103 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
SAG0023  CDS  NC_004116  35393  35632  240  acyl carrier protein  NP_687059  decreased coverage  0.00143843  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0024  CDS  NC_004116  35756  36460  705  phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase  NP_687060  decreased coverage  0.00430618  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0064  CDS  NC_004116  79871  80524  654  30S ribosomal protein S3  NP_687100  decreased coverage  0.00697995  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0072  CDS  NC_004116  83145  83543  399  30S ribosomal protein S8  NP_687108  decreased coverage  0.00771687  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0079  CDS  NC_004116  87338  87976  639  adenylate kinase  NP_687115  decreased coverage  0.000187867  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0080  CDS  NC_004116  88092  88310  219  translation initiation factor IF-1  NP_687116  decreased coverage  3.59666e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0081  CDS  NC_004116  88336  88452  117  50S ribosomal protein L36  NP_687117  decreased coverage  2.65715e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0082  CDS  NC_004116  88470  88835  366  30S ribosomal protein S13  NP_687118  decreased coverage  7.02281e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0105  CDS  NC_004116  113600  114883  1284  trigger factor  NP_687141  decreased coverage  0.00110725  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0106  CDS  NC_004116  115072  115647  576  DNA-directed RNA polymerase subunit delta  NP_687142  decreased coverage  8.8797e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0171  CDS  NC_004116  192900  193355  456  hypothetical protein  NP_687206  decreased coverage  5.24259e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0214  CDS  NC_004116  230809  231255  447  50S ribosomal protein L13  NP_687249  decreased coverage  8.3935e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0256  CDS  NC_004116  264842  265333  492  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  NP_687291  decreased coverage  0.00208601  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0301  CDS  NC_004116  311177  311299  123  hypothetical protein  NP_687336  decreased coverage  0.000193282  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0303  CDS  NC_004116  312119  313273  1155  hypothetical protein  NP_687338  decreased coverage  0.00482447  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0440  CDS  NC_004116  455763  456017  255  hypothetical protein  NP_687471  decreased coverage  3.27177e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0490  CDS  NC_004116  504429  504659  231  hypothetical protein  NP_687520  decreased coverage  3.77267e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0537  CDS  NC_004116  552547  553482  936  DHH family protein  NP_687566  decreased coverage  0.000764384  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0542  CDS  NC_004116  557266  557649  384  IS1381 transposase protein A  NP_687571  decreased coverage  6.32314e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0543  CDS  NC_004116  557682  558071  390  IS1381 transposase protein B  NP_687572  decreased coverage  6.76475e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0602  CDS  NC_004116  595432  595734  303  hypothetical protein  NP_687629  decreased coverage  6.57359e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0714  CDS  NC_004116  709443  710009  567  hypothetical protein  NP_687729  decreased coverage  0.00402421  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0744  CDS  NC_004116  736626  737423  798  hypothetical protein  NP_687759  decreased coverage  0.00535616  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0761  CDS  NC_004116  755984  757252  1269  cell cycle protein FtsW  NP_687776  decreased coverage  0.00222867  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0764  CDS  NC_004116  759916  760608  693  phosphoglyceromutase  NP_687779  decreased coverage  0.00177418  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0772  CDS  NC_004116  770210  771754  1545  peptide chain release factor 3  NP_687787  decreased coverage  0.00659018  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0823  CDS  NC_004116  822108  823535  1428  glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, NADP-dependent  NP_687838  decreased coverage  0.00319051  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0878  CDS  NC_004116  885368  886336  969  acetoin dehydrogenase, thymine PPi dependent, E1 component, alpha subunit  NP_687892  decreased coverage  0.00306772  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0887  CDS  NC_004116  896071  897423  1353  phosphoglucosamine mutase  NP_687901  decreased coverage  0.00143709  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0958  CDS  NC_004116  963924  965294  1371  NADH oxidase  NP_687970  decreased coverage  0.00225098  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0959  CDS  NC_004116  965415  966404  990  L-lactate dehydrogenase  NP_687971  decreased coverage  0.000716339  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG0961  CDS  NC_004116  969109  969852  744  sortase SrtA  NP_687973  decreased coverage  0.000962691  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1008  CDS  NC_004116  1018286  1019047  762  iron compound ABC transporter, ATP-binding protein  NP_688019  decreased coverage  0.000200517  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1015  CDS  NC_004116  1024433  1025917  1485  carbon starvation protein CstA, putative  