4186 genes were found for organism Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 42    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Shewmr7_0001  CDS  NC_008322  81  1463  1383  chromosomal replication initiation protein  YP_736064  unclonable  7.24276e-06  unclonable  1.76e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0002  CDS  NC_008322  1484  2584  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_736065  unclonable  4.72427e-06  hitchhiker  0.00139326  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0003  CDS  NC_008322  2747  3829  1083  recombination protein F  YP_736066  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0004  CDS  NC_008322  3846  6263  2418  DNA gyrase subunit B  YP_736067  normal  0.666874  normal  0.0301328  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0005  CDS  NC_008322  6345  7001  657  glutathione S-transferase domain-containing protein  YP_736068  normal  normal  0.0533093  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0006  CDS  NC_008322  7128  7976  849  LysR family transcriptional regulator  YP_736069  normal  normal  0.0557081  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0007  CDS  NC_008322  8132  9175  1044  putative signal transduction protein  YP_736070  normal  normal  0.0608223  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0008  CDS  NC_008322  9239  11305  2067  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_736071  normal  normal  0.0754706  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0009  CDS  NC_008322  11315  12220  906  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_736072  normal  normal  0.061235  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0010  CDS  NC_008322  12339  12914  576  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_736073  normal  normal  0.0579886  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0011  CDS  NC_008322  13000  16188  3189  amidohydrolase  YP_736074  normal  normal  0.0957331  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0012  CDS  NC_008322  16385  16822  438  hypothetical protein  YP_736075  normal  normal  0.0557081  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0013  CDS  NC_008322  16858  17103  246  sulfur transfer protein SirA  YP_736076  normal  normal  0.0557081  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0014  CDS  NC_008322  17262  18455  1194  diguanylate cyclase  YP_736077  normal  normal  0.0629316  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0015  CDS  NC_008322  18689  19852  1164  3-ketoacyl-CoA thiolase  YP_736078  normal  normal  0.0665218  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0016  CDS  NC_008322  19875  22025  2151  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  YP_736079  decreased coverage  0.00124169  normal  0.0928746  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0017  CDS  NC_008322  22469  23788  1320  proline dipeptidase  YP_736080  normal  0.767781  normal  0.0779588  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0018  CDS  NC_008322  23804  24418  615  hypothetical protein  YP_736081  normal  0.464651  normal  0.0620683  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0019  CDS  NC_008322  24496  25953  1458  TrkH family potassium uptake protein  YP_736082  decreased coverage  0.000172617  normal  0.0765099  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0020  CDS  NC_008322  25955  26479  525  protoporphyrinogen oxidase  YP_736083  decreased coverage  6.64462e-06  normal  0.064653  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0021  CDS  NC_008322  26542  26850  309  ArsR family transcriptional regulator  YP_736084  decreased coverage  3.64753e-06  normal  0.0654899  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0022  CDS  NC_008322  27049  27603  555  protoporphyrinogen oxidase  YP_736085  hitchhiker  0.00158221  normal  0.0730107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0023  CDS  NC_008322  27650  29092  1443  TrkH family potassium uptake protein  YP_736086  normal  normal  0.0882974  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0024  CDS  NC_008322  29104  30513  1410  potassium transporter peripheral membrane component  YP_736087  normal  0.738729  normal  0.0894147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0025  CDS  NC_008322  30529  31818  1290  sun protein  YP_736088  normal  normal  0.0912026  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0026  CDS  NC_008322  31818  32774  957  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_736089  normal  normal  0.0905739  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0027  CDS  NC_008322  32790  33296  507  peptide deformylase  YP_736090  normal  normal  0.0851581  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0028  CDS  NC_008322  33422  34546  1125  peptidoglycan-binding LysM  YP_736091  normal  normal  0.198583  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0029  CDS  NC_008322  34630  35646  1017  DNA protecting protein DprA  YP_736092  normal  normal  0.0934581  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0030  CDS  NC_008322  35649  36125  477  hypothetical protein  YP_736093  normal  normal  0.0851581  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0031  CDS  NC_008322  36248  36811  564  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  YP_736094  normal  normal  0.0894147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0032  CDS  NC_008322  