5128 genes were found for organism Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 52    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
EcSMS35_0001  CDS  NC_010498  336  2798  2463  bifunctional aspartokinase I/homeserine dehydrogenase I  YP_001742118  normal  0.880494  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0002  CDS  NC_010498  2800  3732  933  homoserine kinase  YP_001742119  normal  0.475933  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0003  CDS  NC_010498  3733  5019  1287  threonine synthase  YP_001742120  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0004  CDS  NC_010498  5309  5557  249  hypothetical protein  YP_001742121  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0005  CDS  NC_010498  5569  6345  777  hypothetical protein  YP_001742122  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0006  CDS  NC_010498  6415  7845  1431  amino acid carrier protein  YP_001742123  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0007  CDS  NC_010498  8061  9077  1017  transaldolase B  YP_001742124  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0008  CDS  NC_010498  9192  9779  588  molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA  YP_001742125  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0009  CDS  NC_010498  9814  10380  567  hypothetical protein  YP_001742126  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0010  CDS  NC_010498  10529  11242  714  hypothetical protein  YP_001742127  normal  0.642715  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0011  CDS  NC_010498  11267  11671  405  hypothetical protein  YP_001742128  normal  0.34103  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0012  CDS  NC_010498  12047  13963  1917  molecular chaperone DnaK  YP_001742129  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0013  CDS  NC_010498  14052  15182  1131  chaperone protein DnaJ  YP_001742130  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0014  CDS  NC_010498  16050  16811  762  hypothetical protein  YP_001742131  normal  0.415315  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0015  CDS  NC_010498  16831  18324  1494  sulfatase  YP_001742132  normal  0.689426  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0016  CDS  NC_010498  18454  19698  1245  hypothetical protein  YP_001742133  normal  0.969858  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0017  CDS  NC_010498  19950  21116  1167  pH-dependent sodium/proton antiporter  YP_001742134  normal  0.453914  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0018  CDS  NC_010498  21176  22081  906  transcriptional activator NhaR  YP_001742135  normal  0.278045  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0019  CDS  NC_010498  22139  24178  2040  glycosy hydrolase family protein  YP_001742136  normal  0.0278482  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0020  CDS  NC_010498  24218  25591  1374  xylose-proton symporter  YP_001742137  hitchhiker  1.06497e-05  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0021  CDS  NC_010498  25804  25926  123  hypothetical protein  YP_001742138  decreased coverage  2.75676e-09  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0022  CDS  NC_010498  25999  26262  264  30S ribosomal protein S20  YP_001742139  decreased coverage  3.78838e-09  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0023  CDS  NC_010498  26591  27532  942  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  YP_001742140  hitchhiker  1.38833e-05  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0024  CDS  NC_010498  27575  30391  2817  isoleucyl-tRNA synthetase  YP_001742141  normal  0.0199251  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0025  CDS  NC_010498  30391  30885  495  lipoprotein signal peptidase  YP_001742142  normal  0.258735  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0026  CDS  NC_010498  30973  31422  450  FKBP-type 16 kDa peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_001742143  normal  0.344035  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0027  CDS  NC_010498  31424  32374  951  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  YP_001742144  normal  0.300377  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0028  CDS  NC_010498  32440  33354  915  ribonucleoside hydrolase RihC  YP_001742145  normal  0.291651  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0029  CDS  NC_010498  33521  34342  822  dihydrodipicolinate reductase  YP_001742146  normal  0.732281  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0030  CDS  NC_010498  34354  34536  183  hypothetical protein  YP_001742147  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0031  CDS  NC_010498  34621  34758  138  hypothetical protein  YP_001742148  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0032  CDS  NC_010498  34771  35946  1176  carbamoyl phosphate synthase small subunit  YP_001742149  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0033  CDS  NC_010498  35964  39185  3222  carbamoyl phosphate synthase large subunit  YP_001742150  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0034  CDS  NC_010498  39193  39411  219  hypothetical protein  YP_001742151  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0035  CDS  NC_010498  39446  39841  396  DNA-binding transcriptional activator CaiF  YP_001742152  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0036  CDS  NC_010498  39960  40550  591  carnitine operon protein CaiE  YP_001742153  normal  