1422 genes were found for organism Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 15    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Apar_0001  CDS  NC_013203  250  1116  867  ATP-binding region ATPase domain protein  YP_003179032  normal  0.557706  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0002  CDS  NC_013203  1200  2729  1530  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_003179033  normal  0.988303  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0003  CDS  NC_013203  2964  4064  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_003179034  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0004  CDS  NC_013203  4080  5171  1092  DNA replication and repair protein RecF  YP_003179035  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0005  CDS  NC_013203  5164  5697  534  hypothetical protein  YP_003179036  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0006  CDS  NC_013203  5858  7801  1944  DNA gyrase, B subunit  YP_003179037  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0007  CDS  NC_013203  7921  10626  2706  DNA gyrase, A subunit  YP_003179038  normal  0.607285  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0008  CDS  NC_013203  10804  11310  507  protein of unknown function DUF151  YP_003179039  normal  0.756482  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0009  CDS  NC_013203  11891  13030  1140  extracellular solute-binding protein family 1  YP_003179040  normal  0.892782  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0010  CDS  NC_013203  13169  14878  1710  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_003179041  normal  0.290045  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0011  CDS  NC_013203  14882  15961  1080  ABC transporter related  YP_003179042  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0012  CDS  NC_013203  16020  17018  999  transcriptional regulator, LacI family  YP_003179043  normal  0.294496  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0013    NC_013203  17270  18705  1436      normal  0.357634  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0014  CDS  NC_013203  18834  20114  1281  hypothetical protein  YP_003179044  normal  0.109361  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0015  CDS  NC_013203  20261  20719  459  hypothetical protein  YP_003179045  hitchhiker  0.00241722  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0016  CDS  NC_013203  20848  22686  1839  GTP-binding protein TypA  YP_003179046  unclonable  1.19023e-07  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0017  CDS  NC_013203  22832  23575  744  protein of unknown function UPF0126  YP_003179047  unclonable  4.29816e-09  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0018  CDS  NC_013203  24040  25455  1416  hypothetical protein  YP_003179048  unclonable  4.21814e-08  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0019  CDS  NC_013203  25759  26052  294  ribosomal protein S6  YP_003179049  hitchhiker  5.15173e-05  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0020  CDS  NC_013203  26105  26557  453  single-strand binding protein  YP_003179050  hitchhiker  0.00033  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0021  CDS  NC_013203  26606  26878  273  ribosomal protein S18  YP_003179051  hitchhiker  0.00224831  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0022  CDS  NC_013203  26911  27969  1059  hypothetical protein  YP_003179052  normal  0.0276256  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0023  CDS  NC_013203  28002  28526  525  ribosomal protein L9  YP_003179053  normal  0.725827  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0024  CDS  NC_013203  29027  30466  1440  replicative DNA helicase  YP_003179054  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0025  CDS  NC_013203  30608  31888  1281  adenylosuccinate synthetase  YP_003179055  normal  0.993316  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0026  CDS  NC_013203  31892  34006  2115  phosphoribosylamine/glycine ligase  YP_003179056  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0027  CDS  NC_013203  34022  34867  846  NUDIX hydrolase  YP_003179057  normal  0.130084  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0028  CDS  NC_013203  34874  36721  1848  ABC transporter related  YP_003179058  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0029  CDS  NC_013203  36912  37847  936  hypothetical protein  YP_003179059  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0030  CDS  NC_013203  37975  38844  870  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  YP_003179060  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0031  CDS  NC_013203  38961  39422  462  phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, catalytic subunit  YP_003179061  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0032  CDS  NC_013203  39656  40579  924  sortase, SrtB family  YP_003179062  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0033  CDS  NC_013203  40777  42270  1494  amidophosphoribosyltransferase  YP_003179063  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0034  CDS  NC_013203  42281  43369  1089  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  YP_003179064  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0035  CDS  NC_013203  43359  43973  615  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  YP_003179065  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0036  CDS  NC_013203  43974  45050  1077  acyltransferase 3  YP_003179066  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0037  CDS  NC_013203  45198  45416  219  hypothetical protein  YP_003179067  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0038    NC_013203  45523  45636  114      normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0039  CDS  NC_013203  45727  46251  525  hypothetical protein  YP_003179068  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0040    NC_013203  46274  46390  117      normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0041  CDS  NC_013203  46515  47288  774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_003179069  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0042  CDS  NC_013203  47776  48399  624  protein of unknown function DUF47  YP_003179070  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0043  CDS  NC_013203  48392  49387  996  phosphate transporter  YP_003179071  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0044  CDS  NC_013203  49402  50064  663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  YP_003179072  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0045  CDS  NC_013203  50207  50470  264  hypothetical protein  YP_003179073  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0046  CDS  NC_013203  50610  51242  633  hypothetical protein  YP_003179074  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0047  CDS  NC_013203  51279  51773  495  histidine triad (HIT) protein  YP_003179075  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0048  CDS  NC_013203  51827  52816  990  Abortive infection protein  YP_003179076  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0049  CDS  NC_013203  52906  53514  609  hypothetical protein  YP_003179077  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0050  CDS  NC_013203  53595  54350  756  