0.00492149  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1456  CDS  NC_008255  1687513  1690587  3075  hypothetical protein  YP_678067  decreased coverage  0.00611896  normal  0.0757666  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1463  CDS  NC_008255  1698622  1698951  330  excisionase  YP_678074  decreased coverage  0.00572875  normal  0.0821258  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1482  CDS  NC_008255  1712703  1713287  585  hypothetical protein  YP_678093  decreased coverage  0.000904161  hitchhiker  0.00236642  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1489  CDS  NC_008255  1716904  1718001  1098  hypothetical protein  YP_678100  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1490  CDS  NC_008255  1718003  1718578  576  hypothetical protein  YP_678101  normal  0.0609163  decreased coverage  9.49468e-05  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1491  CDS  NC_008255  1719087  1719515  429  SOS mutagenesis protein UmuD  YP_678102  hitchhiker  0.00671192  decreased coverage  9.06446e-05  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1492  CDS  NC_008255  1719517  1720779  1263  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  YP_678103  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1493  CDS  NC_008255  1721072  1722946  1875  hypothetical protein  YP_678104  decreased coverage  4.40565e-06  decreased coverage  0.000142627  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1494  CDS  NC_008255  1723179  1723880  702  DNA repair protein  YP_678105  decreased coverage  6.47961e-05  decreased coverage  9.76606e-05  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1496  CDS  NC_008255  1724315  1724554  240  hypothetical protein  YP_678107  decreased coverage  1.56922e-05  normal  0.0221603  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1497  CDS  NC_008255  1724885  1726750  1866  histidine kinase  YP_678108  decreased coverage  0.00383985  normal  0.0346949  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1502  CDS  NC_008255  1731584  1732837  1254  component of copper transport system  YP_678113  decreased coverage  1.18001e-05  normal  0.0300718  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1508  CDS  NC_008255  1739268  1739921  654  hypothetical protein  YP_678119  decreased coverage  1.00839e-05  normal  0.123657  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1528  CDS  NC_008255  1782192  1783541  1350  transposase  YP_678139  decreased coverage  0.0027095  normal  0.119648  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1546  CDS  NC_008255  1802370  1803098  729  ABC transporter permease; gliding motility-associated protein  YP_678157  decreased coverage  2.87593e-12  normal  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1572  CDS  NC_008255  1846349  1847566  1218  ABC transporter, permease  YP_678183  decreased coverage  0.00402772  normal  0.231871  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
CHU_1592  CDS  NC_008255  1864816  1868352  3537  chromosome segregation protein, Smc family protein  YP_678202  decreased coverage  0.00176998  normal  0.493606  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>