211 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Sde_0002  CDS  NC_007912  2145  3248  1104  DNA polymerase III subunit beta  YP_525478  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0063  CDS  NC_007912  77167  78501  1335  hypothetical protein  YP_525539  decreased coverage  0.000187215  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0234  CDS  NC_007912  294612  294950  339  nitrogen regulatory protein P-II  YP_525710  decreased coverage  0.000834653  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0235  CDS  NC_007912  295256  295495  240  hypothetical protein  YP_525711  decreased coverage  0.00135914  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0284  CDS  NC_007912  351651  354005  2355  hypothetical protein  YP_525760  normal  0.0213511  decreased coverage  5.04435e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0285  CDS  NC_007912  354273  355367  1095  hypothetical protein  YP_525761  decreased coverage  1.31916e-11  decreased coverage  2.74042e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0322  CDS  NC_007912  399174  400628  1455  hypothetical protein  YP_525798  decreased coverage  3.09201e-05  normal  0.674626  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0340  CDS  NC_007912  424155  424580  426  hypothetical protein  YP_525816  decreased coverage  4.66882e-09  normal  0.179324  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0355  CDS  NC_007912  439547  439951  405  branched-chain amino acid aminotransferase I  YP_525831  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0362  CDS  NC_007912  448189  448866  678  glutathione S-transferase-like protein  YP_525838  decreased coverage  0.00749625  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0459  CDS  NC_007912  563034  563393  360  peptidase S41A, C-terminal protease  YP_525935  decreased coverage  0.00200581  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0502  CDS  NC_007912  614299  615705  1407  L-glutamine synthetase  YP_525978  decreased coverage  3.20948e-10  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0557  CDS  NC_007912  679298  681715  2418  hypothetical protein  YP_526033  decreased coverage  3.26191e-06  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0580  CDS  NC_007912  715832  718078  2247  alkaline phosphatase  YP_526056  normal  decreased coverage  0.00489448  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0583  CDS  NC_007912  722139  722834  696  response regulator receiver domain-containing protein  YP_526059  decreased coverage  2.9507e-11  normal  0.0148942  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0588  CDS  NC_007912  729351  730859  1509  response regulator receiver domain-containing protein  YP_526064  normal  0.917971  decreased coverage  0.00918466  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0628  CDS  NC_007912  793004  794920  1917  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  YP_526102  decreased coverage  2.88278e-08  normal  0.81106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0674  CDS  NC_007912  860927  861220  294  hypothetical protein  YP_526148  decreased coverage  9.78777e-05  hitchhiker  1.70908e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0682  CDS  NC_007912  866249  868975  2727  TonB-dependent receptor  YP_526156  decreased coverage  2.18654e-05  hitchhiker  5.44353e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0716  CDS  NC_007912  925981  927822  1842  Fis family transcriptional regulator  YP_526190  decreased coverage  3.78476e-07  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0772  CDS  NC_007912  996263  997930  1668  ribulokinase  YP_526246  decreased coverage  2.89465e-08  normal  0.0721691  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0819  CDS  NC_007912  1066453  1067439  987  cell division protein FtsA  YP_526293  decreased coverage  3.92808e-12  normal  0.759534  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0825  CDS  NC_007912  1075024  1077357  2334  Mutator MutT  YP_526299  decreased coverage  0.00304949  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0834  CDS  NC_007912  1086256  1086996  741  hypothetical protein  YP_526308  decreased coverage  8.7146e-06  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0888  CDS  NC_007912  1146113  1147633  1521  fumarase  YP_526362  hitchhiker  1.00222e-08  decreased coverage  1.42387e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0890  CDS  NC_007912  1151069  1153243  2175  ribosomal protein L7/L12  YP_526364  normal  0.0132016  decreased coverage  1.95771e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0891  CDS  NC_007912  1153431  1153772  342  pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase  YP_526365  normal  decreased coverage  7.42303e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0892  CDS  NC_007912  1153983  1156064  2082  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  YP_526366  normal  0.914859  decreased coverage  1.72581e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0893  CDS  NC_007912  1156121  1156780  660  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  YP_526367  normal  decreased coverage  8.73186e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0894  CDS  NC_007912  1156817  1157926  1110  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  YP_526368  normal  decreased coverage  9.80143e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0895  CDS  NC_007912  1158055  1159263  1209  translation elongation factor G  YP_526369  normal  decreased coverage  9.43112e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0896  CDS  NC_007912  1159292  1160011  720  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  YP_526370  normal  decreased coverage  8.81745e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0897  CDS  NC_007912  1160074  1161906  1833  translation elongation factor G  YP_526371  normal  decreased coverage  1.53698e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0898  CDS  NC_007912  1161956  1162330  375  translation elongation factor Tu  