65 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Ajs_0276  CDS  NC_008782  291387  292577  +  1191  elongation factor Tu  YP_984606  decreased coverage  0.000219388  decreased coverage  0.00000000221899  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0277  CDS  NC_008782  292605  292916  +  312  30S ribosomal protein S10  YP_984607  decreased coverage  0.0000127009  decreased coverage  0.000000000926134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0278  CDS  NC_008782  293167  293841  +  675  50S ribosomal protein L3  YP_984608  hitchhiker  0.000211938  decreased coverage  0.00000000129288  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0394  CDS  NC_008782  406551  406856  +  306  30S ribosomal protein S14  YP_984722  decreased coverage  0.000622338  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0395  CDS  NC_008782  406877  407272  +  396  30S ribosomal protein S8  YP_984723  decreased coverage  0.00245288  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0439  CDS  NC_008782  452727  453461  +  735  respiratory nitrate reductase gamma subunit  YP_984766  decreased coverage  0.00872281  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0697  CDS  NC_008782  736544  738160  +  1617  glucose-6-phosphate isomerase  YP_985017  normal  1  decreased coverage  0.000815409  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0764  CDS  NC_008782  805350  806018  +  669  imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH  YP_985084  normal  1  decreased coverage  0.0089517  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0765  CDS  NC_008782  806044  806820  +  777  1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5- phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase  YP_985085  normal  1  decreased coverage  0.00934547  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0938  CDS  NC_008782  984227  985144  +  918  hypothetical protein  YP_985254  normal  0.164916  decreased coverage  0.000000000195145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0939  CDS  NC_008782  985362  985940  +  579  hypothetical protein  YP_985255  normal  0.0246287  decreased coverage  0.000000000151677  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0940  CDS  NC_008782  986652  986984  -  333  hypothetical protein  YP_985256  decreased coverage  0.00000407685  decreased coverage  0.000000000126981  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0941  CDS  NC_008782  986965  987243  -  279  hypothetical protein  YP_985257  decreased coverage  0.00000337828  decreased coverage  0.000000000131841  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0942  CDS  NC_008782  987240  987596  -  357  hypothetical protein  YP_985258  decreased coverage  0.00000447883  hitchhiker  0.0000000013649  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_1446  CDS  NC_008782  1507725  1508177  -  453  single-stranded DNA-binding protein  YP_985732  decreased coverage  0.00973819  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_1526  CDS  NC_008782  1582324  1583199  -  876  hypothetical protein  YP_985795  decreased coverage  0.00702216  normal  0.485209  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_1548  CDS  NC_008782  1600115  1600738  -  624  hypothetical protein  YP_985817  decreased coverage  0.00328644  normal  0.0561718  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_1816  CDS  NC_008782  1888042  1888908  -  867  UspA domain-containing protein  YP_986079  decreased coverage  0.00317647  normal  0.851658  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_1895  CDS  NC_008782  1983579  1984838  -  1260  nitric oxide dioxygenase  YP_986151  decreased coverage  0.00231107  normal  0.14211  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_1994  CDS  NC_008782  2094864  2095832  -  969  hypothetical protein  YP_986246  decreased coverage  0.00362251  normal  0.711901  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2033  CDS  NC_008782  2138459  2140546  +  2088  TonB-dependent receptor  YP_986285  decreased coverage  0.000947033  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2046  CDS  NC_008782  2156795  2157586  +  792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_986298  decreased coverage  0.00404736  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2082  CDS  NC_008782  2197365  2198315  -  951  patatin  YP_986334  decreased coverage  0.00726346  normal  0.98017  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2099  CDS  NC_008782  2220252  2221142  -  891  putative signal peptide  YP_986350  decreased coverage  0.00558021  normal  0.7383  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2146    NC_008782  2267890  2268075  -  186      normal  1  decreased coverage  0.000363504  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2147  CDS  NC_008782  2268368  2269594  +  1227  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  YP_986391  normal  1  decreased coverage  0.000616647  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2150  CDS  NC_008782  2272136  2274232  -  2097  excinuclease ABC subunit B  YP_986394  normal  0.611343  decreased coverage  0.000405507  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2202  CDS  NC_008782  2331946  2333901  +  1956  DNA mismatch repair ATPase-like protein  YP_986443  decreased coverage  0.000849326  normal  0.525867  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2217  CDS  NC_008782  2349504  2351267  +  1764  hypothetical protein  YP_986458  decreased coverage  0.00749141  normal  0.254652  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2253  CDS  NC_008782  2388140  2389453  +  1314  HipA domain-containing protein  YP_986492  decreased coverage  0.00653025  normal  0.641538  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2299  CDS  NC_008782  2437210  2437725  +  516  hypothetical protein  YP_986537  normal  0.419159  decreased coverage  0.00439974  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2308  CDS  NC_008782  2446201  2446857  +  657  adenylate kinase  YP_986546  decreased