3707 genes were found for organism Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 38    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Plav_0001  CDS  NC_009719  179  442  +  264  ribosomal protein S20  YP_001411281  normal  0.0152754  hitchhiker  4.7444199999999996e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0002  CDS  NC_009719  1023  1472  +  450  rhodanese domain-containing protein  YP_001411282  hitchhiker  0.000108771  hitchhiker  1.00132e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0003  CDS  NC_009719  1568  3127  +  1560  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_001411283  decreased coverage  0.0000000118183  unclonable  1.2245600000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0004  CDS  NC_009719  3525  4643  +  1119  DNA polymerase III subunit beta  YP_001411284  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0005  CDS  NC_009719  4682  5920  +  1239  DNA replication and repair protein RecF  YP_001411285  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0006  CDS  NC_009719  5920  6519  +  600  endopeptidase Clp  YP_001411286  normal  0.194315  hitchhiker  6.80644e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0007  CDS  NC_009719  6541  8985  +  2445  DNA gyrase, B subunit  YP_001411287  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000127648  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0008  CDS  NC_009719  9139  11466  +  2328  1A family penicillin-binding protein  YP_001411288  normal  1  hitchhiker  0.0000000000321042  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0009  CDS  NC_009719  11463  12647  -  1185  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  YP_001411289  normal  1  hitchhiker  0.000000450315  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0010  CDS  NC_009719  12644  13456  -  813  hypothetical protein  YP_001411290  normal  1  hitchhiker  0.000000896967  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0011  CDS  NC_009719  13550  13993  +  444  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_001411291  normal  0.847153  hitchhiker  0.000129147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0012  CDS  NC_009719  13995  15233  -  1239  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  YP_001411292  normal  0.814207  hitchhiker  0.000215226  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0013  CDS  NC_009719  15461  17152  -  1692  2-isopropylmalate synthase  YP_001411293  normal  0.192625  hitchhiker  0.000890742  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0014  CDS  NC_009719  17438  18049  -  612  Classical-complement-pathway C3/C5 convertase  YP_001411294  normal  0.143116  hitchhiker  0.00194121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0015  CDS  NC_009719  18219  18803  +  585  ankyrin  YP_001411295  normal  0.189305  hitchhiker  0.00296993  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0016  CDS  NC_009719  18899  19969  +  1071  hypothetical protein  YP_001411296  normal  0.439945  hitchhiker  0.00397116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0017  CDS  NC_009719  20068  21474  +  1407  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001411297  normal  1  hitchhiker  0.00494358  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0018  CDS  NC_009719  21475  22101  +  627  two component Fis family transcriptional regulator  YP_001411298  normal  0.594546  normal  0.0172011  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0019  CDS  NC_009719  22104  22400  -  297  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  YP_001411299  normal  0.191318  normal  0.0141037  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0020  CDS  NC_009719  22425  22703  -  279  plasmid maintenance system killer  YP_001411300  normal  0.184323  normal  0.0200834  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0021  CDS  NC_009719  22748  23236  -  489  hypothetical protein  YP_001411301  normal  0.0469027  normal  0.0489238  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0022  CDS  NC_009719  23247  24209  -  963  aminoglycoside phosphotransferase  YP_001411302  normal  0.124869  normal  0.0787609  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0023  CDS  NC_009719  24241  25362  -  1122  hypothetical protein  YP_001411303  decreased coverage  0.00775976  normal  0.0839132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0024  CDS  NC_009719  25618  26940  +  1323  hypothetical protein  YP_001411304  normal  0.253347  normal  0.084355  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0025  CDS  NC_009719  27133  28401  +  1269  cytochrome P450  YP_001411305  normal  0.498673  normal  0.104962  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0026  CDS  NC_009719  28472  29842  +  1371  hypothetical protein  YP_001411306  normal  1  normal  0.230095  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0027  CDS  NC_009719  30314  32665  +  2352  RND superfamily exporter  YP_001411307  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0028  CDS  NC_009719  32770  33618  +  849  sterol desaturase  YP_001411308  normal  0.178339  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0029  CDS  NC_009719  33622  34875  -  1254  cytochrome P450  YP_001411309  normal  0.0792311  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0030  CDS  NC_009719  34929  35570  -  642  HAD family phosphatase  YP_001411310  normal  0.181132  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0031  CDS  NC_009719  35655  36659  -  1005  sporulation domain-containing protein  YP_001411311  normal  0.0817681  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0032  CDS  NC_009719  36659  