196 genes were found for organism Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Dshi_3594  CDS  NC_009955  844  837  hypothetical protein  YP_001541808  normal  0.0376172  normal  0.29662  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3595  CDS  NC_009955  1024  1605  582  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001541809  normal  0.0514998  normal  0.187097  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3596  CDS  NC_009955  1689  2993  1305  multicopper oxidase type 3  YP_001541810  normal  0.0215982  normal  0.135551  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3597  CDS  NC_009955  3107  3619  513  disulphide bond formation protein DsbB  YP_001541811  normal  0.0122638  normal  0.112725  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3598  CDS  NC_009955  3662  4327  666  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001541812  normal  0.0594439  normal  0.12485  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3599  CDS  NC_009955  4404  4961  558  putative lipoprotein  YP_001541813  normal  0.249896  normal  0.187843  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3600  CDS  NC_009955  5359  5967  609  calcium-binding EF-hand-containing protein  YP_001541814  normal  0.799604  normal  0.113193  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3601  CDS  NC_009955  6108  6494  387  hypothetical protein  YP_001541815  normal  normal  0.108169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3602  CDS  NC_009955  6600  7520  921  prolipoprotein diacylglyceryl transferase  YP_001541816  normal  normal  0.189288  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3603  CDS  NC_009955  7599  9944  2346  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_001541817  normal  normal  0.385449  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3604  CDS  NC_009955  9993  11330  1338  amino acid permease-associated region  YP_001541818  normal  normal  0.466276  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3605  CDS  NC_009955  11338  11982  645  hypothetical protein  YP_001541819  normal  0.601046  normal  0.599192  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3606  CDS  NC_009955  12199  12921  723  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  YP_001541820  normal  0.507935  normal  0.590973  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3607  CDS  NC_009955  13115  13780  666  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001541821  normal  0.340083  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3608  CDS  NC_009955  13828  14100  273  hypothetical protein  YP_001541822  normal  0.477775  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3609  CDS  NC_009955  14461  16647  2187  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_001541823  normal  0.545051  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3610  CDS  NC_009955  16641  16916  276  hypothetical protein  YP_001541824  normal  0.270185  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3611  CDS  NC_009955  17014  17472  459  DtxR family iron dependent repressor  YP_001541825  normal  0.321459  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3612  CDS  NC_009955  17567  17734  168  hypothetical protein  YP_001541826  normal  0.247292  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3613  CDS  NC_009955  17734  19305  1572  apolipoprotein N-acyltransferase  YP_001541827  normal  0.157782  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3614  CDS  NC_009955  19302  19775  474  lipoprotein signal peptidase  YP_001541828  normal  0.463393  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3615  CDS  NC_009955  19780  20562  783  zinc/iron permease  YP_001541829  normal  0.314729  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3616  CDS  NC_009955  20585  21043  459  hypothetical protein  YP_001541830  normal  0.0453249  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3617  CDS  NC_009955  21047  22420  1374  peptidase M23B  YP_001541831  normal  0.0923859  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3618  CDS  NC_009955  22417  23043  627  electron transport protein SCO1/SenC  YP_001541832  normal  0.0565663  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3619  CDS  NC_009955  23043  23513  471  hypothetical protein  YP_001541833  normal  0.205092  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3620  CDS  NC_009955  23536  24195  660  DSBA oxidoreductase  YP_001541834  normal  0.512304  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3621  CDS  NC_009955  24192  24614  423  disulphide bond formation protein DsbB  YP_001541835  normal  0.566272  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3622  CDS  NC_009955  24620  25222  603  electron transport protein SCO1/SenC  YP_001541836  normal  0.847452  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3623  CDS  NC_009955  25400  25828  429  MerR family transcriptional regulator  YP_001541837  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3624  CDS  NC_009955  25911  26531  621  cation efflux protein  YP_001541838  normal  0.383775  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3625  CDS  NC_009955  26601  27164  564  hypothetical protein  YP_001541839  normal  0.937434  normal  0.848425  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3626  CDS  NC_009955  27154  28119  966  cation diffusion facilitator family transporter  YP_001541840  normal  normal  0.89177  