hypothetical protein  YP_003179078  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0051  CDS  NC_013203  54520  55026  507  hypothetical protein  YP_003179079  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0052    NC_013203  55301  55492  192      normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0053  CDS  NC_013203  55616  56863  1248  RNA methyltransferase, TrmA family  YP_003179080  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0054  CDS  NC_013203  57034  58002  969  Lactate/malate dehydrogenase  YP_003179081  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0055  CDS  NC_013203  58519  59505  987  band 7 protein  YP_003179082  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0056  CDS  NC_013203  59523  59723  201  hypothetical protein  YP_003179083  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0057  CDS  NC_013203  59725  60969  1245  ABC transporter related  YP_003179084  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0058  CDS  NC_013203  60972  62816  1845  hypothetical protein  YP_003179085  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0059  CDS  NC_013203  63091  65166  2076  small GTP-binding protein  YP_003179086  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0060  CDS  NC_013203  65966  67723  1758  1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase  YP_003179087  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0061  CDS  NC_013203  67997  69091  1095  iron-containing alcohol dehydrogenase  YP_003179088  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0062  CDS  NC_013203  69295  70617  1323  hypothetical protein  YP_003179089  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0063  CDS  NC_013203  70763  71965  1203  beta-lactamase domain protein  YP_003179090  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0064  CDS  NC_013203  72773  74116  1344  protein of unknown function DUF21  YP_003179091  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0065  CDS  NC_013203  74163  75017  855  hypothetical protein  YP_003179092  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0066  CDS  NC_013203  75075  75536  462  hypothetical protein  YP_003179093  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0067  CDS  NC_013203  75602  76576  975  hypothetical protein  YP_003179094  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0068  CDS  NC_013203  76677  78035  1359  natural resistance-associated macrophage protein  YP_003179095  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0069  CDS  NC_013203  78047  79924  1878  MgtE intracellular region  YP_003179096  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0070  CDS  NC_013203  80378  80923  546  LemA family protein  YP_003179097  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0071  CDS  NC_013203  81481  81981  501  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  YP_003179098  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0072  CDS  NC_013203  81984  83303  1320  SAM-dependent methyltransferase  YP_003179099  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0073  CDS  NC_013203  83388  83768  381  protein of unknown function DUF1304  YP_003179100  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0074  CDS  NC_013203  83810  85162  1353  DEAD/DEAH box helicase domain protein  YP_003179101  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0075  CDS  NC_013203  85209  86192  984  homoserine O-succinyltransferase  YP_003179102  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0076  CDS  NC_013203  86322  86882  561  phosphodiesterase, MJ0936 family  YP_003179103  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0077  CDS  NC_013203  87003  87722  720  transcriptional regulator, GntR family  YP_003179104  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0078  CDS  NC_013203  87861  89258  1398  glycoside hydrolase family 1  YP_003179105  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0079  CDS  NC_013203  89282  90721  1440  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  YP_003179106  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0080  CDS  NC_013203  90798  91094  297  phosphotransferase system lactose/cellobiose- specific IIB subunit  YP_003179107  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0081  CDS  NC_013203  91150  91485  336  phosphotransferase system PTS lactose/cellobiose- specific IIA subunit  YP_003179108  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0082  CDS  NC_013203  91647  93119  1473  hypothetical protein  YP_003179109  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0083  CDS  NC_013203  93207  93344  138  hypothetical protein  YP_003179110  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0084  CDS  NC_013203  93286  94287  1002  asparagine synthetase AsnA  YP_003179111  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0085  CDS  NC_013203  94610  95041  432  Ferritin Dps family protein  YP_003179112  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0086  CDS  NC_013203  95323  95814  492  hypothetical protein  YP_003179113  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0087  CDS  NC_013203  96620  96787  168  hypothetical protein  YP_003179114  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0088  CDS  NC_013203  96798  97784  987  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_003179115  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0089  CDS  NC_013203  97858  98505  648  Redoxin domain protein  YP_003179116  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0090  CDS  NC_013203  98683  99363  681  two component transcriptional regulator, winged helix family  YP_003179117  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0091  CDS  NC_013203  99356  100516  1161  histidine kinase  YP_003179118  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0092  CDS  NC_013203  100639  101307  669  Transaldolase  YP_003179119  normal  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0093  CDS  NC_013203  101349  102767  1419  hypothetical protein  YP_003179120  normal  normal  0.891852  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0094  CDS  NC_013203  102983  104887  1905  chaperone protein DnaK  YP_003179121  normal  normal  0.512015  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0095  CDS  NC_013203  105012  105860  849  GrpE protein  YP_003179122  normal  normal  0.266913  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0096  CDS  NC_013203  105893  106825  933  chaperone DnaJ domain protein  YP_003179123  normal  normal  0.274204  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0097  CDS  NC_013203  106825  107298  474  transcriptional regulator, MerR family  YP_003179124  normal  normal  0.377226  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0098  CDS  NC_013203  107464  107805  342  hypothetical protein  YP_003179125  normal  normal  0.239257  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0099  CDS  NC_013203  107789  108235  447  PilT protein domain protein  YP_003179126  normal  normal  0.24947  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0100  CDS  NC_013203  108428  111010  2583  ATP-dependent chaperone ClpB  YP_003179127  normal  normal  0.373648  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 15    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>