1829 genes were found for organism Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 19    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
SYO3AOP1_0001  CDS  NC_010730  129  1508  1380  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_001930207  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0002    NC_010730  1510  1698  189      normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0003  CDS  NC_010730  2017  2769  753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  YP_001930208  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0004  CDS  NC_010730  2753  4048  1296  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  YP_001930209  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0005  CDS  NC_010730  4593  5213  621  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  YP_001930210  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0006  CDS  NC_010730  5366  6415  1050  2-alkenal reductase  YP_001930211  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0007  CDS  NC_010730  6942  7376  435  hypothetical protein  YP_001930212  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0008  CDS  NC_010730  7369  7662  294  DNA polymerase beta domain protein region  YP_001930213  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0009  CDS  NC_010730  7659  9047  1389  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  YP_001930214  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0010  CDS  NC_010730  9060  9539  480  hypothetical protein  YP_001930215  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0011  CDS  NC_010730  9746  12604  2859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  YP_001930216  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0012  CDS  NC_010730  13141  14127  987  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  YP_001930217  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0013  CDS  NC_010730  14225  15652  1428  flagellar hook-associated protein FlgK  YP_001930218  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0014  CDS  NC_010730  15961  16839  879  ROK family protein  YP_001930219  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0015  CDS  NC_010730  16827  17174  348  6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase and hypothetical protein  YP_001930220  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0016  CDS  NC_010730  17178  17711  534  hypothetical protein  YP_001930221  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0017  CDS  NC_010730  17708  18661  954  magnesium and cobalt transport protein CorA  YP_001930222  normal  0.692068  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0018  CDS  NC_010730  18670  19278  609  chromosome segregation and condensation protein ScpA  YP_001930223  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0019  CDS  NC_010730  19256  20233  978  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  YP_001930224  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0020  CDS  NC_010730  20223  21203  981  ribonuclease Z  YP_001930225  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0021  CDS  NC_010730  21207  21869  663  conserved hypothetical cytosolic protein  YP_001930226  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0022  CDS  NC_010730  21862  23100  1239  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  YP_001930227  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0023  CDS  NC_010730  23093  24064  972  Inositol phosphatase/fructose-16-bisphosphatase  YP_001930228  normal  0.210446  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0024  CDS  NC_010730  24052  24576  525  hypothetical protein  YP_001930229  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0025  CDS  NC_010730  24577  25995  1419  aldolase  YP_001930230  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0026  CDS  NC_010730  28269  29567  1299  amidohydrolase  YP_001930231  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0027  CDS  NC_010730  29567  31114  1548  protein of unknown function DUF1703  YP_001930232  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0028  CDS  NC_010730  31119  33377  2259  phosphoribosylformylglycinamidine synthase II  YP_001930233  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0029  CDS  NC_010730  33526  33996  471  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  YP_001930234  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0030  CDS  NC_010730  33980  35551  1572  NADH dehydrogenase (quinone)  YP_001930235  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0031  CDS  NC_010730  35561  38563  3003  formate dehydrogenase, alpha subunit  YP_001930236  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0032  CDS  NC_010730  39141  40022  882  dihydrodipicolinate synthase  YP_001930237  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0033  CDS  NC_010730  40095  40490  396  protein of unknown function UPF0079  YP_001930238  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0034    NC_010730  40871  41005  135      normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0035    NC_010730  41090  41947  858      normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0036  CDS  NC_010730  42392  43990  1599  DNA repair protein RecN  YP_001930239  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0037  CDS  NC_010730  43978  46740  2763  excinuclease ABC subunit A  YP_001930240  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0038  CDS  NC_010730  46927  48441  1515  leucyl aminopeptidase  YP_001930241  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0039  CDS  NC_010730  48851  49318  468  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001930242  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0040  CDS  NC_010730  49334  49558  225  twin-arginine translocation protein, TatA/E family subunit  YP_001930243  normal  0.620384  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0041  CDS  NC_010730  49565  51085  1521  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  YP_001930244  normal  0.0945132  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0042  CDS  NC_010730  51078  51617  540  protein of unknown function DUF882  YP_001930245  hitchhiker  0.004948  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0043  CDS  NC_010730  51618  52001  384  hypothetical protein  YP_001930246  hitchhiker  0.000393845  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0044  CDS  NC_010730  52465  53592  1128  Integrase catalytic region  YP_001930247  hitchhiker  3.37574e-07  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0045  CDS  NC_010730  54004  55074  1071  hypothetical protein  YP_001930248  hitchhiker  1.09876e-12  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0046  CDS  NC_010730  55106  56395  1290  ammonium transporter  YP_001930249  unclonable  6.52471e-14  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0047  CDS  NC_010730  56420  56758  339  nitrogen regulatory protein P-II  YP_001930250  hitchhiker  2.87221e-11  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0048  CDS  NC_010730  57029  58472  1444  hypothetical protein  YP_001930251  hitchhiker  1.97587e-07  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0049  CDS  NC_010730  58482  59063  582  siroheme synthase  YP_001930252  hitchhiker  7.60194e-05  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0050  CDS  NC_010730  59092  60438  1347  hypothetical protein  YP_001930253  hitchhiker  0.00013841  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0051  CDS  NC_010730  60463  61200  738  uroporphyrin-III C-methyltransferase  YP_001930254  normal  0.0142442  