5855 genes were found for organism Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 59    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Dfer_0001  CDS  NC_013037  2  1444  +  1443  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_003084439  normal  0.0206444  normal  0.0774659  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0002    NC_013037  1459  2403  +  945      normal  0.141546  normal  0.0381808  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0003  CDS  NC_013037  2447  3253  -  807  hypothetical protein  YP_003084440  normal  0.0221782  normal  0.0594362  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0004  CDS  NC_013037  3266  4288  -  1023  aminopeptidase  YP_003084441  normal  0.0290521  normal  0.0636966  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0005  CDS  NC_013037  4640  5707  +  1068  recA protein  YP_003084442  normal  0.0310986  normal  0.0651314  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0006  CDS  NC_013037  5789  7327  -  1539  magnesium chelatase, subunit ChlI  YP_003084443  normal  0.388384  normal  0.114957  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0007  CDS  NC_013037  7343  8914  -  1572  phosphodiesterase  YP_003084444  normal  0.0813303  normal  0.187405  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0008  CDS  NC_013037  9037  9348  -  312  hypothetical protein  YP_003084445  normal  0.0531258  normal  0.210715  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0009  CDS  NC_013037  9345  9689  -  345  hypothetical protein  YP_003084446  normal  0.0580802  normal  0.215555  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0010  CDS  NC_013037  9730  12159  -  2430  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_003084447  normal  0.178359  normal  0.154893  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0011  CDS  NC_013037  12284  12937  -  654  protein of unknown function DUF1684  YP_003084448  normal  1  normal  0.160968  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0012  CDS  NC_013037  13125  13502  +  378  response regulator receiver protein  YP_003084449  normal  0.7205  normal  0.156633  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0013  CDS  NC_013037  13509  14270  +  762  beta-lactamase domain protein  YP_003084450  normal  1  normal  0.173708  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0014  CDS  NC_013037  14298  14990  -  693  oxidoreductase molybdopterin binding  YP_003084451  normal  1  normal  0.266694  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0015  CDS  NC_013037  15003  16295  -  1293  protein of unknown function DUF819  YP_003084452  normal  1  normal  0.193687  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0016  CDS  NC_013037  16656  16856  +  201  hypothetical protein  YP_003084453  normal  1  normal  0.16037  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0017  CDS  NC_013037  17062  17574  +  513  hypothetical protein  YP_003084454  normal  1  normal  0.176241  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0018  CDS  NC_013037  17665  18156  +  492  (2Fe-2S)-binding domain protein  YP_003084455  normal  1  normal  0.17826  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0019  CDS  NC_013037  18189  20351  +  2163  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  YP_003084456  normal  1  normal  0.16241  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0020  CDS  NC_013037  20354  20704  +  351  RNA methyltransferase TrmH, group 3  YP_003084457  normal  1  normal  0.0947613  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0021  CDS  NC_013037  20704  21192  +  489  hypothetical protein  YP_003084458  normal  1  normal  0.104538  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0022  CDS  NC_013037  21258  22820  -  1563  phosphoesterase PA-phosphatase related  YP_003084459  normal  1  normal  0.135739  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0023  CDS  NC_013037  22837  23763  -  927  hypothetical protein  YP_003084460  normal  0.909217  normal  0.113561  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0024  CDS  NC_013037  23865  24374  -  510  hypothetical protein  YP_003084461  normal  0.0472807  normal  0.169047  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0025  CDS  NC_013037  24650  25156  +  507  hypothetical protein  YP_003084462  hitchhiker  0.00676979  normal  0.250652  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0026  CDS  NC_013037  25172  25690  +  519  hypothetical protein  YP_003084463  hitchhiker  0.00874304  normal  0.365847  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0027  CDS  NC_013037  25687  27702  -  2016  protein of unknown function DUF255  YP_003084464  hitchhiker  0.000000809407  normal  0.496902  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0028  CDS  NC_013037  27720  29351  -  1632  hypothetical protein  YP_003084465  unclonable  0.0000000000206462  normal  0.317386  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0029  CDS  NC_013037  29438  29893  +  456  hypothetical protein  YP_003084466  hitchhiker  0.000000000399885  normal  0.253638  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0030  CDS  NC_013037  29975  31288  +  1314  permease  YP_003084467  hitchhiker  0.00000345375  normal  0.344284  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0031  CDS  NC_013037  31584  32159  +  576  metal dependent phosphohydrolase  YP_003084468  hitchhiker  0.00536785  normal  0.189416  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0032  CDS  NC_013037  32233  35283  -  3051  translation initiation factor IF-2  YP_003084469  normal  1  normal  0.247962  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0033  CDS  NC_013037  35354  36595  -  1242  transcription elongation factor NusA  