37363  -  705  cobyrinic acid ac-diamide synthase  YP_001411312  normal  0.146181  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0033  CDS  NC_009719  37628  38929  -  1302  adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase  YP_001411313  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0034  CDS  NC_009719  39183  39785  +  603  hypothetical protein  YP_001411314  normal  0.953249  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0035  CDS  NC_009719  39782  40132  +  351  hypothetical protein  YP_001411315  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0036  CDS  NC_009719  40109  41215  -  1107  biotin synthase  YP_001411316  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0037  CDS  NC_009719  41259  41918  -  660  2OG-Fe(II) oxygenase  YP_001411317  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0038  CDS  NC_009719  42013  42885  +  873  hypothetical protein  YP_001411318  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0039  CDS  NC_009719  42959  44146  +  1188  8-amino-7-oxononanoate synthase  YP_001411319  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0040  CDS  NC_009719  44147  44794  +  648  dethiobiotin synthase  YP_001411320  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0041  CDS  NC_009719  44796  45086  -  291  hypothetical protein  YP_001411321  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0042  CDS  NC_009719  45161  45340  -  180  hypothetical protein  YP_001411322  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0043  CDS  NC_009719  45433  45948  -  516  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  YP_001411323  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0044  CDS  NC_009719  45950  47491  -  1542  Ada metal-binding domain-containing protein  YP_001411324  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0045  CDS  NC_009719  47696  49030  +  1335  major facilitator transporter  YP_001411325  normal  0.0327786  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0046  CDS  NC_009719  49183  50193  +  1011  alcohol dehydrogenase zinc-binding type 2  YP_001411326  normal  0.173418  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0047  CDS  NC_009719  50270  51079  +  810  ABC-type phosphate transport system periplasmic component-like protein  YP_001411327  normal  0.134705  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0048  CDS  NC_009719  51324  52721  -  1398  phosphate-selective porin O and P  YP_001411328  normal  0.815499  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0049  CDS  NC_009719  53032  54252  -  1221  OsmC family protein  YP_001411329  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0050  CDS  NC_009719  54466  55257  +  792  PRC-barrel domain-containing protein  YP_001411330  normal  0.808352  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0051  CDS  NC_009719  55568  57325  -  1758  signal transduction histidine kinase  YP_001411331  normal  1  normal  0.725839  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0052  CDS  NC_009719  57786  58580  +  795  two-component response regulator  YP_001411332  normal  1  normal  0.669902  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0053  CDS  NC_009719  58670  59275  -  606  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_001411333  normal  1  normal  0.524534  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0054  CDS  NC_009719  59281  59502  -  222  hypothetical protein  YP_001411334  normal  1  normal  0.481293  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0055  CDS  NC_009719  59742  59939  -  198  CsbD family protein  YP_001411335  normal  1  normal  0.587208  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0056  CDS  NC_009719  60108  60284  -  177  hypothetical protein  YP_001411336  normal  1  normal  0.397511  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0057  CDS  NC_009719  60343  60558  -  216  entericidin EcnAB  YP_001411337  normal  1  normal  0.398438  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0058  CDS  NC_009719  60579  61100  -  522  MgtC/SapB transporter  YP_001411338  normal  1  normal  0.460783  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0059  CDS  NC_009719  61164  61439  -  276  hypothetical protein  YP_001411339  normal  1  normal  0.516618  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0060  CDS  NC_009719  61602  61832  +  231  hypothetical protein  YP_001411340  normal  1  normal  0.517772  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0061  CDS  NC_009719  61859  62464  -  606  MOSC domain-containing protein  YP_001411341  normal  1  normal  0.489415  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0062  CDS  NC_009719  62801  63292  +  492  hypothetical protein  YP_001411342  normal  1  normal  0.470088  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0063  CDS  NC_009719  63308  63760  -  453  hypothetical protein  YP_001411343  normal  1  normal  0.318624  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0064  CDS  NC_009719  63853  64227  -  375  response regulator receiver protein  YP_001411344  normal  1  normal  0.316528  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0065  CDS  NC_009719  64350  64739  -  390  response regulator receiver protein  YP_001411345  normal  1  normal  0.909835  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0066  CDS  NC_009719  64830  66530  -  1701  hypothetical protein  YP_001411346  normal  1  normal  0.796448  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0067  CDS  NC_009719  66777  67808  +  1032  PE-PGRS family protein  YP_001411347  normal  1  normal  0.494555  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0068  