4126 genes were found for organism Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 42    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Gbem_0001  CDS  NC_011146  166  1542  1377  chromosomal replication initiation protein  YP_002136830  decreased coverage  3.04436e-06  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0002  CDS  NC_011146  1757  2875  1119  DNA polymerase III, beta subunit  YP_002136831  normal  0.0618208  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0003  CDS  NC_011146  3017  4111  1095  recombination protein F  YP_002136832  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0004  CDS  NC_011146  4120  6510  2391  DNA gyrase, B subunit  YP_002136833  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0005  CDS  NC_011146  6866  9376  2511  DNA gyrase, A subunit  YP_002136834  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0006    NC_011146  9496  11012  1517      normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0008  CDS  NC_011146  11070  12077  1008  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  YP_002136835  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0009  CDS  NC_011146  12272  14536  2265  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_002136836  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0010  CDS  NC_011146  14523  16058  1536  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_002136837  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0011  CDS  NC_011146  16365  17357  993  histidine kinase  YP_002136838  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0012  CDS  NC_011146  17567  19714  2148  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_002136839  normal  0.99155  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0013  CDS  NC_011146  19747  20673  927  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  YP_002136840  normal  0.516397  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0014  CDS  NC_011146  20695  21450  756  ABC-2 type transporter  YP_002136841  normal  0.153169  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0015  CDS  NC_011146  21667  22743  1077  Radical SAM domain protein  YP_002136842  normal  0.334348  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0016  CDS  NC_011146  22877  23896  1020  uroporphyrinogen decarboxylase  YP_002136843  normal  0.267289  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0017  CDS  NC_011146  24012  24965  954  magnesium and cobalt transport protein CorA  YP_002136844  normal  0.636656  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0018  CDS  NC_011146  25221  26090  870  histidine kinase  YP_002136845  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0019  CDS  NC_011146  26173  26454  282  Excinuclease ABC C subunit domain protein  YP_002136846  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0020  CDS  NC_011146  26479  27516  1038  Di-haem cytochrome c peroxidase  YP_002136847  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0021  CDS  NC_011146  27683  29092  1410  putative oxidoreductase  YP_002136848  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0022  CDS  NC_011146  29089  29937  849  ferredoxin-NADP(+) reductase subunit alpha  YP_002136849  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0023  CDS  NC_011146  30217  31092  876  protein of unknown function DUF6 transmembrane  YP_002136850  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0024  CDS  NC_011146  31125  31448  324  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  YP_002136851  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0025  CDS  NC_011146  31442  31696  255  transcriptional regulator/antitoxin, MazE  YP_002136852  normal  0.937668  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0026  CDS  NC_011146  31964  32806  843  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  YP_002136853  normal  0.974247  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0027  CDS  NC_011146  32984  33994  1011  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_002136854  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0028  CDS  NC_011146  34153  35097  945  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_002136855  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0029  CDS  NC_011146  35094  35621  528  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  YP_002136856  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0030  CDS  NC_011146  35773  37770  1998  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_002136857  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0031  CDS  NC_011146  37804  38757  954  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  YP_002136858  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0032  CDS  NC_011146  38754  39338  585  heterodisulfide reductase subunit  YP_002136859  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0033  CDS  NC_011146  39897  41606  1710  ABC transporter related protein  YP_002136860  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0034  CDS  NC_011146  41608  43419  1812  ABC transporter related protein  YP_002136861  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0035  CDS  NC_011146  43462  45372  1911  selenocysteine-specific translation elongation factor  YP_002136862  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0036  CDS  NC_011146  45505  47454  1950  hypothetical protein  YP_002136863  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0037  CDS  NC_011146  47484  48302  819  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  YP_002136864  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0038  CDS  NC_011146  48450  48629  180  hypothetical protein  YP_002136865  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0039  CDS  NC_011146  48629  49582  954  ferrochelatase  YP_002136866  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0040  CDS  NC_011146  49794  51341  1548  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_002136867  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0041  CDS  NC_011146  51529  51717  189  hypothetical protein  YP_002136868  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0042  CDS  NC_011146  51985  52815  831  hypothetical protein  YP_002136869  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0043  CDS  NC_011146  52879  54498  1620  cytochrome c oxidase, subunit I  YP_002136870  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0044  CDS  NC_011146  54495  55094  600  cytochrome c oxidase subunit III  YP_002136871  normal  0.388042  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0045  CDS  NC_011146  55211  55492  282  caa(3)-type oxidase, subunit IV  YP_002136872  normal  0.602814  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0046  CDS  NC_011146  55502  56407  906  cytochrome c oxidase, subunit II  YP_002136873  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0047  CDS  NC_011146  56446  57222  777  UbiA prenyltransferase  YP_002136874  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0048  CDS  NC_011146  57239  57433  195  hypothetical protein  YP_002136875  normal  0.58394  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0049  CDS  NC_011146  57638  58828  1191  pyridoxal phosphate-dependent acyltransferase  YP_002136876  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0050  CDS  NC_011146  58851  59894  1044  L-threonine 3-dehydrogenase  YP_002136877  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0051  CDS  NC_011146  60050  60229  180  hypothetical protein  YP_002136878  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0052  CDS  NC_011146  60472  63636  3165  multi-sensor hybrid histidine