YP_003084470  normal  0.122242  normal  0.232116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0034  CDS  NC_013037  36684  37166  -  483  protein of unknown function DUF150  YP_003084471  normal  0.186641  normal  0.443076  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0035  CDS  NC_013037  37335  38432  +  1098  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  YP_003084472  normal  0.163228  normal  0.242955  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0036  CDS  NC_013037  38442  38789  -  348  hypothetical protein  YP_003084473  normal  0.14512  normal  0.298928  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0037  CDS  NC_013037  38786  39826  -  1041  Kelch repeat-containing protein  YP_003084474  normal  0.0861801  normal  0.239294  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0038  CDS  NC_013037  40309  41694  +  1386  hypothetical protein  YP_003084475  normal  0.135571  normal  0.54702  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0039  CDS  NC_013037  41747  42649  -  903  protein of unknown function UPF0187  YP_003084476  normal  0.115525  normal  0.475905  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0040  CDS  NC_013037  42740  45907  -  3168  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  YP_003084477  normal  0.513333  normal  0.265897  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0041  CDS  NC_013037  45947  47083  -  1137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  YP_003084478  normal  0.89791  normal  0.261432  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0042  CDS  NC_013037  47140  48504  -  1365  outer membrane efflux protein  YP_003084479  normal  1  normal  0.293166  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0043  CDS  NC_013037  48900  50597  -  1698  Na+/solute symporter  YP_003084480  normal  1  normal  0.290751  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0044  CDS  NC_013037  50594  50737  -  144  hypothetical protein  YP_003084481  normal  1  normal  0.404893  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0045  CDS  NC_013037  50982  51848  -  867  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  YP_003084482  normal  1  normal  0.478799  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0046  CDS  NC_013037  52000  53370  -  1371  exopolysaccharide biosynthesis polyprenyl glycosylphosphotransferase  YP_003084483  normal  1  normal  0.541693  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0047  CDS  NC_013037  54201  55838  +  1638  Protein of unknown function DUF1800  YP_003084484  normal  0.0385288  normal  0.588647  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0048  CDS  NC_013037  55851  57380  +  1530  protein of unknown function DUF1501  YP_003084485  hitchhiker  0.0000158784  normal  0.278541  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0049  CDS  NC_013037  57450  61799  +  4350  hypothetical protein  YP_003084486  decreased coverage  0.0000651101  normal  0.0482632  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0050  CDS  NC_013037  61876  63114  -  1239  hypothetical protein  YP_003084487  normal  0.217876  normal  0.239294  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0051  CDS  NC_013037  63289  64800  -  1512  hypothetical protein  YP_003084488  normal  0.286541  normal  0.406685  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0052  CDS  NC_013037  64941  66305  -  1365  hypothetical protein  YP_003084489  normal  0.982128  normal  0.390237  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0053  CDS  NC_013037  66330  67436  -  1107  glycosyl transferase group 1  YP_003084490  normal  0.933113  normal  0.359043  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0054  CDS  NC_013037  67436  68353  -  918  glycosyl transferase group 1  YP_003084491  normal  0.510495  normal  0.478799  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0055  CDS  NC_013037  68514  69011  -  498  transferase hexapeptide repeat containing protein  YP_003084492  normal  1  normal  0.463535  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0056  CDS  NC_013037  69108  70199  -  1092  glycosyl transferase group 1  YP_003084493  normal  1  normal  0.368795  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0057  CDS  NC_013037  70268  70837  -  570  transferase hexapeptide repeat containing protein  YP_003084494  normal  1  normal  0.219996  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0058  CDS  NC_013037  70854  71867  -  1014  glycosyl transferase family 2  YP_003084495  normal  1  normal  0.246717  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0059    NC_013037  71998  73140  -  1143      normal  1  normal  0.259193  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0060  CDS  NC_013037  73214  74320  -  1107  hypothetical protein  YP_003084496  normal  1  normal  0.272206  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0061  CDS  NC_013037  74345  75361  -  1017  nitroreductase  YP_003084497  normal  1  normal  0.259193  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0062  CDS  NC_013037  75417  76949  -  1533  polysaccharide biosynthesis protein  YP_003084498  normal  0.0651262  normal  0.28777  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0063  CDS  NC_013037  76992  78017  -  1026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_003084499  normal  0.0430992  normal  0.16765  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0064  CDS  NC_013037  78096  79424  -  1329  nucleotide sugar dehydrogenase  YP_003084500  normal  0.0265709  normal  0.16241  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0065  CDS  NC_013037  79753  82140  -  2388  capsular exopolysaccharide family  YP_003084501  normal  1  normal  0.121556  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0066  