5096 genes were found for organism Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 51    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Swoo_0001  CDS  NC_010506  397  1785  1389  chromosomal replication initiation protein  YP_001758397  unclonable  2.81438e-07  unclonable  1.18337e-08  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0002  CDS  NC_010506  1805  2905  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001758398  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0003  CDS  NC_010506  3127  4224  1098  recombination protein F  YP_001758399  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  1.80359e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0004  CDS  NC_010506  4226  6643  2418  DNA gyrase, B subunit  YP_001758400  normal  0.545421  hitchhiker  3.87143e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0005  CDS  NC_010506  7093  8280  1188  cytochrome-c peroxidase  YP_001758401  normal  hitchhiker  2.0159e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0006  CDS  NC_010506  8277  9089  813  hypothetical protein  YP_001758402  normal  hitchhiker  1.57652e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0007  CDS  NC_010506  9178  11913  2736  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  YP_001758403  normal  hitchhiker  2.89605e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0008  CDS  NC_010506  11944  12684  741  LamB/YcsF family protein  YP_001758404  normal  hitchhiker  1.19793e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0009  CDS  NC_010506  12710  13651  942  urea amidolyase related protein  YP_001758405  normal  hitchhiker  1.32728e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0010  CDS  NC_010506  13648  14328  681  allophanate hydrolase subunit 1  YP_001758406  normal  hitchhiker  6.02904e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0011  CDS  NC_010506  14533  15537  1005  putative signal transduction protein  YP_001758407  normal  hitchhiker  7.2807e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0012  CDS  NC_010506  15573  17642  2070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_001758408  normal  hitchhiker  0.000111985  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0013  CDS  NC_010506  17654  18517  864  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_001758409  normal  hitchhiker  0.000247076  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0014  CDS  NC_010506  18724  19308  585  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_001758410  normal  hitchhiker  0.000247076  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0015  CDS  NC_010506  19710  22919  3210  amidohydrolase  YP_001758411  normal  hitchhiker  0.000661642  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0016  CDS  NC_010506  23231  23698  468  hypothetical protein  YP_001758412  normal  hitchhiker  0.000226962  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0017  CDS  NC_010506  23748  23993  246  sulfur transfer protein SirA  YP_001758413  normal  hitchhiker  0.000196342  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0018  CDS  NC_010506  24134  24601  468  ybaK/ebsC protein  YP_001758414  normal  hitchhiker  0.00021851  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0019  CDS  NC_010506  24615  25097  483  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001758415  normal  hitchhiker  0.000210318  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0020  CDS  NC_010506  25234  26397  1164  3-ketoacyl-CoA thiolase  YP_001758416  normal  hitchhiker  0.000295013  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0021  CDS  NC_010506  26419  28569  2151  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  YP_001758417  normal  0.0734076  hitchhiker  0.00160004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0022  CDS  NC_010506  28837  30156  1320  proline dipeptidase  YP_001758418  normal  0.324765  hitchhiker  0.00118901  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0023  CDS  NC_010506  30153  30788  636  hypothetical protein  YP_001758419  normal  0.815325  hitchhiker  0.000952494  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0024  CDS  NC_010506  30877  32334  1458  TrkH family potassium uptake protein  YP_001758420  normal  0.981015  normal  0.0103181  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0025  CDS  NC_010506  32358  32885  528  protoporphyrinogen oxidase  YP_001758421  normal  hitchhiker  0.00857411  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0026  CDS  NC_010506  32961  33266  306  ArsR family transcriptional regulator  YP_001758422  normal  0.849172  normal  0.018094  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0027  CDS  NC_010506  33463  34002  540  protoporphyrinogen oxidase  YP_001758423  normal  normal  0.0184042  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0028  CDS  NC_010506  34092  34802  711  hypothetical protein  YP_001758424  normal  normal  0.0206923  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0029  CDS  NC_010506  34792  35238  447  hypothetical protein  YP_001758425  normal  normal  0.0401789  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0030  CDS  NC_010506  35575  35769  195  hypothetical protein  YP_001758426  normal  normal  0.0376618  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0031  CDS  NC_010506  35833  36261  429  hypothetical protein  YP_001758427  normal  normal  0.040629  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0032  CDS  NC_010506  36366  36644  279  hypothetical protein  YP_001758428  normal  normal  0.0395355  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0033  CDS  NC_010506  36811  37287  