7399 genes were found for organism Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 74    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Cpin_0001  CDS  NC_013132  126  1559  1434  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_003119711  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0002  CDS  NC_013132  1698  2234  537  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  YP_003119712  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0003  CDS  NC_013132  2714  3670  957  anti-FecI sigma factor, FecR  YP_003119713  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0004  CDS  NC_013132  3910  7302  3393  TonB-dependent receptor plug  YP_003119714  normal  0.138653  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0005  CDS  NC_013132  7325  8839  1515  RagB/SusD domain protein  YP_003119715  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0006  CDS  NC_013132  9027  10859  1833  Alkaline phosphatase  YP_003119716  normal  0.50499  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0007  CDS  NC_013132  10958  11773  816  hypothetical protein  YP_003119717  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0008  CDS  NC_013132  11763  12794  1032  hypothetical protein  YP_003119718  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0009  CDS  NC_013132  12971  14029  1059  Type IIA topoisomerase (DNA gyrase/topo II topoisomerase IV) B subunit-like protein  YP_003119719  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0010  CDS  NC_013132  14069  14728  660  two component transcriptional regulator, LuxR family  YP_003119720  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0011  CDS  NC_013132  14721  15506  786  histidine kinase  YP_003119721  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0012  CDS  NC_013132  15461  16135  675  hypothetical protein  YP_003119722  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0013  CDS  NC_013132  16142  16726  585  hypothetical protein  YP_003119723  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0014  CDS  NC_013132  16975  18066  1092  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  YP_003119724  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0015  CDS  NC_013132  18056  19609  1554  hypothetical protein  YP_003119725  normal  0.364148  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0016  CDS  NC_013132  19620  20486  867  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  YP_003119726  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0017  CDS  NC_013132  20571  22211  1641  peptidase M28  YP_003119727  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0018  CDS  NC_013132  22332  23375  1044  helix-turn-helix domain protein  YP_003119728  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0019  CDS  NC_013132  23557  23724  168  hypothetical protein  YP_003119729  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0020  CDS  NC_013132  23772  25049  1278  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  YP_003119730  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0021  CDS  NC_013132  25267  26271  1005  transcriptional regulator, AraC family  YP_003119731  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0022  CDS  NC_013132  26569  28398  1830  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  YP_003119732  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0023  CDS  NC_013132  28422  28760  339  hypothetical protein  YP_003119733  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0024  CDS  NC_013132  28887  29225  339  hypothetical protein  YP_003119734  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0025  CDS  NC_013132  29511  32027  2517  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  YP_003119735  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0026  CDS  NC_013132  32185  32325  141  hypothetical protein  YP_003119736  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0027  CDS  NC_013132  32462  32851  390  hypothetical protein  YP_003119737  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0028  CDS  NC_013132  32856  33431  576  hypothetical protein  YP_003119738  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0029  CDS  NC_013132  33443  34438  996  hypothetical protein  YP_003119739  normal  0.759197  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0030  CDS  NC_013132  34570  35058  489  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_003119740  normal  0.0252535  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0031  CDS  NC_013132  35061  38162  3102  Protoporphyrinogen oxidase-like protein  YP_003119741  unclonable  5.38665e-06  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0032  CDS  NC_013132  38269  39789  1521  hypothetical protein  YP_003119742  normal  0.0423403  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0033    NC_013132  40141  40269  129      normal  0.267796  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0034    NC_013132  40349  40957  609      normal  0.512094  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0035  CDS  NC_013132  41299  41649  351  hypothetical protein  YP_003119743  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0036  CDS  NC_013132  42406  42672  267  transposase IS3/IS911 family protein  YP_003119744  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0037  CDS  NC_013132  43039  44586  1548  Integrase catalytic region  YP_003119745  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0038  CDS  NC_013132  44607  45347  741  IstB domain protein ATP-binding protein  YP_003119746  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0039  CDS  NC_013132  45532  45864  333  hypothetical protein  YP_003119747  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0040    NC_013132  45893  46119  227      normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0041  CDS  NC_013132  46603  49251  2649  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  YP_003119748  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0042  CDS  NC_013132  49354  50772  1419  RagB/SusD domain protein  YP_003119749  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0043  CDS  NC_013132  50784  54053  3270  TonB-dependent receptor plug  YP_003119750  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0044  CDS  NC_013132  54437  54988  552  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  YP_003119751  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0045  CDS  NC_013132  55025  56155  1131  anti-FecI sigma factor, FecR  YP_003119752  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0046  CDS  NC_013132  56152  56742  591  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  YP_003119753  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0047  CDS  NC_013132  56785  57780  996  transcriptional regulator, AraC family  YP_003119754  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0048  CDS  NC_013132  57767  58258  492  hypothetical protein  YP_003119755  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0049  CDS  NC_013132  58413  59885  1473  hypothetical protein  YP_003119756  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0050  CDS  NC_013132  59934  60914  981  