1341 genes were found for organism Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 14    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
HMPREF0424_0001  CDS  NC_013721  12  914  903  LysR substrate binding domain protein  YP_003373275  n/a    hitchhiker  1.00891e-05  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0002  CDS  NC_013721  956  2629  1674  alkyl hydroperoxide reductase, F subunit  YP_003373276  n/a    hitchhiker  1.48365e-05  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0003  CDS  NC_013721  2759  3322  564  peroxiredoxin  YP_003373277  n/a    hitchhiker  1.47227e-06  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0004  CDS  NC_013721  3676  4854  1179  triacylglycerol lipase  YP_003373278  n/a    unclonable  1.12328e-09  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0005  CDS  NC_013721  5200  7962  2763  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  YP_003373279  n/a    decreased coverage  4.17696e-08  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0007  CDS  NC_013721  8234  9112  879  peptidase, M48 family  YP_003373280  n/a    hitchhiker  1.4459e-06  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0008  CDS  NC_013721  9218  10696  1479  ferredoxin/ferredoxin-NADP reductase family protein  YP_003373281  n/a    hitchhiker  4.79835e-05  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0009  CDS  NC_013721  10989  13220  2232  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_003373282  n/a    hitchhiker  0.000220588  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0010  CDS  NC_013721  13557  13760  204  hypothetical protein  YP_003373283  n/a    hitchhiker  9.68263e-05  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0013  CDS  NC_013721  14370  14849  480  ferritin-like protein  YP_003373284  n/a    hitchhiker  0.000373945  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0014  CDS  NC_013721  14907  16202  1296  CBS domain protein  YP_003373285  n/a    hitchhiker  0.000513416  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0015  CDS  NC_013721  16279  17049  771  hypothetical protein  YP_003373286  n/a    hitchhiker  0.000410409  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0016  CDS  NC_013721  17046  18140  1095  hypothetical protein  YP_003373287  n/a    hitchhiker  0.000539047  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0017  CDS  NC_013721  18196  18855  660  carbonate dehydratase  YP_003373288  n/a    hitchhiker  0.00361281  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0018  CDS  NC_013721  19084  21840  2757  phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  YP_003373289  n/a    normal  0.0134547  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0019  CDS  NC_013721  22047  23768  1722  hypothetical protein  YP_003373290  n/a    normal  0.0694356  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0020  CDS  NC_013721  23867  24958  1092  tryptophan--tRNA ligase  YP_003373291  n/a    normal  0.15256  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0021  CDS  NC_013721  25104  25484  381  hypothetical protein  YP_003373292  n/a    normal  0.206071  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0022  CDS  NC_013721  25602  26018  417  hypothetical protein  YP_003373293  n/a    normal  0.424927  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0023  CDS  NC_013721  26255  28744  2490  phosphorylase, glycogen/starch/alpha-glucan family  YP_003373294  n/a    normal  0.785291  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0024  CDS  NC_013721  28948  29157  210  hypothetical protein  YP_003373295  n/a    normal  0.740234  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0025  CDS  NC_013721  29319  30023  705  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  YP_003373296  n/a    normal  0.777845  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0026  CDS  NC_013721  30280  31581  1302  hypothetical protein  YP_003373297  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0027  CDS  NC_013721  31645  32037  393  putative septation inhibitor protein  YP_003373298  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0028  CDS  NC_013721  32115  32870  756  hypothetical protein  YP_003373299  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0029  CDS  NC_013721  32916  34022  1107  sortase family protein  YP_003373300  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0030  CDS  NC_013721  34425  36428  2004  kinase domain protein  YP_003373301  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0031  CDS  NC_013721  36425  37387  963  kinase domain protein  YP_003373302  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0032  CDS  NC_013721  37384  38850  1467  penicillin-binding protein, transpeptidase domain protein  YP_003373303  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0033  CDS  NC_013721  38843  40324  1482  cell cycle protein, FtsW/RodA/SpoVE family  YP_003373304  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0034  CDS  NC_013721  40321  41985  1665  protein phosphatase 2C  YP_003373305  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0035  CDS  NC_013721  41989  42525  537  FHA domain protein  YP_003373306  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0036  CDS  NC_013721  42559  43260  702  FHA domain protein  YP_003373307  