55 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Mkms_0042  CDS  NC_008705  50440  51459  1020  aldo/keto reductase  YP_936051  normal  decreased coverage  0.00274786  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_0082  CDS  NC_008705  92986  94449  1464  hypothetical protein  YP_936091  normal  0.201998  decreased coverage  0.00368698  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_0083  CDS  NC_008705  94459  94770  312  hypothetical protein  YP_936092  normal  0.0787309  decreased coverage  0.00227751  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_0084  CDS  NC_008705  94776  95096  321  hypothetical protein  YP_936093  normal  0.130264  decreased coverage  0.00233376  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_0255  CDS  NC_008705  290603  292024  1422  PapA3_1  YP_936262  normal  0.100826  decreased coverage  0.00393539  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_0256  CDS  NC_008705  292051  295047  2997  transport protein  YP_936263  normal  0.321706  decreased coverage  0.00659163  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_0426  CDS  NC_008705  470192  470314  123  hypothetical protein  YP_936433  decreased coverage  0.00624655  normal  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_0444  CDS  NC_008705  489306  490055  750  hypothetical protein  YP_936450  normal  decreased coverage  0.00202884  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_0445  CDS  NC_008705  490076  490444  369  hypothetical protein  YP_936451  normal  decreased coverage  0.0017304  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_0453  CDS  NC_008705  500840  503377  2538  LuxR family transcriptional regulator  YP_936459  decreased coverage  0.00902802  normal  0.164527  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_0574  CDS  NC_008705  630357  630974  618  hypothetical protein  YP_936580  normal  0.644685  decreased coverage  0.00309867  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_0576  CDS  NC_008705  631595  632443  849  phosphomethylpyrimidine kinase  YP_936582  normal  0.409483  decreased coverage  0.00355637  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_0577  CDS  NC_008705  632619  634382  1764  major facilitator superfamily transporter  YP_936583  normal  0.410817  decreased coverage  0.00469629  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_2127  CDS  NC_008705  2251077  2251451  375  hypothetical protein  YP_938115  normal  0.144756  decreased coverage  0.00998453  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_2133  CDS  NC_008705  2257773  2258195  423  MerR family transcriptional regulator  YP_938121  normal  decreased coverage  0.0098213  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_2699  CDS  NC_008705  2824074  2824580  507  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_938684  normal  decreased coverage  0.00896784  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_2718  CDS  NC_008705  2842841  2843860  1020  alcohol dehydrogenase  YP_938703  decreased coverage  0.00325052  normal  0.0915296  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_2719  CDS  NC_008705  2843931  2844377  447  MOSC domain-containing protein  YP_938704  decreased coverage  0.005456  normal  0.132425  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_2821  CDS  NC_008705  2941424  2942056  633  hypothetical protein  YP_938805  normal  0.684347  decreased coverage  0.0080131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_2822  CDS  NC_008705  2942053  2942787  735  hypothetical protein  YP_938806  normal  decreased coverage  0.00815045  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_2938  CDS  NC_008705  3074284  3075759  1476  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_938922  decreased coverage  0.00848916  normal  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3228  CDS  NC_008705  3386041  3387540  1500  putative plasmid replication initiator protein  YP_939212  decreased coverage  0.00604715  normal  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3304  CDS  NC_008705  3465504  3467054  1551  phospholipase D/transphosphatidylase  YP_939288  normal  0.546009  decreased coverage  0.00437672  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3305  CDS  NC_008705  3467071  3468282  1212  beta-lactamase  YP_939289  normal  decreased coverage  0.0079678  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3307  CDS  NC_008705  3468985  3470343  1359  hypothetical protein  YP_939291  normal  0.559259  decreased coverage  0.00925428  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3308  CDS  NC_008705  3470426  3471109  684  phosphoribosyltransferase  YP_939292  normal  0.562029  decreased coverage  0.00695494  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3309  CDS  NC_008705  3471106  3471513  408  putative transmembrane protein  YP_939293  normal  decreased coverage  0.00621908  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3310  CDS  NC_008705  3471531  3472349  819  DivIVA family protein  YP_939294  normal  0.513657  decreased coverage  0.00703488  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3382  