477  hypothetical protein  YP_001758429  normal  normal  0.0419097  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0034  CDS  NC_010506  37445  38887  1443  TrkH family potassium uptake protein  YP_001758430  normal  normal  0.0561968  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0035  CDS  NC_010506  38941  40350  1410  potassium transporter peripheral membrane component  YP_001758431  normal  normal  0.154438  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0036  CDS  NC_010506  40360  41637  1278  sun protein  YP_001758432  normal  normal  0.569301  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0037  CDS  NC_010506  41639  42601  963  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_001758433  normal  normal  0.553222  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0038  CDS  NC_010506  42609  43118  510  peptide deformylase  YP_001758434  normal  normal  0.346284  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0039  CDS  NC_010506  43301  44410  1110  peptidoglycan-binding LysM  YP_001758435  normal  normal  0.357546  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0040  CDS  NC_010506  44539  45534  996  DNA protecting protein DprA  YP_001758436  normal  normal  0.529295  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0041  CDS  NC_010506  45537  46010  474  hypothetical protein  YP_001758437  normal  normal  0.479355  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0042  CDS  NC_010506  46211  47974  1764  collagenase  YP_001758438  normal  0.53761  normal  0.627345  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0043  CDS  NC_010506  48086  48649  564  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  YP_001758439  normal  0.804086  normal  0.370158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0044  CDS  NC_010506  48724  49281  558  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  YP_001758440  normal  0.268227  normal  0.36574  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0045  CDS  NC_010506  49310  50230  921  coproporphyrinogen III oxidase  YP_001758441  normal  0.178865  normal  0.253632  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0046  CDS  NC_010506  50332  50781  450  globin  YP_001758442  normal  0.0363016  normal  0.25879  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0047  CDS  NC_010506  50928  51749  822  shikimate 5-dehydrogenase  YP_001758443  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0048  CDS  NC_010506  51746  52009  264  hypothetical protein  YP_001758444  hitchhiker  0.00169454  normal  0.150477  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0049  CDS  NC_010506  52029  52571  543  carbonic anhydrase  YP_001758445  hitchhiker  0.00044877  normal  0.156503  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0050  CDS  NC_010506  59053  61485  2433  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  YP_001758446  normal  normal  0.237311  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0051  CDS  NC_010506  61551  62552  1002  lysophospholipase  YP_001758447  normal  normal  0.18197  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0052  CDS  NC_010506  62644  64419  1776  hypothetical protein  YP_001758448  normal  normal  0.0722154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0053  CDS  NC_010506  64613  65953  1341  coproporphyrinogen III oxidase  YP_001758449  normal  0.59946  normal  0.060899  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0054  CDS  NC_010506  66211  66678  468  hypothetical protein  YP_001758450  normal  0.806166  normal  0.044221  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0055  CDS  NC_010506  66741  67277  537  hypothetical protein  YP_001758451  normal  0.714058  normal  0.0466355  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0056  CDS  NC_010506  67341  68003  663  hypothetical protein  YP_001758452  normal  0.425414  normal  0.0220256  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0057  CDS  NC_010506  68736  69356  621  cytochrome c class I  YP_001758453  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0058  CDS  NC_010506  69541  70200  660  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  YP_001758454  normal  hitchhiker  0.00136199  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0059  CDS  NC_010506  71559  72793  1235  transposase  YP_001758455  normal  0.808341  hitchhiker  3.53059e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0060  CDS  NC_010506  72902  75739  2838  DNA polymerase I  YP_001758456  normal  0.0959551  hitchhiker  9.34143e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0061  CDS  NC_010506  76061  76714  654  isoprenoid biosynthesis protein with amidotransferase-like domain  YP_001758457  hitchhiker  0.000549643  hitchhiker  3.1605e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0062  CDS  NC_010506  76751  77587  837  rhomboid family protein  YP_001758458  normal  0.015636  hitchhiker  3.13005e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0063  CDS  NC_010506  77716  78024  309  rhodanese domain-containing protein  YP_001758459  hitchhiker  0.00465337  unclonable  1.04645e-08  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0064  CDS  NC_010506  78097  79122  1026  L-threonine 3-dehydrogenase  YP_001758460  hitchhiker  0.00353875  unclonable  1.4689e-08  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0065  CDS  NC_010506  79134  80327  1194  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  YP_001758461  hitchhiker  0.000130332  hitchhiker  3.19123e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0066  CDS  NC_010506  80590  81237  648  TetR family transcriptional regulator  