73 genes were found for organism Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Dshi_4154  CDS  NC_009959  24  977  -  954  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001542345  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4155  CDS  NC_009959  977  1759  -  783  hypothetical protein  YP_001542346  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4156  CDS  NC_009959  1936  3684  +  1749  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  YP_001542347  normal  0.850412  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4157  CDS  NC_009959  3833  5632  +  1800  monooxygenase protein, putative  YP_001542348  normal  0.316237  normal  0.900537  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4158  CDS  NC_009959  5711  6484  +  774  acetoin reductase  YP_001542349  normal  0.436018  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4159  CDS  NC_009959  6606  7658  +  1053  alcohol dehydrogenase  YP_001542350  normal  0.44287  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4160  CDS  NC_009959  7713  8699  -  987  protochlorophyllide oxidoreductase  YP_001542351  normal  0.297736  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4161  CDS  NC_009959  8902  9714  +  813  MltA-interacting MipA family protein  YP_001542352  normal  0.0570636  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4162  CDS  NC_009959  9725  10768  -  1044  glycosyl transferase group 1  YP_001542353  normal  0.0349192  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4163  CDS  NC_009959  10765  12342  -  1578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001542354  normal  0.4344  normal  0.880748  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4164  CDS  NC_009959  12339  13145  -  807  ABC transporter related  YP_001542355  normal  0.143983  normal  0.780966  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4165  CDS  NC_009959  13135  14130  -  996  NMT1/THI5-like domain-containing protein  YP_001542356  normal  0.0994431  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4166  CDS  NC_009959  14227  15177  -  951  hypothetical protein  YP_001542357  normal  0.237065  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4167  CDS  NC_009959  15174  16799  -  1626  sulfatase  YP_001542358  normal  0.255365  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4168  CDS  NC_009959  16796  17545  -  750  CDP-alcohol phosphatidyltransferase  YP_001542359  normal  0.120935  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4169  CDS  NC_009959  17646  18203  +  558  cytochrome B561  YP_001542360  normal  0.0139606  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4170  CDS  NC_009959  18287  19852  +  1566  glucosyltransferase MdoH  YP_001542361  normal  0.0929009  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4171  CDS  NC_009959  19852  21336  +  1485  glucan biosynthesis protein D  YP_001542362  normal  0.13351  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4172  CDS  NC_009959  21403  22290  +  888  AraC family transcriptional regulator  YP_001542363  normal  0.0833223  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4173  CDS  NC_009959  22428  23387  +  960  hypothetical protein  YP_001542364  normal  0.0253164  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4174  CDS  NC_009959  23458  24015  +  558  hypothetical protein  YP_001542365  normal  0.044221  normal  0.709367  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4175  CDS  NC_009959  24079  25098  -  1020  hypothetical protein  YP_001542366  normal  0.0228535  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4176  CDS  NC_009959  25262  25924  +  663  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  YP_001542367  normal  0.0565663  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4177  CDS  NC_009959  26016  27332  -  1317  acetamidase/formamidase  YP_001542368  normal  0.390389  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4178  CDS  NC_009959  27466  28224  -  759  hypothetical protein  YP_001542369  normal  0.822736  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4179  CDS  NC_009959  28217  28627  -  411  hypothetical protein  YP_001542370  normal  0.865834  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4180  CDS  NC_009959  28620  29135  -  516  hypothetical protein  YP_001542371  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4181  CDS  NC_009959  29307  29495  -  189  hypothetical protein  YP_001542372  normal  1  normal  0.699697  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4182  CDS  NC_009959  29547  30521  +  975  MscS mechanosensitive ion channel  YP_001542373  normal  1  normal  0.774704  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4183  CDS  NC_009959  30634  30933  -  300  hypothetical protein  YP_001542374  normal  1  normal  0.438494  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4184  CDS  NC_009959  31088  31285  -  198  CsbD family protein  YP_001542375  normal  1  normal  0.432909  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4185  CDS  NC_009959  31537  32229  +  693  GntR domain-containing protein  YP_001542376  normal  1  normal  0.440271  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4186  CDS  NC_009959  32317  33138  +  822  ABC transporter related  YP_001542377  normal  1  normal  0.431014  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4187  CDS  NC_009959  33135  33890  +  756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001542378  normal  1  normal  0.616361  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4188  CDS  NC_009959  33904  34665  +  762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001542379  normal  1  normal  0.605397  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4189  CDS  NC_009959  34761  35777  +  1017  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  YP_001542380  normal  1  normal  