CDS  NC_009719  67908  69587  -  1680  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  YP_001411348  normal  1  normal  0.503427  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0069  CDS  NC_009719  70095  71048  +  954  SAF domain-containing protein  YP_001411349  normal  1  normal  0.723058  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0070  CDS  NC_009719  71065  72450  +  1386  type II and III secretion system protein  YP_001411350  normal  1  normal  0.838423  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0071  CDS  NC_009719  72457  73650  +  1194  response regulator receiver protein  YP_001411351  normal  1  normal  0.623542  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0072  CDS  NC_009719  73647  74873  +  1227  type II secretion system protein E  YP_001411352  normal  0.928138  normal  0.608061  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0073  CDS  NC_009719  74940  75815  +  876  type II secretion system protein  YP_001411353  normal  0.53899  normal  0.541606  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0074  CDS  NC_009719  75821  76768  +  948  type II secretion system protein  YP_001411354  normal  0.557722  normal  0.8398  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0075  CDS  NC_009719  76765  77478  +  714  TPR repeat-containing protein  YP_001411355  normal  0.657959  normal  0.786766  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0076  CDS  NC_009719  77478  77720  +  243  hypothetical protein  YP_001411356  normal  0.447328  normal  0.970363  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0077  CDS  NC_009719  77865  78155  +  291  Flp/Fap pilin component  YP_001411357  normal  0.256154  normal  0.964848  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0078  CDS  NC_009719  78243  78665  +  423  TadE family protein  YP_001411358  normal  0.413809  normal  0.991188  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0079  CDS  NC_009719  78675  80807  +  2133  histidine kinase  YP_001411359  normal  0.480201  normal  0.629381  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0080  CDS  NC_009719  80820  81593  -  774  two component transcriptional regulator  YP_001411360  normal  0.479264  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0081  CDS  NC_009719  82194  82613  -  420  hypothetical protein  YP_001411361  normal  0.946938  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0082  CDS  NC_009719  82741  84153  -  1413  cytochrome P450  YP_001411362  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0083  CDS  NC_009719  84177  85025  -  849  metal-dependent hydrolase-like protein  YP_001411363  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0084  CDS  NC_009719  85148  86212  +  1065  helix-turn-helix domain-containing protein  YP_001411364  normal  1  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0085  CDS  NC_009719  86257  87141  +  885  putative membrane protein, glycine-rich  YP_001411365  normal  0.917959  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0086  CDS  NC_009719  87350  88216  +  867  hypothetical protein  YP_001411366  normal  0.489634  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0087  CDS  NC_009719  88270  90267  +  1998  hypothetical protein  YP_001411367  normal  0.211464  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0088  CDS  NC_009719  90359  91024  -  666  TetR family transcriptional regulator  YP_001411368  normal  0.383567  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0089  CDS  NC_009719  91116  92222  +  1107  alcohol dehydrogenase  YP_001411369  normal  0.954912  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0090  CDS  NC_009719  92262  93506  +  1245  acetyl-CoA acetyltransferase  YP_001411370  normal  0.498673  normal  0.945472  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0091  CDS  NC_009719  93572  93988  +  417  MerR family transcriptional regulator  YP_001411371  normal  0.266234  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0092  CDS  NC_009719  94039  95442  +  1404  aldehyde dehydrogenase  YP_001411372  normal  0.204667  normal  0.62822  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0093  CDS  NC_009719  95540  96799  -  1260  ferric reductase domain-containing protein  YP_001411373  normal  0.852722  normal  0.641862  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0094  CDS  NC_009719  96883  97236  -  354  hypothetical protein  YP_001411374  normal  0.545096  normal  1  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0095  CDS  NC_009719  97370  98962  -  1593  aspartate aminotransferase  YP_001411375  normal  0.0859207  normal  0.737001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0096  CDS  NC_009719  98980  100665  -  1686  YidE/YbjL duplication  YP_001411376  normal  0.0519277  normal  0.835648  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0097  CDS  NC_009719  104498  104803  -  306  CRISPR-associated Cas2 family protein  YP_001411377  normal  0.104167  normal  0.518264  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0098  CDS  NC_009719  104851  105786  -  936  CRISPR-associated Cas1 family protein  YP_001411378  normal  0.181677  normal  0.510072  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0099  CDS  NC_009719  105795  108908  -  3114  CRISPR-associated endonuclease Csn1 family protein  YP_001411379  normal  0.28892  normal  0.129983  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Plav_0100  CDS  NC_009719  109701  110807  +  1107  hypothetical protein  YP_001411380  normal  1  normal  0.243385  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 38    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>