YP_001758462  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  1.33916e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0067  CDS  NC_010506  81515  82780  1266  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase domain-containing protein  YP_001758463  normal  0.0426996  hitchhiker  8.70232e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0068  CDS  NC_010506  83377  84135  759  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid kinase  YP_001758464  normal  hitchhiker  0.000292755  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0069  CDS  NC_010506  84272  86230  1959  acyltransferase 3  YP_001758465  normal  hitchhiker  0.000569017  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0070  CDS  NC_010506  86534  87577  1044  glycosyl transferase family protein  YP_001758466  normal  hitchhiker  0.00130455  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0071  CDS  NC_010506  87624  88520  897  exopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  YP_001758467  normal  normal  0.019972  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0072  CDS  NC_010506  88492  89340  849  glycosyl transferase family protein  YP_001758468  normal  normal  0.0395355  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0073  CDS  NC_010506  89663  90418  756  glycosyl transferase family protein  YP_001758469  normal  normal  0.131327  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0074  CDS  NC_010506  90750  91508  759  glycosyl transferase family protein  YP_001758470  normal  normal  0.221966  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0075  CDS  NC_010506  91689  92378  690  glycosyl transferase family protein  YP_001758471  normal  normal  0.3559  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0076  CDS  NC_010506  92528  93004  477  phosphopantetheine adenylyltransferase  YP_001758472  normal  normal  0.697492  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0077  CDS  NC_010506  93017  94522  1506  hypothetical protein  YP_001758473  normal  normal  0.845659  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0078  CDS  NC_010506  94604  95419  816  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  YP_001758474  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0079  CDS  NC_010506  95488  95976  489  hypothetical protein  YP_001758475  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0080  CDS  NC_010506  96780  98267  1488  hypothetical protein  YP_001758476  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0081  CDS  NC_010506  99563  100954  1392  hypothetical protein  YP_001758477  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0082  CDS  NC_010506  101573  102559  987  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  YP_001758478  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0083  CDS  NC_010506  102581  104386  1806  putative bifunctional molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein MobB/MoeA  YP_001758479  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0084  CDS  NC_010506  104401  104991  591  molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A  YP_001758480  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0085  CDS  NC_010506  104975  105694  720  ABC transporter related  YP_001758481  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0086  CDS  NC_010506  105698  106405  708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001758482  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0087  CDS  NC_010506  106500  107312  813  extracellular solute-binding protein  YP_001758483  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0088  CDS  NC_010506  107595  108974  1380  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  YP_001758484  normal  0.711445  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0089  CDS  NC_010506  108979  111096  2118  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001758485  normal  0.0206322  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0090  CDS  NC_010506  111663  112127  465  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001758486  decreased coverage  1.77533e-07  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0091  CDS  NC_010506  112335  113006  672  hypothetical protein  YP_001758487  hitchhiker  2.85366e-05  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0092  CDS  NC_010506  113367  114047  681  hypothetical protein  YP_001758488  hitchhiker  0.00199645  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0093  CDS  NC_010506  114092  115450  1359  isochorismate synthase  YP_001758489  normal  0.229971  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0094  CDS  NC_010506  115863  117812  1950  TonB-dependent receptor  YP_001758490  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0095  CDS  NC_010506  117816  119171  1356  ABC transporter related  YP_001758491  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0096  CDS  NC_010506  119185  119850  666  cobalt transport protein  YP_001758492  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0097  CDS  NC_010506  119878  120423  546  hypothetical protein  YP_001758493  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0098  CDS  NC_010506  120489  121241  753  hypothetical protein  YP_001758494  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0099  CDS  NC_010506  121244  121468  225  hypothetical protein  YP_001758495  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Swoo_0100  CDS  NC_010506  121694  122872  1179  metal dependent phosphohydrolase  YP_001758496  normal  normal  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 51    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>