101 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
RS00236  tRNA  NC_003295  3036735  3036811  +  77  tRNA-Pro    decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS03462  tRNA  NC_003295  2056202  2056276  -  75  tRNA-Val    decreased coverage  0.000504437  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS04526  tRNA  NC_003295  1241767  1241842  +  76  tRNA-Glu    decreased coverage  0.000000165609  normal  0.307347  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS04532  tRNA  NC_003295  1242376  1242452  +  77  tRNA-Asp    decreased coverage  0.000000147754  normal  0.326987  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS05738  rRNA  NC_003295  1534736  1537553  +  2818  23S ribosomal RNA    decreased coverage  0.00792768  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0077  CDS  NC_003295  87475  89910  +  2436  two component sensor histidine kinase transcription regulator protein  NP_518198  decreased coverage  0.000219775  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0078  CDS  NC_003295  89947  90666  +  720  two component response regulator transcription regulator protein  NP_518199  decreased coverage  0.00000511995  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0079  CDS  NC_003295  91044  93431  +  2388  hypothetical protein  NP_518200  decreased coverage  0.000960947  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0166  CDS  NC_003295  186414  187856  +  1443  outer membrane channel lipoprotein  NP_518287  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0396  CDS  NC_003295  423179  424048  -  870  4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase  NP_518517  decreased coverage  0.0000394449  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0397  CDS  NC_003295  424067  424696  -  630  outer membrane lipoprotein LolB  NP_518518  decreased coverage  0.0000178523  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0411  CDS  NC_003295  438622  439254  -  633  hypothetical protein  NP_518532  normal  1  decreased coverage  0.00714649  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0412  CDS  NC_003295  439256  439843  -  588  hypothetical protein  NP_518533  normal  1  decreased coverage  0.006802  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0522  CDS  NC_003295  559919  560671  -  753  putative acyltransferase transmembrane protein  NP_518643  normal  1  decreased coverage  0.00553836  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0523  CDS  NC_003295  560668  561267  -  600  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  NP_518644  normal  1  decreased coverage  0.00503738  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0539  CDS  NC_003295  582836  584458  +  1623  ATP-dependent RNA helicase protein  NP_518660  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0691  CDS  NC_003295  739188  740573  +  1386  putative phosphomannomutase or phosphoglucomutase protein  NP_518812  decreased coverage  0.0002556  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0692  CDS  NC_003295  740615  741613  +  999  lipopolysaccharide heptosyltransferase protein  NP_518813  decreased coverage  0.00185807  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0698  CDS  NC_003295  746423  747217  -  795  putative transcription regulator protein  NP_518819  decreased coverage  0.00682473  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0702  CDS  NC_003295  749280  750392  +  1113  putative NADH-dependent flavin oxidoreductase protein  NP_518823  decreased coverage  0.00458318  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0774  CDS  NC_003295  818883  819785  +  903  hypothetical protein  NP_518895  normal  0.22156  decreased coverage  0.00314195  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0775  CDS  NC_003295  819890  821257  -  1368  peroxidase/catalase oxidoreductase protein  NP_518896  normal  0.392915  decreased coverage  0.00378616  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0779  CDS  NC_003295  823489  824331  -  843  putative thioredoxin protein  NP_518900  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0780  CDS  NC_003295  824518  826224  +  1707  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  NP_518901  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0791  CDS  NC_003295  834984  836726  -  1743  glutaminyl-tRNA synthetase  NP_518912  decreased coverage  0.00535923  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0873  CDS  NC_003295  905209  909309  +  4101  putative bacteriophage-related transmembrane protein  NP_518994  normal  1  decreased coverage  0.00870949  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0897  CDS  NC_003295  947154  947843  -  690  hydrolase protein  NP_519018  decreased coverage  0.00554563  normal  0.72661  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0900  CDS  NC_003295  949379  950035  -  657  signal peptide protein  NP_519021  decreased coverage  0.0000937501  normal  0.517414  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0975  CDS  NC_003295  1022803  1024713  +  1911  ABC transporter ATP-binding protein  NP_519096  decreased coverage  0.000424481  normal  0.109741  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc0976  CDS  NC_003295  1024879  1026864  +  1986  DNA topoisomerase IV subunit B  NP_519097  decreased coverage  0.00669448  normal  0.174537  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1068  CDS  NC_003295  1120323  1121375  +  1053  beta-hexosaminidase  NP_519189  decreased coverage  0.0051556  normal  0.100642  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1081  CDS  NC_003295  1137553  1139964  +  2412  glucosidase protein  NP_519202  decreased coverage  0.00242883  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1082  CDS  NC_003295  1140010  1141194  +  1185  porin transmembrane protein  NP_519203  decreased coverage  0.0000550491  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1083  CDS  NC_003295  1141243  1142214  +  972  hypothetical protein  NP_519204  decreased coverage  0.0000316766  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1110  CDS  NC_003295  1166672  1167592  -  921  