0.89509  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0037  CDS  NC_010498  40556  41341  786  carnitinyl-CoA dehydratase  YP_001742154  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0038  CDS  NC_010498  41450  43003  1554  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  YP_001742155  normal  0.565789  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0039  CDS  NC_010498  43077  44294  1218  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  YP_001742156  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0040  CDS  NC_010498  44423  45565  1143  crotonobetainyl-CoA dehydrogenase  YP_001742157  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0041  CDS  NC_010498  45596  47110  1515  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  YP_001742158  normal  0.206145  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0042  CDS  NC_010498  47226  47375  150  hypothetical protein  YP_001742159  normal  0.199678  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0043  CDS  NC_010498  47583  48353  771  putative electron transfer flavoprotein FixA  YP_001742160  normal  0.570899  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0044  CDS  NC_010498  48368  49309  942  putative electron transfer flavoprotein FixB  YP_001742161  normal  0.676424  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0045  CDS  NC_010498  49360  50646  1287  putative oxidoreductase FixC  YP_001742162  normal  0.820288  normal  0.96055  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0046  CDS  NC_010498  50643  50930  288  ferredoxin homolog FixX  YP_001742163  normal  normal  0.922786  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0047  CDS  NC_010498  50989  52320  1332  major facilitator family transporter  YP_001742164  normal  normal  0.454742  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0048  CDS  NC_010498  52428  52958  531  glutathione-regulated potassium-efflux system ancillary protein KefF  YP_001742165  normal  normal  0.543234  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0049  CDS  NC_010498  52951  54813  1863  glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefC  YP_001742166  normal  normal  0.709743  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0050  CDS  NC_010498  54894  55484  591  dihydrofolate reductase  YP_001742167  normal  normal  0.450338  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0051  CDS  NC_010498  55801  56250  450  hypothetical protein  YP_001742168  normal  normal  0.533104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0052  CDS  NC_010498  56286  56885  600  hypothetical protein  YP_001742169  normal  0.79454  normal  0.653619  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0053  CDS  NC_010498  56910  57758  849  diadenosine tetraphosphatase  YP_001742170  normal  0.627509  normal  0.566701  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0054  CDS  NC_010498  57765  58142  378  ApaG  YP_001742171  normal  normal  0.496379  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0055  CDS  NC_010498  58145  58966  822  dimethyladenosine transferase  YP_001742172  normal  0.361541  normal  0.68578  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0056  CDS  NC_010498  58963  59952  990  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  YP_001742173  normal  0.118271  normal  0.401254  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0057  CDS  NC_010498  59952  61238  1287  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  YP_001742174  normal  0.0283729  normal  0.558643  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0058  CDS  NC_010498  61291  63648  2358  organic solvent tolerance protein  YP_001742175  hitchhiker  0.000119427  normal  0.365449  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0059  CDS  NC_010498  63903  64718  816  Dna-J like membrane chaperone protein  YP_001742176  decreased coverage  2.6636e-08  normal  0.688624  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0060  CDS  NC_010498  64836  65495  660  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  YP_001742177  decreased coverage  2.46696e-08  normal  0.920561  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0061  CDS  NC_010498  65507  68413  2907  ATP-dependent helicase HepA  YP_001742178  hitchhiker  0.00130615  normal  0.800173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0062  CDS  NC_010498  68577  70928  2352  DNA polymerase II  YP_001742179  normal  0.0283986  normal  0.967142  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0063  CDS  NC_010498  71003  71698  696  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  YP_001742180  normal  0.0680364  normal  0.805869  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0064  CDS  NC_010498  71898  73400  1503  L-arabinose isomerase  YP_001742181  normal  0.203815  normal  0.780498  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0065  CDS  NC_010498  73411  75111  1701  ribulokinase  YP_001742182  normal  0.268824  normal  0.306332  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0066  CDS  NC_010498  75450  76295  846  DNA-binding transcriptional regulator AraC  YP_001742183  normal  0.269311  normal  0.445846  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0067  CDS  NC_010498  76809  77657  849  hypothetical protein  YP_001742184  normal  normal  0.572314  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0068  CDS  NC_010498  77664  78086  423  hypothetical protein  YP_001742185  normal  