85 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
HS_0022  CDS  NC_008309  23475  24458  984  dicarboxylate-binding protein  YP_718228  decreased coverage  0.00664942  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0051  CDS  NC_008309  56274  57782  1509  ABC transporter, ATP-binding, sugar transport  YP_718257  decreased coverage  1.86076e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0071  CDS  NC_008309  71470  71781  312  50S ribosomal protein L24  YP_718277  decreased coverage  1.98963e-09  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0082  CDS  NC_008309  77132  77521  390  30S ribosomal protein S11  YP_718289  decreased coverage  6.25128e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0083  CDS  NC_008309  77551  78171  621  30S ribosomal protein S4  YP_718290  decreased coverage  3.23728e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0136  CDS  NC_008309  122211  123569  1359  chromosomal replication initiation protein  YP_718341  decreased coverage  5.82235e-06  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0137  CDS  NC_008309  123581  124681  1101  DNA polymerase III subunit beta  YP_718342  decreased coverage  1.08126e-06  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0168  CDS  NC_008309  150107  150337  231  acyl carrier protein  YP_718375  decreased coverage  1.22767e-09  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0219  CDS  NC_008309  219532  220920  1389  NadC family transporter  YP_718426  decreased coverage  1.02508e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0244  CDS  NC_008309  244128  245108  981  octaprenyl-diphosphate synthase  YP_718452  decreased coverage  2.22684e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0262  CDS  NC_008309  259201  260505  1305  translocation protein TolB  YP_718470  decreased coverage  0.000248265  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0263  CDS  NC_008309  260563  260970  408  peptidoglycan-associated outer membrane lipoprotein (outer membrane protein P6)  YP_718471  decreased coverage  8.50084e-09  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0292  CDS  NC_008309  292198  293244  1047  glycosyltransferase  YP_718500  decreased coverage  4.91136e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0318  CDS  NC_008309  315766  316932  1167  penicillin-binding protein  YP_718526  decreased coverage  0.00115381  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0416  CDS  NC_008309  443105  443368  264  30S ribosomal protein S20  YP_718626  decreased coverage  4.43906e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0447a  CDS  NC_008309  472874  473056  183  hypothetical protein  YP_718657  decreased coverage  1.17901e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0448  CDS  NC_008309  473089  475053  1965  transferrin-binding protein  YP_718658  decreased coverage  0.000287066  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0466  CDS  NC_008309  497743  499158  1416  aspartate ammonia-lyase  YP_718677  decreased coverage  1.07475e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0495  CDS  NC_008309  536097  537002  906  DNA-binding transcriptional activator GcvA  YP_718706  decreased coverage  1.26497e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0534  CDS  NC_008309  571152  571433  282  hypothetical protein  YP_718745  decreased coverage  0.00558878  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0557  CDS  NC_008309  592009  592530  522  phage P1-related protein  YP_718768  decreased coverage  0.00378955  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0564  CDS  NC_008309  600940  601236  297  DNA-binding protein Fis  YP_718775  decreased coverage  0.000303285  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0565  CDS  NC_008309  601230  602213  984  tRNA-dihydrouridine synthase B  YP_718776  decreased coverage  4.09979e-06  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0609  CDS  NC_008309  651424  652395  972  protein-N(pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (phosphotransferase system mannose/fructose-specific IIA component)  YP_718821  decreased coverage  2.26836e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0669  CDS  NC_008309  716869  717360  492  hypothetical protein  YP_718881  decreased coverage  1.57853e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0670  CDS  NC_008309  717522  717911  390  transcriptional regulator  YP_718882  decreased coverage  5.80347e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0708  CDS  NC_008309  753459  755138  1680  L-lactate permease  YP_718920  decreased coverage  3.70423e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0751  CDS  NC_008309  806002  807015  1014  hypothetical protein  YP_718961  decreased coverage  2.44418e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0758  CDS  NC_008309  