36950  37516  567  translation factor SUA5  YP_736095  normal  0.86833  normal  0.0329561  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0033  CDS  NC_008322  37546  38454  909  coproporphyrinogen III oxidase  YP_736096  normal  normal  0.011595  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0034  CDS  NC_008322  38496  38933  438  globin  YP_736097  normal  normal  0.0103941  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0035  CDS  NC_008322  39105  39983  879  shikimate 5-dehydrogenase  YP_736098  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0036  CDS  NC_008322  40004  40279  276  hypothetical protein  YP_736099  hitchhiker  1.53863e-05  hitchhiker  0.00854934  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0037  CDS  NC_008322  40336  40884  549  carbonic anhydrase  YP_736100  hitchhiker  4.33363e-05  hitchhiker  0.00243914  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0038  CDS  NC_008322  46906  47160  255  hypothetical protein  YP_736101  normal  0.304383  hitchhiker  0.00246061  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0039  CDS  NC_008322  47182  47637  456  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  YP_736102  normal  0.370774  hitchhiker  0.00270297  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0040  CDS  NC_008322  47612  48367  756  protein of unknown function DUF610, YibQ  YP_736103  normal  hitchhiker  0.00288732  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0041  CDS  NC_008322  48380  49585  1206  C-terminal processing peptidase-3  YP_736104  normal  0.660161  hitchhiker  0.00325128  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0042  CDS  NC_008322  49634  50767  1134  peptidase M23B  YP_736105  normal  0.701038  hitchhiker  0.00314235  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0043  CDS  NC_008322  50778  52322  1545  phosphoglyceromutase  YP_736106  normal  hitchhiker  0.00316902  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0044  CDS  NC_008322  52588  53022  435  rhodanese domain-containing protein  YP_736107  normal  hitchhiker  0.00248227  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0045  CDS  NC_008322  53284  53769  486  preprotein translocase subunit SecB  YP_736108  normal  hitchhiker  0.00254567  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0046  CDS  NC_008322  53774  54790  1017  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  YP_736109  normal  hitchhiker  0.00306361  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0047  CDS  NC_008322  55029  56213  1185  hypothetical protein  YP_736110  normal  hitchhiker  0.00322221  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0048  CDS  NC_008322  56438  59131  2694  tetratricopeptide domain-containing protein  YP_736111  normal  hitchhiker  0.00467809  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0049  CDS  NC_008322  59421  60782  1362  TrkH family potassium uptake protein  YP_736112  normal  hitchhiker  0.00330667  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0050  CDS  NC_008322  60784  61482  699  TrkA domain-containing protein  YP_736113  normal  hitchhiker  0.00293665  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0051  CDS  NC_008322  61527  62216  690  two component transcriptional regulator  YP_736114  normal  hitchhiker  0.0030378  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0052  CDS  NC_008322  62217  63263  1047  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  YP_736115  normal  hitchhiker  0.00327886  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0053  CDS  NC_008322  63491  64414  924  pirin domain-containing protein  YP_736116  normal  hitchhiker  0.0030122  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0054  CDS  NC_008322  64899  66572  1674  signal transduction histidine kinase, LytS  YP_736117  normal  0.0736236  hitchhiker  0.000664675  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0055  CDS  NC_008322  66566  67297  732  response regulator receiver protein  YP_736118  decreased coverage  9.89316e-05  hitchhiker  0.000468323  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0056  CDS  NC_008322  67405  68649  1245  major facilitator transporter  YP_736119  decreased coverage  0.00977888  hitchhiker  0.000481777  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0057  CDS  NC_008322  68739  69359  621  hypothetical protein  YP_736120  normal  0.0174448  hitchhiker  0.000356738  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0058  CDS  NC_008322  69785  70522  738  hypothetical protein  YP_736121  normal  0.101674  hitchhiker  0.000370653  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0059  CDS  NC_008322  70622  71101  480  NLP/P60 protein  YP_736122  normal  0.560848  hitchhiker  0.000388338  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0060  CDS  NC_008322  71126  72574  1449  major facilitator transporter  YP_736123  normal  hitchhiker  0.000451117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0061  CDS  NC_008322  72663  73691  1029  LacI family transcription regulator  YP_736124  normal  unclonable  3.29359e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0062  CDS  NC_008322  73751  75235  1485  sucrose phosphorylase  YP_736125  normal  0.0945971  unclonable  3.50237e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0063  CDS  NC_008322  75492  76712  1221  major facilitator transporter  YP_736126  normal  0.0580428  unclonable  