4375 genes were found for organism Escherichia coli DH1



Page 1 of 44    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
EcDH1_0001  CDS  CP001637  33  1436  1404  chromosomal replication initiator protein DnaA  ACX37702  decreased coverage  1.36922e-05  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0002  CDS  CP001637  1441  2541  1101  DNA polymerase III, beta subunit  ACX37703  hitchhiker  0.000276402  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0003  CDS  CP001637  2541  3614  1074  DNA replication and repair protein RecF  ACX37704  normal  0.877523  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0004  CDS  CP001637  3643  6057  2415  DNA gyrase, B subunit  ACX37705  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0005  CDS  CP001637  6297  6695  399  protein of unknown function DUF937  ACX37706  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0006  CDS  CP001637  6810  7622  813  Cof-like hydrolase  ACX37707  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0007  CDS  CP001637  7668  8324  657  conserved hypothetical protein  ACX37708  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0008  CDS  CP001637  8602  9291  690  GntR domain protein  ACX37709  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0009  CDS  CP001637  9288  10166  879  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  ACX37710  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0010  CDS  CP001637  10150  10767  618  KDPG and KHG aldolase  ACX37711  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0011  CDS  CP001637  10764  11912  1149  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  ACX37712  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0012  CDS  CP001637  12032  13324  1293  d-galactonate transporter  ACX37713  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0013  CDS  CP001637  13321  14385  1065  putative oxidoreductase  ACX37714  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0014  CDS  CP001637  14486  15700  1215  conserved hypothetical protein  ACX37715  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0015  CDS  CP001637  15702  16034  333  protein of unknown function DUF1375  ACX37716  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0016  CDS  CP001637  16340  16753  414  heat shock protein Hsp20  ACX37717  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0017  CDS  CP001637  16865  17293  429  heat shock protein Hsp20  ACX37718  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0018    CP001637  17298  17459  162      normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0019  CDS  CP001637  17489  19150  1662  YidE/YbjL duplication  ACX37719  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0020  CDS  CP001637  19147  19863  717  transcriptional regulator, GntR family  ACX37720  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0021    CP001637  19898  21775  1878      normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0022    CP001637  21775  22589  815      normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0023  CDS  CP001637  22586  23479  894  transcriptional regulator, AraC family  ACX37721  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0024  CDS  CP001637  23646  25361  1716  SSS sodium solute transporter superfamily  ACX37722  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0025  CDS  CP001637  25358  26851  1494  sulfatase  ACX37723  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0026  CDS  CP001637  26898  27347  450  conserved hypothetical protein  ACX37724  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0027  CDS  CP001637  27455  27802  348  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  ACX37725  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0028  CDS  CP001637  27792  28154  363  conserved hypothetical protein  ACX37726  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0029  CDS  CP001637  28151  28648  498  putative transcriptional regulator  ACX37727  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0030  CDS  CP001637  28656  29807  1152  multidrug/H+ antiporter, major facilitator superfamily (MFS)  ACX37728  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0031  CDS  CP001637  30497  30787  291  hypothetical protein  ACX37729  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0032  CDS  CP001637  30978  32666  1689  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  ACX37730  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0033  CDS  CP001637  32670  32960  291  acetolactate synthase, small subunit  ACX37731  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0034  CDS  CP001637  33036  33626  591  two component transcriptional regulator, LuxR family  ACX37732  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0035  CDS  CP001637  33626  35128  1503  histidine kinase  ACX37733  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0036  CDS  CP001637  35138  36457  1320  phosphoglycerate transporter  ACX37734  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0037  CDS  CP001637  36595  37986  1392  phosphoglycerate transporter  ACX37735  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0038  CDS  CP001637  38032  39798  1767  adenine deaminase  ACX37736  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0039  CDS  CP001637  39973  41307  1335  Xanthine/uracil/vitamin C permease  ACX37737  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0040  CDS  CP001637  41360  41812  453  protein of unknown function DUF1198  ACX37738  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0041  CDS  CP001637  41975  43213  1239  major facilitator superfamily MFS_1  ACX37739  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0042  CDS  CP001637  43254  43547  294  putative transport protein  ACX37740  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0043  CDS  CP001637  43552  43671  120  hypothetical protein  ACX37741  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0044  CDS  CP001637  43769  44587  819  lipoprotein, YaeC family  ACX37742  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0045  CDS  CP001637  44591  45514  924  carboxylate/amino acid/amine transporter  ACX37743  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0046  CDS  CP001637  45625  46809  1185  sugar efflux transporter  ACX37744  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0047  CDS  CP001637  47191  47337  147  conserved hypothetical protein  ACX37745  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0048  CDS  CP001637  47833  49215  1383  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  ACX37746  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0049  CDS  CP001637  49225  51543  2319  glycoside hydrolase family 31  ACX37747  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0050  CDS  CP001637  51596  53305  1710  AsmA family protein  ACX37748  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0051  CDS  CP001637  53426  54817  1392  uracil-xanthine permease  ACX37749  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0052  CDS  CP001637  55097  56302  1206  sodium/glutamate symporter  ACX37750  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0053  CDS  CP001637  56471  58552  