47 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Syncc9605_0119  CDS  NC_007516  116297  117061  765  hypothetical protein  YP_380450  normal  decreased coverage  0.000942476  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0120  CDS  NC_007516  117063  118244  1182  peptidase M20D, amidohydrolase  YP_380451  normal  decreased coverage  0.000983179  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0138  CDS  NC_007516  135126  135437  312  hypothetical protein  YP_380469  decreased coverage  0.00114471  normal  0.0124994  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0139  CDS  NC_007516  135673  136521  849  2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase  YP_380470  decreased coverage  0.00402805  normal  0.0144147  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0141  CDS  NC_007516  137429  138148  720  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  YP_380472  decreased coverage  0.00561712  normal  0.0137195  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0186  CDS  NC_007516  193498  195525  2028  selenide,water dikinase  YP_380517  normal  decreased coverage  0.00925362  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0187  CDS  NC_007516  195522  196556  1035  UDP-galactose 4-epimerase  YP_380518  normal  0.611091  decreased coverage  0.00729822  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0188  CDS  NC_007516  196613  197950  1338  histidyl-tRNA synthetase  YP_380519  normal  0.207705  decreased coverage  0.00812888  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0189  CDS  NC_007516  197953  198903  951  putative nucleoside-diphosphate sugar epimerase  YP_380520  normal  0.496773  decreased coverage  0.00806939  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0192  CDS  NC_007516  201515  201772  258  hypothetical protein  YP_380523  decreased coverage  0.00512031  normal  0.21334  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0205  CDS  NC_007516  212182  212748  567  NADH dehydrogenase subunit J  YP_380536  decreased coverage  0.00876666  normal  0.281377  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0336  CDS  NC_007516  347824  350934  3111  RND family multidrug efflux transporter  YP_380667  normal  decreased coverage  0.00677984  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0420  CDS  NC_007516  419201  419689  489  phycocyanin, alpha subunit  YP_380751  normal  0.161812  decreased coverage  0.00995001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0502  CDS  NC_007516  494401  494841  441  3-dehydroquinate dehydratase  YP_380831  decreased coverage  0.0028378  normal  0.126583  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0559  CDS  NC_007516  542873  543166  294  hypothetical protein  YP_380888  decreased coverage  1.11684e-06  normal  0.399242  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0560  CDS  NC_007516  543406  544149  744  hypothetical protein  YP_380889  decreased coverage  1.5022e-05  normal  0.421811  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_0817  CDS  NC_007516  785163  786566  1404  hypothetical protein  YP_381140  decreased coverage  0.00165108  unclonable  7.2103e-06  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1050  CDS  NC_007516  1000022  1000591  570  hypothetical protein  YP_381362  decreased coverage  0.0069459  normal  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1175  CDS  NC_007516  1103219  1105267  2049  DNA primase  YP_381485  decreased coverage  0.00198747  normal  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1376  CDS  NC_007516  1292186  1292695  510  hypothetical protein  YP_381685  decreased coverage  0.000443155  normal  0.15174  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1517  CDS  NC_007516  1405279  1405428  150  hypothetical protein  YP_381821  decreased coverage  0.00618468  normal  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1518  CDS  NC_007516  1405871  1406074  204  hypothetical protein  YP_381822  decreased coverage  0.00705699  normal  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1595  CDS  NC_007516  1464941  1465645  705  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  YP_381899  normal  0.377803  decreased coverage  0.000639268  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1654  CDS  NC_007516  1526710  1527330  621  serine/threonine specific protein phosphatase  YP_381958  decreased coverage  0.0069459  normal  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1698  CDS  NC_007516  1553637  1553936  300  hypothetical protein  YP_382002  normal  decreased coverage  0.0032681  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1699  CDS  NC_007516  1554230  1555804  1575  hypothetical protein  YP_382003  normal  0.19506  decreased coverage  0.00431241  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1700  CDS  NC_007516  1556112  1557986  1875  hypothetical protein  YP_382004  normal  0.132674  decreased coverage  0.00454875  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1706  CDS  NC_007516  1562649  1563821  1173  phage integrase family protein  YP_382010  normal  decreased coverage  0.00461976  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1707  CDS  NC_007516  1564571  1564867  297  hypothetical protein  YP_382011  normal  decreased coverage  0.00358685  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1708  CDS  NC_007516  1564857  1565123  267  hypothetical protein  YP_382012  normal  0.682722  decreased coverage  0.00378463  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1709  CDS  NC_007516  1565410  1565880  471  hypothetical protein  YP_382013  normal  0.671245  decreased coverage  0.00378463  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1710  CDS  NC_007516  1565971  1566168  198  hypothetical protein  YP_382014  normal  0.305902  decreased coverage  0.00350445  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1711  CDS  NC_007516  1566231  1566449  219  hypothetical protein  YP_382015  normal  0.551542  decreased coverage  0.00339784  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1713  CDS  NC_007516  1568570  1569967  1398  hypothetical protein  YP_382017  normal  decreased coverage  0.00461976  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1753  CDS  NC_007516  1603050  1603190  141  hypothetical protein  YP_382055  decreased coverage  0.00967237  normal  0.13238  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1841  CDS  NC_007516  1679363  1680319  957  hypothetical protein  YP_382141  decreased coverage  0.0091091  normal  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1843  CDS  NC_007516  1680913  1681125  213  hypothetical protein  YP_382143  decreased coverage  0.00480345  normal  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1848  CDS  NC_007516  1684301  1684918  618  hypothetical protein  YP_382148  decreased coverage  0.00971553  normal  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_1905  CDS  NC_007516  1726577  1727746  1170  beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  YP_382201  decreased coverage  0.0068252  normal  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_2230  CDS  NC_007516  2045128  2045856  729  hypothetical protein  YP_382524  normal  0.135698  decreased coverage  0.00939678  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_2231  CDS  NC_007516  2045981  2046346  366  hypothetical protein  YP_382525  normal  0.0540473  decreased coverage  0.00898702  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_2232  CDS  NC_007516  2046702  2047160  459  hypothetical protein  YP_382526  normal  0.0293089  decreased coverage  0.00918627  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_2233    NC_007516  2047360  2048517  1158      decreased coverage  0.00394397  normal  0.0104698  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_2234    NC_007516  2048533  2048715  183      decreased coverage  0.000550608  normal  0.0243025  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_2613    NC_007516  2427264  2427542  279      decreased coverage  0.00896121  normal  0.224183  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_2614    NC_007516  2427549  2427722  174      decreased coverage  0.00385685  normal  0.215431  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Syncc9605_2657  CDS  NC_007516  2467254  2468081  828  formate and nitrite transporters  YP_382937  decreased coverage  0.00842969  normal  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>