89 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
SEA0003  CDS  NC_006663  1699  2544  846  beta-lactamase  YP_187532  decreased coverage  0.000347481  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0064  CDS  NC_002976  52376  53278  903  hypothetical protein  YP_187662  decreased coverage  9.81975e-07  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0068  CDS  NC_002976  55779  57047  1269  xanthine permease  YP_187666  decreased coverage  0.00230389  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0134  CDS  NC_002976  124556  125380  825  pur operon repressor  YP_187730  decreased coverage  0.000199065  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0137  CDS  NC_002976  126760  128115  1356  bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase  YP_187733  decreased coverage  0.00181473  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0185  CDS  NC_002976  193563  193823  261  putative ribosomal protein L7Ae-like  YP_187781  decreased coverage  3.60647e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0188  CDS  NC_002976  194988  197069  2082  elongation factor G  YP_187784  decreased coverage  5.9659e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0191  CDS  NC_002976  200341  200850  510  acetyltransferase  YP_187787  decreased coverage  0.00370207  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0273  CDS  NC_002976  278475  279251  777  alpha/beta fold family hydrolase  YP_187869  decreased coverage  3.65907e-06  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0295  CDS  NC_002976  297389  298147  759  UDP-N-acetyl-D-mannosamine transferase  YP_187891  decreased coverage  0.00745299  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0461  CDS  NC_002976  463958  464374  417  glyoxalase family protein  YP_188053  decreased coverage  1.77952e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0470  CDS  NC_002976  471450  471686  237  flagellar hook-length control protein-related protein  YP_188062  decreased coverage  0.000491501  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0477  CDS  NC_002976  474872  475372  501  acetyltransferase  YP_188069  decreased coverage  0.00646886  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0527  CDS  NC_002976  510733  511941  1209  NADH dehydrogenase, putative  YP_188119  decreased coverage  8.19916e-09  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0597    NC_002976  591125  591226  102      decreased coverage  0.000929033  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0598    NC_002976  591460  591660  201      decreased coverage  0.00149144  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0607  CDS  NC_002976  600125  601609  1485  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--L- lysine ligase  YP_188194  decreased coverage  0.00283244  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0641  CDS  NC_002976  635463  636665  1203  fmt protein  YP_188226  decreased coverage  8.31967e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0719  CDS  NC_002976  713669  716143  2475  cell wall surface anchor family protein  YP_188302  decreased coverage  5.54603e-06  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0748  CDS  NC_002976  745384  746733  1350  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  YP_188331  decreased coverage  0.00960622  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0750  CDS  NC_002976  748246  749640  1395  cell division protein FtsA  YP_188333  decreased coverage  1.64822e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0809  CDS  NC_002976  811159  813759  2601  hypothetical protein  YP_188391  decreased coverage  5.758e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0825  CDS  NC_002976  829440  830162  723  uridylate kinase  YP_188407  decreased coverage  0.000673854  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0828  CDS  NC_002976  831728  832510  783  phosphatidate cytidylyltransferase  YP_188410  decreased coverage  0.00232392  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0892    NC_002976  904085  904249  165      decreased coverage  1.07906e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0893  CDS  NC_002976  904340  905212  873  hypothetical protein  YP_188472  decreased coverage  2.09612e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP0897  CDS  NC_002976  907781  909061  1281  homoserine dehydrogenase  YP_188476  decreased coverage  3.16275e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1106  CDS  NC_002976  1148381  1148830  450  hypothetical protein  YP_188682  decreased coverage  0.000907985  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1107  CDS  NC_002976  1148808  1149125  318  comG operon protein 3  YP_188683  decreased coverage  0.00201822  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1124  CDS  NC_002976  1162480  1163826  1347  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  YP_188700  decreased coverage  6.82714e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1192  