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  NP_519231  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1171  CDS  NC_003295  1229452  1230702  +  1251  aspartate kinase  NP_519292  decreased coverage  0.000593821  normal  0.758494  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1173  CDS  NC_003295  1232165  1234042  +  1878  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  NP_519294  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1176  CDS  NC_003295  1236244  1237899  +  1656  ABC transporter ATP-binding protein  NP_519297  decreased coverage  0.000161898  normal  0.341996  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1180  CDS  NC_003295  1242552  1243898  -  1347  inner membrane transmembrane protein  NP_519301  decreased coverage  0.00000781542  normal  0.19952  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1181  CDS  NC_003295  1243885  1245681  -  1797  inner membrane transmembrane protein  NP_519302  decreased coverage  0.0000439298  normal  0.187558  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1220  CDS  NC_003295  1290132  1290371  +  240  RNA-binding protein Hfq  NP_519341  decreased coverage  0.00041911  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1222  CDS  NC_003295  1291796  1293139  +  1344  hypothetical protein  NP_519343  decreased coverage  0.0015724  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1223  CDS  NC_003295  1293153  1294067  +  915  putative serine protease transmembrane protein  NP_519344  decreased coverage  0.00070103  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1226  CDS  NC_003295  1295663  1297003  +  1341  adenylosuccinate synthetase  NP_519347  decreased coverage  0.000419397  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1228  CDS  NC_003295  1298192  1300807  +  2616  exoribonuclease RNase R  NP_519349  decreased coverage  0.00057752  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1287  CDS  NC_003295  1369867  1370355  +  489  hypothetical protein  NP_519408  decreased coverage  0.00293096  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1421  CDS  NC_003295  1520988  1523375  +  2388  phosphoenolpyruvate synthase  NP_519542  normal  0.0887708  decreased coverage  0.00267655  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1422  CDS  NC_003295  1523522  1523950  +  429  hypothetical protein  NP_519543  normal  0.14104  decreased coverage  0.00104227  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1423  CDS  NC_003295  1523975  1524901  +  927  putative transmembrane protein  NP_519544  normal  0.169777  decreased coverage  0.00134863  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1498  CDS  NC_003295  1603642  1604232  +  591  hypothetical protein  NP_519619  decreased coverage  0.00731295  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1603  CDS  NC_003295  1722543  1724327  +  1785  dihydrolipoamide dehydrogenase  NP_519724  decreased coverage  0.00100727  normal  0.394901  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1705  CDS  NC_003295  1821305  1822462  -  1158  hypothetical protein  NP_519826  decreased coverage  0.00646278  normal  0.0869394  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1712  CDS  NC_003295  1829064  1830338  +  1275  ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpX  NP_519833  decreased coverage  0.00711011  normal  0.0237763  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1872  CDS  NC_003295  2056345  2057073  -  729  DNA polymerase III subunit epsilon  NP_519993  decreased coverage  0.000816139  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1889  CDS  NC_003295  2074034  2076331  -  2298  transmembrane isoquinoline 1-oxidoreductase subunit beta oxidoreductase protein  NP_520010  decreased coverage  0.0091612  normal  0.778364  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1892  CDS  NC_003295  2077977  2078699  +  723  two-component system response regulator transcription regulator protein  NP_520013  decreased coverage  0.00502317  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1904  CDS  NC_003295  2089949  2090197  -  249  putative transcriptional activator transcription regulator protein  NP_520025  decreased coverage  0.00444501  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1905  CDS  NC_003295  2090194  2090367  -  174  hypothetical protein  NP_520026  decreased coverage  0.00364579  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc1983  CDS  NC_003295  2157333  2158544  -  1212  tryptophan synthase subunit beta  NP_520104  normal  1  decreased coverage  0.00755336  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2111  CDS  NC_003295  2286111  2287019  -  909  dihydrodipicolinate synthase  NP_520232  decreased coverage  0.000964541  normal  0.786105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2141  CDS  NC_003295  2323951  2324649  -  699  hypothetical protein  NP_520262  decreased coverage  0.00191152  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2144  CDS  NC_003295  2326547  2327872  -  1326  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  NP_520265  decreased coverage  0.000125903  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2145  CDS  NC_003295  2327924  2329279  -  1356  putative tagatose 6-phosphate kinase protein  NP_520266  decreased coverage  0.000526082  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2146  CDS  NC_003295  2329267  2330223  -  957  fructokinase protein  NP_520267  decreased coverage  0.00000404752  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2147  CDS  NC_003295  2330228  2330998  -  771  sorbitol dehydrogenase  NP_520268  decreased coverage  0.0000207425  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2157  CDS  NC_003295  2340180  2341151  +  972  protein kinase  NP_520278  decreased coverage  0.000803751  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2159  CDS  NC_003295  2342256  2342972  +  717  ribonuclease PH  NP_520280  decreased coverage  0.0019254  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2160  CDS  NC_003295  2342984  2343589  +  606  putative deoxyribonucleotide triphosphate pyrophosphatase  NP_520281  decreased coverage  0.00385759  