1992 genes were found for organism Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 20    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Tmel_0001  CDS  NC_009616  162  1475  1314  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_001305268  unclonable  9.28481e-07  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0002  CDS  NC_009616  1517  1699  183  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001305269  unclonable  9.42879e-09  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0003    NC_009616  1774  3462  1689      hitchhiker  0.000408125  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0004    NC_009616  3462  5150  1689      hitchhiker  4.74218e-05  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0005  CDS  NC_009616  5349  5702  354  hypothetical protein  YP_001305270  hitchhiker  0.00388104  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0006  CDS  NC_009616  6140  6805  666  hypothetical protein  YP_001305271  normal  0.0780493  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0007  CDS  NC_009616  6807  8114  1308  ABC transporter related  YP_001305272  normal  0.138461  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0008  CDS  NC_009616  8798  10666  1869  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  YP_001305273  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0009  CDS  NC_009616  10663  10956  294  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001305274  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0010  CDS  NC_009616  10975  11298  324  dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  YP_001305275  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0011  CDS  NC_009616  11311  11655  345  dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  YP_001305276  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0012  CDS  NC_009616  11672  12544  873  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_001305277  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0013  CDS  NC_009616  12541  13389  849  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_001305278  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0014  CDS  NC_009616  13589  15157  1569  putative delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase  YP_001305279  normal  0.440333  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0015  CDS  NC_009616  15352  17166  1815  hypothetical protein  YP_001305280  normal  0.139657  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0016  CDS  NC_009616  17183  18280  1098  basic membrane lipoprotein  YP_001305281  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0017  CDS  NC_009616  18377  19900  1524  ABC transporter related  YP_001305282  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0018  CDS  NC_009616  19902  20936  1035  inner-membrane translocator  YP_001305283  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0019  CDS  NC_009616  20933  21892  960  inner-membrane translocator  YP_001305284  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0020  CDS  NC_009616  21970  22107  138  hypothetical protein  YP_001305285  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0021  CDS  NC_009616  22599  23306  708  hypothetical protein  YP_001305286  normal  0.594873  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0022  CDS  NC_009616  23321  24187  867  degV family protein  YP_001305287  normal  0.314645  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0023  CDS  NC_009616  24177  25511  1335  DNA repair protein RadA  YP_001305288  normal  0.0179797  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0024  CDS  NC_009616  25504  27960  2457  ATPase  YP_001305289  unclonable  9.51044e-05  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0025  CDS  NC_009616  28033  30261  2229  phosphotransferase domain-containing protein  YP_001305290  normal  0.04569  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0026  CDS  NC_009616  30360  30836  477  phosphodiesterase  YP_001305291  normal  0.239005  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0027  CDS  NC_009616  30930  31856  927  Mg2+ transporter protein, CorA family protein  YP_001305292  normal  0.905993  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0028    NC_009616  31883  32902  1020      normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0029  CDS  NC_009616  32947  33636  690  hypothetical protein  YP_001305293  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0030  CDS  NC_009616  33675  34613  939  radical SAM domain-containing protein  YP_001305294  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0031  CDS  NC_009616  34601  35395  795  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001305295  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0032  CDS  NC_009616  35380  35934  555  isochorismatase hydrolase  YP_001305296  normal  0.983597  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0033  CDS  NC_009616  35931  36821  891  radical SAM domain-containing protein  YP_001305297  normal  0.531209  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0034  CDS  NC_009616  36832  39153  2322  ATP-dependent DNA helicase RecG  YP_001305298  normal  0.0189216  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0035  CDS  NC_009616  39157  39834  678  ABC transporter related  YP_001305299  decreased coverage  1.73721e-06  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0036  CDS  NC_009616  39891  40502  612  thiamine pyrophosphokinase  YP_001305300  hitchhiker  7.94456e-05  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0037  CDS  NC_009616  40481  41539  1059  1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase  YP_001305301  hitchhiker  0.000227985  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0038  CDS  NC_009616  41784  42665  882  periplasmic binding protein  YP_001305302  hitchhiker  0.000608499  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0039  CDS  NC_009616  42662  43633  972  transport system permease protein  YP_001305303  hitchhiker  0.00831442  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0040  CDS  NC_009616  43659  44462  804  HAD family hydrolase  YP_001305304  hitchhiker  0.00579975  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0041  CDS  NC_009616  44469  45089  621  RNA polymerase factor sigma-70  YP_001305305  normal  0.0878225  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0042  CDS  NC_009616  45676  46128  453  riboflavin synthase  YP_001305306  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0043  CDS  NC_009616  46125  47246  1122  bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II protein  YP_001305307  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0044  CDS  NC_009616  47224  47790  567  riboflavin synthase subunit alpha  YP_001305308  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0045  CDS  NC_009616  47783  48796  1014  riboflavin biosynthesis protein RibD  YP_001305309  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0046  CDS  NC_009616  48975  50666  1692  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001305310  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0047  CDS  NC_009616  50684  51091  408  NifU family SUF system FeS assembly protein  YP_001305311  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0048  CDS  NC_009616  51081  52322  1242  SufS subfamily cysteine desulfurase  YP_001305312  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0049  CDS  NC_009616  52297  53415  1119  SufBD protein  YP_001305313  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0050  CDS  NC_009616  53426  54817  1392  FeS assembly protein SufB  YP_001305314  normal  0.280227  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0051  CDS  NC_009616  54822  55565  744  