4445 genes were found for organism Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 45    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Lcho_0001  CDS  NC_010524  72  1604  1533  chromosomal replication initiation protein  YP_001789042  n/a    decreased coverage  4.51615e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0002  CDS  NC_010524  1718  2863  1146  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001789043  n/a    decreased coverage  3.0299e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0003  CDS  NC_010524  2965  5559  2595  DNA gyrase, B subunit  YP_001789044  n/a    hitchhiker  6.65074e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0004  CDS  NC_010524  5756  6268  513  hypothetical protein  YP_001789045  n/a    hitchhiker  0.000415135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0005  CDS  NC_010524  6287  7186  900  LysR family transcriptional regulator  YP_001789046  n/a    hitchhiker  0.000472408  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0006  CDS  NC_010524  7230  7544  315  hypothetical protein  YP_001789047  n/a    hitchhiker  2.74922e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0007  CDS  NC_010524  7594  8796  1203  putative PAS/PAC sensor protein  YP_001789048  n/a    decreased coverage  2.12043e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0008  CDS  NC_010524  8901  10451  1551  peptidoglycan binding domain-containing protein  YP_001789049  n/a    decreased coverage  2.97379e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0009  CDS  NC_010524  10501  11118  618  hypothetical protein  YP_001789050  n/a    hitchhiker  0.000226186  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0010  CDS  NC_010524  11180  11866  687  hypothetical protein  YP_001789051  n/a    hitchhiker  0.000496254  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0011  CDS  NC_010524  11932  12906  975  hypothetical protein  YP_001789052  n/a    hitchhiker  0.000604844  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0012  CDS  NC_010524  12912  13661  750  ABC-type transport system ipermease component  YP_001789053  n/a    hitchhiker  0.000582511  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0013  CDS  NC_010524  13710  14801  1092  hypothetical protein  YP_001789054  n/a    hitchhiker  0.00247664  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0014  CDS  NC_010524  14798  15178  381  MazG nucleotide pyrophosphohydrolase  YP_001789055  n/a    hitchhiker  0.00301608  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0015  CDS  NC_010524  15175  16038  864  2OG-Fe(II) oxygenase  YP_001789056  n/a    hitchhiker  0.00371983  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0016  CDS  NC_010524  16419  19187  2769  polysaccharide deacetylase  YP_001789057  n/a    hitchhiker  0.00621285  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0017  CDS  NC_010524  19153  22902  3750  TPR repeat-containing protein  YP_001789058  n/a    normal  0.0303219  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0018  CDS  NC_010524  22955  23473  519  putative lipoprotein  YP_001789059  n/a    normal  0.0121878  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0019  CDS  NC_010524  23470  24855  1386  putative transmembrane protein  YP_001789060  n/a    normal  0.0435379  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0020  CDS  NC_010524  24852  25925  1074  hypothetical protein  YP_001789061  n/a    normal  0.0363527  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0021  CDS  NC_010524  25922  27445  1524  glycosyl transferase group 1  YP_001789062  n/a    normal  0.0958186  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0022  CDS  NC_010524  27524  28894  1371  putative transmembrane protein  YP_001789063  n/a    normal  0.120059  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0023  CDS  NC_010524  28902  29813  912  NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent  YP_001789064  n/a    normal  0.150455  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0024  CDS  NC_010524  29798  30430  633  DNA polymerase III, epsilon subunit  YP_001789065  n/a    normal  0.13734  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0025  CDS  NC_010524  30457  31902  1446  transcriptional regulator  YP_001789066  n/a    normal  0.17702  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0026  CDS  NC_010524  31970  32434  465  OsmC family protein  YP_001789067  n/a    normal  0.255995  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0027  CDS  NC_010524  32460  33089  630  FMN-binding negative transcriptional regulator  YP_001789068  n/a    normal  0.467521  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0028  CDS  NC_010524  33103  33546  444  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001789069  n/a    normal  0.578829  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0029  CDS  NC_010524  33574  33855  282  hypothetical protein  YP_001789070  n/a    normal  0.54022  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0030  CDS  NC_010524  33897  35243  1347  hypothetical protein  YP_001789071  n/a    normal  0.434852  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0031  CDS  NC_010524  35295  36716  1422  hypothetical protein  YP_001789072  n/a    normal  0.61903  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0032  CDS  NC_010524  36993  37784  792  septum site-determining protein MinC  