3964 genes were found for organism Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 40    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Svir_00010  CDS  NC_013159  99  1892  1794  chromosomal replication initiation protein  YP_003131922  hitchhiker  2.78732e-07  normal  0.616682  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00020  CDS  NC_013159  2762  3901  1140  DNA polymerase III subunit beta  YP_003131923  hitchhiker  2.51098e-09  normal  0.535088  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00030  CDS  NC_013159  3934  4827  894  6-phosphogluconate dehydrogenase-like protein  YP_003131924  hitchhiker  1.84369e-07  normal  0.343004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00040  CDS  NC_013159  4827  5999  1173  recombination protein F  YP_003131925  hitchhiker  3.32989e-05  normal  0.373412  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00050  CDS  NC_013159  6142  6795  654  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  YP_003131926  hitchhiker  0.00080644  normal  0.335319  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00060  CDS  NC_013159  7083  9047  1965  DNA gyrase subunit B  YP_003131927  normal  0.0159442  normal  0.243862  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00070  CDS  NC_013159  9100  11625  2526  DNA gyrase subunit A  YP_003131928  normal  0.0318292  normal  0.41561  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00080  CDS  NC_013159  11657  12403  747  hypothetical protein  YP_003131929  normal  0.852308  normal  0.387061  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00090  tRNA  NC_013159  12456  12529  74  tRNA-Ile    normal  0.609024  normal  0.459297  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00100  CDS  NC_013159  12785  13552  768  nucleotidyltransferase family protein  YP_003131930  normal  0.994546  normal  0.283746  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00110  CDS  NC_013159  13643  14086  444  hypothetical protein  YP_003131931  normal  0.53306  normal  0.265659  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00120  CDS  NC_013159  14146  14379  234  hypothetical protein  YP_003131932  normal  0.8238  normal  0.172694  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00130  CDS  NC_013159  14488  14715  228  hypothetical protein  YP_003131933  normal  normal  0.167703  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00140  tRNA  NC_013159  14750  14825  76  tRNA-Ala    normal  normal  0.110426  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00150    NC_013159  14833  15338  506      normal  normal  0.123384  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00160  CDS  NC_013159  15338  15769  432  ADP-ribose pyrophosphatase  YP_003131934  normal  normal  0.119195  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00170    NC_013159  15783  16469  687      normal  normal  0.127874  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00180  CDS  NC_013159  16479  16676  198  hypothetical protein  YP_003131935  normal  normal  0.161888  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00190  CDS  NC_013159  16673  16897  225  hypothetical protein  YP_003131936  normal  normal  0.163741  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00200  CDS  NC_013159  17237  18430  1194  predicted membrane protein  YP_003131937  normal  normal  0.220914  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00210  CDS  NC_013159  18624  19289  666  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  YP_003131938  normal  normal  0.133182  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00220  CDS  NC_013159  19286  20461  1176  signal transduction histidine kinase  YP_003131939  normal  normal  0.208854  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00230  CDS  NC_013159  21087  21509  423  protein of unknown function (DUF2020)  YP_003131940  normal  normal  0.218837  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00240  CDS  NC_013159  21695  22138  444  hypothetical protein  YP_003131941  normal  normal  0.152001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00250  CDS  NC_013159  22256  22888  633  hypothetical protein  YP_003131942  normal  normal  0.104344  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00260  CDS  NC_013159  23096  23644  549  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase) - cyclophilin family  YP_003131943  normal  normal  0.06558  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00270  CDS  NC_013159  23723  24733  1011  uncharacterized membrane protein  YP_003131944  normal  0.361521  normal  0.0722571  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00280  CDS  NC_013159  24709  25143  435  hypothetical protein  YP_003131945  normal  0.326036  normal  0.0617221  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00290  CDS  NC_013159  25206  25469  264  putative septation inhibitor protein  YP_003131946  normal  0.348658  normal  0.0596427  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00300  CDS  NC_013159  25957  26853  897  sortase (surface protein transpeptidase)  YP_003131947  normal  0.506527  normal  0.0714167  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00310  CDS  NC_013159  26853  27014  162  hypothetical protein  YP_003131948  normal  0.909556  normal  0.0839384  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00320  CDS  NC_013159  27034  27804  771  transcriptional regulator, tetR family  YP_003131949  normal  0.48619  normal  0.068604  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00330  CDS  NC_013159  