0.623523  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4190  CDS  NC_009959  35941  37218  +  1278  hypothetical protein  YP_001542381  normal  1  normal  0.663352  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4191  CDS  NC_009959  37297  38292  +  996  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  YP_001542382  normal  1  normal  0.960097  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4192  CDS  NC_009959  38385  38972  +  588  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  YP_001542383  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4193  CDS  NC_009959  38969  40258  +  1290  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  YP_001542384  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4194  CDS  NC_009959  40279  41874  -  1596  gamma-glutamyltransferase  YP_001542385  normal  0.658793  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4195  CDS  NC_009959  41874  43385  -  1512  hypothetical protein  YP_001542386  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4196  CDS  NC_009959  43389  43895  -  507  hypothetical protein  YP_001542387  normal  0.393076  normal  0.876194  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4197  CDS  NC_009959  43895  44845  -  951  hypothetical protein  YP_001542388  normal  0.504073  normal  0.975042  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4198  CDS  NC_009959  44976  45887  +  912  LysR family transcriptional regulator  YP_001542389  normal  1  normal  0.982202  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4199  CDS  NC_009959  45953  46597  -  645  TetR family transcriptional regulator  YP_001542390  normal  1  normal  0.680761  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4200  CDS  NC_009959  46743  47576  +  834  carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)  YP_001542391  normal  1  normal  0.690695  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4201  CDS  NC_009959  47573  48073  +  501  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  YP_001542392  normal  1  normal  0.998013  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4202  CDS  NC_009959  48070  50451  +  2382  carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)  YP_001542393  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4203  CDS  NC_009959  50499  51551  +  1053  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  YP_001542394  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4204  CDS  NC_009959  51618  52199  +  582  hypothetical protein  YP_001542395  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4205  CDS  NC_009959  52196  53524  +  1329  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  YP_001542396  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4206  CDS  NC_009959  53586  54509  +  924  aminotransferase class IV  YP_001542397  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4207  CDS  NC_009959  54580  55551  +  972  protein of unknown function DUF900 hydrolase family protein  YP_001542398  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4208  CDS  NC_009959  55567  56109  -  543  hypothetical protein  YP_001542399  normal  1  normal  0.967071  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4209  CDS  NC_009959  56106  57956  -  1851  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  YP_001542400  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4210  CDS  NC_009959  58042  58482  -  441  PilT domain-containing protein  YP_001542401  normal  0.242184  normal  0.98897  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4211  CDS  NC_009959  58479  58724  -  246  hypothetical protein  YP_001542402  normal  0.176867  normal  0.948533  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4212  CDS  NC_009959  58898  60001  -  1104  nuclease  YP_001542403  normal  0.789565  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4213  CDS  NC_009959  59994  61394  -  1401  cobyrinic acid ac-diamide synthase  YP_001542404  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4214  CDS  NC_009959  61901  63073  +  1173  initiator RepB protein  YP_001542405  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4215  CDS  NC_009959  63125  63772  +  648  hypothetical protein  YP_001542406  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4216  CDS  NC_009959  63812  65134  +  1323  hypothetical protein  YP_001542407  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4217  CDS  NC_009959  65138  66145  -  1008  LacI family transcription regulator  YP_001542408  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4218  CDS  NC_009959  66272  67225  +  954  hypothetical protein  YP_001542409  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4219  CDS  NC_009959  67292  67747  +  456  hypothetical protein  YP_001542410  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4220  CDS  NC_009959  67749  69233  +  1485  hypothetical protein  YP_001542411  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4221  CDS  NC_009959  69235  70116  +  882  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  YP_001542412  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4222  CDS  NC_009959  70201  70617  +  417  hypothetical protein  YP_001542413  normal  0.895599  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4223  CDS  NC_009959  70690  71160  +  471  Ferritin Dps family protein  YP_001542414  normal  0.958952  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4224  CDS  NC_009959  71161  71427  -  267  hypothetical protein  YP_001542415  normal  0.951685  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4225  CDS  NC_009959  71437  71592  -  156  hypothetical protein  YP_001542416  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4226  CDS  NC_009959  71714  72295  +  582  hypothetical protein  YP_001542417  normal  0.969803  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>