33 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Mlg_0002  CDS  NC_008340  1651  2751  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_740851  decreased coverage  4.66477e-06  normal  0.315264  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_0294  CDS  NC_008340  337041  338621  1581  cytochrome-c oxidase  YP_741139  decreased coverage  0.00647712  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_0363  CDS  NC_008340  408187  409521  1335  N-acetylglutamate synthase  YP_741208  decreased coverage  0.00936818  normal  0.469431  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_0418  CDS  NC_008340  468155  470008  1854  dihydroxyacid dehydratase  YP_741262  normal  0.0213625  decreased coverage  0.00250401  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_0438  CDS  NC_008340  486713  487912  1200  tyrosyl-tRNA synthetase  YP_741282  decreased coverage  7.25763e-06  normal  0.0537593  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_0546  CDS  NC_008340  594727  595230  504  hypothetical protein  YP_741390  decreased coverage  3.19642e-07  hitchhiker  0.000293614  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_0887  CDS  NC_008340  1006849  1007202  354  50S ribosomal protein L19  YP_741731  decreased coverage  0.00504476  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_0905  CDS  NC_008340  1023465  1024223  759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_741749  decreased coverage  0.00434929  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_0992  CDS  NC_008340  1129263  1129751  489  CheW protein  YP_741835  decreased coverage  0.0071906  normal  0.764949  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_1097  CDS  NC_008340  1279186  1281393  2208  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_741939  decreased coverage  0.00537939  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_1254  CDS  NC_008340  1457851  1459002  1152  Pyrrolo-quinoline quinone  YP_742093  decreased coverage  0.00763008  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_1368  CDS  NC_008340  1564990  1566177  1188  peptidase M50  YP_742207  decreased coverage  0.00624726  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_1507  CDS  NC_008340  1720553  1720897  345  histidine triad (HIT) protein  YP_742346  decreased coverage  0.00785087  normal  0.647378  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_1567  CDS  NC_008340  1793391  1794284  894  hypothetical protein  YP_742404  decreased coverage  0.00460262  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_1571  CDS  NC_008340  1796128  1797891  1764  type II secretion system protein E  YP_742408  decreased coverage  0.00763489  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_1582  CDS  NC_008340  1811260  1811823  564  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  YP_742419  decreased coverage  0.00138876  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_1583  CDS  NC_008340  1811893  1812180  288  hypothetical protein  YP_742420  decreased coverage  0.004864  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_1934  CDS  NC_008340  2198702  2199868  1167  NnrS family protein  YP_742766  decreased coverage  0.00282797  normal  0.473648  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_1935  CDS  NC_008340  2199865  2200470  606  glutathione S-transferase-like protein  YP_742767  decreased coverage  0.00060998  normal  0.487054  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_1981  CDS  NC_008340  2248469  2251705  3237  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  YP_742813  normal  decreased coverage  0.00635498  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_1986  CDS  NC_008340  2256241  2256558  318  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  YP_742818  decreased coverage  1.14439e-07  normal  0.0153833  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_2186  CDS  NC_008340  2490801  2491718  918  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_743018  decreased coverage  0.00133982  normal  0.348501  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_2297  CDS  NC_008340  2608491  2609039  549  hypothetical protein  YP_743129  decreased coverage  0.00810504  normal  0.0588503  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_2387  CDS  NC_008340  2710724  2712766  2043  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_743217  normal  0.900198  decreased coverage  2.89366e-07  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_2454  CDS  NC_008340  2789078  2790343  1266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  YP_743284  decreased coverage  4.86629e-05  normal  0.341461  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_2468  CDS  NC_008340  2804709  2805824  1116  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  YP_743298  decreased coverage  0.000564935  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_2551  CDS  NC_008340  2894078  2894842  765  putative lipoprotein  YP_743381  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_2580  CDS  NC_008340  2920633  2922168  1536  glycine dehydrogenase subunit 2  YP_743410  decreased coverage  0.0025975  normal  0.0266723  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_2600  CDS  NC_008340  2945940  2946305  366  hypothetical protein  YP_743430  hitchhiker  1.70743e-07  decreased coverage  6.8876e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_2601  CDS  NC_008340  2946388  2947842  1455  2-methylcitrate dehydratase  YP_743431  hitchhiker  1.41042e-05  decreased coverage  1.46252e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_2819  CDS  NC_008340  3204088  3205134  1047  aminotransferase  YP_743649  decreased coverage  0.00154589  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_2828  CDS  NC_008340  3212544  3213542  999  delta-aminolevulinic acid dehydratase  YP_743658  decreased coverage  0.00963243  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mlg_2829  CDS  NC_008340  3213539  3213745  207  hypothetical protein  YP_743659  decreased coverage  0.00104908  normal  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>