hypothetical protein  YP_003119757  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0051  CDS  NC_013132  60963  61529  567  hypothetical protein  YP_003119758  normal  0.655941  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0052  CDS  NC_013132  62333  63127  795  hypothetical protein  YP_003119759  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0053  CDS  NC_013132  62994  64448  1455  hypothetical protein  YP_003119760  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0054  CDS  NC_013132  64866  66791  1926  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  YP_003119761  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0055  CDS  NC_013132  66785  67132  348  hypothetical protein  YP_003119762  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0056  CDS  NC_013132  67214  68575  1362  RagB/SusD domain protein  YP_003119763  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0057  CDS  NC_013132  68586  71630  3045  TonB-dependent receptor plug  YP_003119764  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0058  CDS  NC_013132  71777  72325  549  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  YP_003119765  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0059  CDS  NC_013132  72396  73538  1143  anti-FecI sigma factor, FecR  YP_003119766  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0060  CDS  NC_013132  73551  74540  990  transcriptional regulator, AraC family  YP_003119767  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0061  CDS  NC_013132  74590  77295  2706  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  YP_003119768  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0062  CDS  NC_013132  77417  77956  540  hypothetical protein  YP_003119769  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0063  CDS  NC_013132  78150  79151  1002  transcriptional regulator, AraC family  YP_003119770  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0064  CDS  NC_013132  79330  80979  1650  hypothetical protein  YP_003119771  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0065  CDS  NC_013132  81398  82597  1200  hypothetical protein  YP_003119772  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0066  CDS  NC_013132  82615  83859  1245  DEAD/DEAH box helicase domain protein  YP_003119773  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0067  CDS  NC_013132  83951  84619  669  protein of unknown function DUF1345  YP_003119774  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0068  CDS  NC_013132  84698  85657  960  HTTM domain protein  YP_003119775  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0069  CDS  NC_013132  85669  86157  489  hypothetical protein  YP_003119776  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0070  CDS  NC_013132  86314  87147  834  hypothetical protein  YP_003119777  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0071  CDS  NC_013132  87328  87567  240  hypothetical protein  YP_003119778  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0072  CDS  NC_013132  87642  87908  267  hypothetical protein  YP_003119779  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0073  CDS  NC_013132  88100  88777  678  NUDIX hydrolase  YP_003119780  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0074  CDS  NC_013132  88783  89331  549  hypothetical protein  YP_003119781  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0075  CDS  NC_013132  89333  89875  543  phosphotransferase KptA/Tpt1  YP_003119782  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0076  CDS  NC_013132  89881  90810  930  ADP-ribosylation/Crystallin J1  YP_003119783  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0077  CDS  NC_013132  90811  91542  732  metallophosphoesterase  YP_003119784  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0078  CDS  NC_013132  91539  92192  654  hypothetical protein  YP_003119785  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0079  CDS  NC_013132  92363  94615  2253  cell wall/surface repeat protein  YP_003119786  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0080  CDS  NC_013132  94753  95724  972  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  YP_003119787  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0081  CDS  NC_013132  95876  97459  1584  L-amino-acid oxidase  YP_003119788  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0082  CDS  NC_013132  97495  98667  1173  aminotransferase class I and II  YP_003119789  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0083  CDS  NC_013132  98680  99663  984  Hedgehog/intein hint domain protein  YP_003119790  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0084  CDS  NC_013132  99721  101799  2079  translation elongation factor G  YP_003119791  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0085  CDS  NC_013132  102313  103176  864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_003119792  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0086  CDS  NC_013132  103462  104616  1155  hypothetical protein  YP_003119793  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0087  CDS  NC_013132  104684  105508  825  hypothetical protein  YP_003119794  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0088  CDS  NC_013132  105837  106751  915  hypothetical protein  YP_003119795  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0089  CDS  NC_013132  106979  109012  2034  protein of unknown function DUF1680  YP_003119796  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0090  CDS  NC_013132  109177  109734  558  hypothetical protein  YP_003119797  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0091  CDS  NC_013132  109963  110160  198  hypothetical protein  YP_003119798  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0092  CDS  NC_013132  110267  110995  729  hypothetical protein  YP_003119799  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0093  CDS  NC_013132  111040  113235  2196  group II decarboxylase family protein  YP_003119800  normal  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0094    NC_013132  113345  113739  395      normal  0.335138  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0095  CDS  NC_013132  113747  116581  2835  hypothetical protein  YP_003119801  normal  0.0167814  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0096  CDS  NC_013132  116800  117090  291  hypothetical protein  YP_003119802  decreased coverage  1.38623e-06  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0097  CDS  NC_013132  117171  117821  651  protein of unknown function DUF1349  YP_003119803  hitchhiker  0.000978689  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0098  CDS  NC_013132  117936  118697  762  transcriptional regulator, LuxR family  YP_003119804  hitchhiker  0.00697344  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0099  CDS  NC_013132  118800  119306  507  methionine sulfoxide reductase A  YP_003119805  normal  0.101937  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0100  CDS  NC_013132  119379  119909  531  hypothetical protein  YP_003119806  normal  0.674654  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 74    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>