CDS  NC_002976  1228098  1229864  1767  aspartyl-tRNA synthetase  YP_188768  decreased coverage  0.00103365  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1212  CDS  NC_002976  1248796  1249317  522  rod shape-determining protein MreD, putative  YP_188787  decreased coverage  1.0227e-07  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1239  CDS  NC_002976  1274859  1276160  1302  trigger factor  YP_188813  decreased coverage  0.00475597  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1244  CDS  NC_002976  1278926  1279453  528  translation initiation factor IF-3  YP_188818  decreased coverage  3.17297e-11  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1280  CDS  NC_002976  1324368  1325507  1140  aminotransferase, class V  YP_188852  decreased coverage  0.0012721  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1284  CDS  NC_002976  1328357  1328959  603  30S ribosomal protein S4  YP_188856  decreased coverage  2.40031e-06  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1301  CDS  NC_002976  1349405  1352914  3510  FtsK/SpoIIIE family protein  YP_188873  decreased coverage  0.00978119  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1307  CDS  NC_002976  1356510  1357157  648  tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase  YP_188879  decreased coverage  2.20642e-09  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1380  CDS  NC_002976  1437302  1438498  1197  DNA repair exonuclease family protein  YP_188949  decreased coverage  0.00026771  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1382  CDS  NC_002976  1439186  1440316  1131  hypothetical protein  YP_188951  decreased coverage  0.000601426  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1383  CDS  NC_002976  1440498  1440962  465  Cro/CI family transcriptional regulator  YP_188952  decreased coverage  0.00231909  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1460  CDS  NC_002976  1525065  1526822  1758  regulatory protein BlaR1  YP_189029  decreased coverage  0.000102574  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1465  CDS  NC_002976  1530290  1532317  2028  Tn554-related, transposase B  YP_189033  decreased coverage  3.29851e-06  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1472  CDS  NC_002976  1537255  1537800  546  hypothetical protein  YP_189039  decreased coverage  1.18375e-07  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1486  CDS  NC_002976  1554224  1554964  741  abortive infection family protein  YP_189052  decreased coverage  3.4413e-09  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1518  CDS  NC_002976  1580283  1580783  501  hypothetical protein  YP_189083  decreased coverage  1.22869e-12  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1533  CDS  NC_002976  1586417  1586806  390  hypothetical protein  YP_189098  decreased coverage  3.99036e-13  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1544  CDS  NC_002976  1596409  1597131  723  putative lipoprotein  YP_189109  decreased coverage  0.000124497  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1545  CDS  NC_002976  1597240  1598040  801  hypothetical protein  YP_189110  decreased coverage  9.99442e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1546  CDS  NC_002976  1598044  1598538  495  hypothetical protein  YP_189111  decreased coverage  4.52675e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1594  CDS  NC_002976  1623886  1624854  969  hypothetical protein  YP_189159  decreased coverage  0.00507072  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1601  CDS  NC_002976  1630198  1631241  1044  phage integrase family site specific recombinase  YP_189166  decreased coverage  1.9197e-06  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1609  CDS  NC_002976  1634953  1635612  660  hypothetical protein  YP_189174  decreased coverage  3.74471e-12  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1618  CDS  NC_002976  1641200  1642075  876  hypothetical protein  YP_189183  decreased coverage  0.00141601  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1619  CDS  NC_002976  1642111  1644396  2286  hypothetical protein  YP_189184  decreased coverage  0.00216862  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1620  CDS  NC_002976  1644532  1646028  1497  hypothetical protein  YP_189185  decreased coverage  0.00176475  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1621  CDS  NC_002976  1646288  1646617  330  DNA-binding protein HU, putative  YP_189186  decreased coverage  0.000303711  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1655  CDS  NC_002976  1694146  1694457  312  hypothetical protein  YP_189220  decreased coverage  0.000348591  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1656  CDS  NC_002976  1694543  1694824  282  hypothetical protein  YP_189221  decreased coverage  0.000720209  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1705  CDS  NC_002976  1746681  1747118  438  (3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydratase  YP_189270  decreased coverage  0.00378844  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1706  CDS  NC_002976  1747152  1748417  1266  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  YP_189271  decreased coverage  0.00815319  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1729  CDS  NC_002976  1766042  1767469  1428  aldehyde dehydrogenase  YP_189293  decreased coverage  0.00132327  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1835  CDS  NC_002976  1863231  1864565  1335  xanthine/uracil permease family protein  YP_189398  decreased coverage  1.30891e-07  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1836  CDS  NC_002976  1864678  1866813  2136  DNA topoisomerase III  YP_189399  decreased coverage  8.86336e-07  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1877  CDS  NC_002976  1900760  1901083  324  hypothetical protein  YP_189438  decreased coverage  0.00702229  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1964  CDS  NC_002976  1982990  1983406  417  hypothetical protein  YP_189522  decreased coverage  0.00442398  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP1968  CDS  NC_002976  1987115  1988560  1446  PTS system, sucrose-specific IIBC components  YP_189524  decreased coverage  1.08474e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2017  CDS  NC_002976  2034917  2036293  1377  amino acid permease family protein  YP_189573  decreased coverage  0.000181843  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2114  CDS  NC_002976  2137627  2139654  2028  PTS system, IIABC components  YP_189670  decreased coverage  2.4561e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2116  CDS  NC_002976  2141687  2142376  690  hypothetical protein  YP_189672  decreased coverage  0.0001189  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2117  CDS  NC_002976  2142373  2142765  393  LrgA family protein  YP_189673  decreased coverage  0.00374978  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2293  CDS  NC_002976  2334220  2335458  1239  N-glycosyltransferase  YP_189843  decreased coverage  0.00369291  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2417  CDS  NC_002976  2477247  2478104  858  putative lipoprotein  YP_189962  decreased coverage  0.00150729  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2444  CDS  NC_002976  2500623  2500715  93  hypothetical protein  YP_189988  decreased coverage  6.87827e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2445  CDS  NC_002976  2500712  2501497  786  putative lipoprotein  YP_189989  decreased coverage  0.000167543  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2451  CDS  NC_002976  2504912  2505694  783  putative lipoprotein  YP_189994  decreased coverage  2.65832e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2453  CDS  NC_002976  2506108  2506887  780  putative lipoprotein  YP_189996  decreased coverage  8.29176e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2455  CDS  NC_002976  2509031  2509765  735  hypothetical protein  YP_189998  decreased coverage  0.00191324  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2456  CDS  NC_002976  2509762  2511030  1269  hypothetical protein  YP_189999  decreased coverage  1.98433e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2460  CDS  NC_002976  2513620  2514006  387  CRISPR-associated Csm2 family protein  YP_190003  decreased coverage  0.000410273  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2471  CDS  NC_002976  2523971  2525116  1146  type I restriction-modification system S subunit  YP_190014  decreased coverage  0.0091078  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2478  CDS  NC_002976  2535278  2536519  1242  hypothetical protein  YP_190021  decreased coverage  1.74227e-05  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2520  CDS  NC_002976  2574799  2576556  1758  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  YP_190061  decreased coverage  0.00119182  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2521  CDS  NC_002976  2576656  2578662  2007  penicillin-binding protein 2'  YP_190062  decreased coverage  0.00245242  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2527  CDS  NC_002976  2581944  2582183  240  hypothetical protein  YP_190068  decreased coverage  4.51613e-09  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP2528  CDS  NC_002976  2582598  2583893  1296  hypothetical protein  YP_190069  decreased coverage  4.41271e-08  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP_tRNA-Ala-1  tRNA  NC_002976  150182  150257  76  tRNA-Ala    decreased coverage  8.78402e-06  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP_tRNA-Arg-1  tRNA  NC_002976  149991  150067  77  tRNA-Arg    decreased coverage  8.84624e-06  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
SERP_tRNA-Pro-1  tRNA  NC_002976  150094  150167  74  tRNA-Pro    decreased coverage  9.33808e-06  n/a    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>