NP_688026  decreased coverage  0.00237627  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1066  CDS  NC_004116  1075047  1076765  1719  phosphoglucomutase  NP_688075  decreased coverage  0.00652897  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1068  CDS  NC_004116  1077349  1078182  834  IS861, transposase OrfB  NP_688077  decreased coverage  0.000365841  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1069  CDS  NC_004116  1078264  1078461  198  hypothetical protein  NP_688078  decreased coverage  1.73674e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1070  CDS  NC_004116  1078475  1080208  1734  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  NP_688079  decreased coverage  0.00802304  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1093  CDS  NC_004116  1101899  1102783  885  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  NP_688102  decreased coverage  0.000312184  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1126  CDS  NC_004116  1133491  1134177  687  hypothetical protein  NP_688135  decreased coverage  0.00145645  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1128  CDS  NC_004116  1136133  1136330  198  Cro/CI family transcriptional regulator  NP_688137  decreased coverage  0.000913081  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1129  CDS  NC_004116  1136375  1136485  111  hypothetical protein  NP_688138  decreased coverage  0.00089118  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1139  CDS  NC_004116  1141458  1142039  582  hypothetical protein  NP_688148  decreased coverage  0.000743095  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1140  CDS  NC_004116  1142054  1142302  249  hypothetical protein  NP_688149  decreased coverage  0.00407686  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1141  CDS  NC_004116  1142350  1142688  339  hypothetical protein  NP_688150  decreased coverage  0.00570897  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1145  CDS  NC_004116  1147833  1149179  1347  sodium:alanine symporter family protein  NP_688154  decreased coverage  0.00166768  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1166  CDS  NC_004116  1170946  1171833  888  glycosyl transferase CpsN(V)  NP_688175  decreased coverage  0.00222064  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1189  CDS  NC_004116  1192251  1193255  1005  hypothetical protein  NP_688198  decreased coverage  0.00418408  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1215  CDS  NC_004116  1221490  1222407  918  hypothetical protein  NP_688224  decreased coverage  0.00293385  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1238  CDS  NC_004116  1252057  1252665  609  hypothetical protein  NP_688242  decreased coverage  0.000971288  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1244  CDS  NC_004116  1254329  1255108  780  ISSdy1, transposase OrfB  NP_688246  decreased coverage  0.00850335  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1266  CDS  NC_004116  1276299  1276757  459  hypothetical protein  NP_688266  decreased coverage  0.000115434  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1293  CDS  NC_004116  1307071  1307655  585  protease, putative  NP_688291  decreased coverage  0.00499036  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1327  CDS  NC_004116  1332878  1334107  1230  sensor histidine kinase  NP_688325  decreased coverage  0.0088456  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1328  CDS  NC_004116  1334107  1334793  687  DNA-binding response regulator  NP_688326  decreased coverage  0.00114355  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1361  CDS  NC_004116  1371322  1372566  1245  hypothetical protein  NP_688359  decreased coverage  0.00937892  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1420  CDS  NC_004116  1432591  1432944  354  hypothetical protein  NP_688417  decreased coverage  2.34918e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1422  CDS  NC_004116  1433674  1434615  942  glycosyl transferase, group 2 family protein  NP_688419  decreased coverage  0.000268918  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1424  CDS  NC_004116  1435876  1436730  855  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  NP_688421  decreased coverage  0.000208207  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1475  CDS  NC_004116  1495901  1496623  723  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  NP_688469  decreased coverage  0.00514925  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1490  CDS  NC_004116  1510527  1511375  849  MutR family transcriptional regulator  NP_688484  decreased coverage  0.000229278  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1491  CDS  NC_004116  1511592  1513184  1593  hypothetical protein  NP_688485  decreased coverage  0.00542195  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1498  CDS  NC_004116  1515157  1515558  402  hypothetical protein  NP_688492  decreased coverage  0.00219104  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1505  CDS  NC_004116  1519135  1519611  477  MutT/nudix family protein  NP_688499  decreased coverage  0.000663569  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1506  CDS  NC_004116  1519803  1520606  804  hypothetical protein  NP_688500  decreased coverage  0.00830658  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1511  CDS  NC_004116  1524595  1525449  855  hypothetical protein  NP_688505  decreased coverage  0.00830658  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1512  CDS  NC_004116  1525567  1526124  558  ribosome recycling factor  NP_688506  decreased coverage  0.00300903  