65 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Ajs_0276  CDS  NC_008782  291387  292577  1191  elongation factor Tu  YP_984606  decreased coverage  0.000219388  decreased coverage  2.21899e-09  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0277  CDS  NC_008782  292605  292916  312  30S ribosomal protein S10  YP_984607  decreased coverage  1.27009e-05  decreased coverage  9.26134e-10  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0278  CDS  NC_008782  293167  293841  675  50S ribosomal protein L3  YP_984608  hitchhiker  0.000211938  decreased coverage  1.29288e-09  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0394  CDS  NC_008782  406551  406856  306  30S ribosomal protein S14  YP_984722  decreased coverage  0.000622338  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0395  CDS  NC_008782  406877  407272  396  30S ribosomal protein S8  YP_984723  decreased coverage  0.00245288  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0439  CDS  NC_008782  452727  453461  735  respiratory nitrate reductase gamma subunit  YP_984766  decreased coverage  0.00872281  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0697  CDS  NC_008782  736544  738160  1617  glucose-6-phosphate isomerase  YP_985017  normal  decreased coverage  0.000815409  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0764  CDS  NC_008782  805350  806018  669  imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH  YP_985084  normal  decreased coverage  0.0089517  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0765  CDS  NC_008782  806044  806820  777  1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5- phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase  YP_985085  normal  decreased coverage  0.00934547  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0938  CDS  NC_008782  984227  985144  918  hypothetical protein  YP_985254  normal  0.164916  decreased coverage  1.95145e-10  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0939  CDS  NC_008782  985362  985940  579  hypothetical protein  YP_985255  normal  0.0246287  decreased coverage  1.51677e-10  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0940  CDS  NC_008782  986652  986984  333  hypothetical protein  YP_985256  decreased coverage  4.07685e-06  decreased coverage  1.26981e-10  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0941  CDS  NC_008782  986965  987243  279  hypothetical protein  YP_985257  decreased coverage  3.37828e-06  decreased coverage  1.31841e-10  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_0942  CDS  NC_008782  987240  987596  357  hypothetical protein  YP_985258  decreased coverage  4.47883e-06  hitchhiker  1.3649e-09  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_1446  CDS  NC_008782  1507725  1508177  453  single-stranded DNA-binding protein  YP_985732  decreased coverage  0.00973819  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_1526  CDS  NC_008782  1582324  1583199  876  hypothetical protein  YP_985795  decreased coverage  0.00702216  normal  0.485209  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_1548  CDS  NC_008782  1600115  1600738  624  hypothetical protein  YP_985817  decreased coverage  0.00328644  normal  0.0561718  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_1816  CDS  NC_008782  1888042  1888908  867  UspA domain-containing protein  YP_986079  decreased coverage  0.00317647  normal  0.851658  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_1895  CDS  NC_008782  1983579  1984838  1260  nitric oxide dioxygenase  YP_986151  decreased coverage  0.00231107  normal  0.14211  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_1994  CDS  NC_008782  2094864  2095832  969  hypothetical protein  YP_986246  decreased coverage  0.00362251  normal  0.711901  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2033  CDS  NC_008782  2138459  2140546  2088  TonB-dependent receptor  YP_986285  decreased coverage  0.000947033  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2046  CDS  NC_008782  2156795  2157586  792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_986298  decreased coverage  0.00404736  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2082  CDS  NC_008782  2197365  2198315  951  patatin  YP_986334  decreased coverage  0.00726346  normal  0.98017  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2099  CDS  NC_008782  2220252  2221142  891  putative signal peptide  YP_986350  decreased coverage  0.00558021  normal  0.7383  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2146    NC_008782  2267890  2268075  186      normal  decreased coverage  0.000363504  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2147  CDS  NC_008782  2268368  2269594  1227  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  YP_986391  normal  decreased coverage  0.000616647  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2150  CDS  NC_008782  2272136  2274232  2097  excinuclease ABC subunit B  YP_986394  normal  0.611343  decreased coverage  0.000405507  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2202  CDS  NC_008782  2331946  2333901  1956  DNA mismatch repair ATPase-like protein  YP_986443  decreased coverage  0.000849326  normal  0.525867  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2217  CDS  NC_008782  2349504  2351267  1764  hypothetical protein  YP_986458  decreased coverage  0.00749141  normal  0.254652  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2253  CDS  NC_008782  2388140  2389453  1314  HipA domain-containing protein  YP_986492  decreased coverage  0.00653025  normal  0.641538  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2299  CDS  NC_008782  2437210  2437725  516  hypothetical protein  YP_986537  normal  0.419159  decreased coverage  0.00439974  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2308  CDS  NC_008782  2446201  2446857  657  adenylate kinase  YP_986546  decreased coverage  