2082  ATP-dependent DNA helicase RecG  ACX37751  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0054  CDS  CP001637  58558  59247  690  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  ACX37752  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0055  CDS  CP001637  59254  61362  2109  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  ACX37753  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0056  CDS  CP001637  61381  61656  276  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  ACX37754  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0057  CDS  CP001637  61711  62334  624  Guanylate kinase  ACX37755  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0058  CDS  CP001637  62592  64274  1683  DNA ligase (NAD(+))  ACX37756  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0059  CDS  CP001637  64271  64888  618  protein of unknown function UPF0126  ACX37757  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0060  CDS  CP001637  65178  66002  825  DNA-damage-inducible protein D  ACX37758  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0061  CDS  CP001637  66223  67086  864  YicC domain protein  ACX37759  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0062  CDS  CP001637  67213  67929  717  ribonuclease PH  ACX37760  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0063  CDS  CP001637  67995  68636  642  orotate phosphoribosyltransferase  ACX37761  normal  0.160441  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0064  CDS  CP001637  68673  69269  597  transcriptional regulator, TetR family  ACX37762  hitchhiker  1.75826e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0065  CDS  CP001637  69376  69834  459  deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase Dut  ACX37763  hitchhiker  3.47676e-07  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0066  CDS  CP001637  69812  71032  1221  phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate/cysteine ligase  ACX37764  hitchhiker  9.99218e-07  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0067  CDS  CP001637  71204  71872  669  DNA repair protein RadC  ACX37765  hitchhiker  2.16711e-07  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0068  CDS  CP001637  72089  72325  237  ribosomal protein L28  ACX37766  hitchhiker  1.38765e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0069  CDS  CP001637  72346  72513  168  ribosomal protein L33  ACX37767  hitchhiker  9.95391e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0070  CDS  CP001637  72611  73420  810  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  ACX37768  hitchhiker  0.00858253  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0071  CDS  CP001637  73459  73938  480  pantetheine-phosphate adenylyltransferase  ACX37769  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0072  CDS  CP001637  73946  75223  1278  Three-deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase domain protein  ACX37770  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0073  CDS  CP001637  75629  76699  1071  lipopolysaccharide heptosyltransferase III  ACX37771  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0074  CDS  CP001637  76696  77820  1125  glycosyl transferase group 1  ACX37772  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0075  CDS  CP001637  77813  78610  798  lipopolysaccharide kinase  ACX37773  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0076  CDS  CP001637  78647  79582  936  hypothetical protein  ACX37774  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0077  CDS  CP001637  79626  80705  1080  glycosyl transferase group 1  ACX37775  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0078  CDS  CP001637  80705  81724  1020  Lipopolysaccharide 3-alpha-galactosyltransferase  ACX37776  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0079  CDS  CP001637  81764  82780  1017  Lipopolysaccharide glucosyltransferase I  ACX37777  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0080  CDS  CP001637  82798  83496  699  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  ACX37778  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0081  CDS  CP001637  83567  84418  852  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  ACX37779  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0082  CDS  CP001637  84451  85524  1074  Lipopolysaccharide N-acetylglucosaminyltransferase  ACX37780  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0083  CDS  CP001637  85556  86815  1260  O-antigen polymerase  ACX37781  normal  0.0973021  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0084  CDS  CP001637  86825  87784  960  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  ACX37782  hitchhiker  0.00990907  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0085  CDS  CP001637  87788  88834  1047  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  ACX37783  decreased coverage  3.8978e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0086  CDS  CP001637  88844  89776  933  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  ACX37784  decreased coverage  2.90393e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0087  CDS  CP001637  90065  90937  873  conserved hypothetical protein  ACX37785  hitchhiker  0.00389422  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0088  CDS  CP001637  91212  92408  1197  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  ACX37786  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0089  CDS  CP001637  92418  93443  1026  L-threonine 3-dehydrogenase  ACX37787  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0090  CDS  CP001637  93682  94716  1035  glycosyl transferase family 2  ACX37788  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0091  CDS  CP001637  94703  95662  960  protein of unknown function DUF610 YibQ  ACX37789  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0092  CDS  CP001637  95666  96925  1260  Peptidase M23  ACX37790  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0093  CDS  CP001637  96959  98503  1545  phosphoglycerate mutase, 2,3-bisphosphoglycerate-independent  ACX37791  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0094  CDS  CP001637  98748  99179  432  Rhodanese domain protein  ACX37792  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0095  CDS  CP001637  99321  99572  252  glutaredoxin 3  ACX37793  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0096  CDS  CP001637  99635  100102  468  protein-export protein SecB  ACX37794  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0097  CDS  CP001637  100102  101121  1020  Glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  ACX37795  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0098  CDS  CP001637  101201  102022  822  serine O-acetyltransferase  ACX37796  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0099  CDS  CP001637  102075  102548  474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  ACX37797  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0100  CDS  CP001637  102746  103936  1191  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  ACX37798  normal  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 44    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>