coverage  0.00367216  normal  0.15407  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2309  CDS  NC_008782  2446945  2447916  -  972  asparaginase  YP_986547  decreased coverage  0.00324768  normal  0.172792  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2423  CDS  NC_008782  2573488  2574534  +  1047  polysulphide reductase, NrfD  YP_986660  decreased coverage  0.00497953  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2426  CDS  NC_008782  2579272  2581842  +  2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_986663  decreased coverage  0.00467654  normal  0.444529  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2481  CDS  NC_008782  2643299  2645122  +  1824  hypothetical protein  YP_986718  normal  1  decreased coverage  0.00277144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2523  CDS  NC_008782  2685104  2687617  -  2514  ATP-dependent DNA ligase  YP_986759  normal  1  decreased coverage  0.00000543878  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2524  CDS  NC_008782  2687648  2688691  -  1044  Ku domain-containing protein  YP_986760  normal  1  decreased coverage  0.00000225561  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2525  CDS  NC_008782  2689273  2689470  -  198  hypothetical protein  YP_986761  normal  1  decreased coverage  0.00000544451  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2526  CDS  NC_008782  2689533  2690708  -  1176  putative transcriptional regulator  YP_986762  normal  1  decreased coverage  0.0000101247  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2540  CDS  NC_008782  2705121  2705399  -  279  putative OriT-binding protein, TraK  YP_986774  decreased coverage  0.00967752  hitchhiker  0.000154647  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2717  CDS  NC_008782  2882730  2883017  -  288  hypothetical protein  YP_986936  decreased coverage  0.00000153208  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2882  CDS  NC_008782  3054710  3055273  -  564  alkyl hydroperoxide reductase subunit C  YP_987099  decreased coverage  0.000958869  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2947  CDS  NC_008782  3116573  3117457  +  885  chromosome partitioning ATPase  YP_987159  decreased coverage  0.0000147107  normal  0.455241  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3036  CDS  NC_008782  3201678  3202088  +  411  VanZ family protein  YP_987246  decreased coverage  0.000617485  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3416  CDS  NC_008782  3610575  3611420  -  846  TatD-related deoxyribonuclease  YP_987609  decreased coverage  0.00399053  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3417  CDS  NC_008782  3611530  3611727  -  198  hypothetical protein  YP_987610  decreased coverage  0.0064901  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3418  CDS  NC_008782  3611783  3612091  -  309  ArsR family transcriptional regulator  YP_987611  decreased coverage  0.00835555  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3666  CDS  NC_008782  3878397  3879626  -  1230  cell division protein FtsA  YP_987853  decreased coverage  0.00516103  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3803  CDS  NC_008782  4037622  4038086  -  465  flagellar export protein FliJ  YP_987986  decreased coverage  0.00367216  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3884  CDS  NC_008782  4123605  4125083  +  1479  FAD dependent oxidoreductase  YP_988067  decreased coverage  0.00847826  normal  0.748591  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3908  CDS  NC_008782  4160198  4161406  -  1209  benzoate transporter  YP_988090  decreased coverage  0.00157906  normal  0.79315  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3909  CDS  NC_008782  4161510  4163378  -  1869  K+ potassium transporter  YP_988091  decreased coverage  0.000284388  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4182  CDS  NC_008765  19147  19884  -  738  hypothetical protein  YP_974018  decreased coverage  0.0000230688  hitchhiker  0.0000485707  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4183  CDS  NC_008765  19820  20413  -  594  hypothetical protein  YP_974019  decreased coverage  0.0000132578  hitchhiker  0.0000422379  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4186  CDS  NC_008765  21164  21547  -  384  hypothetical protein  YP_974022  hitchhiker  0.0000611315  decreased coverage  0.00000952948  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4187  CDS  NC_008765  21549  22049  -  501  lytic transglycosylase, catalytic  YP_974023  hitchhiker  0.000629  decreased coverage  0.0000117899  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4226    NC_008765  55353  56339  -  987      decreased coverage  0.00338168  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4248  CDS  NC_008766  4  4746  +  4743  hypothetical protein  YP_974083  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4264  CDS  NC_008766  13139  14872  -  1734  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  YP_974098  normal  0.121202  decreased coverage  0.00233607  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4265  CDS  NC_008766  14883  15110  -  228  entry exclusion protein TrbK  YP_974099  normal  0.0346234  decreased coverage  0.00151767  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4266  CDS  NC_008766  15120  15884  -  765  conjugal transfer protein TrbJ  YP_974100  normal  0.44227  decreased coverage  0.00186593  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4275  CDS  NC_008766  24135  24497  -  363  conjugal transfer protein TrbA  YP_974109  decreased coverage  6.75879e-22  normal  0.733184  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4296  CDS  NC_008766  44596  44877  -  282  addiction module antitoxin  YP_974122  decreased coverage  0.0000000263758  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4297  CDS  NC_008766  44864  45127  -  264  addiction module antitoxin  YP_974123  decreased coverage  0.000000082937  normal  1  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>