4408 genes were found for organism Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 45    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
EcolC_0001  CDS  NC_010468  48  1451  1404  chromosomal replication initiation protein  YP_001723016  decreased coverage  0.000185056  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0002  CDS  NC_010468  1456  2556  1101  DNA polymerase III subunit beta  YP_001723017  normal  0.0647653  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0003  CDS  NC_010468  2556  3629  1074  recombination protein F  YP_001723018  normal  0.0566679  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0004  CDS  NC_010468  3658  6072  2415  DNA gyrase subunit B  YP_001723019  normal  0.873229  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0005  CDS  NC_010468  6312  6710  399  hypothetical protein  YP_001723020  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0006  CDS  NC_010468  6825  7637  813  sugar phosphatase  YP_001723021  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0007  CDS  NC_010468  7683  8339  657  hypothetical protein  YP_001723022  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0008  CDS  NC_010468  8617  9306  690  GntR domain-containing protein  YP_001723023  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0009  CDS  NC_010468  9303  10181  879  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  YP_001723024  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0010  CDS  NC_010468  10165  10782  618  2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase  YP_001723025  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0011  CDS  NC_010468  10779  11927  1149  galactonate dehydratase  YP_001723026  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0012  CDS  NC_010468  12047  13339  1293  d-galactonate transporter  YP_001723027  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0013  CDS  NC_010468  13336  14400  1065  putative oxidoreductase  YP_001723028  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0014  CDS  NC_010468  14501  15715  1215  hypothetical protein  YP_001723029  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0015  CDS  NC_010468  15717  16124  408  hypothetical protein  YP_001723030  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0016  CDS  NC_010468  16355  16768  414  heat shock protein IbpA  YP_001723031  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0017  CDS  NC_010468  16880  17308  429  heat shock chaperone IbpB  YP_001723032  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0018  CDS  NC_010468  17504  19165  1662  hypothetical protein  YP_001723033  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0019  CDS  NC_010468  19162  19878  717  GntR family transcriptional regulator  YP_001723034  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0020  CDS  NC_010468  20174  21790  1617  PTS system, alpha-glucoside-specific IIBC subunit  YP_001723035  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0021  CDS  NC_010468  21790  23112  1323  glycoside hydrolase family protein  YP_001723036  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0022    NC_010468  23243  23673  431      normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0023  CDS  NC_010468  23681  24889  1209  IS605 family transposase OrfB  YP_001723037  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0024  CDS  NC_010468  25060  25407  348  isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  YP_001723038  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0025  CDS  NC_010468  25397  25759  363  hypothetical protein  YP_001723039  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0026  CDS  NC_010468  25756  26253  498  putative transcriptional regulator  YP_001723040  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0027  CDS  NC_010468  26261  27445  1185  multidrug resistance protein D  YP_001723041  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0028  CDS  NC_010468  28583  30271  1689  acetolactate synthase catalytic subunit  YP_001723042  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0029  CDS  NC_010468  30275  30565  291  acetolactate synthase 1 regulatory subunit  YP_001723043  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0030  CDS  NC_010468  30640  31230  591  DNA-binding transcriptional activator UhpA  YP_001723044  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0031  CDS  NC_010468  31230  32732  1503  sensory histidine kinase UhpB  YP_001723045  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0032  CDS  NC_010468  32742  34061  1320  regulatory protein UhpC  YP_001723046  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0033  CDS  NC_010468  34199  35590  1392  sugar phosphate antiporter  YP_001723047  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0034  CDS  NC_010468  35635  37401  1767  cryptic adenine deaminase  YP_001723048  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0035  CDS  NC_010468  37576  38910  1335  xanthine/uracil/vitamin C permease  YP_001723049  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0036  CDS  NC_010468  38963  39415  453  hypothetical protein  YP_001723050  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0037  CDS  NC_010468  39461  40816  1356  ribonucleoside transporter  YP_001723051  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0038  