2854 genes were found for organism Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 29    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Shel_00010  CDS  NC_013165  42  1547  1506  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_003142427  unclonable  1.75242e-05  decreased coverage  7.4483e-05  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00020  CDS  NC_013165  1741  2838  1098  DNA polymerase III, beta subunit  YP_003142428  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  5.99685e-05  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00030  CDS  NC_013165  2840  3970  1131  recF protein  YP_003142429  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  1.32668e-05  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00040  CDS  NC_013165  3986  4510  525  Protein of unknown function (DUF721)  YP_003142430  hitchhiker  0.000149562  hitchhiker  0.000555635  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00050  CDS  NC_013165  4673  6619  1947  DNA gyrase subunit B  YP_003142431  hitchhiker  0.000300089  hitchhiker  0.00265407  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00060  CDS  NC_013165  6635  9151  2517  DNA gyrase subunit A  YP_003142432  normal  0.120033  normal  0.0325774  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00070  tRNA  NC_013165  9408  9484  77  tRNA-Arg    normal  0.0206653  normal  0.0328512  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00080  CDS  NC_013165  9921  11009  1089  MULE transposase family protein  YP_003142433  normal  0.0364986  normal  0.0762931  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00090  CDS  NC_013165  11947  18792  6846  Mg-chelatase subunit ChlD  YP_003142434  normal  normal  0.4181  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00100  CDS  NC_013165  18719  19237  519  putative cell wall binding protein  YP_003142435  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00110  CDS  NC_013165  19542  20267  726  uncharacterized membrane protein, possible Na+ channel or pump  YP_003142436  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00120  CDS  NC_013165  20333  20572  240  Protein of unknown function (DUF1653)  YP_003142437  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00130  CDS  NC_013165  20615  21133  519  tRNA-adenosine deaminase  YP_003142438  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00140  CDS  NC_013165  21130  22116  987  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol 2-phosphate synthase  YP_003142439  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00150  CDS  NC_013165  22276  22932  657  haloacid dehalogenase superfamily enzyme, subfamily IA  YP_003142440  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00160  CDS  NC_013165  23142  23918  777  6-phosphogluconolactonase/glucosamine-6- phosphate isomerase/deaminase  YP_003142441  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00170  CDS  NC_013165  24502  25902  1401  cytochrome bd-type quinol oxidase, subunit 1  YP_003142442  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00180  CDS  NC_013165  25905  26945  1041  cytochrome d oxidase cyd, subunit II  YP_003142443  normal  0.627733  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00190  CDS  NC_013165  27057  27500  444  hypothetical protein  YP_003142444  normal  0.348868  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00200  CDS  NC_013165  27635  29029  1395  pyruvate formate-lyase activating-like enzyme  YP_003142445  normal  0.158297  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00210  CDS  NC_013165  29134  29418  285  hypothetical protein  YP_003142446  normal  0.0398752  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00220  CDS  NC_013165  29418  30899  1482  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  YP_003142447  normal  0.0381086  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00230    NC_013165  31308  31615  308      normal  0.0713874  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00240  CDS  NC_013165  31619  33640  2022  predicted membrane protein  YP_003142448  normal  0.32403  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00250  CDS  NC_013165  33835  34614  780  channel protein, hemolysin III family  YP_003142449  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00260  CDS  NC_013165  34751  35497  747  putative stress-responsive transcriptional regulator  YP_003142450  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00270  CDS  NC_013165  35772  36512  741  hypothetical protein  YP_003142451  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00280  CDS  NC_013165  36612  37271  660  K+ transport system, NAD-binding component  YP_003142452  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00290  CDS  NC_013165  37282  37962  681  K+ transport system, NAD-binding component  YP_003142453  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00300  CDS  NC_013165  38096  39439  1344  Adenylosuccinate lyase  YP_003142454  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00310  CDS  NC_013165  39693  40601  909  CHAP domain-containing protein  YP_003142455  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00320  CDS  NC_013165  40624  41898  1275  hypothetical protein  YP_003142456  normal  0.212091  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00330  CDS  NC_013165  42176  42898  723  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  