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0052  CDS  NC_010730  61193  61978  786  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  YP_001930255  normal  0.853888  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0053  CDS  NC_010730  61968  63944  1977  molybdopterin oxidoreductase  YP_001930256  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0054  CDS  NC_010730  63941  64714  774  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  YP_001930257  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0055  CDS  NC_010730  64711  65481  771  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  YP_001930258  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0056  CDS  NC_010730  65484  66701  1218  NO3-/NO2-ABC transporter  YP_001930259  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0057  CDS  NC_010730  66978  67901  924  general glycosylation pathway protein  YP_001930260  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0058  CDS  NC_010730  68341  70356  2016  Organic solvent tolerance protein  YP_001930261  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0059  CDS  NC_010730  70409  71191  783  GTP-binding protein HSR1-related  YP_001930262  normal  0.800533  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0060    NC_010730  71694  73985  2292      normal  0.301658  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0061  CDS  NC_010730  72198  73436  1239  transposase mutator type  YP_001930263  normal  0.895475  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0062  CDS  NC_010730  74168  75244  1077  efflux transporter, RND family, MFP subunit  YP_001930264  normal  0.0123174  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0063  CDS  NC_010730  75256  76482  1227  outer membrane efflux protein  YP_001930265  normal  0.0180654  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0064  CDS  NC_010730  76562  77419  858  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  YP_001930266  normal  0.534501  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0065  CDS  NC_010730  77765  78298  534  molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA  YP_001930267  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0066  CDS  NC_010730  78774  79118  345  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  YP_001930268  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0067  CDS  NC_010730  79191  80015  825  signal peptide peptidase SppA, 36K type  YP_001930269  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0068  CDS  NC_010730  80027  81133  1107  gamma-glutamyl kinase  YP_001930270  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0069  CDS  NC_010730  81134  81895  762  tRNA (adenine-N(1)-)-methyltransferase  YP_001930271  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0070  CDS  NC_010730  81892  82548  657  hypothetical protein  YP_001930272  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0071  CDS  NC_010730  83189  83860  672  protein of unknown function DUF45  YP_001930273  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0072  CDS  NC_010730  83938  84825  888  putative circadian clock protein, KaiC  YP_001930274  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0073  CDS  NC_010730  84830  85492  663  hypothetical protein  YP_001930275  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0074  CDS  NC_010730  86473  86889  417  Nucleoside-diphosphate kinase  YP_001930276  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0075  CDS  NC_010730  86879  87391  513  hypothetical protein  YP_001930277  normal  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0076  CDS  NC_010730  87415  87783  369  putative sensor with HAMP domain  YP_001930278  normal  0.568752  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0077  CDS  NC_010730  87789  88706  918  hypothetical protein  YP_001930279  normal  0.197235  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0078  CDS  NC_010730  88719  89078  360  Roadblock/LC7 family protein  YP_001930280  normal  0.160642  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0079  CDS  NC_010730  89106  89801  696  hypothetical protein  YP_001930281  normal  0.0341416  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0080  CDS  NC_010730  89803  90336  534  small GTP-binding protein  YP_001930282  normal  0.0120715  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0081  CDS  NC_010730  91291  91722  432  UspA domain protein  YP_001930283  hitchhiker  3.24283e-05  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0082  CDS  NC_010730  91727  92743  1017  hypothetical protein  YP_001930284  decreased coverage  1.03691e-10  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0083  CDS  NC_010730  92760  93038  279  cytochrome c oxidoreductase subunit B  YP_001930285  decreased coverage  2.80154e-12  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0084  CDS  NC_010730  93056  94294  1239  oxidoreductase molybdopterin binding  YP_001930286  unclonable  1.11038e-13  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0085  CDS  NC_010730  94536  95480  945  thiamine-monophosphate kinase  YP_001930287  hitchhiker  0.000254711  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0086  CDS  NC_010730  95491  97029  1539  glycosyl transferase family 39  YP_001930288  hitchhiker  0.00741033  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0087  CDS  NC_010730  97344  99074  1731  excinuclease ABC subunit C  YP_001930289  normal  0.139428  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0088  CDS  NC_010730  99351  100589  1239  transposase mutator type  YP_001930290  normal  0.0227234  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0089    NC_010730  100641  100934  294      normal  0.0235285  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0090  CDS  NC_010730  101083  101850  768  hydrolase, TatD family  YP_001930291  hitchhiker  0.00880503  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0091  CDS  NC_010730  101855  103732  1878  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_001930292  hitchhiker  0.00172576  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0092  CDS  NC_010730  103775  105412  1638  transposase  YP_001930293  hitchhiker  0.00157706  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0093  CDS  NC_010730  105494  106867  1374  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  YP_001930294  hitchhiker  1.67197e-09  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0094  CDS  NC_010730  106981  107295  315  ribosomal protein S20  YP_001930295  unclonable  8.25858e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0095  CDS  NC_010730  107412  108614  1203  S-adenosylmethionine synthetase  YP_001930296  unclonable  5.89385e-14  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0096  CDS  NC_010730  109219  110127  909  ribonuclease BN  YP_001930297  hitchhiker  5.2367e-07  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0097  CDS  NC_010730  110108  110401  294  hypothetical protein  YP_001930298  hitchhiker  2.08875e-05  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0098  CDS  NC_010730  110414  110704  291  metal dependent phosphohydrolase  YP_001930299  hitchhiker  1.80653e-05  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0099  CDS  NC_010730  110701  110931  231  hypothetical protein  YP_001930300  hitchhiker  1.53936e-05  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0100  CDS  NC_010730  110943  111326  384  OsmC family protein  YP_001930301  hitchhiker  0.000158096  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 19    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>