normal  0.85158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0069  CDS  NC_010498  78241  79005  765  hypothetical protein  YP_001742186  normal  0.820004  normal  0.658906  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0070  CDS  NC_010498  79075  79773  699  thiamine transporter ATP-binding subunit  YP_001742187  normal  0.351626  normal  0.566701  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0071  CDS  NC_010498  79757  81367  1611  thiamine transporter membrane protein  YP_001742188  normal  0.818645  normal  0.387113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0072  CDS  NC_010498  81343  82326  984  thiamine transporter substrate binding subunit  YP_001742189  normal  normal  0.338985  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0073  CDS  NC_010498  82784  83266  483  hypothetical protein  YP_001742190  normal  normal  0.537995  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0074  CDS  NC_010498  83496  85154  1659  transcriptional regulator SgrR  YP_001742191  normal  normal  0.492998  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0075  CDS  NC_010498  85243  85374  132  hypothetical protein  YP_001742192  normal  normal  0.324947  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0076  CDS  NC_010498  85482  86087  606  isopropylmalate isomerase small subunit  YP_001742193  normal  normal  0.28946  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0077  CDS  NC_010498  86098  87498  1401  isopropylmalate isomerase large subunit  YP_001742194  normal  normal  0.387894  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0078  CDS  NC_010498  87501  88592  1092  3-isopropylmalate dehydrogenase  YP_001742195  normal  normal  0.656199  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0079  CDS  NC_010498  88592  90163  1572  2-isopropylmalate synthase  YP_001742196  normal  normal  0.999327  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0080  CDS  NC_010498  90380  90511  132  hypothetical protein  YP_001742197  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0081  CDS  NC_010498  91001  91945  945  leucine transcriptional activator  YP_001742198  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0082  CDS  NC_010498  91981  92103  123  hypothetical protein  YP_001742199  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0083  CDS  NC_010498  92173  93987  1815  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  YP_001742200  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0084  CDS  NC_010498  93960  94481  522  acetolactate synthase 3 regulatory subunit  YP_001742201  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0085  CDS  NC_010498  94661  95665  1005  DNA-binding transcriptional regulator FruR  YP_001742202  normal  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0086  CDS  NC_010498  96267  96725  459  cell division protein MraZ  YP_001742203  normal  0.471312  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0087  CDS  NC_010498  96727  97668  942  S-adenosyl-methyltransferase MraW  YP_001742204  normal  0.519171  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0088  CDS  NC_010498  97665  98030  366  cell division protein FtsL  YP_001742205  normal  0.660147  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0089  CDS  NC_010498  98046  99812  1767  peptidoglycan synthetase FtsI  YP_001742206  normal  0.679095  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0090  CDS  NC_010498  99799  101286  1488  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  YP_001742207  normal  0.764756  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0091  CDS  NC_010498  101283  102641  1359  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  YP_001742208  normal  0.667428  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0092  CDS  NC_010498  102635  103717  1083  phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase  YP_001742209  normal  0.425734  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0093  CDS  NC_010498  103720  105036  1317  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  YP_001742210  normal  0.388971  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0094  CDS  NC_010498  105036  106280  1245  cell division protein FtsW  YP_001742211  normal  0.251291  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0095  CDS  NC_010498  106277  107344  1068  undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N- acetylglucosaminyltransferase  YP_001742212  normal  0.130586  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0096  CDS  NC_010498  107398  108873  1476  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  YP_001742213  normal  0.0263957  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0097  CDS  NC_010498  108866  109786  921  D-alanine--D-alanine ligase  YP_001742214  hitchhiker  0.00164222  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0098  CDS  NC_010498  109788  110618  831  cell division protein FtsQ  YP_001742215  hitchhiker  3.17726e-05  normal  0.746071  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0099  CDS  NC_010498  110615  111877  1263  cell division protein FtsA  YP_001742216  unclonable  2.43315e-09  normal  0.662552  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0100  CDS  NC_010498  111939  113090  1152  cell division protein FtsZ  YP_001742217  unclonable  2.45858e-09  normal  0.622573  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 52    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>