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2161  CDS  NC_003295  2343596  2344870  +  1275  coproporphyrinogen III oxidase  NP_520282  decreased coverage  0.0050137  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2251  CDS  NC_003295  2443255  2444616  -  1362  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  NP_520372  decreased coverage  0.001838  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2383  CDS  NC_003295  2587974  2591873  -  3900  putative signal peptide protein  NP_520504  normal  1  decreased coverage  0.00682258  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2384  CDS  NC_003295  2591885  2593654  -  1770  putative lipoprotein  NP_520505  normal  1  decreased coverage  0.00318443  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2386  CDS  NC_003295  2594104  2594985  +  882  hypothetical protein  NP_520507  normal  1  decreased coverage  0.000700551  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2514  CDS  NC_003295  2720853  2721095  +  243  putative signal peptide protein  NP_520635  normal  0.126827  decreased coverage  0.0022772  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2515  CDS  NC_003295  2721369  2722577  +  1209  hypothetical protein  NP_520636  normal  0.0603316  decreased coverage  0.00307837  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2561  CDS  NC_003295  2769610  2770272  +  663  lipoprotein  NP_520682  decreased coverage  0.00547331  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2634  CDS  NC_003295  2836729  2837871  -  1143  chaperone protein DnaJ  NP_520755  decreased coverage  0.00367611  normal  0.591004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2793  CDS  NC_003295  3003277  3003879  -  603  histone H1 protein  NP_520914  decreased coverage  0.000367102  normal  0.981386  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2799  CDS  NC_003295  3008339  3009886  +  1548  putative methyl-accepting chemotaxis transmembrane protein  NP_520920  decreased coverage  0.00825356  normal  0.849966  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2827  CDS  NC_003295  3041557  3042441  +  885  type 4 prepilin peptidase bifunctionnal: leader peptidase and N-methyltransferase transmembrane protein  NP_520948  decreased coverage  0.00920454  normal  0.142968  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2870  CDS  NC_003295  3092348  3093877  -  1530  periplasmic dipeptide transport protein  NP_520991  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc2871  CDS  NC_003295  3094267  3095457  +  1191  putative hippurate hydrolase protein  NP_520992  decreased coverage  0.000867409  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3010  CDS  NC_003295  3235081  3235350  -  270  30S ribosomal protein S17  NP_521131  decreased coverage  0.000000740755  normal  0.0471511  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3011  CDS  NC_003295  3235347  3235541  -  195  50S ribosomal protein L29  NP_521132  decreased coverage  0.000000636591  normal  0.0461975  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3013  CDS  NC_003295  3235973  3236767  -  795  30S ribosomal protein S3  NP_521134  decreased coverage  0.00000335081  decreased coverage  0.002387  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3014  CDS  NC_003295  3236777  3237106  -  330  50S ribosomal protein L22  NP_521135  hitchhiker  0.00000615248  decreased coverage  0.00191029  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3015  CDS  NC_003295  3237116  3237391  -  276  30S ribosomal protein S19  NP_521136  hitchhiker  0.00000505191  decreased coverage  0.00185866  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3016  CDS  NC_003295  3237414  3238244  -  831  50S ribosomal protein L2  NP_521137  unclonable  0.000000236322  decreased coverage  0.00250234  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3017  CDS  NC_003295  3238247  3238561  -  315  50S ribosomal protein L23  NP_521138  decreased coverage  0.000000878321  decreased coverage  0.0020306  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3018  CDS  NC_003295  3238558  3239178  -  621  50S ribosomal protein L4  NP_521139  decreased coverage  0.00000207388  decreased coverage  0.000710925  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3022  CDS  NC_003295  3241833  3243944  -  2112  elongation factor G  NP_521143  decreased coverage  0.000530326  decreased coverage  0.00189636  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3023  CDS  NC_003295  3244061  3244531  -  471  30S ribosomal protein S7  NP_521144  hitchhiker  0.0000569817  decreased coverage  0.00269493  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3024  CDS  NC_003295  3244718  3245095  -  378  30S ribosomal protein S12  NP_521145  hitchhiker  0.000203236  decreased coverage  0.00243586  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3025  CDS  NC_003295  3245533  3247446  -  1914  ATP-dependent DNA helicase protein  NP_521146  decreased coverage  0.0062287  normal  0.0101494  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3030  CDS  NC_003295  3251574  3256322  -  4749  putative signal peptide protein  NP_521151  decreased coverage  0.0044927  normal  0.201632  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3207  CDS  NC_003295  3469080  3469694  -  615  putative transcription regulator protein  NP_521328  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3224  CDS  NC_003295  3486222  3486521  -  300  hypothetical protein  NP_521345  normal  1  decreased coverage  0.00000593957  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3319  CDS  NC_003295  3582345  3583886  -  1542  F0F1 ATP synthase subunit alpha  NP_521438  normal  0.162911  decreased coverage  0.00532822  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3322  CDS  NC_003295  3585075  3585341  -  267  F0F1 ATP synthase subunit C  NP_521441  decreased coverage  0.000187922  normal  0.119264  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSc3323  CDS  NC_003295  3585422  3586345  -  924  F0F1 ATP synthase subunit A  NP_521442  decreased coverage  0.000145119  normal  0.141872  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>