2095 genes were found for organism Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 21    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Afer_0001  CDS  NC_013124  87  1463  1377  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_003108649  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0002  CDS  NC_013124  1687  2787  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_003108650  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0003  CDS  NC_013124  2796  3836  1041  DNA replication and repair protein RecF  YP_003108651  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0004  CDS  NC_013124  3847  4161  315  hypothetical protein  YP_003108652  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0005  CDS  NC_013124  4247  6190  1944  DNA gyrase, B subunit  YP_003108653  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0006  CDS  NC_013124  6222  8672  2451  DNA gyrase, A subunit  YP_003108654  normal  0.400994  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0007  CDS  NC_013124  8721  9707  987  hypothetical protein  YP_003108655  normal  0.118971  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0008  CDS  NC_013124  9712  11214  1503  type II secretion system protein E  YP_003108656  normal  0.105652  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0009  CDS  NC_013124  11311  11580  270  hypothetical protein  YP_003108657  normal  0.172854  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0010  CDS  NC_013124  11586  11957  372  hypothetical protein  YP_003108658  normal  0.312929  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0011  CDS  NC_013124  11957  12382  426  hypothetical protein  YP_003108659  normal  0.360849  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0012  CDS  NC_013124  12379  12861  483  hypothetical protein  YP_003108660  normal  0.260929  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0013  CDS  NC_013124  12858  14492  1635  hypothetical protein  YP_003108661  normal  0.373989  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0014  CDS  NC_013124  14486  14986  501  hypothetical protein  YP_003108662  normal  0.0640594  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0015  CDS  NC_013124  14983  15468  486  hypothetical protein  YP_003108663  normal  0.116819  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0016  CDS  NC_013124  15525  16175  651  hypothetical protein  YP_003108664  normal  0.211414  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0017  CDS  NC_013124  16178  16954  777  hypothetical protein  YP_003108665  normal  0.0769078  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0018  CDS  NC_013124  16951  17850  900  hypothetical protein  YP_003108666  normal  0.0259974  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0019  CDS  NC_013124  17862  18785  924  hypothetical protein  YP_003108667  normal  0.022346  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0020  CDS  NC_013124  18791  20422  1632  Chitinase  YP_003108668  decreased coverage  0.00474187  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0021  CDS  NC_013124  20600  22321  1722  hypothetical protein  YP_003108669  normal  0.587255  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0022  CDS  NC_013124  22318  23706  1389  diguanylate phosphodiesterase  YP_003108670  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0023  CDS  NC_013124  23703  25091  1389  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  YP_003108671  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0024  CDS  NC_013124  25103  26134  1032  histone deacetylase superfamily  YP_003108672  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0025  CDS  NC_013124  26239  26946  708  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_003108673  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0026  CDS  NC_013124  26927  28705  1779  hypothetical protein  YP_003108674  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0027  CDS  NC_013124  28705  30312  1608  integral membrane protein MviN  YP_003108675  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0028  CDS  NC_013124  30309  31151  843  degV family protein  YP_003108676  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0029  CDS  NC_013124  31219  31545  327  hypothetical protein  YP_003108677  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0030  CDS  NC_013124  31574  32536  963  thioredoxin reductase  YP_003108678  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0031  CDS  NC_013124  32599  32931  333  thioredoxin  YP_003108679  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0032  CDS  NC_013124  32949  33920  972  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  YP_003108680  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0033  CDS  NC_013124  34708  35217  510  transcriptional regulator, XRE family  YP_003108681  normal  0.400371  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0034  CDS  NC_013124  35214  35567  354  protein of unknown function DUF86  YP_003108682  normal  0.225981  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0035  CDS  NC_013124  35856  36818  963  proline-specific peptidase  YP_003108683  normal  0.0847997  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0036  CDS  NC_013124  36917  38089  1173  major facilitator superfamily MFS_1  YP_003108684  normal  0.0606138  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0037  CDS  NC_013124  38103  39182  1080  Myo-inositol-1-phosphate synthase  YP_003108685  normal  0.0291539  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0038  CDS  NC_013124  39269  39862  594  transcriptional regulator, PadR-like family  YP_003108686  normal  0.698447  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0039  CDS  NC_013124  39960  40349  390  hypothetical protein  YP_003108687  normal  0.855389  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0040  CDS  NC_013124  40429  41328  900  3-methyl-2-oxobutanoatehydroxymethyltransferase  YP_003108688  normal  0.441156  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0041  CDS  NC_013124  41325  43082  1758  replicative DNA helicase  YP_003108689  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0042  CDS  NC_013124  43096  43548  453  ribosomal protein L9  YP_003108690  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0043  CDS  NC_013124  43545  43952  408  ribosomal protein S18  YP_003108691  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0044  CDS  NC_013124  43956  44402  447  single-strand binding protein  YP_003108692  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0045  CDS  NC_013124  44430  44768  339  ribosomal protein S6  YP_003108693  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0046  CDS  NC_013124  44852  45481  630  hypothetical protein  YP_003108694  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0047  CDS  NC_013124  45648  46052  405  hypothetical protein  YP_003108695  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0048  CDS  NC_013124  46052  46750  699  hypothetical protein  YP_003108696  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0049  CDS  NC_013124  46722  47768  1047  sodium/hydrogen exchanger  YP_003108697  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0050  CDS  