56 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Bxe_B0003  CDS  NC_007952  3357414  3357788  -  375  hypothetical protein  YP_555271  decreased coverage  0.00000000000454563  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0258  CDS  NC_007952  3086693  3087661  +  969  hypothetical protein  YP_555038  decreased coverage  0.0000528342  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0304  CDS  NC_007952  3036085  3036417  +  333  ArsR family transcriptional regulator  YP_554992  decreased coverage  0.00443787  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0425  CDS  NC_007952  2902139  2903029  +  891  IclR family transcriptional regulator  YP_554872  decreased coverage  0.0000000000742162  normal  0.768795  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0426  CDS  NC_007952  2901273  2902142  +  870  IclR family transcriptional regulator  YP_554871  decreased coverage  0.00000000000895626  normal  0.732187  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0590  CDS  NC_007952  2715246  2716475  +  1230  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  YP_554710  decreased coverage  0.00160074  normal  0.517835  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0622  CDS  NC_007952  2682343  2684295  -  1953  putative exported alkaline phosphatase  YP_554679  normal  1  decreased coverage  0.00813313  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0629  CDS  NC_007952  2674518  2676251  -  1734  gamma-glutamyltransferase 1  YP_554672  normal  0.495929  decreased coverage  0.00747433  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0697  CDS  NC_007952  2596932  2597813  +  882  IclR family transcriptional regulator  YP_554606  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0698  CDS  NC_007952  2595117  2596772  -  1656  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  YP_554605  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0700  CDS  NC_007952  2592863  2593627  +  765  IclR family transcriptional regulator  YP_554603  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0848  CDS  NC_007952  2423469  2424344  -  876  putative carboxylesterase  YP_554456  normal  1  decreased coverage  0.000392053  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0849  CDS  NC_007952  2422157  2423413  -  1257  RND efflux system membrane fusion protein  YP_554455  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0850  CDS  NC_007952  2418915  2422100  -  3186  RND family hydrophobe/amphiphile efflux pump  YP_554454  normal  0.033039  decreased coverage  0.00102824  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0853  CDS  NC_007952  2414766  2415926  -  1161  ABC methionine transporter, ATPase subunit  YP_554451  decreased coverage  0.00389788  hitchhiker  0.00726443  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B0969  CDS  NC_007952  2287804  2288583  -  780  putative short-chain alcohol dehydrogenase  YP_554335  decreased coverage  0.00190431  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1041  CDS  NC_007952  2215221  2216297  +  1077  OmpC family outer membrane porin  YP_554263  decreased coverage  0.000439487  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1081  CDS  NC_007952  2178591  2179364  +  774  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  YP_554224  normal  0.348982  decreased coverage  0.00598719  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1086  CDS  NC_007952  2171014  2172525  -  1512  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  YP_554219  normal  0.0995729  decreased coverage  0.00377502  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1087  CDS  NC_007952  2170071  2170976  -  906  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  YP_554218  normal  0.27752  decreased coverage  0.00698053  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1099  CDS  NC_007952  2160014  2160979  +  966  putative epimerase/dehydratase  YP_554206  normal  1  decreased coverage  0.00865955  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1205  CDS  NC_007952  2041613  2042176  -  564  hypothetical protein  YP_554101  decreased coverage  4.64987e-18  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1289a  CDS  NC_007952  1943176  1943445  -  270  hypothetical protein  YP_554019  decreased coverage  0.00119325  normal  0.59249  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1322  CDS  NC_007952  1907484  1909700  -  2217  glycogen operon protein GlgX  YP_553990  decreased coverage  0.0099235  normal  0.0986293  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1330  CDS  NC_007952  1895963  1898116  -  2154  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  YP_553982  normal  1  decreased coverage  0.00298171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1335  CDS  NC_007952  1891011  1891433  +  423  hypothetical protein  YP_553977  normal  0.970106  decreased coverage  0.00476745  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1336  CDS  NC_007952  1890579  1890899  +  321  putative thioredoxin  YP_553976  normal  1  decreased coverage  0.00442557  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1337  CDS  NC_007952  1890043  1890339  -  297  hypothetical protein  YP_553975  normal  0.797958  decreased coverage  0.0043989  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1354  CDS  NC_007952  1875030  1875602  +  573  XRE family transcriptional regulator  YP_553959  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1379  CDS  NC_007952  1849940  1850845  -  906  hypothetical protein  YP_553935  normal  1  decreased coverage  0.00595304  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1422  CDS  NC_007952  1797484  1798278  +  795  pyrroline-5-carboxylate reductase  YP_553892  decreased coverage  0.00291687  normal  0.134961  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1423  CDS  NC_007952  1796987  1797487  +  501  aconitase subunit 2  YP_553891  decreased coverage  0.00470678  normal  0.0794476  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1435  CDS  NC_007952  1786217  1787320  +  1104  electron transfer flavoprotein fixB (alpha subunit)  YP_553879  decreased coverage  0.0000130268  normal  0.0153048  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1466  CDS  NC_007952  1761385  1762848  -  1464  nitrogenase, molybdenum-iron protein alpha chain(NifD)  YP_553848  decreased coverage  0.00189861  hitchhiker  0.000541069  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1470  CDS  NC_007952  1757087  1758568  -  1482  nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE  YP_553844  normal  0.500656  decreased coverage  0.000161432  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1471  CDS  NC_007952  1755673  1757064  -  1392  nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifN  YP_553843  normal  0.26071  decreased coverage  0.000156771  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1472  CDS  NC_007952  1755237  1755650  -  414  nitrogen fixation-related protein (NifX)  YP_553842  normal  0.437364  decreased coverage  0.0000979183  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1473  CDS  NC_007952  1754747  1755244  -  498  hypothetical protein  YP_553841  normal  0.554599  decreased coverage  0.000104665  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1524  CDS  NC_007952  1685322  1687088  +  1767  dihydroxy-acid dehydratase  YP_553790  decreased coverage  0.00289701  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1635  CDS  NC_007952  1571649  1572254  +  606  CyoC  YP_553680  decreased coverage  0.00622543  normal  0.140868  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1651  CDS  NC_007952  1544636  1545442  +  807  hypothetical protein  YP_553665  normal  1  decreased coverage  0.00915385  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1707  CDS  NC_007952  1481898  1482587  +  690  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  YP_553609  decreased coverage  0.00153599  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1805  CDS  NC_007952  1373103  1374686  +  1584  putative fatty aldehyde dehydrogenase  YP_553513  decreased coverage  0.00336157  normal  0.0125854  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1926  CDS  NC_007952  1237483  1237998  +  516  dihydrofolate reductase  YP_553397  decreased coverage  0.000147298  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1927    NC_007952  1237095  1237367  -  273      decreased coverage  0.000822278  normal  0.473378  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1972  CDS  NC_007952  1197240  1198028  -  789  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  YP_553360  decreased coverage  0.000233159  normal  0.641101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B1973  CDS  NC_007952  1196194  1197243  -  1050  ABC peptide transporter, ATPase subunit  YP_553359  decreased coverage  0.0000188902  normal  0.467489  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B2013  CDS  NC_007952  1151069  1152778  -  1710  GAF sensor hybrid histidine kinase  YP_553322  normal  1  decreased coverage  0.00655857  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B2068  CDS  NC_007952  1089995  1091449  +  1455  heavy metal sensor signal transduction histidine Kinases (STHK)  YP_553269  decreased coverage  0.00178003  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B2162  CDS  NC_007952  984595  985365  +  771  hypothetical protein  YP_553174  decreased coverage  0.00663104  normal  0.456218  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B2311  CDS  NC_007952  819562  820512  -  951  LysR family transcriptional regulator  YP_553026  decreased coverage  0.00615396  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B2370  CDS  NC_007952  760705  762027  +  1323  putative phthalate 4,5-dioxygenase oxygenase subunit (OhpA2)  YP_552969  decreased coverage  0.00000000000399664  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B2426  CDS  NC_007952  701756  702175  +  420  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (xoxG)  YP_552915  decreased coverage  0.00658149  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B2633  CDS  NC_007952  448829  449851  -  1023  ATPase  YP_552710  unclonable  4.839220000000001e-18  decreased coverage  0.0000000173501  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B2777  CDS  NC_007952  286700  286963  +  264  hypothetical protein  YP_552568  decreased coverage  0.0000000000000199644  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_B2882  CDS  NC_007952  169434  170147  +  714  N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase  YP_552463  decreased coverage  0.0071709  normal  0.913017  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>