0.00367216  normal  0.15407  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2309  CDS  NC_008782  2446945  2447916  972  asparaginase  YP_986547  decreased coverage  0.00324768  normal  0.172792  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2423  CDS  NC_008782  2573488  2574534  1047  polysulphide reductase, NrfD  YP_986660  decreased coverage  0.00497953  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2426  CDS  NC_008782  2579272  2581842  2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_986663  decreased coverage  0.00467654  normal  0.444529  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2481  CDS  NC_008782  2643299  2645122  1824  hypothetical protein  YP_986718  normal  decreased coverage  0.00277144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2523  CDS  NC_008782  2685104  2687617  2514  ATP-dependent DNA ligase  YP_986759  normal  decreased coverage  5.43878e-06  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2524  CDS  NC_008782  2687648  2688691  1044  Ku domain-containing protein  YP_986760  normal  decreased coverage  2.25561e-06  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2525  CDS  NC_008782  2689273  2689470  198  hypothetical protein  YP_986761  normal  decreased coverage  5.44451e-06  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2526  CDS  NC_008782  2689533  2690708  1176  putative transcriptional regulator  YP_986762  normal  decreased coverage  1.01247e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2540  CDS  NC_008782  2705121  2705399  279  putative OriT-binding protein, TraK  YP_986774  decreased coverage  0.00967752  hitchhiker  0.000154647  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2717  CDS  NC_008782  2882730  2883017  288  hypothetical protein  YP_986936  decreased coverage  1.53208e-06  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2882  CDS  NC_008782  3054710  3055273  564  alkyl hydroperoxide reductase subunit C  YP_987099  decreased coverage  0.000958869  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_2947  CDS  NC_008782  3116573  3117457  885  chromosome partitioning ATPase  YP_987159  decreased coverage  1.47107e-05  normal  0.455241  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3036  CDS  NC_008782  3201678  3202088  411  VanZ family protein  YP_987246  decreased coverage  0.000617485  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3416  CDS  NC_008782  3610575  3611420  846  TatD-related deoxyribonuclease  YP_987609  decreased coverage  0.00399053  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3417  CDS  NC_008782  3611530  3611727  198  hypothetical protein  YP_987610  decreased coverage  0.0064901  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3418  CDS  NC_008782  3611783  3612091  309  ArsR family transcriptional regulator  YP_987611  decreased coverage  0.00835555  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3666  CDS  NC_008782  3878397  3879626  1230  cell division protein FtsA  YP_987853  decreased coverage  0.00516103  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3803  CDS  NC_008782  4037622  4038086  465  flagellar export protein FliJ  YP_987986  decreased coverage  0.00367216  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3884  CDS  NC_008782  4123605  4125083  1479  FAD dependent oxidoreductase  YP_988067  decreased coverage  0.00847826  normal  0.748591  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3908  CDS  NC_008782  4160198  4161406  1209  benzoate transporter  YP_988090  decreased coverage  0.00157906  normal  0.79315  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_3909  CDS  NC_008782  4161510  4163378  1869  K+ potassium transporter  YP_988091  decreased coverage  0.000284388  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4182  CDS  NC_008765  19147  19884  738  hypothetical protein  YP_974018  decreased coverage  2.30688e-05  hitchhiker  4.85707e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4183  CDS  NC_008765  19820  20413  594  hypothetical protein  YP_974019  decreased coverage  1.32578e-05  hitchhiker  4.22379e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4186  CDS  NC_008765  21164  21547  384  hypothetical protein  YP_974022  hitchhiker  6.11315e-05  decreased coverage  9.52948e-06  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4187  CDS  NC_008765  21549  22049  501  lytic transglycosylase, catalytic  YP_974023  hitchhiker  0.000629  decreased coverage  1.17899e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4226    NC_008765  55353  56339  987      decreased coverage  0.00338168  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4248  CDS  NC_008766  4746  4743  hypothetical protein  YP_974083  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4264  CDS  NC_008766  13139  14872  1734  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  YP_974098  normal  0.121202  decreased coverage  0.00233607  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4265  CDS  NC_008766  14883  15110  228  entry exclusion protein TrbK  YP_974099  normal  0.0346234  decreased coverage  0.00151767  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4266  CDS  NC_008766  15120  15884  765  conjugal transfer protein TrbJ  YP_974100  normal  0.44227  decreased coverage  0.00186593  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4275  CDS  NC_008766  24135  24497  363  conjugal transfer protein TrbA  YP_974109  decreased coverage  6.75879e-22  normal  0.733184  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4296  CDS  NC_008766  44596  44877  282  addiction module antitoxin  YP_974122  decreased coverage  2.63758e-08  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Ajs_4297  CDS  NC_008766  44864  45127  264  addiction module antitoxin  YP_974123  decreased coverage  8.2937e-08  normal  Acidovorax sp. JS42  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>