YP_003142457  decreased coverage  0.00972196  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00340  CDS  NC_013165  43013  44515  1503  signal transduction histidine kinase  YP_003142458  hitchhiker  0.00418447  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00350  CDS  NC_013165  44515  45387  873  phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase  YP_003142459  normal  0.122754  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00360  CDS  NC_013165  45465  46031  567  hypothetical protein  YP_003142460  normal  0.154677  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00370  CDS  NC_013165  46040  47329  1290  hypothetical protein  YP_003142461  normal  0.799337  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00380  CDS  NC_013165  47337  48170  834  predicted permease  YP_003142462  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00390  CDS  NC_013165  48180  49475  1296  putative regulator of cell autolysis  YP_003142463  normal  0.848872  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00400  CDS  NC_013165  49643  50356  714  response regulator of the LytR/AlgR family  YP_003142464  normal  0.132657  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00410  CDS  NC_013165  51684  55904  4221  conserved repeat protein  YP_003142465  normal  0.0351044  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00420  CDS  NC_013165  56006  56602  597  signal peptidase I  YP_003142466  normal  0.379393  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00430  CDS  NC_013165  56669  57739  1071  sortase B QVPTGV class signal domain-containing protein  YP_003142467  normal  0.837208  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00440  CDS  NC_013165  57740  58663  924  sortase, SrtB family  YP_003142468  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00450  CDS  NC_013165  58671  59444  774  hypothetical protein  YP_003142469  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00460  CDS  NC_013165  59704  61032  1329  hypothetical protein  YP_003142470  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00470  CDS  NC_013165  61253  62521  1269  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  YP_003142471  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00480  CDS  NC_013165  62787  64520  1734  glucose-6-phosphate isomerase  YP_003142472  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00490  CDS  NC_013165  64611  65636  1026  hydrogenase expression/formation protein HypE  YP_003142473  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00500  CDS  NC_013165  66417  67829  1413  tryptophan synthase subunit beta  YP_003142474  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00510  CDS  NC_013165  68482  70671  2190  predicted N6-adenine-specific DNA methylase  YP_003142475  normal  0.563195  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00520  CDS  NC_013165  70788  71867  1080  hydrogenase expression/formation protein HypD  YP_003142476  normal  0.768051  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00530  CDS  NC_013165  71872  72105  234  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  YP_003142477  normal  0.379393  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00540  CDS  NC_013165  72154  74511  2358  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  YP_003142478  normal  0.48639  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00550  CDS  NC_013165  74579  75097  519  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain and metal-binding domain  YP_003142479  normal  0.0327438  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00560  CDS  NC_013165  75101  75355  255  hypothetical protein  YP_003142480  normal  0.0482228  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00570  CDS  NC_013165  75456  75881  426  hypothetical protein  YP_003142481  normal  0.0626872  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00580  CDS  NC_013165  76078  76266  189  dissimilatory sulfite reductase (desulfoviridin), alpha/beta subunit  YP_003142482  hitchhiker  0.00222598  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00590  CDS  NC_013165  76820  77836  1017  hypothetical protein  YP_003142483  normal  0.0235672  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00600  CDS  NC_013165  78140  78961  822  MazG family protein  YP_003142484  normal  0.389673  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00610  CDS  NC_013165  78968  79585  618  transcriptional regulator  YP_003142485  normal  0.309946  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00620    NC_013165  79830  80729  900      normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00630  CDS  NC_013165  80745  81095  351  uncharacterized component of anaerobic dehydrogenase  YP_003142486  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00640  CDS  NC_013165  81352  81867  516  conserved protein of DIM6/NTAB family  YP_003142487  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00650  CDS  NC_013165  81898  82482  585  conserved protein of DIM6/NTAB family  YP_003142488  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00660  CDS  NC_013165  82601  83566  966  Fe-S oxidoreductase  YP_003142489  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00670  CDS  NC_013165  84266  85039  774  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  YP_003142490  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00680  