137 genes were found for organism Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Dshi_3792  CDS  NC_009956  167  1822  +  1656  extracellular solute-binding protein  YP_001542003  normal  0.639455  normal  0.694676  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3793  CDS  NC_009956  1905  2858  +  954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001542004  normal  1  normal  0.335221  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3794  CDS  NC_009956  2862  3749  +  888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001542005  normal  1  normal  0.258326  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3795  CDS  NC_009956  3746  4741  +  996  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  YP_001542006  normal  1  normal  0.330275  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3796  CDS  NC_009956  4738  5739  +  1002  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  YP_001542007  normal  1  normal  0.418309  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3797  CDS  NC_009956  5736  6419  +  684  Asp/Glu racemase  YP_001542008  normal  0.175328  normal  0.366976  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3798  CDS  NC_009956  6416  6958  -  543  NADH:ubiquinone oxidoreductase complex I intermediate-associated protein 30  YP_001542009  normal  0.317101  normal  0.343807  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3799  CDS  NC_009956  7084  7680  +  597  HupE/UreJ protein  YP_001542010  normal  0.414571  normal  0.346057  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3800  CDS  NC_009956  7685  8299  +  615  hypothetical protein  YP_001542011  normal  1  normal  0.3296  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3801  CDS  NC_009956  8358  10535  -  2178  catalase/peroxidase HPI  YP_001542012  normal  0.409615  normal  0.295897  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3802  CDS  NC_009956  10649  11578  +  930  LysR family transcriptional regulator  YP_001542013  normal  0.238076  normal  0.337014  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3803  CDS  NC_009956  11636  11827  +  192  hypothetical protein  YP_001542014  normal  0.437261  normal  0.578246  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3804  CDS  NC_009956  11802  12791  +  990  LuxR family transcriptional regulator  YP_001542015  normal  0.73714  normal  0.702757  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3805  CDS  NC_009956  12918  15827  +  2910  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  YP_001542016  normal  1  normal  0.761799  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3806  CDS  NC_009956  15829  16182  +  354  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit C  YP_001542017  normal  1  normal  0.397462  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3807  CDS  NC_009956  16179  17699  +  1521  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  YP_001542018  normal  1  normal  0.5869  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3808  CDS  NC_009956  17704  18195  +  492  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit E  YP_001542019  normal  0.53351  normal  0.27377  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3809  CDS  NC_009956  18192  18461  +  270  multiple resistance and pH regulation protein F  YP_001542020  normal  1  normal  0.332403  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3810  CDS  NC_009956  18469  18858  +  390  monovalent cation/proton antiporter, MnhG/PhaG subunit  YP_001542021  normal  1  normal  0.266236  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3811  CDS  NC_009956  18901  20142  -  1242  fumarylacetoacetase  YP_001542022  normal  0.685186  normal  0.278222  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3812  CDS  NC_009956  20139  21494  -  1356  homogentisate 1,2-dioxygenase  YP_001542023  normal  0.283332  normal  0.618849  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3813  CDS  NC_009956  21527  21970  -  444  MarR family transcriptional regulator  YP_001542024  normal  0.363185  normal  0.48019  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3814  CDS  NC_009956  22097  23047  +  951  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001542025  normal  0.360876  normal  0.263273  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3815  CDS  NC_009956  23077  24702  +  1626  FAD-dependent oxidoreductase  YP_001542026  normal  0.433248  normal  0.294357  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3816  CDS  NC_009956  24705  24890  +  186  hypothetical protein  YP_001542027  normal  0.140719  normal  0.253569  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3817  CDS  NC_009956  25016  26218  +  1203  beta-ketoadipyl CoA thiolase  YP_001542028  normal  0.342628  normal  0.265145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3818  CDS  NC_009956  26236  27213  +  978  phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaA  YP_001542029  normal  0.121981  normal  0.194337  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3819  CDS  NC_009956  27210  27542  +  333  phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaB  YP_001542030  normal  0.375319  normal  0.358605  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3820  CDS  NC_009956  27542  28309  +  768  phenylacetate-CoA oxygenase, PaaI subunit  YP_001542031  normal  0.0961351  normal  0.397039  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3821  CDS  NC_009956  28311  28769  +  459  phenylacetate-CoA oxygenase, PaaJ subunit  YP_001542032  normal  0.134466  normal  0.475873  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3822  CDS  NC_009956  28782  29852  +  1071  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  YP_001542033  normal  0.0510949  normal  0.275552  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3823  CDS  NC_009956  29860  30456  -  597  TetR family transcriptional regulator  YP_001542034  normal  0.0524018  normal  0.237924  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3824  CDS  NC_009956  30459  31769  -  1311  phenylacetate-CoA ligase  YP_001542035  normal  0.0827131  normal  0.36821  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3825  CDS  NC_009956  31792  32217  -  426  phenylacetic acid degradation protein PaaD  YP_001542036  normal  0.17422  normal  0.478257  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3826  CDS  NC_009956  32430  34451  +  2022  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  YP_001542037  normal  0.323832  normal  0.908677  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3827  CDS  NC_009956  34493  36529  +  2037  bifunctional aldehyde dehydrogenase/enoyl-CoA hydratase  YP_001542038  normal  0.145671  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3828  CDS  NC_009956  36567  37361  +  795  PaaX family transcriptional regulator  YP_001542039  normal  0.648927  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3829  CDS  NC_009956  37489  37941  +  453  hypothetical protein  YP_001542040  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3830  CDS  NC_009956  38247  39386  +  1140  glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  YP_001542041  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3831  CDS  NC_009956  39383  40162  +  780  sucrose-6F-phosphate phosphohydrolase  YP_001542042  normal  0.678629  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3832  CDS  NC_009956  40174  41664  +  1491  glucosylglycerol-phosphate synthase  YP_001542043  normal  0.438852  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3833  CDS  NC_009956  41763  43181  -  1419  phospholipase D/transphosphatidylase  YP_001542044  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3834  CDS  NC_009956  43171  44907  -  1737  signal transduction histidine kinase  YP_001542045  normal  0.391649  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3835  CDS  NC_009956  44882  45445  -  564  RNA polymerase sigma factor  YP_001542046  normal  0.72947  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3836  CDS  NC_009956  45442  45621  -  180  hypothetical protein  YP_001542047  normal  0.79794  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3837  CDS  NC_009956  45758  46573  +  816  two-component response regulator  YP_001542048  normal  0.539705  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3838  CDS  NC_009956  46686  48080  -  1395  hypothetical protein  YP_001542049  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3839  CDS  NC_009956  48216  48713  -  498  Ferritin Dps family protein  YP_001542050  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3840  CDS  NC_009956  48774  50414  -  1641  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  YP_001542051  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3841  CDS  NC_009956  50414  51757  -  1344  glutamate dehydrogenase  YP_001542052  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3842  CDS  NC_009956  51857  52027  -  171  hypothetical protein  YP_001542053  normal  0.79794  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3843  CDS  NC_009956  52170  52586  -  417  hypothetical protein  YP_001542054  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3844  CDS  NC_009956  52616  53344  +  729  cyclic nucleotide-binding protein  YP_001542055  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3847  CDS  NC_009956  54662  55786  +  1125  nuclease  YP_001542056  normal  0.298073  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3848  CDS  NC_009956  55886  56080  -  195  hypothetical protein  YP_001542057  normal  0.0790334  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3849  CDS  NC_009956  56108  56320  -  213  hypothetical protein  YP_001542058  normal  0.0774889  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3850  CDS  NC_009956  56328  56588  -  261  hypothetical protein  YP_001542059  normal  0.0876589  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3851  CDS  NC_009956  56652  56915  -  264  hypothetical protein  YP_001542060  normal  0.138241  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3852  CDS  NC_009956  57076  58143  -  1068  hypothetical protein  YP_001542061  normal  0.0561036  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3853  CDS  NC_009956  58283  59263  +  981  resolvase domain-containing protein  YP_001542062  normal  0.363521  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3854  CDS  NC_009956  59311  60357  -  1047  hypothetical protein  YP_001542063  normal  0.677421  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3855  CDS  NC_009956  60736  62127  +  1392  cobyrinic acid ac-diamide synthase  YP_001542064  normal  0.743489  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3856  CDS  NC_009956  62250  63425  +  1176  nuclease  YP_001542065  normal  0.465439  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3857  CDS  NC_009956  63834  65726  +  1893  polysaccharide biosynthesis protein CapD  YP_001542066  normal  0.0261396  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3858  CDS  NC_009956  66007  68247  +  2241  protein of unknown function DUF940 membrane lipoprotein putative  YP_001542067  decreased coverage  0.00089637  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3859  CDS  NC_009956  68244  69005  +  762  hypothetical protein  YP_001542068  normal  0.014632  