CDS  NC_010468  40857  41150  294  putative transport protein  YP_001723052  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0039  CDS  NC_010468  41372  42190  819  cytoplasmic membrane lipoprotein-28  YP_001723053  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0040  CDS  NC_010468  42194  43117  924  carboxylate/amino acid/amine transporter  YP_001723054  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0041  CDS  NC_010468  43228  44412  1185  sugar efflux transporter  YP_001723055  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0042    NC_010468  44809  44940  132      normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0043  CDS  NC_010468  45542  47875  2334  P4 family phage/plasmid primase  YP_001723056  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0044  CDS  NC_010468  47890  48210  321  putative protein encoded in prophage  YP_001723057  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0045  CDS  NC_010468  48346  48801  456  hypothetical protein  YP_001723058  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0046  CDS  NC_010468  48794  49081  288  hypothetical protein  YP_001723059  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0047  CDS  NC_010468  49074  49664  591  putative bacteriophage protein  YP_001723060  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0048  CDS  NC_010468  49661  49927  267  phage transcriptional regulator, AlpA  YP_001723061  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0049  CDS  NC_010468  50480  51214  735  hypothetical protein  YP_001723062  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0050  CDS  NC_010468  51214  51456  243  transcriptional activator Ogr/delta  YP_001723063  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0051  CDS  NC_010468  51480  52043  564  polarity suppression protein  YP_001723064  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0052  CDS  NC_010468  52323  54089  1767  hypothetical protein  YP_001723065  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0053  CDS  NC_010468  54119  55294  1176  integrase family protein  YP_001723066  normal  normal  0.613927  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0054  CDS  NC_010468  55844  57226  1383  putative transporter  YP_001723067  normal  normal  0.320086  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0055  CDS  NC_010468  57236  59554  2319  alpha-xylosidase YicI  YP_001723068  normal  normal  0.353636  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0056  CDS  NC_010468  59607  61316  1710  AsmA family protein  YP_001723069  normal  normal  0.21174  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0057  CDS  NC_010468  61437  62828  1392  uracil-xanthine permease  YP_001723070  normal  normal  0.0676705  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0058  CDS  NC_010468  63108  64313  1206  sodium/glutamate symporter  YP_001723071  normal  hitchhiker  0.00332333  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0059  CDS  NC_010468  64482  66563  2082  ATP-dependent DNA helicase RecG  YP_001723072  normal  hitchhiker  0.000405191  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0060  CDS  NC_010468  66569  67258  690  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  YP_001723073  normal  hitchhiker  0.000232977  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0061  CDS  NC_010468  67265  69373  2109  bifunctional (p)ppGpp synthetase II/ guanosine-3',5'-bis pyrophosphate 3'-pyrophosphohydrolase  YP_001723074  normal  hitchhiker  0.000381155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0062  CDS  NC_010468  69392  69667  276  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  YP_001723075  normal  hitchhiker  0.000204868  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0063  CDS  NC_010468  69722  70345  624  guanylate kinase  YP_001723076  normal  hitchhiker  0.000240109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0064  CDS  NC_010468  70603  72285  1683  NAD-dependent DNA ligase LigB  YP_001723077  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0065  CDS  NC_010468  72282  72899  618  hypothetical protein  YP_001723078  normal  0.0883885  hitchhiker  0.000264981  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0066  CDS  NC_010468  73190  74014  825  DNA-damage-inducible protein D  YP_001723079  normal  0.219012  hitchhiker  1.3205e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0067  CDS  NC_010468  74235  75098  864  hypothetical protein  YP_001723080  normal  0.0211389  hitchhiker  1.85241e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0068  CDS  NC_010468  75225  75941  717  ribonuclease PH  YP_001723081  hitchhiker  0.000387167  hitchhiker  1.82868e-07  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0069  CDS  NC_010468  76007  76648  642  orotate phosphoribosyltransferase  YP_001723082  hitchhiker  1.70079e-05  unclonable  9.43905e-09  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0070  CDS  NC_010468  76685  77281  597  nucleoid occlusion protein  YP_001723083  hitchhiker  1.94925e-05  unclonable  9.43905e-09  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0071  CDS  NC_010468  77388  77846  459  deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase  YP_001723084  hitchhiker  0.000237298  unclonable  8.70938e-09  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0072  