YP_001789073  n/a    normal  0.410574  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0033  CDS  NC_010524  37836  38654  819  septum site-determining protein MinD  YP_001789074  n/a    normal  0.67482  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0034  CDS  NC_010524  38659  38922  264  cell division topological specificity factor MinE  YP_001789075  n/a    normal  0.592025  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0035  CDS  NC_010524  39093  39410  318  hypothetical protein  YP_001789076  n/a    normal  0.762754  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0036  CDS  NC_010524  39642  40580  939  pyruvate carboxyltransferase  YP_001789077  n/a    normal  0.700183  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0037  CDS  NC_010524  40584  41813  1230  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  YP_001789078  n/a    normal  0.434852  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0038  CDS  NC_010524  41903  42886  984  hypothetical protein  YP_001789079  n/a    normal  0.425396  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0039    NC_010524  42900  44074  1175      n/a    normal  0.35436  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0040  CDS  NC_010524  44116  45387  1272  acetyl-CoA acetyltransferase  YP_001789080  n/a    normal  0.632212  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0041  CDS  NC_010524  45695  46909  1215  6-phosphofructokinase  YP_001789081  n/a    normal  0.659514  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0042  CDS  NC_010524  47049  47597  549  Lipocalin family protein  YP_001789082  n/a    normal  0.724852  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0043  CDS  NC_010524  47734  49365  1632  transcriptional regulator domain-containing protein  YP_001789083  n/a    normal  0.930122  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0044  CDS  NC_010524  49496  49888  393  hypothetical protein  YP_001789084  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0045  CDS  NC_010524  49890  51038  1149  adenylate/guanylate cyclase  YP_001789085  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0046  CDS  NC_010524  51035  51412  378  response regulator receiver protein  YP_001789086  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0047  CDS  NC_010524  51409  52935  1527  histidine kinase  YP_001789087  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0048  CDS  NC_010524  52932  53558  627  electron transport protein SCO1/SenC  YP_001789088  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0049  CDS  NC_010524  53567  54580  1014  putative nitrate transport protein NrtA  YP_001789089  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0050  CDS  NC_010524  54594  55736  1143  alpha/beta hydrolase fold  YP_001789090  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0051  CDS  NC_010524  55774  56934  1161  homoserine O-acetyltransferase  YP_001789091  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0052  CDS  NC_010524  57209  57577  369  globin  YP_001789092  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0053  CDS  NC_010524  57758  58564  807  hypothetical protein  YP_001789093  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0054  CDS  NC_010524  58623  59270  648  histidine kinase  YP_001789094  n/a    normal  0.666913  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0055  CDS  NC_010524  59309  61462  2154  sensor protein  YP_001789095  n/a    normal  0.782355  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0056  CDS  NC_010524  61499  61963  465  hypothetical protein  YP_001789096  n/a    normal  0.938573  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0057  CDS  NC_010524  62156  62470  315  hypothetical protein  YP_001789097  n/a    normal  0.929158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0058  CDS  NC_010524  62524  62937  414  hypothetical protein  YP_001789098  n/a    normal  0.771056  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0059  CDS  NC_010524  63036  64025  990  metallophosphoesterase  YP_001789099  n/a    normal  0.71748  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0060  CDS  NC_010524  64025  65026  1002  luciferase family protein  YP_001789100  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0061  CDS  NC_010524  65087  66136  1050  thioredoxin-related protein-like protein  YP_001789101  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0062  CDS  NC_010524  66202  66423  222  SlyX family protein  YP_001789102  n/a    normal  0.918474  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0063  CDS  NC_010524  66471  67256  786  putative cytochrome c  YP_001789103  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0064  CDS  NC_010524  67253  67573  321  sulphur oxidation protein SoxZ  YP_001789104  n/a    normal  0.956687  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0065  CDS  NC_010524  67600  68076  477  sulfur oxidation protein SoxY  YP_001789105  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0066  CDS  NC_010524  68084  68527  444  putative cytochrome c, putative SoxX protein  YP_001789106  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0067  CDS  NC_010524  68548  70818  2271  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  YP_001789107  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0068  CDS  NC_010524  70815  71318  504  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  