3.12687e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0064  CDS  NC_008322  76972  79368  2397  TonB-dependent receptor  YP_736127  decreased coverage  0.00224959  unclonable  4.16662e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0065  CDS  NC_008322  79461  80420  960  ribokinase-like domain-containing protein  YP_736128  normal  hitchhiker  0.00032055  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0066  CDS  NC_008322  80626  81159  534  molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA  YP_736129  normal  hitchhiker  0.001985  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0067  CDS  NC_008322  81193  81414  222  hypothetical protein  YP_736130  normal  normal  0.0235418  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0068  CDS  NC_008322  81566  82609  1044  transcriptional regulator  YP_736131  normal  normal  0.0711239  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0069  CDS  NC_008322  82613  82873  261  hypothetical protein  YP_736132  normal  normal  0.25359  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0070  CDS  NC_008322  82923  84062  1140  transport protein, putative  YP_736133  normal  normal  0.277541  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0071  CDS  NC_008322  84151  84885  735  ABC transporter related  YP_736134  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0072  CDS  NC_008322  84888  86495  1608  TAP domain-containing protein  YP_736135  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0073  CDS  NC_008322  86588  86953  366  GntR family transcriptional regulator  YP_736136  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0074  CDS  NC_008322  87000  87863  864  ABC transporter related  YP_736137  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0075  CDS  NC_008322  87860  89170  1311  hypothetical protein  YP_736138  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0076  CDS  NC_008322  89299  91092  1794  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_736139  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0077  CDS  NC_008322  91233  93722  2490  MORN repeat-containing protein  YP_736140  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0078  CDS  NC_008322  93830  94240  411  thioesterase superfamily protein  YP_736141  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0079  CDS  NC_008322  94358  94906  549  HPP family protein  YP_736142  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0080  CDS  NC_008322  94927  95190  264  hypothetical protein  YP_736143  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0081  CDS  NC_008322  95250  95714  465  thioesterase superfamily protein  YP_736144  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0082  CDS  NC_008322  95862  96215  354  MerR family transcriptional regulator  YP_736145  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0083  CDS  NC_008322  96287  96865  579  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  YP_736146  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0084  CDS  NC_008322  96881  97276  396  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  YP_736147  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0085  CDS  NC_008322  97339  98019  681  2,3-diketo-5-methylthio-1-phosphopentane phosphatase  YP_736148  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0086  CDS  NC_008322  98383  98817  435  hypothetical protein  YP_736149  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0087  CDS  NC_008322  98910  99923  1014  hypothetical protein  YP_736150  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0088  CDS  NC_008322  100052  100783  732  hypothetical protein  YP_736151  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0089  CDS  NC_008322  100874  102781  1908  hypothetical protein  YP_736152  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0090  CDS  NC_008322  103052  103480  429  MarR family transcriptional regulator  YP_736153  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0091  CDS  NC_008322  103515  104267  753  FAD-binding 9, siderophore-interacting domain-containing protein  YP_736154  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0092  CDS  NC_008322  104334  105560  1227  imidazolonepropionase  YP_736155  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0093  CDS  NC_008322  105758  106465  708  histidine utilization repressor  YP_736156  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0094  CDS  NC_008322  106589  108259  1671  urocanate hydratase  YP_736157  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0095  CDS  NC_008322  108309  109850  1542  histidine ammonia-lyase  YP_736158  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0096  CDS  NC_008322  110459  111040  582  twin-arginine translocation pathway signal  YP_736159  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0097  CDS  NC_008322  111089  113473  2385  formate dehydrogenase alpha subunit  YP_736160  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0098  CDS  NC_008322  113476  114390  915  formate dehydrogenase beta subunit  YP_736161  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0099  CDS  NC_008322  114387  115028  642  formate dehydrogenase gamma subunit  YP_736162  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0100  CDS  NC_008322  115028  115936  909  formate dehydrogenase accessory protein FdhE  YP_736163  normal  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 42    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>