CDS  NC_008705  3546153  3547589  1437  L-glutamine synthetase  YP_939366  decreased coverage  0.00327217  normal  0.0657894  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3439  CDS  NC_008705  3607536  3608360  825  beta-lactamase  YP_939423  decreased coverage  0.00292415  normal  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3472  CDS  NC_008705  3647001  3648416  1416  diacylglycerol O-acyltransferase  YP_939456  normal  decreased coverage  0.00489475  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3692  CDS  NC_008705  3897505  3899190  1686  1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase  YP_939676  decreased coverage  0.000184882  normal  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3799  CDS  NC_008705  4013306  4014154  849  ATPase  YP_939782  normal  decreased coverage  0.00566869  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3800  CDS  NC_008705  4014151  4015863  1713  von Willebrand factor, type A  YP_939783  normal  decreased coverage  0.00674568  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3864  CDS  NC_008705  4080276  4080872  597  cytochrome c oxidase, subunit III  YP_939847  decreased coverage  0.00290565  normal  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3946  CDS  NC_008705  4160279  4161532  1254  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  YP_939928  decreased coverage  8.86146e-07  decreased coverage  0.0036  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3947  CDS  NC_008705  4161632  4162204  573  ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase  YP_939929  hitchhiker  0.000679648  decreased coverage  0.00351381  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3948  CDS  NC_008705  4162198  4162644  447  hypothetical protein  YP_939930  hitchhiker  0.000500606  decreased coverage  0.0034506  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3949  CDS  NC_008705  4162653  4163018  366  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  YP_939931  hitchhiker  0.00323652  decreased coverage  0.0034506  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3950  CDS  NC_008705  4163021  4164550  1530  F0F1 ATP synthase subunit beta  YP_939932  normal  0.0581627  decreased coverage  0.00495302  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3994  CDS  NC_008705  4208652  4210178  1527  hypothetical protein  YP_939976  decreased coverage  0.00383359  normal  0.960587  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_3995  CDS  NC_008705  4210213  4210704  492  carbonic anhydrase  YP_939977  decreased coverage  0.00734118  normal  0.767989  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_4356  CDS  NC_008705  4576661  4577863  1203  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_940337  normal  decreased coverage  0.00584391  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_4357  CDS  NC_008705  4577860  4578759  900  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_940338  normal  decreased coverage  0.00533594  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_4412  CDS  NC_008705  4639127  4640029  903  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  YP_940393  decreased coverage  0.00673609  normal  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_5454  CDS  NC_008705  5687402  5688961  1560  hypothetical protein  YP_941429  normal  0.157039  decreased coverage  0.0069948  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_5460  CDS  NC_008705  5694031  5695665  1635  hypothetical protein  YP_941435  normal  0.719661  decreased coverage  0.00890455  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_5512  CDS  NC_008703  22184  22570  387  hypothetical protein  YP_935512  unclonable  1.1985e-11  decreased coverage  5.46697e-10  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_5513  CDS  NC_008703  22816  24021  1206  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  YP_935513  unclonable  9.96402e-10  decreased coverage  9.8172e-10  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_5514  CDS  NC_008703  24156  24443  288  hypothetical protein  YP_935514  unclonable  4.45188e-12  decreased coverage  5.88991e-10  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_5528  CDS  NC_008703  35065  35940  876  hypothetical protein  YP_935528  decreased coverage  0.00858902  hitchhiker  1.22865e-06  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_5780  CDS  NC_008703  293364  294881  1518  hypothetical protein  YP_935770  decreased coverage  0.00948256  normal  0.178087  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_5852  CDS  NC_008704  59443  60696  1254  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  YP_935841  decreased coverage  0.00403756  normal  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_5853  CDS  NC_008704  60749  61780  1032  alcohol dehydrogenase  YP_935842  decreased coverage  0.00833857  normal  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Mkms_R0038  rRNA  NC_008705  4158410  4159924  1515  16S ribosomal RNA    hitchhiker  0.000160883  decreased coverage  0.00357812  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>