812399  813187  789  IclR family transcriptional regulator  YP_718968  decreased coverage  0.00765311  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0759  CDS  NC_008309  813410  814408  999  2,3-diketo-L-gulonate reductase  YP_718969  decreased coverage  0.00167663  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0780  CDS  NC_008309  833899  835110  1212  tyrosine-specific transport protein  YP_718990  decreased coverage  8.92482e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0801  CDS  NC_008309  872174  873589  1416  tryptophanase  YP_719011  decreased coverage  0.000525745  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0814  CDS  NC_008309  888919  889533  615  outer-membrane lipoprotein carrier protein  YP_719024  decreased coverage  0.000179338  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0815  CDS  NC_008309  889755  890168  414  hypothetical protein  YP_719025  decreased coverage  7.35018e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0831  CDS  NC_008309  909291  909725  435  transcription antitermination protein NusB  YP_719041  decreased coverage  1.97838e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0832  CDS  NC_008309  909740  910747  1008  thiamine-monophosphate kinase  YP_719042  decreased coverage  4.11831e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0864  CDS  NC_008309  940859  942181  1323  condesin subunit F  YP_719074  decreased coverage  0.00596599  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0924  CDS  NC_008309  1017897  1018895  999  2-keto-3-deoxygluconate permease  YP_719135  decreased coverage  0.000214762  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0925  CDS  NC_008309  1018906  1019907  1002  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  YP_719136  decreased coverage  5.92654e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0963  CDS  NC_008309  1064682  1065869  1188  pH-dependent sodium/proton antiporter  YP_719174  decreased coverage  1.93238e-06  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0976  CDS  NC_008309  1074384  1076027  1644  30S ribosomal protein S1  YP_719187  decreased coverage  0.00186692  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_0987  CDS  NC_008309  1086570  1087286  717  uridylate kinase  YP_719198  decreased coverage  3.85538e-06  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1035  CDS  NC_008309  1141355  1142422  1068  hemagglutinin antigen  YP_719247  decreased coverage  6.58717e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1092  CDS  NC_008309  1222834  1223289  456  ImpA protein  YP_719304  decreased coverage  0.00223714  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1113  CDS  NC_008309  1249823  1250314  492  shikimate kinase  YP_719325  decreased coverage  0.0015491  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1132  CDS  NC_008309  1271025  1272080  1056  beta-hexosaminidase  YP_719344  decreased coverage  0.00323913  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1185  CDS  NC_008309  1335892  1336611  720  hypothetical protein  YP_719397  decreased coverage  0.00454576  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1194  CDS  NC_008309  1346950  1348857  1908  molecular chaperone DnaK  YP_719406  decreased coverage  0.00921212  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1221  CDS  NC_008309  1381844  1382692  849  bifunctional 5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase/ 5,10-methylene-tetrahydrofolate cyclohydrolase  YP_719433  decreased coverage  0.00020406  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1236  CDS  NC_008309  1416275  1418029  1755  DNA primase  YP_719448  decreased coverage  0.00798045  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1279  CDS  NC_008309  1467977  1468381  405  fumarate reductase subunit C  YP_719491  decreased coverage  0.000508075  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1280  CDS  NC_008309  1468392  1468739  348  fumarate reductase subunit D  YP_719492  decreased coverage  3.78267e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1290  CDS  NC_008309  1478488  1479417  930  tRNA-dihydrouridine synthase C  YP_719502  decreased coverage  4.04902e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1318  CDS  NC_008309  1509380  1509832  453  C4-dicarboxylate transport system, small subunit  YP_719530  decreased coverage  4.64953e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1319  CDS  NC_008309  1509829  1510899  1071  C4-dicarboxylate transport system, C4-dicarboxylate-binding protein  YP_719531  decreased coverage  3.40401e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1343  CDS  NC_008309  1535688  1536383  696  DNA replication initiation factor  YP_719555  decreased coverage  1.27246e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1360  CDS  NC_008309  1552860  1553315  