CDS  NC_013165  85104  86051  948  hypothetical protein  YP_003142491  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00690  CDS  NC_013165  86598  94085  7488  putative cell wall binding protein  YP_003142492  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00700  CDS  NC_013165  94519  94701  183  hypothetical protein  YP_003142493  normal  0.387525  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00710  CDS  NC_013165  94694  96475  1782  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  YP_003142494  normal  0.22824  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00720  CDS  NC_013165  96469  99744  3276  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  YP_003142495  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00730  CDS  NC_013165  99741  100493  753  ABC-type cobalt transport system, permease component CbiQ  YP_003142496  normal  0.648464  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00740  CDS  NC_013165  100494  101105  612  conserved hypothetical integral membrane protein TIGR02185  YP_003142497  normal  0.603366  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00750  CDS  NC_013165  101203  101796  594  transcriptional regulator  YP_003142498  normal  0.935342  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00760  CDS  NC_013165  102254  102889  636  hypothetical protein  YP_003142499  normal  0.62232  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00770  CDS  NC_013165  103150  103917  768  hypothetical protein  YP_003142500  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00780  CDS  NC_013165  104229  105437  1209  transposase  YP_003142501  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00790  CDS  NC_013165  105665  106984  1320  phosphohistidine phosphatase SixA  YP_003142502  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00800  CDS  NC_013165  107209  108048  840  hypothetical protein  YP_003142503  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00810  CDS  NC_013165  108068  108991  924  Calcineurin-like phosphoesterase  YP_003142504  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00820  CDS  NC_013165  109157  110119  963  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  YP_003142505  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00830  CDS  NC_013165  110569  112131  1563  predicted membrane protein  YP_003142506  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00840  CDS  NC_013165  112677  113672  996  ornithine carbamoyltransferase  YP_003142507  normal  normal  0.96498  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00850  CDS  NC_013165  113691  114650  960  carbamate kinase  YP_003142508  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00860  CDS  NC_013165  114815  115273  459  Peroxiredoxin  YP_003142509  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00870  CDS  NC_013165  115520  116029  510  hypothetical protein  YP_003142510  normal  normal  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00880  CDS  NC_013165  116660  118096  1437  putative cell wall binding protein  YP_003142511  normal  0.938683  normal  0.955176  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00890  CDS  NC_013165  118327  119232  906  CAAX amino terminal protease family  YP_003142512  normal  normal  0.685827  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00900  CDS  NC_013165  119229  120338  1110  predicted transcriptional regulator  YP_003142513  normal  normal  0.506264  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00910  CDS  NC_013165  120590  121042  453  predicted transcriptional regulator  YP_003142514  normal  0.975213  normal  0.42644  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00920  CDS  NC_013165  121152  122153  1002  alpha/beta superfamily hydrolase  YP_003142515  normal  0.650913  normal  0.340226  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00930  CDS  NC_013165  122226  122747  522  NADPH-dependent FMN reductase  YP_003142516  normal  0.407777  normal  0.42644  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00940  CDS  NC_013165  122855  123397  543  transcriptional regulator  YP_003142517  normal  0.146478  normal  0.42367  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00950  CDS  NC_013165  123549  124514  966  NAD-dependent protein deacetylase, SIR2 family  YP_003142518  normal  0.0748135  normal  0.482885  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00960  CDS  NC_013165  124516  125358  843  hypothetical protein  YP_003142519  normal  0.0293493  normal  0.617405  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00970  CDS  NC_013165  125438  126409  972  Zn-dependent alcohol dehydrogenase  YP_003142520  normal  0.0694743  normal  0.849606  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00980  CDS  NC_013165  126790  128169  1380  predicted transcriptional regulator  YP_003142521  normal  0.224409  normal  0.709118  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_00990  CDS  NC_013165  128399  130204  1806  hypothetical protein  YP_003142522  normal  0.637143  normal  0.459189  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Shel_01000  CDS  NC_013165  130201  130986  786  phenazine biosynthesis protein PhzF family  YP_003142523  normal  normal  0.265489  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 29    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>