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0037  CDS  NC_013721  43416  44153  738  PAP2 family protein  YP_003373308  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0038  CDS  NC_013721  44177  44587  411  large conductance mechanosensitive channel protein  YP_003373309  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0039  CDS  NC_013721  44673  45338  666  hypothetical protein  YP_003373310  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0040  CDS  NC_013721  45488  48118  2631  DNA gyrase, A subunit  YP_003373311  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0041  CDS  NC_013721  48188  50263  2076  DNA gyrase, B subunit  YP_003373312  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0042  CDS  NC_013721  50444  50911  468  hypothetical protein  YP_003373313  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0043  CDS  NC_013721  50911  52212  1302  DNA replication and repair protein RecF  YP_003373314  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0044  CDS  NC_013721  52311  53435  1125  DNA polymerase III, beta subunit  YP_003373315  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0045  CDS  NC_013721  53866  55485  1620  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_003373316  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0046  CDS  NC_013721  55874  56008  135  ribosomal protein L34  YP_003373317  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0047  CDS  NC_013721  56120  56527  408  ribonuclease P protein component  YP_003373318  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0048  CDS  NC_013721  56708  56854  147  hypothetical protein  YP_003373319  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0049  CDS  NC_013721  56886  57899  1014  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  YP_003373320  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0050  CDS  NC_013721  58036  58590  555  R3H domain protein  YP_003373321  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0051  CDS  NC_013721  58669  59436  768  16S rRNA methyltransferase GidB  YP_003373322  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0052  CDS  NC_013721  60342  61313  972  sporulation initiation inhibitor protein Soj family protein  YP_003373323  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0053  CDS  NC_013721  61313  62665  1353  ParB-like protein  YP_003373324  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0054  CDS  NC_013721  62789  63730  942  thioredoxin-disulfide reductase  YP_003373325  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0055  CDS  NC_013721  63765  65984  2220  hypothetical protein  YP_003373326  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0056  CDS  NC_013721  66150  67946  1797  putative integral membrane protein MviN  YP_003373327  n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0057    NC_013721  67943  68476  534      n/a    normal  0.860735  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0058    NC_013721  68521  70335  1815      n/a    normal  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0059  CDS  NC_013721  70316  71092  777  hydrolase, NUDIX family  YP_003373328  n/a    normal  0.888267  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0060  CDS  NC_013721  71180  72607  1428  tRNA adenylyltransferase  YP_003373329  n/a    normal  0.451798  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0061  CDS  NC_013721  72664  73290  627  hypothetical protein  YP_003373330  n/a    normal  0.424927  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0062  CDS  NC_013721  73420  74328  909  dimethyladenosine transferase  YP_003373331  n/a    normal  0.142341  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0063  CDS  NC_013721  74372  75754  1383  G5 domain protein  YP_003373332  n/a    normal  0.0663704  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0065  CDS  NC_013721  76444  78285  1842  kinase domain protein  YP_003373333  n/a    normal  0.0464349  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0066  CDS  NC_013721  78418  79389  972  hypothetical protein  YP_003373334  n/a    normal  0.0355055  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0067  CDS  NC_013721  79485  80444  960  hypothetical protein  YP_003373335  n/a    normal  0.0337879  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0068  CDS  NC_013721  80685  81812  1128  ABC transporter, ATP-binding protein  YP_003373336  n/a    normal  0.0372334  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0069  CDS  NC_013721  82062  83477  1416  hypothetical protein  YP_003373337  n/a    normal  0.0105826  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0071  CDS  NC_013721  83773  84033  261  glutaredoxin  YP_003373338  n/a    hitchhiker  0.00875586  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0072  CDS  NC_013721  84222  85403  1182  signal recognition particle-docking protein FtsY  YP_003373339  n/a    hitchhiker  0.00248407  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0073  CDS  NC_013721  85566  87344  1779  ammonium Transporter Family  YP_003373340  n/a    hitchhiker  0.00320699  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0074  CDS  NC_013721  87765  89126  1362  MATE efflux family protein  YP_003373341  n/a    hitchhiker  0.000286401  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0075  CDS  NC_013721  