456  (3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydratase  YP_719572  decreased coverage  5.39148e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1361  CDS  NC_008309  1553399  1554358  960  hypothetical protein  YP_719573  decreased coverage  2.75115e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1380  CDS  NC_008309  1571380  1571682  303  transcription regulator  YP_719592  decreased coverage  2.72076e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1395  CDS  NC_008309  1590548  1590733  186  hypothetical protein  YP_719607  decreased coverage  5.71256e-10  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1403  CDS  NC_008309  1595735  1595983  249  hypothetical protein  YP_719615  decreased coverage  2.45908e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1410  CDS  NC_008309  1599786  1600052  267  hypothetical protein  YP_719622  decreased coverage  2.09727e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1411  CDS  NC_008309  1600415  1600603  189  hypothetical protein  YP_719623  decreased coverage  9.43738e-09  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1416  CDS  NC_008309  1603682  1603966  285  hypothetical protein  YP_719628  decreased coverage  5.14759e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1417  CDS  NC_008309  1603963  1604400  438  hypothetical protein  YP_719629  decreased coverage  1.71518e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1418  CDS  NC_008309  1604397  1604696  300  hypothetical protein  YP_719630  decreased coverage  4.7816e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1419  CDS  NC_008309  1604708  1605643  936  phage recombinase  YP_719631  decreased coverage  4.44725e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1437  CDS  NC_008309  1624616  1624942  327  primosomal replication protein N  YP_719649  decreased coverage  0.000292686  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1472  CDS  NC_008309  1664502  1664735  234  50S ribosomal protein L31P  YP_719682  decreased coverage  2.5459e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1473  CDS  NC_008309  1664811  1665500  690  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  YP_719683  decreased coverage  5.44933e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1513  CDS  NC_008309  1708378  1708905  528  inorganic pyrophosphatase  YP_719723  decreased coverage  0.000365711  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1514  CDS  NC_008309  1708964  1709728  765  hypothetical protein  YP_719724  decreased coverage  3.19394e-05  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1515  CDS  NC_008309  1709791  1710456  666  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  YP_719725  decreased coverage  0.00972645  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1569  CDS  NC_008309  1780165  1780677  513  protoporphyrinogen oxidase  YP_719774  decreased coverage  8.38772e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1582  CDS  NC_008309  1795838  1796773  936  ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  YP_719787  decreased coverage  3.17911e-06  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1585  CDS  NC_008309  1799956  1800804  849  hypothetical protein  YP_719790  decreased coverage  8.90053e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1598  CDS  NC_008309  1813693  1814538  846  D-mannonate oxidoreductase  YP_719803  decreased coverage  0.00242359  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1607  CDS  NC_008309  1822744  1823682  939  periplasmic negative regulator of sigmaE  YP_719812  decreased coverage  2.59614e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1646  CDS  NC_008309  1879539  1880009  471  30S ribosomal protein S7  YP_719851  decreased coverage  7.14502e-09  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1647  CDS  NC_008309  1880140  1880514  375  30S ribosomal protein S12  YP_719852  decreased coverage  3.49263e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1656  CDS  NC_008309  1888020  1888508  489  hypothetical protein  YP_719861  decreased coverage  9.4537e-09  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1657  CDS  NC_008309  1888559  1888858  300  hypothetical protein  YP_719862  decreased coverage  2.78417e-09  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1658  CDS  NC_008309  1888884  1889441  558  integral membrane protein  YP_719863  decreased coverage  2.5742e-08  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1659  CDS  NC_008309  1889441  1890391  951  magnesium/nickel/cobalt transporter CorA  YP_719864  decreased coverage  5.70011e-07  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
HS_1782  CDS  NC_008309  2000019  2000252  234  hypothetical protein  YP_719987  decreased coverage  0.00286743  n/a    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>