YP_001789108  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0069  CDS  NC_010524  72214  74025  1812  Bilirubin oxidase  YP_001789109  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0070  CDS  NC_010524  74058  74654  597  hypothetical protein  YP_001789110  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0071  CDS  NC_010524  74662  75261  600  chromate transporter  YP_001789111  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0072  CDS  NC_010524  75258  75959  702  chromate transporter  YP_001789112  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0073  CDS  NC_010524  76003  76926  924  Acyl transferase  YP_001789113  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0074  CDS  NC_010524  76985  77872  888  triphosphoribosyl-dephospho-CoA synthase MdcB  YP_001789114  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0075  CDS  NC_010524  77869  78630  762  holo-ACP synthase, malonate decarboxylase-specific  YP_001789115  n/a    normal  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0076  CDS  NC_010524  78637  79338  702  malonate decarboxylase, gamma subunit  YP_001789116  n/a    normal  0.658515  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0077  CDS  NC_010524  79341  80243  903  malonate decarboxylase subunit beta  YP_001789117  n/a    normal  0.405933  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0078  CDS  NC_010524  80240  80578  339  malonate decarboxylase acyl carrier protein  YP_001789118  n/a    normal  0.343361  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0079  CDS  NC_010524  80583  82283  1701  malonate decarboxylase, alpha subunit  YP_001789119  n/a    normal  0.283952  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0080  CDS  NC_010524  82296  83327  1032  hypothetical protein  YP_001789120  n/a    normal  0.141434  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0081  CDS  NC_010524  83480  84202  723  GntR family transcriptional regulator  YP_001789121  n/a    normal  0.0384322  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0082  CDS  NC_010524  84204  85490  1287  aminotransferase  YP_001789122  n/a    normal  0.0510162  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0083  CDS  NC_010524  85554  86225  672  DSBA oxidoreductase  YP_001789123  n/a    normal  0.0411784  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0084  CDS  NC_010524  86507  87097  591  restriction endonuclease  YP_001789124  n/a    hitchhiker  0.00892855  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0085  CDS  NC_010524  87210  88604  1395  serine/threonine protein kinase  YP_001789125  n/a    hitchhiker  0.00708032  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0086  CDS  NC_010524  88612  89895  1284  D-serine deaminase  YP_001789126  n/a    normal  0.01292  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0087  CDS  NC_010524  90047  92119  2073  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  YP_001789127  n/a    normal  0.0196259  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0088  CDS  NC_010524  92178  92639  462  rhodanese domain-containing protein  YP_001789128  n/a    hitchhiker  0.00487418  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0089  CDS  NC_010524  92887  94695  1809  putative potassium transport flavoprotein  YP_001789129  n/a    hitchhiker  0.00322224  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0090  CDS  NC_010524  94738  95370  633  flavin reductase domain-containing protein  YP_001789130  n/a    hitchhiker  0.00316855  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0091  CDS  NC_010524  95507  96154  648  DTW domain-containing protein  YP_001789131  n/a    hitchhiker  0.00346625  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0092  CDS  NC_010524  96129  96875  747  carboxymethylenebutenolidase  YP_001789132  n/a    hitchhiker  0.0019242  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0093  CDS  NC_010524  96911  97954  1044  aldo/keto reductase  YP_001789133  n/a    hitchhiker  0.00112545  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0094  CDS  NC_010524  98264  98836  573  hypothetical protein  YP_001789134  n/a    hitchhiker  0.00169792  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0095  CDS  NC_010524  98859  100721  1863  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  YP_001789135  n/a    hitchhiker  0.00607775  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0096  CDS  NC_010524  100889  101395  507  AsnC family transcriptional regulator  YP_001789136  n/a    hitchhiker  0.00293139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0097  CDS  NC_010524  101370  101852  483  heat shock protein DnaJ domain-containing protein  YP_001789137  n/a    hitchhiker  0.00139597  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0098  CDS  NC_010524  101859  103268  1410  UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase  YP_001789138  n/a    hitchhiker  0.00133426  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0099  CDS  NC_010524  103357  104235  879  putative lipoprotein  YP_001789139  n/a    hitchhiker  0.00360013  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Lcho_0100  CDS  NC_010524  104204  104854  651  putative lipoprotein  YP_001789140  n/a    hitchhiker  0.00321337  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 45    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>