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3860  CDS  NC_009956  69139  69381  +  243  hypothetical protein  YP_001542069  normal  0.0289067  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3861  CDS  NC_009956  69562  70758  +  1197  UDP-glucose 6-dehydrogenase  YP_001542070  normal  0.0444005  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3862  CDS  NC_009956  70763  72700  +  1938  hypothetical protein  YP_001542071  normal  0.242184  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3863  CDS  NC_009956  72755  73885  -  1131  hypothetical protein  YP_001542072  normal  0.0984668  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3864  CDS  NC_009956  73902  74681  -  780  sulfotransferase  YP_001542073  normal  0.752029  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3865  CDS  NC_009956  74804  75793  -  990  hypothetical protein  YP_001542074  normal  0.288718  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3866  CDS  NC_009956  75905  79813  -  3909  glycosyl transferase group 1  YP_001542075  normal  0.806044  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3867  CDS  NC_009956  79818  80708  -  891  hypothetical protein  YP_001542076  normal  0.293011  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3868  CDS  NC_009956  80804  81883  -  1080  UDP-glucose 4-epimerase  YP_001542077  normal  0.955537  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3869  CDS  NC_009956  81946  83121  -  1176  hypothetical protein  YP_001542078  normal  0.356103  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3870  CDS  NC_009956  83556  84359  -  804  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  YP_001542079  normal  0.381298  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3871  CDS  NC_009956  84768  88262  +  3495  RTX toxins and related Ca2+-binding protein-like protein  YP_001542080  normal  0.318671  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3872  CDS  NC_009956  88354  94041  +  5688  hemolysin-type calcium-binding region  YP_001542081  normal  0.308786  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3873  CDS  NC_009956  94097  94681  -  585  hypothetical protein  YP_001542082  normal  1  normal  0.950409  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3874  CDS  NC_009956  94737  95561  -  825  ATP-binding protein  YP_001542083  normal  1  normal  0.634834  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3875  CDS  NC_009956  95558  97051  -  1494  integrase catalytic region  YP_001542084  normal  1  normal  0.936093  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3876  CDS  NC_009956  97190  97789  +  600  resolvase domain-containing protein  YP_001542085  normal  1  normal  0.3792  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3877  CDS  NC_009956  98310  100118  +  1809  thiamine biosynthesis protein ThiC  YP_001542086  normal  1  normal  0.339373  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3878  CDS  NC_009956  100522  101904  -  1383  transposase IS4 family protein  YP_001542087  normal  1  normal  0.726843  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3879  CDS  NC_009956  102305  103117  +  813  hypothetical protein  YP_001542088  normal  1  normal  0.394036  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3880  CDS  NC_009956  103401  103925  +  525  hypothetical protein  YP_001542089  normal  1  normal  0.277273  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3881  CDS  NC_009956  104842  105309  +  468  hypothetical protein  YP_001542090  normal  1  normal  0.281184  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3882  CDS  NC_009956  105261  105971  +  711  transposase, putative  YP_001542091  normal  1  normal  0.227634  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3883  CDS  NC_009956  106070  106648  -  579  hypothetical protein  YP_001542092  normal  1  normal  0.230327  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3884  CDS  NC_009956  106635  108044  -  1410  multi anti extrusion protein MatE  YP_001542093  normal  1  normal  0.316697  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3885  CDS  NC_009956  108221  109795  +  1575  phospholipase D/transphosphatidylase  YP_001542094  normal  1  normal  0.196941  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3886  CDS  NC_009956  110041  110658  +  618  hypothetical protein  YP_001542095  normal  1  normal  0.652083  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3887  CDS  NC_009956  110663  111094  -  432  cytochrome c class I  YP_001542096  normal  1  normal  0.389814  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3888  CDS  NC_009956  111091  112716  -  1626  L-amino-acid oxidase  YP_001542097  normal  0.898233  normal  0.195386  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3889  CDS  NC_009956  112739  113458  -  720  hypothetical protein  YP_001542098  normal  0.31119  normal  0.156158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3890  CDS  NC_009956  113475  113804  -  330  hypothetical protein  YP_001542099  normal  0.183555  normal  0.188652  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3891  CDS  NC_009956  113801  116362  -  2562  cytochrome c oxidase subunit I type  YP_001542100  normal  0.561544  normal  0.116226  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3892  CDS  NC_009956  116359  117396  -  1038  cytochrome c oxidase subunit II  YP_001542101  normal  0.740774  normal  0.178097  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3893  CDS  NC_009956  117396  117893  -  498  cytochrome c class I  YP_001542102  normal  0.894591  normal  0.203291  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>