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1519  CDS  NC_004116  1532174  1532863  690  50S ribosomal protein L1  NP_688513  decreased coverage  0.00056705  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1520  CDS  NC_004116  1532967  1533392  426  50S ribosomal protein L11  NP_688514  decreased coverage  0.000275325  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1530  CDS  NC_004116  1545213  1546016  804  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type  NP_688524  decreased coverage  0.00140377  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1601  CDS  NC_004116  1604093  1604332  240  hypothetical protein  NP_688592  decreased coverage  0.000268086  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1602  CDS  NC_004116  1604490  1605032  543  hypothetical protein  NP_688593  decreased coverage  0.000577019  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1604  CDS  NC_004116  1605683  1606372  690  hypothetical protein  NP_688595  decreased coverage  0.000120987  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1605  CDS  NC_004116  1606395  1606898  504  hypothetical protein  NP_688596  decreased coverage  0.000432675  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1606  CDS  NC_004116  1606936  1607679  744  RNA methyltransferase  NP_688597  decreased coverage  0.0012787  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1647  CDS  NC_004116  1647789  1648775  987  DhaKLM operon coactivator DhaQ  NP_688638  decreased coverage  0.0087743  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1658  CDS  NC_004116  1655191  1655925  735  hypothetical protein  NP_688649  decreased coverage  0.00141764  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1659  CDS  NC_004116  1655991  1656347  357  iojap-related protein  NP_688650  decreased coverage  8.07789e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1660  CDS  NC_004116  1656349  1656870  522  isochorismatase family protein  NP_688651  decreased coverage  0.000971288  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1664  CDS  NC_004116  1658689  1659807  1119  GTP-binding protein YqeH  NP_688655  decreased coverage  0.00606929  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1676  CDS  NC_004116  1671698  1672909  1212  aminotransferase AlaT  NP_688667  decreased coverage  0.000605131  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1683  CDS  NC_004116  1680408  1681946  1539  immunogenic secreted protein, putative  NP_688674  decreased coverage  0.00328189  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1707  CDS  NC_004116  1700825  1702324  1500  EmrB/QacA family drug resistance transporter  NP_688697  decreased coverage  0.00395265  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1708  CDS  NC_004116  1702412  1702528  117  hypothetical protein  NP_688698  decreased coverage  0.00021306  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1751  CDS  NC_004116  1747784  1748320  537  hypothetical protein  NP_688741  decreased coverage  0.000997536  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1752  CDS  NC_004116  1748455  1749627  1173  hypothetical protein  NP_688742  decreased coverage  0.00572064  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1793  CDS  NC_004116  1785612  1785746  135  50S ribosomal protein L34  NP_688783  decreased coverage  3.43039e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1794  CDS  NC_004116  1785930  1787285  1356  hypothetical protein  NP_688784  decreased coverage  0.00298391  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1810  CDS  NC_004116  1807007  1807723  717  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  NP_688800  decreased coverage  0.00111407  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1840  CDS  NC_004116  1836362  1836700  339  hypothetical protein  NP_688830  decreased coverage  0.00580001  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1861  CDS  NC_004116  1854118  1854477  360  prophage LambdaSa2, Cro/CI family transcriptional regulator  NP_688851  decreased coverage  5.49862e-05  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1876  CDS  NC_004116  1862240  1862770  531  prophage LambdaSa2, HNH endonuclease family protein  NP_688865  decreased coverage  0.00409455  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1899  CDS  NC_004116  1880346  1881212  867  PTS system, IIC component  NP_688888  decreased coverage  0.00676289  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1903  CDS  NC_004116  1883531  1883635  105  hypothetical protein  NP_688892  decreased coverage  0.000211137  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG1904  CDS  NC_004116  1883708  1884520  813  gluconate 5-dehydrogenase  NP_688893  decreased coverage  0.000312184  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG2091  CDS  NC_004116  2071641  2071907  267  hypothetical protein  NP_689077  decreased coverage  0.000383678  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG2103  CDS  NC_004116  2083466  2085157  1692  arginyl-tRNA synthetase  NP_689088  decreased coverage  0.00628973  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG2114  CDS  NC_004116  2093760  2094788  1029  hypothetical protein  NP_689099  decreased coverage  0.00301162  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG2156  CDS  NC_004116  2137436  2138545  1110  recombination protein F  NP_689141  decreased coverage  0.000779125  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
SAG2157  CDS  NC_004116  2138557  2139393  837  transporter, putative  NP_689142  decreased coverage  0.000281775  n/a    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>