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3627  CDS  NC_009955  28091  28402  312  hypothetical protein  YP_001541841  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3628  CDS  NC_009955  28756  29451  696  hypothetical protein  YP_001541842  normal  0.508486  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3629  CDS  NC_009955  29691  30563  873  integrase family protein  YP_001541843  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3630  CDS  NC_009955  30576  31778  1203  putative transposase  YP_001541844  normal  normal  0.954722  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3631  CDS  NC_009955  32223  33164  942  AraC family transcriptional regulator  YP_001541845  normal  normal  0.796927  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3632  CDS  NC_009955  33247  35727  2481  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  YP_001541846  normal  normal  0.934008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3633  CDS  NC_009955  35746  37389  1644  hypothetical protein  YP_001541847  normal  normal  0.584822  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3634  CDS  NC_009955  37539  37766  228  hypothetical protein  YP_001541848  normal  normal  0.449074  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3635  CDS  NC_009955  37936  38193  258  XRE family transcriptional regulator  YP_001541849  normal  normal  0.314503  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3636  CDS  NC_009955  38318  38611  294  hypothetical protein  YP_001541850  normal  normal  0.313416  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3637  CDS  NC_009955  38780  39133  354  hypothetical protein  YP_001541851  normal  normal  0.213001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3638  CDS  NC_009955  39177  39797  621  lytic transglycosylase catalytic  YP_001541852  normal  normal  0.237  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3639  CDS  NC_009955  39794  40087  294  conjugal transfer protein TrbC  YP_001541853  normal  normal  0.22412  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3640  CDS  NC_009955  40080  40358  279  type IV secretory pathway VirB3 family protein  YP_001541854  normal  normal  0.154816  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3641  CDS  NC_009955  40348  42723  2376  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  YP_001541855  normal  normal  0.227146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3642  CDS  NC_009955  42720  42887  168  hypothetical protein  YP_001541856  normal  normal  0.159052  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3643  CDS  NC_009955  42877  44031  1155  lytic transglycosylase catalytic  YP_001541857  normal  normal  0.0752757  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3644  CDS  NC_009955  44031  44840  810  hypothetical protein  YP_001541858  normal  normal  0.065926  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3645  CDS  NC_009955  44855  45511  657  VirB8 family protein  YP_001541859  normal  normal  0.0668357  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3646  CDS  NC_009955  45513  46208  696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  YP_001541860  normal  normal  0.0387032  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3647  CDS  NC_009955  46205  47584  1380  conjugation TrbI family protein  YP_001541861  normal  normal  0.0441061  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3648  CDS  NC_009955  47589  48575  987  type II secretion system protein E  YP_001541862  normal  normal  0.0223544  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3649  CDS  NC_009955  48572  48766  195  hypothetical protein  YP_001541863  normal  hitchhiker  0.00850934  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3650  CDS  NC_009955  48763  49173  411  hypothetical protein  YP_001541864  normal  hitchhiker  0.0014977  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3651  CDS  NC_009955  49186  50262  1077  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  YP_001541865  normal  hitchhiker  0.0019924  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3652  CDS  NC_009955  50623  51540  918  hypothetical protein  YP_001541866  normal  hitchhiker  0.00179272  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3653  CDS  NC_009955  51856  53406  1551  DNA-directed DNA polymerase  YP_001541867  normal  hitchhiker  0.000703924  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3654  CDS  NC_009955  53399  55099  1701  hypothetical protein  YP_001541868  normal  0.773483  hitchhiker  0.0000658966  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3655  CDS  NC_009955  55361  57364  2004  TRAG family protein  YP_001541869  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3656  CDS  NC_009955  57373  59706  2334  relaxase/mobilization nuclease family protein  YP_001541870  normal  0.0486452  decreased coverage  0.000000302342  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3657  CDS  NC_009955  59693  60274  582  transposase IS3/IS911 family protein  YP_001541871  normal  0.0299536  decreased coverage  0.00000114659  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3658  CDS  NC_009955  60838  61044  207  hypothetical protein  YP_001541872  normal  0.0865494  decreased coverage  0.000000914717  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3659  CDS  NC_009955  61245  61547  303  hypothetical protein  YP_001541873  normal  