CDS  NC_010468  77824  79044  1221  bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate synthase  YP_001723085  hitchhiker  0.000604517  unclonable  1.14271e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0073  CDS  NC_010468  79240  79884  645  DNA repair protein RadC  YP_001723086  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  1.88277e-07  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0074  CDS  NC_010468  80101  80337  237  50S ribosomal protein L28  YP_001723087  decreased coverage  9.90162e-07  hitchhiker  1.34659e-07  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0075  CDS  NC_010468  80358  80525  168  50S ribosomal protein L33  YP_001723088  decreased coverage  8.11631e-07  hitchhiker  1.27096e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0076  CDS  NC_010468  80623  81432  810  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  YP_001723089  decreased coverage  8.49285e-06  hitchhiker  1.61628e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0077  CDS  NC_010468  81471  81950  480  phosphopantetheine adenylyltransferase  YP_001723090  hitchhiker  8.60074e-05  hitchhiker  1.3674e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0078  CDS  NC_010468  81958  83235  1278  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase  YP_001723091  normal  0.0178736  hitchhiker  1.35511e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0079  CDS  NC_010468  83684  84706  1023  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  YP_001723092  hitchhiker  0.00999711  hitchhiker  1.04869e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0080  CDS  NC_010468  84703  85827  1125  glycosyl transferase group 1  YP_001723093  normal  0.439798  hitchhiker  5.76629e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0081  CDS  NC_010468  85820  86617  798  lipopolysaccharide kinase  YP_001723094  normal  0.382008  hitchhiker  0.000743328  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0082  CDS  NC_010468  86633  87649  1017  lipopolysaccharide 3-alpha-galactosyltransferase  YP_001723095  normal  0.313803  hitchhiker  0.00265615  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0083  CDS  NC_010468  87666  88661  996  lipopolysaccharide glucosyltransferase I  YP_001723096  normal  0.110554  hitchhiker  0.00261992  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0084  CDS  NC_010468  88671  89363  693  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  YP_001723097  normal  0.587273  normal  0.0144174  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0085  CDS  NC_010468  89389  90414  1026  lipopolysaccharide glucosyltransferase I  YP_001723098  normal  0.416805  normal  0.0154654  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0086  CDS  NC_010468  90499  91482  984  glycosyl transferase family protein  YP_001723099  normal  0.0142969  normal  0.0610644  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0087  CDS  NC_010468  91528  92781  1254  O-antigen polymerase  YP_001723100  normal  0.0556509  normal  0.17743  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0088  CDS  NC_010468  92851  93822  972  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  YP_001723101  normal  0.0341266  normal  0.158006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0089  CDS  NC_010468  93826  94872  1047  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  YP_001723102  decreased coverage  0.000834595  normal  0.156713  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0090  CDS  NC_010468  94882  95814  933  ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase  YP_001723103  normal  0.052498  normal  0.157359  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0091  CDS  NC_010468  96028  97224  1197  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  YP_001723104  normal  0.541224  normal  0.282383  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0092  CDS  NC_010468  97234  98259  1026  L-threonine 3-dehydrogenase  YP_001723105  normal  0.212636  normal  0.425053  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0093  CDS  NC_010468  98498  99532  1035  putative glycosyl transferase  YP_001723106  normal  0.516407  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0094  CDS  NC_010468  99519  100478  960  protein of unknown function DUF610 YibQ  YP_001723107  normal  0.651413  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0095  CDS  NC_010468  100482  101765  1284  hypothetical protein  YP_001723108  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0096  CDS  NC_010468  101775  103319  1545  phosphoglyceromutase  YP_001723109  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0097  CDS  NC_010468  103564  103995  432  rhodanese domain-containing protein  YP_001723110  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0098  CDS  NC_010468  104137  104388  252  glutaredoxin 3  YP_001723111  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0099  CDS  NC_010468  104451  104918  468  preprotein translocase subunit SecB  YP_001723112  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
EcolC_0100  CDS  NC_010468  104918  105937  1020  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  YP_001723113  normal  normal  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 45    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>