89207  90652  1446  replicative DNA helicase  YP_003373342  n/a    hitchhiker  9.95062e-05  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0076  CDS  NC_013721  90668  92086  1419  Mur ligase middle domain protein  YP_003373343  n/a    hitchhiker  5.85492e-07  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0077  CDS  NC_013721  92092  92886  795  CobB/CobQ-like protein  YP_003373344  n/a    hitchhiker  4.05616e-08  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0078  CDS  NC_013721  93164  93583  420  toxin-antitoxin system, antitoxin component, HicB family  YP_003373345  n/a    hitchhiker  3.22202e-08  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0079  CDS  NC_013721  93729  94367  639  uracil phosphoribosyltransferase  YP_003373346  n/a    hitchhiker  3.79157e-08  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0080  CDS  NC_013721  94686  95339  654  hypothetical protein  YP_003373347  n/a    unclonable  1.58051e-09  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0081  CDS  NC_013721  95386  96582  1197  hydrolase, NUDIX family  YP_003373348  n/a    unclonable  2.09436e-09  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0082  CDS  NC_013721  97158  98432  1275  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  YP_003373349  n/a    unclonable  2.01074e-09  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0083  CDS  NC_013721  98542  99990  1449  DNA mismatch repair enzyme MutH  YP_003373350  n/a    unclonable  2.53451e-09  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0084  CDS  NC_013721  100273  102510  2238  polyphosphate kinase 1  YP_003373351  n/a    hitchhiker  6.85763e-08  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0085  CDS  NC_013721  102494  102634  141  hypothetical protein  YP_003373352  n/a    hitchhiker  2.65173e-07  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0086  CDS  NC_013721  103173  103904  732  glycerol facilitator-aquaporin  YP_003373353  n/a    hitchhiker  3.85513e-07  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0087  CDS  NC_013721  104005  105129  1125  tRNA synthetase class I (E and Q), catalytic domain protein  YP_003373354  n/a    hitchhiker  4.62423e-07  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0088  CDS  NC_013721  105164  105964  801  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  YP_003373355  n/a    hitchhiker  1.54646e-05  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0089  CDS  NC_013721  105986  106801  816  FAH family protein  YP_003373356  n/a    hitchhiker  6.75246e-05  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0090  CDS  NC_013721  106875  108143  1269  hypothetical protein  YP_003373357  n/a    hitchhiker  0.00255156  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0091  CDS  NC_013721  108151  108858  708  hypothetical protein  YP_003373358  n/a    hitchhiker  0.00203716  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0092  CDS  NC_013721  109250  111844  2595  ATP-dependent chaperone protein ClpB  YP_003373359  n/a    hitchhiker  0.0030598  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0093  CDS  NC_013721  112188  112514  327  hypothetical protein  YP_003373360  n/a    normal  0.0308366  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0094  CDS  NC_013721  112562  113329  768  ABC transporter, ATP-binding protein  YP_003373361  n/a    normal  0.0351427  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0095  CDS  NC_013721  113401  114957  1557  hypothetical protein  YP_003373362  n/a    normal  0.124785  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0096  CDS  NC_013721  114947  115678  732  hypothetical protein  YP_003373363  n/a    normal  0.168357  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0097  CDS  NC_013721  115733  117073  1341  RmuC domain protein  YP_003373364  n/a    normal  0.186787  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0098  CDS  NC_013721  117131  117898  768  hypothetical protein  YP_003373365  n/a    normal  0.15256  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0099  CDS  NC_013721  117956  118762  807  RNA methyltransferase, TrmH family  YP_003373366  n/a    normal  0.167605  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0100  CDS  NC_013721  118908  119900  993  ABC transporter, ATP-binding protein  YP_003373367  n/a    normal  0.174206  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0101  CDS  NC_013721  119897  120871  975  hypothetical protein  YP_003373368  n/a    normal  0.250348  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0102  CDS  NC_013721  120940  121071  132  hypothetical protein  YP_003373369  n/a    normal  0.206071  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0103  CDS  NC_013721  121784  123334  1551  thiol-activated cytolysin  YP_003373370  n/a    normal  0.258222  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0104  CDS  NC_013721  123833  124129  297  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, C subunit  YP_003373371  n/a    normal  0.434557  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
HMPREF0424_0105  CDS  NC_013721  124132  125673  1542  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  YP_003373372  n/a    normal  0.693508  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 14    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>