FeS assembly ATPase SufC  YP_001305315  normal  0.0644623  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0052  CDS  NC_009616  55681  57300  1620  chaperonin GroEL  YP_001305316  hitchhiker  0.00947339  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0053  CDS  NC_009616  57317  57589  273  co-chaperonin GroES  YP_001305317  decreased coverage  0.00191023  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0054  CDS  NC_009616  57948  58328  381  ribonuclease III  YP_001305318  normal  0.0917731  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0055  CDS  NC_009616  58325  60043  1719  hypothetical protein  YP_001305319  normal  0.650665  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0056  CDS  NC_009616  60048  61436  1389  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  YP_001305320  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0057  CDS  NC_009616  61433  62740  1308  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  YP_001305321  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0058  CDS  NC_009616  62849  63910  1062  alanine racemase domain-containing protein  YP_001305322  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0059  CDS  NC_009616  63937  65028  1092  hypothetical protein  YP_001305323  normal  0.558186  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0060  CDS  NC_009616  65163  66167  1005  S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase  YP_001305324  hitchhiker  0.000324393  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0061  CDS  NC_009616  66217  66471  255  ribosomal protein S15  YP_001305325  decreased coverage  5.87421e-07  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0062    NC_009616  66908  67129  222      hitchhiker  0.0001081  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0063  CDS  NC_009616  67257  68951  1695  prolyl-tRNA synthetase  YP_001305326  normal  0.051623  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0064  CDS  NC_009616  68948  70357  1410  cysteinyl-tRNA synthetase  YP_001305327  hitchhiker  0.00940017  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0065  CDS  NC_009616  70362  71783  1422  glutamyl-tRNA synthetase  YP_001305328  normal  0.0249226  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0066  CDS  NC_009616  72024  73235  1212  uracil-xanthine permease  YP_001305329  decreased coverage  0.00626483  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0067    NC_009616  73422  73746  325      normal  0.0495075  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0068  CDS  NC_009616  73811  73936  126  hypothetical protein  YP_001305330  normal  0.126538  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0069  CDS  NC_009616  73936  74214  279  hypothetical protein  YP_001305331  normal  0.153977  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0070  CDS  NC_009616  74657  75685  1029  hypothetical protein  YP_001305332  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0071  CDS  NC_009616  75769  77061  1293  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  YP_001305333  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0072  CDS  NC_009616  77080  77943  864  hypothetical protein  YP_001305334  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0073  CDS  NC_009616  77953  78483  531  isochorismatase hydrolase  YP_001305335  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0074  CDS  NC_009616  78485  79426  942  cation diffusion facilitator family transporter  YP_001305336  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0075  CDS  NC_009616  79389  80480  1092  hypothetical protein  YP_001305337  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0076  CDS  NC_009616  80501  81499  999  galactose-1-phosphate uridylyltransferase  YP_001305338  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0077  CDS  NC_009616  81513  82958  1446  glycogen/starch synthase, ADP-glucose type  YP_001305339  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0078  CDS  NC_009616  82964  83593  630  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001305340  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0079  CDS  NC_009616  83583  85277  1695  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  YP_001305341  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0080  CDS  NC_009616  85279  85689  411  hypothetical protein  YP_001305342  normal  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0081  CDS  NC_009616  85686  86618  933  D-alanine--D-alanine ligase  YP_001305343  normal  0.201322  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0082  CDS  NC_009616  86615  88240  1626  cobalamin B12-binding domain-containing protein  YP_001305344  normal  0.566205  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0083  CDS  NC_009616  88237  89316  1080  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  YP_001305345  normal  0.573337  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0084  CDS  NC_009616  89330  90280  951  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  YP_001305346  normal  0.978648  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0085  CDS  NC_009616  90286  91497  1212  hydroxypyruvate reductase  YP_001305347  normal  0.145768  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0086  CDS  NC_009616  91502  92341  840  NAD+ synthetase  YP_001305348  normal  0.485052  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0087  CDS  NC_009616  92325  93446  1122  chaperone protein DnaJ  YP_001305349  normal  0.60044  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0088  CDS  NC_009616  93451  94002  552  GrpE protein  YP_001305350  normal  0.141966  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0089  CDS  NC_009616  94018  95031  1014  heat-inducible transcription repressor HrcA  YP_001305351  hitchhiker  0.000627651  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0090  CDS  NC_009616  95135  96403  1269  major facilitator transporter  YP_001305352  hitchhiker  0.000497214  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0091  CDS  NC_009616  96403  96906  504  3H domain-containing protein  YP_001305353  hitchhiker  0.000249824  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0092  CDS  NC_009616  97024  97653  630  hemolysin III family channel protein  YP_001305354  decreased coverage  1.16234e-05  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0093  CDS  NC_009616  97650  98069  420  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_001305355  decreased coverage  7.16463e-06  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0094  CDS  NC_009616  98443  99663  1221  major facilitator transporter  YP_001305356  hitchhiker  0.0031083  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0095  CDS  NC_009616  99647  100597  951  radical SAM domain-containing protein  YP_001305357  normal  0.0204398  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0096  CDS  NC_009616  100684  101703  1020  peptidase M42 family protein  YP_001305358  normal  0.241867  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0097  CDS  NC_009616  101703  102707  1005  cellulase  YP_001305359  normal  0.609306  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0098  CDS  NC_009616  102732  102959  228  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  YP_001305360  normal  0.488133  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0099  CDS  NC_009616  102961  103575  615  guanylate kinase  YP_001305361  normal  0.261524  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Tmel_0100  CDS  NC_009616  103577  103861  285  hypothetical protein  YP_001305362  normal  0.146672  n/a    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 20    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>