kinase  YP_002136879  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0053  CDS  NC_011146  63912  64913  1002  OmpA/MotB domain protein  YP_002136880  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0054  CDS  NC_011146  65087  66094  1008  peptidase M28  YP_002136881  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0055  CDS  NC_011146  66327  68432  2106  protein of unknown function DUF323  YP_002136882  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0056  CDS  NC_011146  68429  69586  1158  aminotransferase class I and II  YP_002136883  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0057  CDS  NC_011146  69610  70254  645  hypothetical protein  YP_002136884  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0058  CDS  NC_011146  70364  71047  684  RES domain protein  YP_002136885  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0059  CDS  NC_011146  71047  71454  408  hypothetical protein  YP_002136886  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0060  CDS  NC_011146  72062  72829  768  hypothetical protein  YP_002136887  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0061  CDS  NC_011146  73065  73868  804  FRG domain protein  YP_002136888  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0062  CDS  NC_011146  73976  74794  819  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  YP_002136889  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0063  CDS  NC_011146  74971  78072  3102  acriflavin resistance protein  YP_002136890  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0064  CDS  NC_011146  78069  79202  1134  efflux transporter, RND family, MFP subunit  YP_002136891  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0065  CDS  NC_011146  79674  81410  1737  histidine kinase  YP_002136892  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0066  CDS  NC_011146  81597  82259  663  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  YP_002136893  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0067  CDS  NC_011146  82695  83693  999  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  YP_002136894  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0068  CDS  NC_011146  83690  84217  528  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  YP_002136895  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0069  CDS  NC_011146  84214  85293  1080  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  YP_002136896  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0070  CDS  NC_011146  85302  85676  375  hydrogenase nickel insertion protein HypA  YP_002136897  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0071  CDS  NC_011146  85657  86226  570  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_002136898  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0072  CDS  NC_011146  86223  88130  1908  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  YP_002136899  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0073  CDS  NC_011146  88176  88295  120  hypothetical protein  YP_002136900  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0074  CDS  NC_011146  88292  89068  777  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  YP_002136901  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0075  CDS  NC_011146  89459  90142  684  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  YP_002136902  normal  0.124346  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0076  CDS  NC_011146  90435  92633  2199  UvrD/REP helicase  YP_002136903  hitchhiker  0.00111848  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0077  CDS  NC_011146  92690  93427  738  hypothetical protein  YP_002136904  unclonable  8.44228e-09  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0078  CDS  NC_011146  93585  94586  1002  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  YP_002136905  hitchhiker  0.000682412  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0079  CDS  NC_011146  94612  95571  960  glycosyl transferase family 51  YP_002136906  hitchhiker  0.00663025  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0080  CDS  NC_011146  95859  96932  1074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  YP_002136907  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0081  CDS  NC_011146  96951  99365  2415  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  YP_002136908  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0082  CDS  NC_011146  99397  100401  1005  thiamine biosynthesis protein  YP_002136909  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0083  CDS  NC_011146  101019  102677  1659  General secretory system II protein E domain protein  YP_002136910  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0084  CDS  NC_011146  102690  103763  1074  twitching motility protein  YP_002136911  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0085  CDS  NC_011146  103767  104936  1170  hypothetical protein  YP_002136912  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0086  CDS  NC_011146  105215  106054  840  alpha/beta hydrolase fold  YP_002136913  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0087  CDS  NC_011146  106490  106708  219  hypothetical protein  YP_002136914  normal  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0088  CDS  NC_011146  106762  110661  3900  multicopper oxidase type 2  YP_002136915  normal  0.516794  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0089  CDS  NC_011146  110803  111777  975  Rhodanese domain protein  YP_002136916  decreased coverage  9.5367e-07  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0090  CDS  NC_011146  112025  113854  1830  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  YP_002136917  normal  0.0489544  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0091  CDS  NC_011146  113940  115316  1377  bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase  YP_002136918  normal  0.277459  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0092  CDS  NC_011146  115466  116026  561  hypothetical protein  YP_002136919  hitchhiker  0.0068181  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0093  CDS  NC_011146  116023  117495  1473  Radical SAM domain protein  YP_002136920  normal  0.0584264  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0094  CDS  NC_011146  117710  117874  165  hypothetical protein  YP_002136921  hitchhiker  0.000221882  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0095  CDS  NC_011146  118311  120161  1851  hypothetical protein  YP_002136922  unclonable  2.09926e-06  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0096  CDS  NC_011146  120264  121301  1038  guanosine 5'-monophosphate oxidoreductase  YP_002136923  normal  0.0600015  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0097  CDS  NC_011146  121535  122782  1248  major facilitator superfamily MFS_1  YP_002136924  normal  0.0178467  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0098  CDS  NC_011146  122824  123849  1026  dihydrouridine synthase DuS  YP_002136925  hitchhiker  0.00993648  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0099  CDS  NC_011146  123930  124421  492  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  YP_002136926  hitchhiker  0.000452345  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0100  CDS  NC_011146  124578  124793  216  hypothetical protein  YP_002136927  hitchhiker  9.65946e-06  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Gbem_0101  CDS  NC_011146  124808  125287  480  hypothetical protein  YP_002136928  decreased coverage  6.66192e-07  n/a    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 42    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>