NC_013124  47864  48529  666  secreted repeat of unknown function  YP_003108698  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0051  CDS  NC_013124  48548  50578  2031  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  YP_003108699  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0052  CDS  NC_013124  50613  51218  606  deoxycytidine triphosphate deaminase  YP_003108700  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0053    NC_013124  51587  52653  1067      normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0054    NC_013124  52830  53132  303      normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0055  CDS  NC_013124  53466  54029  564  hypothetical protein  YP_003108701  normal  0.871983  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0056  CDS  NC_013124  54022  54441  420  hypothetical protein  YP_003108702  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0057    NC_013124  54460  54594  135      normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0058    NC_013124  54684  54907  224      normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0059  CDS  NC_013124  55114  55506  393  hypothetical protein  YP_003108703  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0060  CDS  NC_013124  55510  55656  147  hypothetical protein  YP_003108704  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0061  CDS  NC_013124  55830  56504  675  transcriptional regulator, TetR family  YP_003108705  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0062  CDS  NC_013124  56501  57106  606  hypothetical protein  YP_003108706  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0063  CDS  NC_013124  57262  57585  324  putative transcriptional regulator, GntR family  YP_003108707  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0064  CDS  NC_013124  58069  58872  804  hypothetical protein  YP_003108708  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0065  CDS  NC_013124  59143  60279  1137  glycoside hydrolase family 5  YP_003108709  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0066  CDS  NC_013124  60276  60413  138  hypothetical protein  YP_003108710  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0067  CDS  NC_013124  60502  60822  321  transposase IS3/IS911 family protein  YP_003108711  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0068  CDS  NC_013124  60822  61691  870  Integrase catalytic region  YP_003108712  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0069  CDS  NC_013124  61634  63103  1470  glycosyl transferase family protein  YP_003108713  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0070  CDS  NC_013124  63106  64401  1296  glycosyl transferase family 2  YP_003108714  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0071  CDS  NC_013124  65218  68322  3105  hypothetical protein  YP_003108715  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0072  CDS  NC_013124  68987  72292  3306  transcriptional activator domain protein  YP_003108716  normal  0.713941  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0073  CDS  NC_013124  72700  73662  963  peptidase C60 sortase A and B  YP_003108717  normal  0.787653  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0074  CDS  NC_013124  74290  75141  852  Patatin  YP_003108718  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0075  CDS  NC_013124  75157  75684  528  transcriptional regulator, MarR family  YP_003108719  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0076  CDS  NC_013124  75804  77180  1377  Pyridoxal-dependent decarboxylase  YP_003108720  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0077  CDS  NC_013124  77177  77593  417  histidine triad (HIT) protein  YP_003108721  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0078  CDS  NC_013124  77770  78975  1206  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_003108722  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0079  CDS  NC_013124  79073  79510  438  CoA-binding domain protein  YP_003108723  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0080  CDS  NC_013124  79510  80421  912  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  YP_003108724  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0081  CDS  NC_013124  81088  83178  2091  Peptidase S53 propeptide  YP_003108725  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0082  CDS  NC_013124  83357  84634  1278  Histidine--tRNA ligase  YP_003108726  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0083  CDS  NC_013124  84769  85296  528  secreted repeat of unknown function  YP_003108727  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0084  CDS  NC_013124  85398  87116  1719  adenine deaminase  YP_003108728  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0085  CDS  NC_013124  87173  88348  1176  acetyl-CoA acetyltransferase  YP_003108729  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0086  CDS  NC_013124  88349  88942  594  glutamine amidotransferase of anthranilate synthase  YP_003108730  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0087  CDS  NC_013124  89146  91083  1938  serine/threonine protein kinase with PASTA sensor(s)  YP_003108731  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0088  CDS  NC_013124  91136  92698  1563  serine/threonine protein kinase with PASTA sensor(s)  YP_003108732  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0089  CDS  NC_013124  92695  94176  1482  penicillin-binding protein transpeptidase  YP_003108733  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0090  CDS  NC_013124  94169  95437  1269  protein serine/threonine phosphatase  YP_003108734  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0091  CDS  NC_013124  95437  95949  513  FHA domain containing protein  YP_003108735  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0092  CDS  NC_013124  95954  96613  660  FHA domain containing protein  YP_003108736  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0093  CDS  NC_013124  96927  97475  549  hypothetical protein  YP_003108737  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0094  CDS  NC_013124  97465  99531  2067  bifunctional aldehyde dehydrogenase/enoyl-CoA hydratase  YP_003108738  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0095  CDS  NC_013124  100027  100710  684  hypothetical protein  YP_003108739  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0096  CDS  NC_013124  100769  101734  966  hypothetical protein  YP_003108740  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0097  CDS  NC_013124  102542  103462  921  Prephenate dehydratase  YP_003108741  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0098  CDS  NC_013124  103515  104228  714  1-(5-phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole- carboxylate (AIR) carboxylase  YP_003108742  normal  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0099  CDS  NC_013124  104225  105385  1161  protein of unknown function DUF111  YP_003108743  normal  0.663305  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Afer_0100  CDS  NC_013124  105406  106413  1008  Alpha/beta hydrolase fold-3 domain protein  YP_003108744  normal  0.405818  n/a    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 21    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>