27936  28871  936  daunorubicin resistance ABC transporter ATP-binding subunit  YP_003131950  normal  0.851117  normal  0.157442  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00340  CDS  NC_013159  28868  29647  780  ABC-type multidrug transport system, permease component  YP_003131951  normal  normal  0.15345  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00350  CDS  NC_013159  29684  30325  642  anthranilate synthase, component II  YP_003131952  normal  normal  0.144238  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00360  CDS  NC_013159  30395  32401  2007  protein kinase family protein with PASTA domain protein  YP_003131953  normal  normal  0.131719  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00370  CDS  NC_013159  32490  33749  1260  serine/threonine protein kinase  YP_003131954  normal  normal  0.339035  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00380  CDS  NC_013159  33753  35222  1470  cell elongation-specific peptidoglycan D,D-transpeptidase  YP_003131955  normal  normal  0.465269  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00390  CDS  NC_013159  35219  36850  1632  cell elongation-specific peptidoglycan biosynthesis regulator RodA  YP_003131956  normal  normal  0.476273  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00400  CDS  NC_013159  36850  38286  1437  serine/threonine protein phosphatase  YP_003131957  normal  normal  0.784973  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00410  CDS  NC_013159  38283  38753  471  FHA domain-containing protein  YP_003131958  normal  normal  0.649805  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00420  CDS  NC_013159  38899  40119  1221  FHA domain-containing protein  YP_003131959  normal  0.110942  normal  0.295501  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00430  tRNA  NC_013159  40246  40328  83  tRNA-Leu    normal  0.366056  normal  0.305981  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00440  CDS  NC_013159  40522  40722  201  hypothetical protein  YP_003131960  normal  0.403813  normal  0.316983  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00450  CDS  NC_013159  41751  42932  1182  hypothetical protein  YP_003131961  normal  0.472915  normal  0.53291  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00460  CDS  NC_013159  43136  45901  2766  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  YP_003131962  normal  normal  0.622636  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00470  CDS  NC_013159  46116  47111  996  flavin-dependent oxidoreductase, F420-dependent methylene-tetrahydromethanopterin reductase  YP_003131963  normal  0.402107  normal  0.593742  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00480  CDS  NC_013159  47150  48010  861  citrate lyase beta subunit  YP_003131964  normal  0.842445  normal  0.42007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00490  CDS  NC_013159  48346  49005  660  hypothetical protein  YP_003131965  normal  0.233481  normal  0.555168  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00500  CDS  NC_013159  49016  49678  663  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  YP_003131966  normal  0.39496  normal  0.546332  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00510  CDS  NC_013159  49691  51049  1359  FAD-linked oxidoreductase  YP_003131967  normal  0.740797  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00520  CDS  NC_013159  51127  52308  1182  predicted amino acid aldolase or racemase  YP_003131968  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00530  CDS  NC_013159  52380  53018  639  transcriptional regulator  YP_003131969  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00540  CDS  NC_013159  53446  53850  405  hypothetical protein  YP_003131970  normal  normal  0.530239  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00550  CDS  NC_013159  53864  54199  336  hypothetical protein  YP_003131971  normal  0.835858  normal  0.524347  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00560  CDS  NC_013159  54492  55862  1371  Helix-turn-helix protein  YP_003131972  normal  normal  0.95745  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00570  CDS  NC_013159  55892  56779  888  predicted aminoglycoside phosphotransferase  YP_003131973  normal  0.254849  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00580  CDS  NC_013159  56905  57936  1032  putative copper export protein  YP_003131974  normal  0.0706587  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00590  CDS  NC_013159  58128  59906  1779  choline/carnitine/betaine transport  YP_003131975  normal  0.0767816  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00600  CDS  NC_013159  60005  60598  594  uncharacterized protein, copper resistance protein CopC-like protein  YP_003131976  normal  0.07291  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00610  CDS  NC_013159  60595  61287  693  hypothetical protein  YP_003131977  normal  0.0768346  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00620  CDS  NC_013159  61342  61908  567  hypothetical protein  YP_003131978  normal  0.184009  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00630  CDS  NC_013159  62031  62678  648  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  YP_003131979  normal  0.0471054  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00640  CDS  NC_013159  62671  63831  1161  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  YP_003131980  normal  0.253633  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00650  CDS  NC_013159  63828  64604  777  