YP_526372  normal  decreased coverage  6.68063e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0899  CDS  NC_007912  1162323  1162922  600  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  YP_526373  normal  decreased coverage  7.86086e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0900  CDS  NC_007912  1162939  1163292  354  arsenate reductase  YP_526374  normal  decreased coverage  6.94318e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0901  CDS  NC_007912  1163480  1164781  1302  tRNA-processing RNAse BN  YP_526375  normal  0.562692  decreased coverage  1.15397e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0902  CDS  NC_007912  1165055  1165420  366  response regulator receiver domain-containing protein  YP_526376  normal  0.308515  decreased coverage  6.3687e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0903  CDS  NC_007912  1165507  1166772  1266  valine--pyruvate transaminase  YP_526377  normal  0.176446  decreased coverage  9.25124e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0904  CDS  NC_007912  1166827  1167381  555  gluconate kinase  YP_526378  normal  0.119231  decreased coverage  6.68063e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0905  CDS  NC_007912  1167555  1168562  1008  LacI family transcription regulator  YP_526379  normal  decreased coverage  8.24566e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0906  CDS  NC_007912  1168671  1171037  2367  NdvB protein  YP_526380  normal  decreased coverage  1.6442e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0907  CDS  NC_007912  1171148  1172764  1617  Na+/melibiose symporter and related transporters-like  YP_526381  decreased coverage  2.25717e-08  decreased coverage  1.81101e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0908  CDS  NC_007912  1173172  1173699  528  soluble lytic murein transglycosylase-like  YP_526382  hitchhiker  2.07022e-10  decreased coverage  1.01863e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0909  CDS  NC_007912  1173752  1175479  1728  Pectate lyase/Amb allergen  YP_526383  hitchhiker  0.000725309  decreased coverage  1.81101e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0910  CDS  NC_007912  1175627  1176094  468  Pectate lyase/Amb allergen  YP_526384  hitchhiker  2.31178e-07  decreased coverage  9.80143e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0911  CDS  NC_007912  1176166  1176573  408  DNA-binding protein HU, putative  YP_526385  hitchhiker  7.32094e-14  decreased coverage  9.6145e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0912  CDS  NC_007912  1177098  1177334  237  hypothetical protein  YP_526386  unclonable  2.32009e-16  decreased coverage  8.81745e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0913  CDS  NC_007912  1177409  1179193  1785  aspartyl-tRNA synthetase  YP_526387  hitchhiker  8.46052e-09  decreased coverage  2.30652e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0914  CDS  NC_007912  1179342  1180571  1230  alanine racemase  YP_526388  normal  0.452475  decreased coverage  1.88246e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0915  CDS  NC_007912  1180564  1181562  999  biotin--(acetyl-CoA-carboxylase) ligase  YP_526389  normal  0.277179  decreased coverage  1.81101e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0931  CDS  NC_007912  1203474  1204697  1224  elongation factor Tu  YP_526405  decreased coverage  1.00695e-07  hitchhiker  0.00709672  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0942  CDS  NC_007912  1217531  1219840  2310  ribosomal protein L18  YP_526416  decreased coverage  1.13865e-06  hitchhiker  0.00163221  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0952  CDS  NC_007912  1234050  1236770  2721  ribosomal protein L17  YP_526426  decreased coverage  2.37948e-05  hitchhiker  5.37684e-06  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0972  CDS  NC_007912  1250998  1251303  306  30S ribosomal protein S14  YP_526446  decreased coverage  1.20415e-09  hitchhiker  9.29871e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0973  CDS  NC_007912  1251332  1251724  393  30S ribosomal protein S8  YP_526447  decreased coverage  1.65521e-08  hitchhiker  9.73471e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0981  CDS  NC_007912  1255660  1256016  357  30S ribosomal protein S13  YP_526455  decreased coverage  3.95911e-12  hitchhiker  0.00390271  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0982  CDS  NC_007912  1256063  1256458  396  30S ribosomal protein S11  YP_526456  decreased coverage  2.71815e-13  hitchhiker  0.00410898  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1009  CDS  NC_007912  1290773  1291030  258  50S ribosomal protein L27  YP_526483  decreased coverage  9.11893e-12  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1025  CDS  NC_007912  1308169  1310433  2265  ribosomal protein S18  YP_526499  decreased coverage  5.86584e-06  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1035  CDS  NC_007912  1323926  1324522  597  hypothetical protein  YP_526509  decreased coverage  2.24269e-10  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1135  CDS  NC_007912  1469959  1471590  1632  MSHA biogenesis protein MshL  YP_526609  decreased coverage  0.00664047  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1206  CDS  NC_007912  1550552  1550908  357  50S ribosomal protein L19  YP_526680  decreased coverage  4.37176e-07  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1222  CDS  NC_007912  1569048  1570580  1533  spermidine synthase  YP_526696  decreased coverage  0.00106657  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1245  CDS  NC_007912  1596174  1597460  1287  enolase  YP_526719  decreased coverage  0.00208241  normal  0.787599  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1274  CDS  NC_007912  1633449  1634585  1137  Na+-transporting methylmalonyl-CoA/oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  YP_526748  decreased coverage  4.53292e-08  normal  0.267314  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1295  CDS  NC_007912  1684489  1685469  