59 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Reut_A0004  CDS  NC_007347  6870  7844  975  RNA-directed DNA polymerase  YP_294230  decreased coverage  0.00169574  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A0172  CDS  NC_007347  198611  199231  621  helix-turn-helix, Fis-type  YP_294398  decreased coverage  0.00427429  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A0173  CDS  NC_007347  199228  200583  1356  sensor histidine kinase  YP_294399  decreased coverage  0.00702706  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A0462  CDS  NC_007347  507871  508944  1074  tartrate dehydrogenase  YP_294688  decreased coverage  0.00797383  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A0509  CDS  NC_007347  552804  553772  969  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_294735  decreased coverage  0.00315441  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A0522  CDS  NC_007347  567744  568382  639  LuxR response regulator receiver  YP_294748  decreased coverage  0.000276468  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A0527  CDS  NC_007347  573562  574623  1062  recombinase A  YP_294753  decreased coverage  0.000554316  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A0545  CDS  NC_007347  591012  592034  1023  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  YP_294771  decreased coverage  0.0086605  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A0546  CDS  NC_007347  592143  592337  195  hypothetical protein  YP_294772  decreased coverage  0.000158423  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A1055    NC_007347  1147109  1147589  481      decreased coverage  0.00415528  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A1126  CDS  NC_007347  1218755  1220005  1251  aspartate kinase  YP_295348  decreased coverage  7.63531e-06  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A1293  CDS  NC_007347  1381203  1382165  963  LysR family transcriptional regulator  YP_295507  decreased coverage  0.00171024  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A1385  CDS  NC_007347  1495853  1496551  699  ABC transporter related  YP_295599  decreased coverage  0.00534091  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A1420  CDS  NC_007347  1536921  1537904  984  twin-arginine translocation pathway signal  YP_295634  decreased coverage  0.00102429  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A1460  CDS  NC_007347  1577459  1578379  921  putative signal peptide  YP_295674  decreased coverage  0.00422609  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A1504  CDS  NC_007347  1623073  1624359  1287  major facilitator transporter  YP_295715  decreased coverage  0.0043837  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A1537  CDS  NC_007347  1656105  1657061  957  lipolytic protein  YP_295747  decreased coverage  0.000528451  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A1735  CDS  NC_007347  1874921  1876354  1434  hypothetical protein  YP_295944  decreased coverage  0.00484301  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A1831  CDS  NC_007347  2006334  2007356  1023  hypothetical protein  YP_296040  decreased coverage  0.000783197  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A1887  CDS  NC_007347  2067353  2068681  1329  hypothetical protein  YP_296096  decreased coverage  0.00257246  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A2110  CDS  NC_007347  2319089  2319703  615  recombination protein RecR  YP_296318  decreased coverage  0.00315118  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A2283  CDS  NC_007347  2517042  2517728  687  hypothetical protein  YP_296490  decreased coverage  0.00564388  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A2358  CDS  NC_007347  2599010  2601001  1992  DNA topoisomerase IV subunit B  YP_296564  decreased coverage  0.00684569  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A2775  CDS  NC_007347  3044368  3045075  708  DnaA regulatory inactivator Hda  YP_296980  decreased coverage  0.00936325  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A2872  CDS  NC_007347  3145608  3146204  597  histone H1-like protein  YP_297077  decreased coverage  2.26286e-07  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A2974  CDS  NC_007347  3261788  3262984  1197  cell division protein FtsZ  YP_297178  decreased coverage  0.00404653  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A3024  CDS  NC_007347  3326657  3327274  618  anthranilate synthase component II  YP_297228  decreased coverage  0.00296432  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A3063  CDS  NC_007347  3369918  3371156  1239  secretion protein HlyD  YP_297267  decreased coverage  0.000572272  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A3180  CDS  NC_007347  3479599  3480900  1302  carboxymethylenebutenolidase  YP_297384  decreased coverage  5.1009e-05  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A3301  CDS  NC_007347  3609746  3611257  1512  transmembrane protein  YP_297504  decreased coverage  0.00618037  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A3341  CDS  NC_007347  3657094  3659379  2286  primosome assembly protein PriA  YP_297543  decreased coverage  0.000327838  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_A3345  CDS  NC_007347  3663176  3663592  417  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  YP_297547  decreased coverage  0.00950448  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_AR0004  tRNA  NC_007347  568479  568555  77  tRNA-Met    decreased coverage  1.88757e-05  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_AR0057  tRNA  NC_007347  3503159  3503232  74  tRNA-Gly    decreased coverage  0.00632698  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B3567  CDS  NC_007348  123095  124186  1092  porin  YP_297769  decreased coverage  0.000504769  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B3961  CDS  NC_007348  594724  595413  690  heavy metal response regulator  YP_298161  decreased coverage  0.00889091  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B3996  CDS  NC_007348  635017  635925  909  hypothetical protein  YP_298196  decreased coverage  0.000134249  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B4100  CDS  NC_007348  744847  745854  1008  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  YP_298300  decreased coverage  0.00146207  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B4285  CDS  NC_007348  942855  943862  1008  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  YP_298482  decreased coverage  0.000591698  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B4294  CDS  NC_007348  954244  954750  507  hypothetical protein  YP_298491  decreased coverage  0.00636245  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B4325  CDS  NC_007348  982282  982914  633  CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase  YP_298522  decreased coverage  0.00794733  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B4333  CDS  NC_007348  989853  991352  1500  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  YP_298530  decreased coverage  0.00474819  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B4546  CDS  NC_007348  1223228  1223626  399  hypothetical protein  YP_298740  decreased coverage  0.00100705  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B4654  CDS  NC_007348  1344816  1345034  219  hypothetical protein  YP_298847  decreased coverage  0.00736979  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B4871  CDS  NC_007348  1586804  1587919  1116  porin  YP_299063  decreased coverage  2.47804e-05  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B4881  CDS  NC_007348  1600150  1600941  792  AraC family transcriptional regulator  YP_299073  decreased coverage  0.000645238  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B5204  CDS  NC_007348  1951995  1953002  1008  hypothetical protein  YP_299394  decreased coverage  0.00787806  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B5296  CDS  NC_007348  2057318  2057779  462  hypothetical protein  YP_299486  decreased coverage  0.00670036  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_B5304  CDS  NC_007348  2067043  2068380  1338  major facilitator transporter  YP_299494  decreased coverage  0.00630409  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_BR0068  tRNA  NC_007348  29489  29564  76  tRNA-Gly    decreased coverage  0.00512241  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_BR0069  tRNA  NC_007348  29584  29658  75  tRNA-Thr    decreased coverage  0.00993164  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_C5893  CDS  NC_007336  9597  10931  1335  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein  YP_293093  decreased coverage  0.00733964  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_C5941  CDS  NC_007336  57708  59078  1371  hypothetical protein  YP_293139  decreased coverage  0.00787806  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_C5956  CDS  NC_007336  73333  74103  771  ABC transporter related  YP_293153  decreased coverage  0.00448247  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_C6170  CDS  NC_007336  320120  322153  2034  helix-turn-helix, Fis-type  YP_293342  decreased coverage  0.0094108  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_C6224  CDS  NC_007336  388190  388957  768  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_293390  decreased coverage  5.52131e-05  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_C6332  CDS  NC_007336  507486  508583  1098  porin  YP_293492  decreased coverage  0.00191281  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_C6347  CDS  NC_007336  521750  523300  1551  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  YP_293507  decreased coverage  1.13528e-05  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Reut_D6502  CDS  NC_007337  58243  59205  963  conjugal transfer ATPase TrbB  YP_293657  decreased coverage  8.48029e-13  n/a    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>