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  YP_003131981  normal  0.728562  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00660  CDS  NC_013159  64649  65608  960  periplasmic glycine betaine/choline-binding (lipo)protein of an ABC-type transport system (osmoprotectant binding protein)  YP_003131982  normal  0.906565  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00670  CDS  NC_013159  65702  66199  498  hypothetical protein  YP_003131983  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00680  CDS  NC_013159  66366  68003  1638  predicted nuclease (RecB family)  YP_003131984  normal  normal  0.618336  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00690  CDS  NC_013159  68013  68771  759  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  YP_003131985  normal  normal  0.470335  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00700  CDS  NC_013159  68912  70696  1785  gamma-glutamyltransferase 2  YP_003131986  normal  normal  0.303259  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00710  CDS  NC_013159  70706  71365  660  SnoaL-like polyketide cyclase  YP_003131987  normal  0.33863  normal  0.314412  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00720  CDS  NC_013159  71407  72402  996  GDP-mannose 4,6-dehydratase  YP_003131988  normal  0.338915  normal  0.240367  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00730  CDS  NC_013159  72399  73343  945  methyltransferase, FkbM family  YP_003131989  normal  0.614397  normal  0.455624  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00740  CDS  NC_013159  73413  75776  2364  glycosyltransferase  YP_003131990  normal  normal  0.456388  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00750  CDS  NC_013159  75767  76918  1152  hypothetical protein  YP_003131991  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00760  CDS  NC_013159  76963  78252  1290  hypothetical protein  YP_003131992  normal  0.843515  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00770  CDS  NC_013159  78249  80999  2751  glycosyltransferase  YP_003131993  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00780  CDS  NC_013159  80992  82305  1314  Flagellar basal body-associated protein FliL  YP_003131994  normal  0.482068  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00790  CDS  NC_013159  82409  82987  579  hypothetical protein  YP_003131995  normal  0.293947  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00800  CDS  NC_013159  83133  83711  579  hypothetical protein  YP_003131996  normal  0.410703  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00810  CDS  NC_013159  83756  84421  666  methionine-S-sulfoxide reductase  YP_003131997  normal  0.320133  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00820  tRNA  NC_013159  84759  84831  73  tRNA-Gly    normal  0.193578  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00830  CDS  NC_013159  85004  86416  1413  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  YP_003131998  normal  0.095681  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00840  CDS  NC_013159  86615  87055  441  hypothetical protein  YP_003131999  normal  0.114469  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00850  CDS  NC_013159  87417  88703  1287  putative regulator of cell autolysis  YP_003132000  normal  0.432322  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00860  CDS  NC_013159  88782  89684  903  ClpP class periplasmic serine protease  YP_003132001  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00870  CDS  NC_013159  89780  90598  819  response regulator of the LytR/AlgR family  YP_003132002  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00880  CDS  NC_013159  90605  91105  501  hypothetical protein  YP_003132003  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00890  CDS  NC_013159  91139  92878  1740  predicted symporter  YP_003132004  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00900  CDS  NC_013159  92952  93308  357  Rhodanese-related sulfurtransferase  YP_003132005  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00910  CDS  NC_013159  93369  94313  945  hypothetical protein  YP_003132006  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00920  CDS  NC_013159  94392  94718  327  uncharacterized protein involved in tolerance to divalent cations  YP_003132007  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00930  CDS  NC_013159  94812  95690  879  hypothetical protein  YP_003132008  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00940  CDS  NC_013159  95709  96062  354  hypothetical protein  YP_003132009  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00950  CDS  NC_013159  96185  96778  594  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  YP_003132010  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00960  CDS  NC_013159  96775  97611  837  hypothetical protein  YP_003132011  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00970  CDS  NC_013159  97714  98262  549  ferritin-like protein  YP_003132012  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00980  CDS  NC_013159  98394  99650  1257  arginine deiminase  YP_003132013  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_00990  CDS  NC_013159  99794  100036  243  hypothetical protein  YP_003132014  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Svir_01000  CDS  NC_013159  100112  100837  726  CAAX amino terminal protease family  YP_003132015  normal  normal  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 40    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>