0.105991  decreased coverage  0.000000983343  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3660  CDS  NC_009955  61583  62512  930  hypothetical protein  YP_001541874  normal  0.0855564  decreased coverage  0.00000145048  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3661  CDS  NC_009955  63298  64170  873  integrase family protein  YP_001541875  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3662  CDS  NC_009955  64183  65385  1203  putative transposase  YP_001541876  normal  0.202625  hitchhiker  0.0000115382  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3663  CDS  NC_009955  65753  66727  975  hypothetical protein  YP_001541877  normal  0.0504521  hitchhiker  0.0000127877  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3664  CDS  NC_009955  67147  67365  219  hypothetical protein  YP_001541878  normal  0.01018  hitchhiker  0.0000106855  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3665  CDS  NC_009955  67356  67688  333  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  YP_001541879  normal  0.0264223  hitchhiker  0.0000119416  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3666  CDS  NC_009955  68206  68370  165  hypothetical protein  YP_001541880  normal  0.180986  hitchhiker  0.0000106855  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3667  CDS  NC_009955  68732  69094  363  hypothetical protein  YP_001541881  normal  0.16173  hitchhiker  0.0000117382  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3668  CDS  NC_009955  69101  69835  735  hypothetical protein  YP_001541882  normal  0.16725  hitchhiker  0.0000130091  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3669  CDS  NC_009955  70079  70657  579  exopolysaccharide synthesis ExoD  YP_001541883  normal  0.715246  hitchhiker  0.0000593914  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3670  CDS  NC_009955  70773  71738  966  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  YP_001541884  normal  hitchhiker  0.000078626  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3671  CDS  NC_009955  71864  72325  462  pentapeptide repeat-containing protein  YP_001541885  normal  0.388606  hitchhiker  0.00562165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3672  CDS  NC_009955  72650  73927  1278  hypothetical protein  YP_001541886  normal  hitchhiker  0.00780947  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3673  CDS  NC_009955  74023  74991  969  hypothetical protein  YP_001541887  normal  normal  0.0591009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3674  CDS  NC_009955  75225  77591  2367  cyclic nucleotide-binding protein  YP_001541888  normal  normal  0.301148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3675  CDS  NC_009955  77607  77891  285  hypothetical protein  YP_001541889  normal  normal  0.430806  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3676  CDS  NC_009955  78020  80338  2319  transposase Tn3 family protein  YP_001541890  normal  normal  0.635368  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3677  CDS  NC_009955  80378  80902  525  hypothetical protein  YP_001541891  normal  normal  0.472291  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3678  CDS  NC_009955  81019  81843  825  ATP-binding protein  YP_001541892  normal  normal  0.478693  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3679  CDS  NC_009955  81840  83333  1494  integrase catalytic region  YP_001541893  normal  0.703248  normal  0.776463  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3680  CDS  NC_009955  83472  84071  600  resolvase domain-containing protein  YP_001541894  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3681  CDS  NC_009955  84592  86400  1809  thiamine biosynthesis protein ThiC  YP_001541895  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3682  CDS  NC_009955  86804  88186  1383  transposase IS4 family protein  YP_001541896  normal  0.399219  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3683  CDS  NC_009955  88435  89082  648  resolvase domain-containing protein  YP_001541897  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3684  CDS  NC_009955  89186  90118  933  hypothetical protein  YP_001541898  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3685  CDS  NC_009955  90129  90698  570  BioY protein  YP_001541899  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3686  CDS  NC_009955  90714  91379  666  ABC transporter related  YP_001541900  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3687  CDS  NC_009955  91376  91969  594  cobalt transport protein  YP_001541901  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3688  CDS  NC_009955  92394  92966  573  BioY protein  YP_001541902  normal  0.983357  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3689  CDS  NC_009955  93160  93360  201  hypothetical protein  YP_001541903  normal  0.476561  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3690  CDS  NC_009955  93569  94297  729  ParB-like nuclease  YP_001541904  normal  0.456588  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3691  CDS  NC_009955  94422  94724  303  hypothetical protein  YP_001541905  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3692  CDS  NC_009955  94825  95286  462  hypothetical protein  YP_001541906  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3693  CDS  NC_009955  95288  95674  387  hypothetical protein  YP_001541907  normal  normal  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>