981  hypothetical protein  YP_526769  normal  decreased coverage  0.00733606  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1296  CDS  NC_007912  1685641  1686471  831  M24/M37 family peptidase  YP_526770  normal  0.492814  decreased coverage  0.0068339  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1297  CDS  NC_007912  1686568  1686759  192  acetoacetyl-CoA reductase  YP_526771  normal  0.199005  decreased coverage  0.00515811  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1298  CDS  NC_007912  1686771  1687127  357  thioredoxin  YP_526772  normal  0.393831  decreased coverage  0.00542424  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1301  CDS  NC_007912  1691477  1691671  195  carbon storage regulator  YP_526775  decreased coverage  1.14714e-13  normal  0.0123865  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1302  CDS  NC_007912  1691995  1692459  465  methylglyoxal synthase  YP_526776  hitchhiker  1.13114e-10  decreased coverage  0.00562878  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1317  CDS  NC_007912  1707703  1710039  2337  RND efflux transporter  YP_526791  decreased coverage  0.00469095  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1372  CDS  NC_007912  1774935  1776437  1503  PepA aminopeptidase  YP_526846  decreased coverage  0.00219967  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1385  CDS  NC_007912  1789447  1789764  318  HesB/YadR/YfhF  YP_526859  decreased coverage  5.50441e-09  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1397  CDS  NC_007912  1809961  1812921  2961  nucleoside diphosphate kinase  YP_526871  normal  0.03521  decreased coverage  2.13589e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1421  CDS  NC_007912  1838804  1840531  1728  hypothetical protein  YP_526895  decreased coverage  2.84545e-06  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1422  CDS  NC_007912  1840553  1841854  1302  ThiS, thiamine-biosynthesis  YP_526896  decreased coverage  0.00197001  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1485  CDS  NC_007912  1911176  1912108  933  transaldolase B  YP_526959  decreased coverage  3.65093e-10  normal  0.591576  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1486  CDS  NC_007912  1912338  1913333  996  tRNA-dihydrouridine synthase A  YP_526960  decreased coverage  1.10774e-10  normal  0.294797  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1503  CDS  NC_007912  1936009  1938033  2025  ATPase  YP_526977  decreased coverage  2.59399e-05  hitchhiker  0.000359173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1505  CDS  NC_007912  1939262  1940074  813  AraC family transcriptional regulator  YP_526979  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  6.79283e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1515  CDS  NC_007912  1954421  1955377  957  hypothetical protein  YP_526989  decreased coverage  0.00396551  hitchhiker  0.000779576  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1516  CDS  NC_007912  1955429  1956334  906  response regulator receiver domain-containing protein  YP_526990  decreased coverage  0.000626051  hitchhiker  0.00569858  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1550  CDS  NC_007912  1995367  1996518  1152  AraC family transcriptional regulator  YP_527024  decreased coverage  4.34853e-05  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1551  CDS  NC_007912  1996707  1997423  717  hypothetical protein  YP_527025  decreased coverage  0.00373978  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1592  CDS  NC_007912  2046241  2048712  2472  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  YP_527066  decreased coverage  0.000214692  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1605  CDS  NC_007912  2061835  2064000  2166  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  YP_527079  decreased coverage  4.36351e-07  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1661  CDS  NC_007912  2129078  2130079  1002  AraC family transcriptional regulator  YP_527133  decreased coverage  2.79685e-12  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1685  CDS  NC_007912  2154121  2154390  270  cold-shock DNA-binding protein family protein  YP_527157  decreased coverage  4.8024e-12  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1688  CDS  NC_007912  2157406  2157624  219  translation initiation factor 1  YP_527160  decreased coverage  1.15833e-13  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1739  CDS  NC_007912  2215131  2215742  612  hypothetical protein  YP_527211  decreased coverage  3.3243e-05  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1755  CDS  NC_007912  2240475  2243402  2928  hypothetical protein  YP_527227  decreased coverage  0.000113788  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1767  CDS  NC_007912  2254858  2256462  1605  NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na(+)-translocating, D subunit  YP_527239  decreased coverage  3.90302e-05  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1768  CDS  NC_007912  2256588  2257271  684  GntR family transcriptional regulator  YP_527240  decreased coverage  8.93003e-07  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1794  CDS  NC_007912  2285042  2285269  228  cold-shock DNA-binding protein family protein  YP_527266  decreased coverage  2.83022e-06  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1876  CDS  NC_007912  2366984  2367490  507  cold shock protein  YP_527348  decreased coverage  4.81999e-14  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1879  CDS  NC_007912  2369962  2373468  3507  condensin subunit Smc  YP_527351  decreased coverage  0.00135504  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1897  CDS  NC_007912  2395595  2397052  1458  secretion protein HlyD  YP_527369  decreased coverage  0.00218638  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1902  CDS  NC_007912  2402435  2404207  1773  glutaminyl-tRNA synthetase  YP_527374  decreased coverage  9.91205e-05  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>