CDS  NC_013037  82171  82998  -  828  polysaccharide export protein  YP_003084502  normal  1  normal  0.200434  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0067  CDS  NC_013037  83226  83963  -  738  PHP domain protein  YP_003084503  normal  1  normal  0.316218  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0068  CDS  NC_013037  84366  86147  -  1782  ABC transporter related  YP_003084504  normal  1  normal  0.588647  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0069  CDS  NC_013037  86350  86979  +  630  protein of unknown function DUF1080  YP_003084505  normal  1  normal  0.334679  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0070  CDS  NC_013037  86993  87469  +  477  hypothetical protein  YP_003084506  normal  1  normal  0.333533  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0071  CDS  NC_013037  87561  88487  -  927  transcriptional regulator, AraC family  YP_003084507  normal  0.462194  normal  0.509071  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0072  CDS  NC_013037  88742  90295  +  1554  Aldehyde Dehydrogenase  YP_003084508  normal  1  normal  0.614712  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0073  CDS  NC_013037  90303  90668  +  366  protein of unknown function DUF779  YP_003084509  normal  1  normal  0.466603  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0074  CDS  NC_013037  90870  92315  +  1446  DEAD/DEAH box helicase domain protein  YP_003084510  normal  1  normal  0.588647  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0075  CDS  NC_013037  92461  93132  +  672  protein of unknown function DUF1361  YP_003084511  normal  1  normal  0.69522  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0076  CDS  NC_013037  93139  93825  +  687  pseudouridine synthase  YP_003084512  normal  0.694832  normal  0.499098  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0077  CDS  NC_013037  93879  94544  -  666  two component transcriptional regulator, LuxR family  YP_003084513  normal  0.301453  normal  0.361737  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0078  CDS  NC_013037  95417  95743  -  327  hypothetical protein  YP_003084514  normal  1  normal  0.215198  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0079  CDS  NC_013037  96054  96251  +  198  hypothetical protein  YP_003084515  normal  0.44681  normal  0.212741  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0080  CDS  NC_013037  96522  97496  -  975  cytochrome c-related protein  YP_003084516  normal  0.670842  normal  0.271044  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0081  CDS  NC_013037  97660  98199  +  540  LVIVD repeat protein  YP_003084517  normal  1  normal  0.372363  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0082  CDS  NC_013037  98223  98993  +  771  LVIVD repeat protein  YP_003084518  normal  1  normal  0.541693  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0083  CDS  NC_013037  99034  99603  -  570  methionine-R-sulfoxide reductase  YP_003084519  normal  1  normal  0.532406  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0084  CDS  NC_013037  99688  100416  -  729  LmbE family protein  YP_003084520  normal  1  normal  0.809273  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0085  CDS  NC_013037  100429  101502  -  1074  Peptidase M23  YP_003084521  normal  1  normal  0.869131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0086  CDS  NC_013037  101582  102544  -  963  thioredoxin reductase  YP_003084522  normal  1  normal  0.585746  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0087  CDS  NC_013037  102720  104636  -  1917  OmpA/MotB domain protein  YP_003084523  normal  1  normal  0.706049  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0088  CDS  NC_013037  104636  105217  -  582  hypothetical protein  YP_003084524  normal  1  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0089  CDS  NC_013037  105391  106758  +  1368  tRNA modification GTPase TrmE  YP_003084525  normal  1  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0090  CDS  NC_013037  106900  107376  -  477  hypothetical protein  YP_003084526  normal  0.612313  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0091  CDS  NC_013037  107397  108623  -  1227  putative plasmid maintenance system antidote protein  YP_003084527  normal  0.838316  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0092  CDS  NC_013037  109102  109221  +  120  hypothetical protein  YP_003084528  normal  0.520499  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0093  CDS  NC_013037  109310  109555  +  246  hypothetical protein  YP_003084529  normal  0.745488  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0094  CDS  NC_013037  109606  110247  -  642  major paralogous domain protein  YP_003084530  normal  0.718944  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0095  CDS  NC_013037  110411  112153  +  1743  beta-lactamase  YP_003084531  normal  1  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0096  CDS  NC_013037  112307  112672  +  366  hypothetical protein  YP_003084532  normal  1  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0097  CDS  NC_013037  112754  113578  +  825  hypothetical protein  YP_003084533  normal  1  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0098  CDS  NC_013037  113620  114717  +  1098  Cytochrome-c peroxidase  YP_003084534  normal  1  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0099  CDS  NC_013037  114737  115648  +  912  hypothetical protein  YP_003084535  normal  1  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0100  CDS  NC_013037  115744  116544  +  801  hypothetical protein  YP_003084536  normal  1  normal  1  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 59    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>